seq1 = pF1KSDA0794.tfa, 1467 bp
seq2 = pF1KSDA0794/gi568815595r_196256688.tfa (gi568815595r:196256688_196532399), 275712 bp

>pF1KSDA0794 1467
>gi568815595r:196256688_196532399 (Chr3)

(complement)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-221  (125007-125154)   100% ->
222-289  (129381-129448)   100% ->
290-355  (138781-138846)   100% ->
356-468  (140475-140587)   100% ->
469-615  (160358-160504)   100% ->
616-706  (162889-162979)   100% ->
707-834  (164245-164372)   100% ->
835-1228  (169713-170106)   100% ->
1229-1308  (170477-170556)   100% ->
1309-1467  (175554-175712)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCCACGGGGGCTCCGCGGCGTCCTCGGCGCTGAAGGGGTTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCCACGGGGGCTCCGCGGCGTCCTCGGCGCTGAAGGGGTTAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAACAGTTCACCACCATTACCG         GTGCAAGTGAAAGTGTAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 TCAACAGTTCACCACCATTACCGGTA...CAGGTGCAAGTGAAAGTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAAAACATATGCTTGAAGCGTGCAACAATAATCTGGAAATGGCAGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125025 GAAAACATATGCTTGAAGCGTGCAACAATAATCTGGAAATGGCAGTCACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGTTTTTGGATGGTGGAGGAATCGCTGAAGAGCCCAGTACCAGTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125075 ATGTTTTTGGATGGTGGAGGAATCGCTGAAGAGCCCAGTACCAGTTCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAGTGTCTCTACTGTCAGACCACACACAGA         AGAAGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125125 AAGTGTCTCTACTGTCAGACCACACACAGAGTA...TAGAGAAGAAGTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGCCCCAATTCCTCAAAAGCAGGAAATACTGGTGGAACCAGAACCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129392 GTGCCCCAATTCCTCAAAAGCAGGAAATACTGGTGGAACCAGAACCATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGGTG         CTCCTAAAAGACGACGGCCTGCACGTTCAATTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129442 TTTGGTGGTA...AAGCTCCTAAAAGACGACGGCCTGCACGTTCAATTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGATGGTTTCCGGGATTTTCAGACTGAAACTA         TTCGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 138815 TGATGGTTTCCGGGATTTTCAGACTGAAACTAGTA...TAGTTCGGCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AACAAGAATTAAGAAATGGAGGAGCTATCGATAAGAAATTAACTACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140484 AACAAGAATTAAGAAATGGAGGAGCTATCGATAAGAAATTAACTACCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGATCTATTCCGGCCACCCATTGATTTGATGCATAAAGGCAGCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140534 GCAGATCTATTCCGGCCACCCATTGATTTGATGCATAAAGGCAGCTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AACA         GCCAAAGAGTGTGGCCAGATGCAAAATAAGTGGCTGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140584 AACAGTA...CAGGCCAAAGAGTGTGGCCAGATGCAAAATAAGTGGCTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGATAAACATTCAAAATGTTCAAGACTTTGCATGTCAGTGCCTCAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160395 TGATAAACATTCAAAATGTTCAAGACTTTGCATGTCAGTGCCTCAACCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATGTGTGGAGCAACGAAGCTGTGAAGAATATTATCCGGGAACATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160445 GATGTGTGGAGCAACGAAGCTGTGAAGAATATTATCCGGGAACATTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTTCTGGCAG         GTTTATCATGACAGTGAGGAAGGTCAGAGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 160495 TTTCTGGCAGGTG...CAGGTTTATCATGACAGTGAGGAAGGTCAGAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACATACAGTTTTATAAGTTAGGGGATTTCCCCTATGTTTCCATATTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162920 ACATACAGTTTTATAAGTTAGGGGATTTCCCCTATGTTTCCATATTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCACGGACAG         GTCAGAAGCTAGTAGAATGGCACCAGTTAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 162970 CCACGGACAGGTA...TAGGTCAGAAGCTAGTAGAATGGCACCAGTTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGTATCTTCTTTCTTGGACCAAGTGACGGGATTTCTGGGTGAACATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164276 TGTATCTTCTTTCTTGGACCAAGTGACGGGATTTCTGGGTGAACATGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AACTGGATGGACTTTCTAGCAGTCCCCCCAAAAAATGTGCCCGTTCA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 164326 AACTGGATGGACTTTCTAGCAGTCCCCCCAAAAAATGTGCCCGTTCAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835       GAGAGCCTTATAGATGCAAGTGAAGACAGCCAGCTAGAAGCTGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164376 ...CAGGAGAGCCTTATAGATGCAAGTGAAGACAGCCAGCTAGAAGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CATCAGAGCCTCCTTACAAGAAACACATTTTGATTCAACACAGACAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169757 CATCAGAGCCTCCTTACAAGAAACACATTTTGATTCAACACAGACAAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGATAGCCGCTCAGATGAAGAATCTGAATCTGAACTTTTTTCTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169807 AGGATAGCCGCTCAGATGAAGAATCTGAATCTGAACTTTTTTCTGGCAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GAGGAGTTCATATCCGTTTGTGGCTCTGATGAAGAAGAAGAGGTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169857 GAGGAGTTCATATCCGTTTGTGGCTCTGATGAAGAAGAAGAGGTAGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TCTTGCCAAGTCCAGAAAGTCTCCCCACAAAGATTTGGGGCATAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169907 TCTTGCCAAGTCCAGAAAGTCTCCCCACAAAGATTTGGGGCATAGAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAGAATAGAAGGCCGCTGACTGAGCCACCAGTCAGAACTGATCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169957 AGGAGAATAGAAGGCCGCTGACTGAGCCACCAGTCAGAACTGATCCTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACAGCCACAAACCACCAAGGATTGCCAGCTGTGGATTCAGAGATACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170007 ACAGCCACAAACCACCAAGGATTGCCAGCTGTGGATTCAGAGATACTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GATGCCACCTGAAAAAGCAGATGGAGTAGTGGAGGGGATAGATGTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170057 GATGCCACCTGAAAAAGCAGATGGAGTAGTGGAGGGGATAGATGTAAATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229          GACCAAAAGCACAGCTGATGTTGCGGTATCCAGATGGAAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170107 GTA...TAGGACCAAAAGCACAGCTGATGTTGCGGTATCCAGATGGAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AGGGAACAGATCACTCTTCCAGAGCAAGCTAAACTGCTA         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 170518 AGGGAACAGATCACTCTTCCAGAGCAAGCTAAACTGCTAGTA...TAGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTTGGTGAAGCACGTGCAGTCTAAAGGATACCCAAATGAACGTTTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175556 TTTGGTGAAGCACGTGCAGTCTAAAGGATACCCAAATGAACGTTTTGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTCTCACCAACTTTCCTCGAAGGAAATTATCTCATCTGGACTATGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175606 TTCTCACCAACTTTCCTCGAAGGAAATTATCTCATCTGGACTATGATATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ACATTGCAAGAGGCAGGCCTTTGTCCTCAAGAGACTGTCTTTGTACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175656 ACATTGCAAGAGGCAGGCCTTTGTCCTCAAGAGACTGTCTTTGTACAGGA

   1550     .
   1461 AAGAAAT
        |||||||
 175706 AAGAAAT