seq1 = pF1KSDA0823.tfa, 1701 bp
seq2 = pF1KSDA0823/gi568815578f_38735926.tfa (gi568815578f:38735926_39018663), 282738 bp

>pF1KSDA0823 1701
>gi568815578f:38735926_39018663 (Chr20)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-321  (153670-153740)   100% ->
322-467  (159640-159785)   100% ->
468-571  (164656-164759)   100% ->
572-696  (166743-166867)   100% ->
697-822  (170044-170169)   100% ->
823-898  (171054-171129)   100% ->
899-1028  (171881-172010)   100% ->
1029-1194  (172103-172268)   100% ->
1195-1701  (182232-182738)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAGTCACGTGGACCTGCTGACGGAGCTGCAGCTGCTGGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAGTCACGTGGACCTGCTGACGGAGCTGCAGCTGCTGGAGAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCACGCTGGAGCGGCTGCGGGCTGCCCAGAAGCGCCGGGCCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCACGCTGGAGCGGCTGCGGGCTGCCCAGAAGCGCCGGGCCCAGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGAAATGGGCACAGTACGAGCAGGACTTGCAGCACCGCAAGCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGAAATGGGCACAGTACGAGCAGGACTTGCAGCACCGCAAGCGAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGAGCGGAAGCGCAGCACGGGCGGCCGCCGCAAGAAAGTGTCCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGAGCGGAAGCGCAGCACGGGCGGCCGCCGCAAGAAAGTGTCCTTCGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCAGCGTGGCCCTGCTGGAGGCCTCGCTGAGGAACGACGCCGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCAGCGTGGCCCTGCTGGAGGCCTCGCTGAGGAACGACGCCGAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          TACGCTACTTCCTGAAGAATAAGGTCAGCCCTGATTTGTGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTA...CAGTACGCTACTTCCTGAAGAATAAGGTCAGCCCTGATTTGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AATGAGGACGGACTCACAGCCCTACACCAG         TGCTGCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 153711 AATGAGGACGGACTCACAGCCCTACACCAGGTA...CAGTGCTGCATCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACTTTGAGGAAATTGTGAAGCTGCTCCTCTCCCATGGTGCCAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159651 CAACTTTGAGGAAATTGTGAAGCTGCTCCTCTCCCATGGTGCCAATGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGCCAAGGACAACGAGCTGTGGACACCTCTCCATGCTGCAGCCACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159701 ACGCCAAGGACAACGAGCTGTGGACACCTCTCCATGCTGCAGCCACCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCCACATCAACCTGGTGAAGATCCTCGTTCAGTA         TGGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 159751 GGCCACATCAACCTGGTGAAGATCCTCGTTCAGTAGTA...CAGTGGGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CGACTTGCTTGCTGTCAACTCGGATGGGAACATGCCATATGACCTCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164662 CGACTTGCTTGCTGTCAACTCGGATGGGAACATGCCATATGACCTCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGATGAACCCACCCTGGATGTCATCGAGACCTGCATGGCATACCAGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 164712 AGGATGAACCCACCCTGGATGTCATCGAGACCTGCATGGCATACCAGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572        GCATCACCCAAGAGAAAATCAACGAGATGCGGGTGGCTCCTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164762 A...CAGGCATCACCCAAGAGAAAATCAACGAGATGCGGGTGGCTCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCAGCAGATGATTGCGGACATCCACTGCATGATCGCAGCGGGCCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166786 GCAGCAGATGATTGCGGACATCCACTGCATGATCGCAGCGGGCCAGGACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGACTGGATAGATGCCCAGGGTGCCACACTG         CTGCACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 166836 TGGACTGGATAGATGCCCAGGGTGCCACACTGGTG...CAGCTGCACATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGGAGCCAATGGATACCTGCGGGCAGCTGAGCTCCTCCTGGACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170053 GCTGGAGCCAATGGATACCTGCGGGCAGCTGAGCTCCTCCTGGACCATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTGCGTGTGGATGTGAAGGACTGGGATGGCTGGGAGCCCCTGCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170103 AGTGCGTGTGGATGTGAAGGACTGGGATGGCTGGGAGCCCCTGCATGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGCCTTCTGGGGACAG         ATGCAGATGGCAGAGCTATTGGTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 170153 CTGCCTTCTGGGGACAGGTA...CAGATGCAGATGGCAGAGCTATTGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCCATGGAGCTAGTCTCAGTGCAAGGACATCCATGGATGAGATGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171078 TCCCATGGAGCTAGTCTCAGTGCAAGGACATCCATGGATGAGATGCCAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AG         ACCTGTGCGAGGAGGAAGAGTTCAAGGTCCTGCTGCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171128 AGGTA...CAGACCTGTGCGAGGAGGAAGAGTTCAAGGTCCTGCTGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTAAAACACAAGCATGATGTGATCATGAAGTCACAGCTGAGGCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171920 AGCTAAAACACAAGCATGATGTGATCATGAAGTCACAGCTGAGGCACAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TCATCCTTGAGCCGGAGGACCTCCAGCGCAGGCAGCCGTGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 171970 TCATCCTTGAGCCGGAGGACCTCCAGCGCAGGCAGCCGTGGGTG...CAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAAGGTGGTGCGGCGAGCCAGCCTGTCGGACAGGACCAACCTGTATAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172103 GAAGGTGGTGCGGCGAGCCAGCCTGTCGGACAGGACCAACCTGTATAGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAGTATGAGGGAGAGGCCATCCTGTGGCAGCGGAGTGCAGCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172153 AGGAGTATGAGGGAGAGGCCATCCTGTGGCAGCGGAGTGCAGCTGAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAGCGGACCTCCACCTACAACGGGGACATCAGGGAGACCAGGACAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172203 CAGCGGACCTCCACCTACAACGGGGACATCAGGGAGACCAGGACAGACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AGAGAATAAGGACCCT         AACCCCAGGCTGGAGAAGCCCGTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 172253 AGAGAATAAGGACCCTGTG...CAGAACCCCAGGCTGGAGAAGCCCGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TACTCTCCGAATTTCCTACCAAGATCCCACGAGGTGAACTGGACATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182257 TACTCTCCGAATTTCCTACCAAGATCCCACGAGGTGAACTGGACATGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTTGAGAATGGCCTCCGGGCTCCGGTCAGTGCCTACCAGTATGCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182307 GTTGAGAATGGCCTCCGGGCTCCGGTCAGTGCCTACCAGTATGCGCTGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAACGGGGATGTCTGGAAGGTGCATGAGGTGCCTGACTACAGCATGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182357 CAACGGGGATGTCTGGAAGGTGCATGAGGTGCCTGACTACAGCATGGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 ATGGCAACCCTGGCGTGGCCGACGCCACCCCGCCCTGGAGCAGCTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182407 ATGGCAACCCTGGCGTGGCCGACGCCACCCCGCCCTGGAGCAGCTACAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAACAGAGCCCTCAGACGCTTCTGGAGCTGAAGCGGCAGCGGGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182457 GAACAGAGCCCTCAGACGCTTCTGGAGCTGAAGCGGCAGCGGGCTGCAGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CAAGCTGCTCAGCCACCCCTTCCTTAGCACACACCTGGGCAGCAGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182507 CAAGCTGCTCAGCCACCCCTTCCTTAGCACACACCTGGGCAGCAGCATGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCAGGACGGGCGAGAGTAGCAGTGAAGGCAAGGCCCCCTTGATCGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182557 CCAGGACGGGCGAGAGTAGCAGTGAAGGCAAGGCCCCCTTGATCGGAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGAACTTCACCGTACAGCAGCAATGGGACCTCGGTATATTACACGGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182607 AGAACTTCACCGTACAGCAGCAATGGGACCTCGGTATATTACACGGTCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CAGCGGAGATCCCCCACTCTTAAAGTTCAAGGCCCCCATAGAGGAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182657 CAGCGGAGATCCCCCACTCTTAAAGTTCAAGGCCCCCATAGAGGAGATGG

   1750     .    :    .    :    .    :
   1670 AGGAGAAGGTGCATGGCTGTTGCCGTATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 182707 AGGAGAAGGTGCATGGCTGTTGCCGTATCTCC