seq1 = pF1KSDA0832.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KSDA0832/gi568815597r_216406942.tfa (gi568815597r:216406942_216823299), 416358 bp

>pF1KSDA0832 1374
>gi568815597r:216406942_216823299 (Chr1)

(complement)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-472  (145809-146224)   100% ->
473-589  (172211-172327)   100% ->
590-700  (255202-255312)   100% ->
701-862  (258920-259081)   100% ->
863-1132  (303879-304148)   100% ->
1133-1374  (316117-316358)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCGGTAGAACTTTGCCTTCCTGAATCTTTTTCCCTGCACTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCGGTAGAACTTTGCCTTCCTGAATCTTTTTCCCTGCACTACGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAAGA         GCTTCTCTGCAGAATGTCAAACAAAGATCGACACA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAAGAGTA...CAGGCTTCTCTGCAGAATGTCAAACAAAGATCGACACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGATTCCAGCTGTTCGTCCTTCATCAAGACGGAACCTTCCAGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145844 TTGATTCCAGCTGTTCGTCCTTCATCAAGACGGAACCTTCCAGCCCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCTGACGGACAGCGTCAACCACCACAGCCCTGGTGGCTCTTCAGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145894 TCCCTGACGGACAGCGTCAACCACCACAGCCCTGGTGGCTCTTCAGACGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGTGGGAGCTACAGTTCAACCATGAATGGCCATCAGAACGGACTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145944 CAGTGGGAGCTACAGTTCAACCATGAATGGCCATCAGAACGGACTTGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CGCCACCTCTCTACCCTTCTGCTCCTATCCTGGGAGGTAGTGGGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145994 CGCCACCTCTCTACCCTTCTGCTCCTATCCTGGGAGGTAGTGGGCCTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGAAACTGTATGATGACTGCTCCAGCACCATTGTTGAAGATCCCCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146044 AGGAAACTGTATGATGACTGCTCCAGCACCATTGTTGAAGATCCCCAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAAGTGTGAATACATGCTCAACTCGATGCCCAAGAGACTGTGTTTAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146094 CAAGTGTGAATACATGCTCAACTCGATGCCCAAGAGACTGTGTTTAGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGGTGACATCGCTTCTGGGTACCACTATGGGGTAGCATCATGTGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146144 GTGGTGACATCGCTTCTGGGTACCACTATGGGGTAGCATCATGTGAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TGCAAGGCATTCTTCAAGAGGACAATTCAAG         GCAATATAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 146194 TGCAAGGCATTCTTCAAGAGGACAATTCAAGGTT...TAGGCAATATAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATACAGCTGCCCTGCCACGAATGAATGTGAAATCACAAAGCGCAGACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172221 ATACAGCTGCCCTGCCACGAATGAATGTGAAATCACAAAGCGCAGACGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AATCCTGCCAGGCTTGCCGCTTCATGAAGTGTTTAAAAGTGGGCATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172271 AATCCTGCCAGGCTTGCCGCTTCATGAAGTGTTTAAAAGTGGGCATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAGAAG         GGGTGCGTCTTGACAGAGTACGTGGAGGTCGGCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172321 AAAGAAGGTA...CAGGGGTGCGTCTTGACAGAGTACGTGGAGGTCGGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAAGTACAAGCGCAGGATAGATGCGGAGAACAGCCCATACCTGAACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255236 GAAGTACAAGCGCAGGATAGATGCGGAGAACAGCCCATACCTGAACCCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGCTGGTTCAGCCAGCCAAAAAGCCAT         ATAACAAGATTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 255286 AGCTGGTTCAGCCAGCCAAAAAGCCATGTA...CAGATAACAAGATTGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCACATTTGTTGGTGGCTGAACCGGAGAAGATCTATGCCATGCCTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258934 TCACATTTGTTGGTGGCTGAACCGGAGAAGATCTATGCCATGCCTGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TACTGTCCCCGACAGTGACATCAAAGCCCTCACTACACTGTGTGACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258984 TACTGTCCCCGACAGTGACATCAAAGCCCTCACTACACTGTGTGACTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCGACCGAGAGTTGGTGGTTATCATTGGATGGGCGAAGCATATTCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 259034 CCGACCGAGAGTTGGTGGTTATCATTGGATGGGCGAAGCATATTCCAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    863        GCTTCTCCACGCTGTCCCTGGCGGACCAGATGAGCCTTCTGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259084 A...CAGGCTTCTCCACGCTGTCCCTGGCGGACCAGATGAGCCTTCTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAGTGCTTGGATGGAAATTTTGATCCTTGGTGTCGTATACCGGTCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303922 GAGTGCTTGGATGGAAATTTTGATCCTTGGTGTCGTATACCGGTCTCTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CGTTTGAGGATGAACTTGTCTATGCAGACGATTATATAATGGACGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 303972 CGTTTGAGGATGAACTTGTCTATGCAGACGATTATATAATGGACGAAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGTCCAAATTAGCAGGCCTTCTTGATCTAAATAATGCTATCCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304022 CAGTCCAAATTAGCAGGCCTTCTTGATCTAAATAATGCTATCCTGCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGTAAAGAAATACAAGAGCATGAAGCTGGAAAAAGAAGAATTTGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 304072 GGTAAAGAAATACAAGAGCATGAAGCTGGAAAAAGAAGAATTTGTCACCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TCAAAGCTATAGCTCTTGCTAATTCAG         ACTCCATGCACATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 304122 TCAAAGCTATAGCTCTTGCTAATTCAGGTT...CAGACTCCATGCACATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GAAGATGTTGAAGCCGTTCAGAAGCTTCAGGATGTCTTACATGAAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316131 GAAGATGTTGAAGCCGTTCAGAAGCTTCAGGATGTCTTACATGAAGCGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCAGGATTATGAAGCTGGCCAGCACATGGAAGACCCTCGTCGAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316181 GCAGGATTATGAAGCTGGCCAGCACATGGAAGACCCTCGTCGAGCTGGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGATGCTGATGACACTGCCACTCCTGAGGCAGACCTCTACCAAGGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316231 AGATGCTGATGACACTGCCACTCCTGAGGCAGACCTCTACCAAGGCCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CAGCATTTCTACAACATCAAACTAGAAGGCAAAGTCCCAATGCACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316281 CAGCATTTCTACAACATCAAACTAGAAGGCAAAGTCCCAATGCACAAACT

   1400     .    :    .    :    .
   1347 TTTTTTGGAAATGTTGGAGGCCAAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 316331 TTTTTTGGAAATGTTGGAGGCCAAGGTC