seq1 = pF1KSDA0841.tfa, 1899 bp
seq2 = pF1KSDA0841/gi568815579f_35512795.tfa (gi568815579f:35512795_35722990), 210196 bp

>pF1KSDA0841 1899
>gi568815579f:35512795_35722990 (Chr19)

1-98  (100001-100098)   100% ->
99-161  (100936-100998)   100% ->
162-194  (101074-101106)   100% ->
195-219  (101241-101265)   100% ->
220-325  (102248-102353)   100% ->
326-485  (102433-102592)   100% ->
486-555  (104330-104399)   100% ->
556-638  (104493-104575)   100% ->
639-696  (105061-105118)   100% ->
697-821  (105277-105401)   100% ->
822-885  (105608-105671)   100% ->
886-1016  (105775-105905)   100% ->
1017-1179  (106093-106255)   100% ->
1180-1260  (106630-106710)   100% ->
1261-1406  (106819-106964)   100% ->
1407-1518  (107218-107329)   100% ->
1519-1651  (107401-107533)   100% ->
1652-1784  (109807-109939)   100% ->
1785-1899  (110082-110196)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTAGCGCAGGAAGCGCGGGAACTGGGTTGCTGGGCGGTCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTAGCGCAGGAAGCGCGGGAACTGGGTTGCTGGGCGGTCGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGGGGGTGCCCGTGGCGGCCCGGGCCCCGGAATCGACGCTGCGCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100051 GATGGGGGTGCCCGTGGCGGCCCGGGCCCCGGAATCGACGCTGCGCAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     99        GCTGTGTCTGGGCCAGGGGGCTGACATCTGGGCCTACATCTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 G...CAGGCTGTGTCTGGGCCAGGGGGCTGACATCTGGGCCTACATCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCATGTGCACAGTCAGAG         GACTGTCAAGAAGATCCGGGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100979 CAGCATGTGCACAGTCAGAGGTA...TAGGACTGTCAAGAAGATCCGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AAACCTACTCTG         GTATGGCCACCAGGACAGTCCACAG    
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||>>>.
 101095 AAACCTACTCTGGTA...TAGGTATGGCCACCAGGACAGTCCACAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    220      GTCCGTCGGAAGTTAGAGCTGGAAGCTGCTGTGACCCGCCTGCGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101270 ..CAGGTCCGTCGGAAGTTAGAGCTGGAAGCTGCTGTGACCCGCCTGCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCAGAAATCCAGGAACTCGACCAGAGCCTGGAGCTGATGGAGCGAGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102293 GCAGAAATCCAGGAACTCGACCAGAGCCTGGAGCTGATGGAGCGAGACAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGAGGCTCAGG         ACACGGCCATGGAGCAGGCACGTCAGCACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102343 TGAGGCTCAGGGTG...CAGACACGGCCATGGAGCAGGCACGTCAGCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CTCAAGACACCCAGCGTCGAGCTCTCCTCCTCCGGGCCCAAGCTGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102463 CTCAAGACACCCAGCGTCGAGCTCTCCTCCTCCGGGCCCAAGCTGGGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATGCGAAGACAGCAGCATACGCTCCGAGATCCCATGCAGCGGCTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102513 ATGCGAAGACAGCAGCATACGCTCCGAGATCCCATGCAGCGGCTGCAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TCAACTGAGGCGCCTGCAGGACATGGAGAG         GAAAGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102563 TCAACTGAGGCGCCTGCAGGACATGGAGAGGTG...CAGGAAAGCCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TAGATGTGACCTTTGGATCCCTCACGTCGGCAGCTCTGGGCCTGGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104341 TAGATGTGACCTTTGGATCCCTCACGTCGGCAGCTCTGGGCCTGGAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGGTCCTG         CGTGATGTCCGAACAGCCTGCACCCTCCGGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104391 GTGGTCCTGGTA...TAGCGTGATGTCCGAACAGCCTGCACCCTCCGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CCAGTTCCTGCAGAACCTCCTGCTTCCCCAGGCCAAGAGGGGCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 CCAGTTCCTGCAGAACCTCCTGCTTCCCCAGGCCAAGAGGGGCAGCCTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 C         AACCCCTCATGATGACCACTTTGGCACTTCGTACCAGCAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104575 CGTG...CAGAACCCCTCATGATGACCACTTTGGCACTTCGTACCAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TGGCTGAGCTCAGTGGAG         ACGCTGCTGACAAACCACCCCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105101 TGGCTGAGCTCAGTGGAGGTG...TAGACGCTGCTGACAAACCACCCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 AGGCCACGTCCTGGCTGCCTTGGAGCACCTGGCTGCAGAGCGGGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105300 AGGCCACGTCCTGGCTGCCTTGGAGCACCTGGCTGCAGAGCGGGAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 AGATTCGGTCCCTGTGCAGTGGGGATGGGCTTGGCGACACAGAGATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105350 AGATTCGGTCCCTGTGCAGTGGGGATGGGCTTGGCGACACAGAGATATCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AG         ACCCCAGGCCCCGGACCAGTCAGACTCCAGCCAGACCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105400 AGGTG...CAGACCCCAGGCCCCGGACCAGTCAGACTCCAGCCAGACCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GCCGTCCATGGTTCATCTCATCCAG         GAGGGCTGGCGGACTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 105647 GCCGTCCATGGTTCATCTCATCCAGGTG...CAGGAGGGCTGGCGGACTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TGGGTGTGCTGGTCTCCCAGCGGAGCACCCTCCTGAAGGAGCGGCAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105791 TGGGTGTGCTGGTCTCCCAGCGGAGCACCCTCCTGAAGGAGCGGCAAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 TTGACCCAGCGCCTCCAGGGCCTGGTGGAGGAGGTGGAGAGACGCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105841 TTGACCCAGCGCCTCCAGGGCCTGGTGGAGGAGGTGGAGAGACGCGTCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGGATCCAGTGAGAG         GCAGGTGCTGATACTGGGGCTTCGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105891 GGGATCCAGTGAGAGGTG...CAGGCAGGTGCTGATACTGGGGCTTCGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 GCTGTTGCCTGTGGACGGAGCTCAAGGCCCTGCACGATCAGAGCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106119 GCTGTTGCCTGTGGACGGAGCTCAAGGCCCTGCACGATCAGAGCCAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CTGCAGGATGCAGCTGGGCATCGGCAGCTCCTGCTGAGGGAGCTACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106169 CTGCAGGATGCAGCTGGGCATCGGCAGCTCCTGCTGAGGGAGCTACAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CAAACAGCAGCGGATCCTGCACTGGCGCCAGCTGGTG         GAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 106219 CAAACAGCAGCGGATCCTGCACTGGCGCCAGCTGGTGGTG...CAGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AGACCCAGGAACAGGTCCGCCTGCTCATCAAGGGAAACTCGGCCAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106634 AGACCCAGGAACAGGTCCGCCTGCTCATCAAGGGAAACTCGGCCAGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ACCCGCCTGTGCCGGAGCCCGGGGGAG         GTGCTAGCTCTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 106684 ACCCGCCTGTGCCGGAGCCCGGGGGAGGTG...CAGGTGCTAGCTCTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CCAGCGAAAGGTGGTCCCTACATTTGAGGCAGTGGCACCACAGAGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106833 CCAGCGAAAGGTGGTCCCTACATTTGAGGCAGTGGCACCACAGAGCCGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 AGCTGCTGCGCTGTCTGGAGGAGGAAGTCCGGCATTTGCCCCACATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106883 AGCTGCTGCGCTGTCTGGAGGAGGAAGTCCGGCATTTGCCCCACATTCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TTGGGCACGCTGCTGCGGCACAGGCCGGGAGA         GTTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 106933 TTGGGCACGCTGCTGCGGCACAGGCCGGGAGAGTG...TAGGTTGAAGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1416 CCTGCCCACGGTCCTCCCATCCATCCACCAGCTGCACCCCGCGTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107227 CCTGCCCACGGTCCTCCCATCCATCCACCAGCTGCACCCCGCGTCCCCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 GGGGCTCCAGCTTCATAGCGCTGAGCCACAAGCTGGGGCTGCCTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107277 GGGGCTCCAGCTTCATAGCGCTGAGCCACAAGCTGGGGCTGCCTCCAGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 AAG         GCCTCGGAGCTGCTCCTGCCGGCGGCTGCCTCTCTTCG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107327 AAGGTG...CAGGCCTCGGAGCTGCTCCTGCCGGCGGCTGCCTCTCTTCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557 CCAGGACCTTCTGCTCCTGCAGGACCAGCGGAGCCTCTGGTGCTGGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107439 CCAGGACCTTCTGCTCCTGCAGGACCAGCGGAGCCTCTGGTGCTGGGATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 TACTCCACATGAAGACCAGCCTGCCGCCAGGCCTTCCCACCCAGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 107489 TACTCCACATGAAGACCAGCCTGCCGCCAGGCCTTCCCACCCAGGGTA..

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652     AGCTGCTGCAGATCCAGGCATCCCAGGAAAAACAGCAGAAAGAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107539 .CAGAGCTGCTGCAGATCCAGGCATCCCAGGAAAAACAGCAGAAAGAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 CCTGGGGCAGGCTCTGAAGAGGCTGGAGAAGCTACTGAAACAGGCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109853 CCTGGGGCAGGCTCTGAAGAGGCTGGAGAAGCTACTGAAACAGGCACTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 AGCGAATCCCTGAGCTGCAGGGGATCGTGGGGGACTG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109903 AGCGAATCCCTGAGCTGCAGGGGATCGTGGGGGACTGGTG...CAGGTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1789 GAGCAGCCAGGCCAGGCCGCCCTCTCTGAGGAGCTCTGCCAGGGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110086 GAGCAGCCAGGCCAGGCCGCCCTCTCTGAGGAGCTCTGCCAGGGCCTGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CCTGCCCCAGTGGCGGCTGCGCTGGGTTCAGGCCCAGGGGGCCCTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110136 CCTGCCCCAGTGGCGGCTGCGCTGGGTTCAGGCCCAGGGGGCCCTGCAGA

   2050     .    :
   1889 AGCTGTGCAGC
        |||||||||||
 110186 AGCTGTGCAGC