seq1 = pF1KSDA0781.tfa, 2778 bp
seq2 = pF1KSDA0781/gi568815587f_111502564.tfa (gi568815587f:111502564_111824126), 321563 bp

>pF1KSDA0781 2778
>gi568815587f:111502564_111824126 (Chr11)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-252  (113680-113796)   100% ->
253-316  (117776-117839)   100% ->
317-478  (185438-185599)   100% ->
479-603  (198323-198447)   100% ->
604-727  (198889-199012)   100% ->
728-948  (200640-200860)   100% ->
949-1101  (202424-202576)   100% ->
1102-1266  (209648-209812)   100% ->
1267-1495  (217212-217440)   100% ->
1496-1780  (217915-218199)   100% ->
1781-1944  (218336-218499)   100% ->
1945-2055  (219267-219377)   100% ->
2056-2147  (220102-220193)   100% ->
2148-2778  (220933-221563)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCATGGCGGATGGCCCGAGGCACTTGCAGCGCGGGCCGGTCCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCATGGCGGATGGCCCGAGGCACTTGCAGCGCGGGCCGGTCCGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGTTCTACGACATCGAGGGCACGCTGGGCAAGGGCAACTTCGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGTTCTACGACATCGAGGGCACGCTGGGCAAGGGCAACTTCGCTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGCTGGGGCGGCACCGGATCACCAAGACGGAG         GTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 TGAAGCTGGGGCGGCACCGGATCACCAAGACGGAGGTG...CAGGTGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATAAAAATAATCGATAAGTCTCAGCTGGATGCAGTGAACCTTGAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113686 ATAAAAATAATCGATAAGTCTCAGCTGGATGCAGTGAACCTTGAGAAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACCGAGAAGTACAAATAATGAAAATGTTAGACCACCCTCACATAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113736 CTACCGAGAAGTACAAATAATGAAAATGTTAGACCACCCTCACATAATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTTTATCAG         GTAATGGAGACCAAAAGTATGTTGTACCTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113786 AACTTTATCAGGTA...TAGGTAATGGAGACCAAAAGTATGTTGTACCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGACAGAATATGCCAAAAATGGAGAAATTTTTG         ACTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117806 GTGACAGAATATGCCAAAAATGGAGAAATTTTTGGTA...CAGACTATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCTAATCATGGCCGGTTAAATGAGTCTGAAGCCAGGCGAAAATTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185445 TGCTAATCATGGCCGGTTAAATGAGTCTGAAGCCAGGCGAAAATTCTGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAATCCTGTCTGCTGTTGATTATTGTCATGGTCGGAAGATTGTGCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185495 AAATCCTGTCTGCTGTTGATTATTGTCATGGTCGGAAGATTGTGCACCGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCTCAAAGCTGAAAATCTCCTGCTGGATAACAACATGAATATCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185545 GACCTCAAAGCTGAAAATCTCCTGCTGGATAACAACATGAATATCAAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCAG         ATTTCGGTTTTGGAAATTTCTTTAAAAGTGGTGAAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185595 AGCAGGTA...TAGATTTCGGTTTTGGAAATTTCTTTAAAAGTGGTGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTGGCAACATGGTGTGGCAGCCCCCCTTATGCAGCCCCAGAAGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198359 TGCTGGCAACATGGTGTGGCAGCCCCCCTTATGCAGCCCCAGAAGTCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAAGGGCAGCAGTATGAAGGACCACAGCTGGACATCTGG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 198409 GAAGGGCAGCAGTATGAAGGACCACAGCTGGACATCTGGGTA...TAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATGGGAGTTGTTCTTTATGTCCTTGTCTGTGGAGCTCTGCCCTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198891 TATGGGAGTTGTTCTTTATGTCCTTGTCTGTGGAGCTCTGCCCTTTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GACCGACTCTTCCAATTTTGAGGCAGAGGGTTCTGGAAGGAAGATTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198941 GACCGACTCTTCCAATTTTGAGGCAGAGGGTTCTGGAAGGAAGATTCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTCCGTATTTCATGTCAGAAG         ATTGCGAGCACCTTATCCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 198991 ATTCCGTATTTCATGTCAGAAGGTA...TAGATTGCGAGCACCTTATCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGGATGTTGGTCCTAGACCCATCCAAACGGCTAACCATAGCCCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200659 AAGGATGTTGGTCCTAGACCCATCCAAACGGCTAACCATAGCCCAAATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGAGCATAAATGGATGCTCATAGAAGTTCCTGTCCAGAGACCTGTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200709 AGGAGCATAAATGGATGCTCATAGAAGTTCCTGTCCAGAGACCTGTTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATCCACAAGAGCAAGAAAATGAGCCATCCATCGGGGAGTTTAATGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200759 TATCCACAAGAGCAAGAAAATGAGCCATCCATCGGGGAGTTTAATGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTTCTGCGACTGATGCACAGCCTTGGAATAGATCAGCAGAAAACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200809 GGTTCTGCGACTGATGCACAGCCTTGGAATAGATCAGCAGAAAACCATTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AG         TCTTTGCAGAACAAGAGCTATAACCACTTTGCTGCCATT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200859 AGGTA...CAGTCTTTGCAGAACAAGAGCTATAACCACTTTGCTGCCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATTTCTTGTTGGTGGAGCGCCTGAAATCACATCGGAGCAGTTTCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202463 TATTTCTTGTTGGTGGAGCGCCTGAAATCACATCGGAGCAGTTTCCCAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGCAGAGACTTGATGGCCGCCAGCGTCGGCCTAGCACCATTGCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202513 GGAGCAGAGACTTGATGGCCGCCAGCGTCGGCCTAGCACCATTGCTGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAACAGTTGCCAAG         GCACAGACTGTGGGGCTCCCAGTGACC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 202563 AAACAGTTGCCAAGGTA...CAGGCACAGACTGTGGGGCTCCCAGTGACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGCATTCACCGAACATGAGGCTGCTGCGATCTGCCCTCCTCCCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209675 ATGCATTCACCGAACATGAGGCTGCTGCGATCTGCCCTCCTCCCCCAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ATCCAACGTGGAGGCCTTTTCATTTCCAGCATCTGGCTGTCAGGCGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209725 ATCCAACGTGGAGGCCTTTTCATTTCCAGCATCTGGCTGTCAGGCGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGCATTCATGGAAGAAGAGTGTGTGGACACTCCAAAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 209775 CTGCATTCATGGAAGAAGAGTGTGTGGACACTCCAAAGGTA...TAGGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AATGGCTGTCTGCTTGACCCTGTGCCTCCTGTCCTGGTGCGGAAGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217215 AATGGCTGTCTGCTTGACCCTGTGCCTCCTGTCCTGGTGCGGAAGGGATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCAGTCACTGCCCAGCAACATGATGGAGACCTCCATTGACGAAGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217265 CCAGTCACTGCCCAGCAACATGATGGAGACCTCCATTGACGAAGGGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGACAGAAGGAGAGGCCGAGGAAGACCCCGCTCATGCCTTTGAGGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217315 AGACAGAAGGAGAGGCCGAGGAAGACCCCGCTCATGCCTTTGAGGCATTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGTCCACACGCAGCGGGCAGAGACGGCACACTCTGTCAGAAGTGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217365 CAGTCCACACGCAGCGGGCAGAGACGGCACACTCTGTCAGAAGTGACCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCAACTGGTCGTGATGCCTGGGGCAG         GGAAAATTTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 217415 TCAACTGGTCGTGATGCCTGGGGCAGGTA...AAGGGAAAATTTTCTCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGAATGACAGCCCCTCCCTTGACAGTGTGGACTCTGAGTATGATATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217930 TGAATGACAGCCCCTCCCTTGACAGTGTGGACTCTGAGTATGATATGGGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 TCTGTTCAGAGGGACCTGAACTTTCTGGAAGACAACCCTTCCCTTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217980 TCTGTTCAGAGGGACCTGAACTTTCTGGAAGACAACCCTTCCCTTAAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CATCATGTTAGCCAATCAGCCTTCACCCCGCATGACATCTCCCTTCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218030 CATCATGTTAGCCAATCAGCCTTCACCCCGCATGACATCTCCCTTCATAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCCTGAGACCTACCAACCCAGCCATGCAGGCTCTGAGCTCCCAGAAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218080 GCCTGAGACCTACCAACCCAGCCATGCAGGCTCTGAGCTCCCAGAAACGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GAGGTCCACAACAGGTCTCCAGTGAGCTTCAGAGAGGGCCGCAGAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218130 GAGGTCCACAACAGGTCTCCAGTGAGCTTCAGAGAGGGCCGCAGAGCATC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AGATACCTCCCTCACCCAGG         GAATTGTAGCATTTAGACAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 218180 AGATACCTCCCTCACCCAGGGTG...CAGGAATTGTAGCATTTAGACAAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ATCTTCAGAATCTGGCTAGAACCAAAGGAATTCTAGAGTTGAACAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218357 ATCTTCAGAATCTGGCTAGAACCAAAGGAATTCTAGAGTTGAACAAAGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CAGTTGTTGTATGAACAAATAGGACCGGAGGCAGACCCTAACCTGGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218407 CAGTTGTTGTATGAACAAATAGGACCGGAGGCAGACCCTAACCTGGCGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 GGCGGCTCCTCAGCTCCAGGACCTTGCTAGCAGCTGCCCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 218457 GGCGGCTCCTCAGCTCCAGGACCTTGCTAGCAGCTGCCCTCAGGTG...C

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1945   GAAGAAGTTTCTCAGCAGCAGGAAAGCGTCTCCACTCTCCCTGCCAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219265 AGGAAGAAGTTTCTCAGCAGCAGGAAAGCGTCTCCACTCTCCCTGCCAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 GTGCATCCCCAGCTGTCCCCACGGCAGAGCCTGGAGACCCAGTACCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219315 GTGCATCCCCAGCTGTCCCCACGGCAGAGCCTGGAGACCCAGTACCTGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GCACAGACTCCAG         AAGCCCAGCCTTCTGTCAAAGGCCCAGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 219365 GCACAGACTCCAGGTG...CAGAAGCCCAGCCTTCTGTCAAAGGCCCAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 ACACCTGTCAGCTTTATTGCAAAGAACCACCGCGGAGCCTTGAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220130 ACACCTGTCAGCTTTATTGCAAAGAACCACCGCGGAGCCTTGAGCAGCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 CTGCAGGAACATAG         GCTCCAGCAGAAGCGACTCTTTCTTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 220180 CTGCAGGAACATAGGTG...TAGGCTCCAGCAGAAGCGACTCTTTCTTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 GAAGCAGTCTCAACTGCAGGCCTATTTTAATCAGATGCAGATAGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220960 GAAGCAGTCTCAACTGCAGGCCTATTTTAATCAGATGCAGATAGCAGAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 GCTCCTACCCACAGCCAAGTCAGCAGCTGCCCCTTCCCCGCCAGGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221010 GCTCCTACCCACAGCCAAGTCAGCAGCTGCCCCTTCCCCGCCAGGAGACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CCACCGCCTTCTCAGCAGGCCCCACCGTTCAGCCTGACCCAGCCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221060 CCACCGCCTTCTCAGCAGGCCCCACCGTTCAGCCTGACCCAGCCCCTGAG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CCCCGTCCTGGAGCCTTCCTCCGAGCAGATGCAATACAGCCCTTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221110 CCCCGTCCTGGAGCCTTCCTCCGAGCAGATGCAATACAGCCCTTTCCTCA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 GCCAGTACCAAGAGATGCAGCTTCAGCCCCTGCCCTCCACTTCCGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221160 GCCAGTACCAAGAGATGCAGCTTCAGCCCCTGCCCTCCACTTCCGGTCCC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 CGGGCTGCTCCTCCTCTGCCCACGCAGCTACAGCAGCAGCAGCCGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221210 CGGGCTGCTCCTCCTCTGCCCACGCAGCTACAGCAGCAGCAGCCGCCACC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2475 GCCACCACCCCCTCCACCACCACGACAGCCAGGAGCTGCCCCAGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221260 GCCACCACCCCCTCCACCACCACGACAGCCAGGAGCTGCCCCAGCCCCCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2525 TACAGTTCTCCTATCAGACTTGTGAGCTGCCAAGCGCTGCTTCCCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221310 TACAGTTCTCCTATCAGACTTGTGAGCTGCCAAGCGCTGCTTCCCCTGCG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2575 CCAGACTATCCCACTCCCTGTCAGTATCCTGTGGATGGAGCCCAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221360 CCAGACTATCCCACTCCCTGTCAGTATCCTGTGGATGGAGCCCAGCAGAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2625 CGACCTAACGGGGCCAGACTGTCCCAGAAGCCCAGGACTGCAAGAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221410 CGACCTAACGGGGCCAGACTGTCCCAGAAGCCCAGGACTGCAAGAGGCCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 CCTCCAGCTACGACCCACTAGCCCTCTCTGAGCTACCTGGACTCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221460 CCTCCAGCTACGACCCACTAGCCCTCTCTGAGCTACCTGGACTCTTTGAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2725 TGTGAAATGCTAGACGCTGTGGATCCACAACACAACGGGTATGTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221510 TGTGAAATGCTAGACGCTGTGGATCCACAACACAACGGGTATGTCCTGGT

   2900 
   2775 GAAT
        ||||
 221560 GAAT