seq1 = pF1KSDA0828.tfa, 1830 bp
seq2 = pF1KSDA0828/gi568815591f_129125077.tfa (gi568815591f:129125077_129526565), 401489 bp

>pF1KSDA0828 1830
>gi568815591f:129125077_129526565 (Chr7)

1-363  (100001-100363)   100% ->
364-472  (254565-254673)   100% ->
473-616  (263980-264123)   100% ->
617-717  (264558-264658)   100% ->
718-820  (272146-272248)   100% ->
821-915  (275214-275308)   100% ->
916-1022  (278303-278409)   100% ->
1023-1139  (280021-280137)   100% ->
1140-1203  (280760-280823)   100% ->
1204-1292  (281302-281390)   100% ->
1293-1363  (284400-284470)   100% ->
1364-1458  (288518-288612)   100% ->
1459-1557  (297764-297862)   100% ->
1558-1626  (299798-299866)   100% ->
1627-1705  (299987-300065)   100% ->
1706-1830  (301367-301489)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGCAGGTTGTGTCAGCCGCGGCTGCCGCCAAGGTGCCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGTGCAGGTTGTGTCAGCCGCGGCTGCCGCCAAGGTGCCTGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTGAAGGACCTGAGCCCCTCCGAGGCGGAGTCGCAACTAGGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCTGAAGGACCTGAGCCCCTCCGAGGCGGAGTCGCAACTAGGACTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACGGCCGCCGTGGGCGCCATGGCCCCCCCGGCGGGCGGTGGAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACGGCCGCCGTGGGCGCCATGGCCCCCCCGGCGGGCGGTGGAGACCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGGCTCCAGCTCCCGCCGCGGAGCGGCCCCCGGTCCCCGGCCCGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGGCTCCAGCTCCCGCCGCGGAGCGGCCCCCGGTCCCCGGCCCGGGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGCCCGCCGCCGCTCTCAGCCCCGCCGCCGGGAAGGTGCCTCAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGCCCGCCGCCGCTCTCAGCCCCGCCGCCGGGAAGGTGCCTCAGGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCCATGAAGCGGAGCGACCCACATCACCAGCACCAGCGGCACCGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCCATGAAGCGGAGCGACCCACATCACCAGCACCAGCGGCACCGCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCGGCGAGGCCCTGGTCAGCCCCGACGGCACCGTCACCGAGGCGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCGGCGAGGCCCTGGTCAGCCCCGACGGCACCGTCACCGAGGCGCCGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CACAGTCAAGAAG         ATCCAGTTTGCTGACCAGAAGCAAGAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACAGTCAAGAAGGTA...CAGATCCAGTTTGCTGACCAGAAGCAAGAAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCAACAAACGTCCCACCAAAATTGGACGTCGCTCTTTGTCTCGTTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254593 TCAACAAACGTCCCACCAAAATTGGACGTCGCTCTTTGTCTCGTTCCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCTCAGTCATCTACTGACAGCTACAGCTCAG         CGGCTTCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 254643 TCTCAGTCATCTACTGACAGCTACAGCTCAGGTG...CAGCGGCTTCATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TACAGATAGCTCTGATGATGAGACATCGCCCAGGGACAAGCAGCAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263990 TACAGATAGCTCTGATGATGAGACATCGCCCAGGGACAAGCAGCAAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTCTAAGGGAAGCAGTGACTTCTGTGTTAAGAACATCAAACAGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264040 ACTCTAAGGGAAGCAGTGACTTCTGTGTTAAGAACATCAAACAGGCAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTGGACGAAGAGAAATTGAAATTGCTGAACAAG         AAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 264090 TTTGGACGAAGAGAAATTGAAATTGCTGAACAAGGTA...CAGAAATGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCATTGATGGCTTTGAGGAAGAGAGCTCAAGGAGAAAAGCCTTTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 264565 TGCATTGATGGCTTTGAGGAAGAGAGCTCAAGGAGAAAAGCCTTTGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GAGCCAAAATCGTGGGTTGCACACACATCACTGCTCAGACTGCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 264615 GAGCCAAAATCGTGGGTTGCACACACATCACTGCTCAGACTGCTGTG...

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718    GTGCTTATGGAAACTCTGGGTGCTCTGGGGGCCCAGTGCCGATGGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272143 CAGGTGCTTATGGAAACTCTGGGTGCTCTGGGGGCCCAGTGCCGATGGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGCCTGCAACATCTATTCCACTCTCAATGAAGTGGCTGCTGCTCTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272193 TGCCTGCAACATCTATTCCACTCTCAATGAAGTGGCTGCTGCTCTAGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AAAGTG         GATTTCCTGTTTTTGCCTGGAAGGGAGAGTCAGAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272243 AAAGTGGTA...CAGGATTTCCTGTTTTTGCCTGGAAGGGAGAGTCAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGACTTTTGGTGGTGTATCGATAGATGTGTGAATGTGGAGGGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 275249 GATGACTTTTGGTGGTGTATCGATAGATGTGTGAATGTGGAGGGCTGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCAAACATG         ATCTTGGATGATGGAGGGGATCTTACCCACT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 275299 GCCAAACATGGTG...CAGATCTTGGATGATGGAGGGGATCTTACCCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGATTTATAAAAAGTATCCCAACATGTTTAAGAAAATCAAGGGCATAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278334 GGATTTATAAAAAGTATCCCAACATGTTTAAGAAAATCAAGGGCATAGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGGAGAGTGTTACTGGAGTTCACAG         GCTGTACCAACTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 278384 GAGGAGAGTGTTACTGGAGTTCACAGGTA...CAGGCTGTACCAACTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAAGCTGGGAAGCTGTGTGTTCCAGCCATGAATGTCAATGACTCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280036 CAAAGCTGGGAAGCTGTGTGTTCCAGCCATGAATGTCAATGACTCAGTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAAACAGAAATTTGACAACCTCTACTGTTGCCGTGAATCAATTCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280086 CCAAACAGAAATTTGACAACCTCTACTGTTGCCGTGAATCAATTCTTGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GG         ACTTAAAAGGACAACAGACATGATGTTTGGTGGAAAGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280136 GGGTA...TAGACTTAAAAGGACAACAGACATGATGTTTGGTGGAAAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGTGGTAGTCTGTGGCTATGGAGAG         GTGGGGAAAGGGTGCT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 280799 AGTGGTAGTCTGTGGCTATGGAGAGGTG...CAGGTGGGGAAAGGGTGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGCTGCCCTGAAAGCCATGGGCTCCATTGTGTATGTAACTGAAATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 281318 GTGCTGCCCTGAAAGCCATGGGCTCCATTGTGTATGTAACTGAAATTGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCCATCTGTGCCCTGCAAGCCTG         TATGGATGGATTTCGACT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 281368 CCCATCTGTGCCCTGCAAGCCTGGTA...CAGTATGGATGGATTTCGACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGTGAAATTAAATGAGGTCATCCGACAAGTGGACATTGTTATTACCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284418 GGTGAAATTAAATGAGGTCATCCGACAAGTGGACATTGTTATTACCTGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CAG         GTAACAAGAATGTGGTAACCAGAGAGCACTTGGACCGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 284468 CAGGTA...AAGGTAACAAGAATGTGGTAACCAGAGAGCACTTGGACCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ATGAAGAATAGCTGCATCGTTTGTAACATGGGACATTCCAACACAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288556 ATGAAGAATAGCTGCATCGTTTGTAACATGGGACATTCCAACACAGAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TGACGTG         GCGAGTCTGCGGACACCAGAACTGACCTGGGAGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288606 TGACGTGGTA...CAGGCGAGTCTGCGGACACCAGAACTGACCTGGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GAGTGAGATCTCAAGTTGACCATGTGATATGGCCTGATGGCAAGAGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297798 GAGTGAGATCTCAAGTTGACCATGTGATATGGCCTGATGGCAAGAGGATA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GTACTGCTGGCAGAG         GGCCGCCTGCTGAACCTTAGCTGCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 297848 GTACTGCTGGCAGAGGTA...TAGGGCCGCCTGCTGAACCTTAGCTGCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CACAGTGCCTACATTTGTGCTCTCAATCACTGCTACTACTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 299824 CACAGTGCCTACATTTGTGCTCTCAATCACTGCTACTACTCAGGTA...T

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1627   GCTCTTGCCTTGATAGAGCTTTACAATGCTCCTGAGGGTCGCTATAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 299985 AGGCTCTTGCCTTGATAGAGCTTTACAATGCTCCTGAGGGTCGCTATAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 CAGGATGTCTACCTGTTGCCCAAGAAGATGG         ATGAGTATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 300035 CAGGATGTCTACCTGTTGCCCAAGAAGATGGGTA...CAGATGAGTATGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 GGCCAGCCTACACCTGCCTACCTTTGATGCCCACTTGACAGAGCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301377 GGCCAGCCTACACCTGCCTACCTTTGATGCCCACTTGACAGAGCTGACAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 ATGAACAGGCCAAGTATCTGGGACTCAACAAGAATGGGCCCTTCAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 301427 ATGAACAGGCCAAGTATCTGGGACTCAACAAGAATGGGCCCTTCAAGCCT

   1950     .    :    .
   1816 AATTACTACAGGTAT
        |||||||||||||--
 301477 AATTACTACAGGT