seq1 = pF1KSDA0789.tfa, 1695 bp
seq2 = pF1KSDA0789/gi568815586f_108095833.tfa (gi568815586f:108095833_108348340), 252508 bp

>pF1KSDA0789 1695
>gi568815586f:108095833_108348340 (Chr12)

1-382  (100001-100382)   100% ->
383-497  (110457-110571)   100% ->
498-682  (114289-114473)   100% ->
683-804  (128907-129028)   100% ->
805-979  (131158-131332)   100% ->
980-1144  (136899-137063)   100% ->
1145-1345  (144512-144712)   100% ->
1346-1695  (152159-152508)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAAGCTCTGGTTCAAATTCCAGCGGTACTTCCGCCGGAAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAAGCTCTGGTTCAAATTCCAGCGGTACTTCCGCCGGAAACCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGCTTCTTTACCTTCCTGGCACTCTACCTGACTGCTGGGAGCCTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGCTTCTTTACCTTCCTGGCACTCTACCTGACTGCTGGGAGCCTTGTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTTCACTCTGGCTTTGTGGGCCAGCCCGCTGTCTCGGGGAACCAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTTCACTCTGGCTTTGTGGGCCAGCCCGCTGTCTCGGGGAACCAGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCCCGCTGCTGCAGGAGGCCCAGCTGAGGGTGCTGAGCTGTCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCCCGCTGCTGCAGGAGGCCCAGCTGAGGGTGCTGAGCTGTCCTTCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGTGACATGCATCTGGGCAGAGGTTTCCGGGACACAGGTGAAGCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGTGACATGCATCTGGGCAGAGGTTTCCGGGACACAGGTGAAGCCTCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCATTGCTCGCAGGTACGGACCCTGGTTCAAGGGCAAGGATGGGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCATTGCTCGCAGGTACGGACCCTGGTTCAAGGGCAAGGATGGGAATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGAGCCAAGCTTGGCGACTACGGTGGAGCCTGGAGCCGAGCCCTCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGAGCCAAGCTTGGCGACTACGGTGGAGCCTGGAGCCGAGCCCTCAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGGGTTGTCCGGGAGAAGGAGGAAGAGCGAG         CCAAGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100351 GAGGGTTGTCCGGGAGAAGGAGGAAGAGCGAGGTA...AAGCCAAGTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCGGCTGCTACCTGGATGACACCCAGAGTCGGGCCCTTCGAGGAGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110466 TCGGCTGCTACCTGGATGACACCCAGAGTCGGGCCCTTCGAGGAGTGTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TTTTTTGACTACAAAAAGATGACCATCTTCCGTTGCCAGGACAACTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110516 TTTTTTGACTACAAAAAGATGACCATCTTCCGTTGCCAGGACAACTGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAACG         GGGTTACCTGTATGGCGGGCTGGAGTTCGGCGCCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110566 TGAACGGTA...CAGGGGTTACCTGTATGGCGGGCTGGAGTTCGGCGCCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGTGCTACTGCGGCCACAAGATCCAGGCGACGAACGTGAGCGAGGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114324 AGTGCTACTGCGGCCACAAGATCCAGGCGACGAACGTGAGCGAGGCAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGCGACATGGAGTGCAAGGGCGAGCGAGGCAGCGTGTGCGGCGGCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114374 TGCGACATGGAGTGCAAGGGCGAGCGAGGCAGCGTGTGCGGCGGCGCCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCGCCTCTCTGTCTACCGGCTGCAGCTGGCCCAGGAGTCGGCCCGCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114424 CCGCCTCTCTGTCTACCGGCTGCAGCTGGCCCAGGAGTCGGCCCGCAGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683          ATGGAAGTGCAGTGTTCCGGGGCTGCTTCCGCAGGCCCGAC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114474 GTA...CAGATGGAAGTGCAGTGTTCCGGGGCTGCTTCCGCAGGCCCGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AACCTTTCCCTGGCCTTACCCGTGACAGCTGCCATGCTGAACATGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128948 AACCTTTCCCTGGCCTTACCCGTGACAGCTGCCATGCTGAACATGTCTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGACAAATGCGTGGACTTCTGCACTGAGAAG         GAGTACCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 128998 GGACAAATGCGTGGACTTCTGCACTGAGAAGGTG...CAGGAGTACCCGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGGCAGCTCTTGCAGGCACCGCCTGCCACTGTGGGTTTCCCACCACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131168 TGGCAGCTCTTGCAGGCACCGCCTGCCACTGTGGGTTTCCCACCACCCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCCCGCTCCATGACAGAGAGGATGAGCAGCTCTGTGCCCAGAAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131218 TTCCCGCTCCATGACAGAGAGGATGAGCAGCTCTGTGCCCAGAAGTGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGCGGAGGAGTTTGAGAGCTGCGGGACTCCTAGTTACTTCATTGTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131268 CGCGGAGGAGTTTGAGAGCTGCGGGACTCCTAGTTACTTCATTGTGTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGACACAAGTCCAAG         ACAACCGTTGCATGGACAGAAGGTTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 131318 AGACACAAGTCCAAGGTG...CAGACAACCGTTGCATGGACAGAAGGTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTGCCAGGCAAGTCCAAGCAGCTCATTGCTTTGGCCAGCTTCCCAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136925 CTGCCAGGCAAGTCCAAGCAGCTCATTGCTTTGGCCAGCTTCCCAGGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TGGCAACACGTGGGCTCGCCACCTCATTGAATTGGCCACAGGCTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136975 TGGCAACACGTGGGCTCGCCACCTCATTGAATTGGCCACAGGCTTCTACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTGGCAGCTACTACTTCGATGGCTCCCTCTACAACAAAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 137025 CTGGCAGCTACTACTTCGATGGCTCCCTCTACAACAAAGGTG...AAGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TTTAAAGGTGAGCGGGACCACTGGCGCAGCGGACGGACCATCTGCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144514 TTTAAAGGTGAGCGGGACCACTGGCGCAGCGGACGGACCATCTGCATCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GACGCACGAAAGCGGCCAGAAAGAGATCGAGGCCTTCGACGCCGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144564 GACGCACGAAAGCGGCCAGAAAGAGATCGAGGCCTTCGACGCCGCCATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGCTCATCCGCAACCCCTACAAAGCCCTCATGGCTGAGTTCAACCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144614 TGCTCATCCGCAACCCCTACAAAGCCCTCATGGCTGAGTTCAACCGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TACGGCGGCCACATAGGCTTTGCTGCGCATGCCCACTGGAAGGGCAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 144664 TACGGCGGCCACATAGGCTTTGCTGCGCATGCCCACTGGAAGGGCAAAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1346         AGTGGCCAGAGTTCGTGAGGAACTATGCCCCGTGGTGGGCCA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144714 TA...CAGAGTGGCCAGAGTTCGTGAGGAACTATGCCCCGTGGTGGGCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CTCACACACTGGACTGGCTCAAGTTTGGCAAGAAGGTGCTGGTGGTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152201 CTCACACACTGGACTGGCTCAAGTTTGGCAAGAAGGTGCTGGTGGTGCAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 TTTGAGGACCTGAAGCAGGACCTCTTTGTCCAGCTGGGCCGGATGGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152251 TTTGAGGACCTGAAGCAGGACCTCTTTGTCCAGCTGGGCCGGATGGTCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 CCTGCTGGGCGTGGCTGTCAGGGAGGACCGGCTGCTCTGTGTGGAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152301 CCTGCTGGGCGTGGCTGTCAGGGAGGACCGGCTGCTCTGTGTGGAGAGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 AGAAGGATGGCAACTTCAAGCGCTCAGGGCTCCGGAAGCTCGAGTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152351 AGAAGGATGGCAACTTCAAGCGCTCAGGGCTCCGGAAGCTCGAGTATGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 CCCTATACTGCGGACATGCAGAAGACCATCTCTGCCTACATCAAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152401 CCCTATACTGCGGACATGCAGAAGACCATCTCTGCCTACATCAAGATGGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 GGATGCAGCCCTCAAAGGGCGGAACCTAACGGGTGTCCCCGATGACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152451 GGATGCAGCCCTCAAAGGGCGGAACCTAACGGGTGTCCCCGATGACTACT

   1750     .
   1688 ACCCAAGA
        ||||||||
 152501 ACCCAAGA