seq1 = pF1KSDA0776.tfa, 2382 bp
seq2 = pF1KSDA0776/gi568815592f_96421874.tfa (gi568815592f:96421874_96653500), 231627 bp

>pF1KSDA0776 2382
>gi568815592f:96421874_96653500 (Chr6)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-223  (101273-101418)   100% ->
224-252  (102509-102537)   100% ->
253-350  (103424-103521)   100% ->
351-465  (104448-104562)   100% ->
466-596  (106629-106759)   100% ->
597-655  (112390-112448)   100% ->
656-802  (114371-114517)   100% ->
803-978  (115501-115676)   100% ->
979-1158  (116758-116937)   100% ->
1159-1279  (118662-118782)   100% ->
1280-1402  (121021-121143)   100% ->
1403-1520  (126291-126408)   100% ->
1521-1687  (127539-127705)   100% ->
1688-1818  (127796-127926)   100% ->
1819-1899  (129560-129640)   100% ->
1900-1985  (129965-130050)   100% ->
1986-2166  (130609-130789)   100% ->
2167-2382  (131412-131627)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGCCTGGGAAGAGATTAGGCGGTTGGCGGCCGACTTCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGCCTGGGAAGAGATTAGGCGGTTGGCGGCCGACTTCCAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCAGTTCGCCGAGGCCACGCAGAG         GTTGTCCGAGCGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 GGCGCAGTTCGCCGAGGCCACGCAGAGGTG...CAGGTTGTCCGAGCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTGCATTGAGATTGTTAATAAATTGATTGCTCAGAAACAGCTAGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101287 ACTGCATTGAGATTGTTAATAAATTGATTGCTCAGAAACAGCTAGAAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTCATACACTCGATGGAAAGGAATATATTACTCCAGCCCAAATTAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101337 GTTCATACACTCGATGGAAAGGAATATATTACTCCAGCCCAAATTAGTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAATGAGAGATGAGCTACATGTCCGAGGTG         GTCGAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101387 AGAAATGAGAGATGAGCTACATGTCCGAGGTGGTA...AAGGTCGAGTAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACATTGTTGATCTACAACAG         GTAATTAATGTGGACCTGATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102518 ACATTGTTGATCTACAACAGGTA...CAGGTAATTAATGTGGACCTGATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CATATTGAAAATAGAATTGGTGACATTATTAAATCAGAAAAGCATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103445 CATATTGAAAATAGAATTGGTGACATTATTAAATCAGAAAAGCATGTTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTAGTGTTGGGACAACTGATAGATGA         GAATTATTTGGATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103495 GTTAGTGTTGGGACAACTGATAGATGAGTA...TAGGAATTATTTGGATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGTTGGCAGAAGAGGTCAATGATAAATTGCAAGAAAGTGGTCAGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104462 GGTTGGCAGAAGAGGTCAATGATAAATTGCAAGAAAGTGGTCAGGTCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATATCAGAACTGTGTAAAACTTATGATCTTCCTGGGAACTTTCTGACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104512 ATATCAGAACTGTGTAAAACTTATGATCTTCCTGGGAACTTTCTGACACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 G         GCACTAACTCAGCGACTTGGTAGAATTATCAGTGGACATA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104562 GGTA...CAGGCACTAACTCAGCGACTTGGTAGAATTATCAGTGGACATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGATCTTGATAATAGAGGAGTAATTTTTACGGAAGCTTTTGTAGCTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106669 TTGATCTTGATAATAGAGGAGTAATTTTTACGGAAGCTTTTGTAGCTCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATAAAGCACGTATCCGTGGACTATTCAGTGCTATTACCCG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106719 CATAAAGCACGTATCCGTGGACTATTCAGTGCTATTACCCGGTA...AAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GCCTACAGCTGTGAATTCTTTGATTTCAAAATATGGATTTCAGGAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112390 GCCTACAGCTGTGAATTCTTTGATTTCAAAATATGGATTTCAGGAGCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCTTTACT         CTGTGCTTGAGGAACTTGTTAATAGCGGACGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112440 TTCTTTACTGTG...AAGCTGTGCTTGAGGAACTTGTTAATAGCGGACGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TTACGAGGCACTGTGGTTGGTGGGAGACAGGATAAAGCTGTGTTTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114403 TTACGAGGCACTGTGGTTGGTGGGAGACAGGATAAAGCTGTGTTTGTCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TGACATCTACTCCAGGACACAGAGTACTTGGGTGGATTCCTTTTTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114453 TGACATCTACTCCAGGACACAGAGTACTTGGGTGGATTCCTTTTTCAGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAATGGCTATCTAG         AATTTGATGCTTTGTCCAGACTTGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 114503 AGAATGGCTATCTAGGTA...TAGAATTTGATGCTTTGTCCAGACTTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCCCAGATGCTGTAAGCTACATAAAGAAAAGATATAAGACTACACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115527 ATCCCAGATGCTGTAAGCTACATAAAGAAAAGATATAAGACTACACAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTTGTTTTTGAAAGCAGCTTGTGTTGGTCAAGGACTTGTGGATCAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115577 CTTGTTTTTGAAAGCAGCTTGTGTTGGTCAAGGACTTGTGGATCAAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGCATCAGTAGAAGAAGCCATCAGCTCTGGAACATGGGTTGATATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115627 AAGCATCAGTAGAAGAAGCCATCAGCTCTGGAACATGGGTTGATATTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979          CCTCTGCTACCCACTTCTTTATCAGTTGAAGATGCTGCCAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115677 GTA...TAGCCTCTGCTACCCACTTCTTTATCAGTTGAAGATGCTGCCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 ATTGCTTCAGCAGGTGATGAGGGCATTCAGCAAACAGGCCTCAACTGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116799 ATTGCTTCAGCAGGTGATGAGGGCATTCAGCAAACAGGCCTCAACTGTAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCTTTAGCGACACTGTTGTAGTCAGTGAAAAATTTATAAATGACTGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116849 TCTTTAGCGACACTGTTGTAGTCAGTGAAAAATTTATAAATGACTGTACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GAACTGTTCCGTGAGCTGATGCACCAGAAAGCTGAAAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 116899 GAACTGTTCCGTGAGCTGATGCACCAGAAAGCTGAAAAGGTA...TAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AATGAAAAATAATCCTGTGCATTTAATCACTGAAGAAGATCTGAAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118664 AATGAAAAATAATCCTGTGCATTTAATCACTGAAGAAGATCTGAAACAAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 TCTCCACTTTAGAAAGCGTTAGTACAAGTAAAAAGGATAAAAAAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118714 TCTCCACTTTAGAAAGCGTTAGTACAAGTAAAAAGGATAAAAAAGATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGAAGAAGGAAAGCAACAG         AGGGCAGTGGAAGCATGAGAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118764 CGAAGAAGGAAAGCAACAGGTA...CAGAGGGCAGTGGAAGCATGAGAGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AGGAGGTGGGGGCAATGCCAGAGAGTACAAAATTAAAAAAGTCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121043 AGGAGGTGGGGGCAATGCCAGAGAGTACAAAATTAAAAAAGTCAAGAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AAGGAAGAAAAGATGATGATAGTGATGATGAATCTCAATCATCCCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121093 AAGGAAGAAAAGATGATGATAGTGATGATGAATCTCAATCATCCCACACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 G         GAAAGAAGAAGCCAGAGATCAGTTTTATGTTCCAGGATGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121143 GGTA...TAGGAAAGAAGAAGCCAGAGATCAGTTTTATGTTCCAGGATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GATTGAAGATTTTTTAAGAAAACACATACAAGATGCCCCTGAGGAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126331 GATTGAAGATTTTTTAAGAAAACACATACAAGATGCCCCTGAGGAGTTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TTTCGGAACTTGCTGAGTACTTAATAAA         ACCTCTTAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 126381 TTTCGGAACTTGCTGAGTACTTAATAAAGCA...CAGACCTCTTAATAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACTTATCTCGAGGTGGTACGTTCAGTATTCATGTCTTCAACAACTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127552 ACTTATCTCGAGGTGGTACGTTCAGTATTCATGTCTTCAACAACTTCTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TTCTGGGACGGGCAGAAAACGCACAATCAAGGACTTGCAAGAAGAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127602 TTCTGGGACGGGCAGAAAACGCACAATCAAGGACTTGCAAGAAGAAGTTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CAAACCTGTACAATAACATTAGGTTATTTGAAAAAGGGATGAAGTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127652 CAAACCTGTACAATAACATTAGGTTATTTGAAAAAGGGATGAAGTTTTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCAG         ATGACACACAGGCTGCTCTTACCAAACACTTGCTGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127702 GCAGGTA...CAGATGACACACAGGCTGCTCTTACCAAACACTTGCTGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GTCAGTGTGTACTGATATCACTAACCTCATTTTCAACTTCTTAGCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127833 GTCAGTGTGTACTGATATCACTAACCTCATTTTCAACTTCTTAGCTTCGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 ATTTAATGATGGCAGTAGACGATCCTGCAGCCATTACAAGTGAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 127883 ATTTAATGATGGCAGTAGACGATCCTGCAGCCATTACAAGTGAAGTA...

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1819    ATAAGAAAGAAAATTTTAAGTAAATTATCAGAAGAAACCAAAGTAGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129557 CAGATAAGAAAGAAAATTTTAAGTAAATTATCAGAAGAAACCAAAGTAGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TCTTACAAAACTCCATAACTCTCTGAATGAAAAG         AGCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129607 TCTTACAAAACTCCATAACTCTCTGAATGAAAAGGTA...CAGAGCATAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AAGACTTTATTTCTTGTCTGGATTCTGCAGCAGAAGCTTGTGATATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129972 AAGACTTTATTTCTTGTCTGGATTCTGCAGCAGAAGCTTGTGATATTATG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 GTGAAAAGGGGAGACAAAAAAAGGGAAAG         ACAGATACTGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 130022 GTGAAAAGGGGAGACAAAAAAAGGGAAAGGTA...TAGACAGATACTGTT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 CCAACATCGACAAGCACTGGCTGAACAGCTAAAGGTCACAGAAGACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130621 CCAACATCGACAAGCACTGGCTGAACAGCTAAAGGTCACAGAAGACCCTG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 CTCTTATTCTGCACCTCACATCAGTCCTGTTGTTTCAGTTTTCAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130671 CTCTTATTCTGCACCTCACATCAGTCCTGTTGTTTCAGTTTTCAACCCAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AGCATGCTCCATGCACCTGGAAGATGTGTCCCACAGATCATTGCTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130721 AGCATGCTCCATGCACCTGGAAGATGTGTCCCACAGATCATTGCTTTTCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 TAATAGTAAAATTCCAGAG         GATCAGCATGCTCTTTTGGTAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130771 TAATAGTAAAATTCCAGAGGTA...CAGGATCAGCATGCTCTTTTGGTAA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AGTATCAAGGTTTGGTTGTAAAGCAGCTAGTCAGTCAAAGTAAGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131434 AGTATCAAGGTTTGGTTGTAAAGCAGCTAGTCAGTCAAAGTAAGAAGACT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 GGGCAGGGAGATTATCCCTTGAATAATGAATTAGACAAAGAACAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131484 GGGCAGGGAGATTATCCCTTGAATAATGAATTAGACAAAGAACAAGAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 TGTTGCCAGTACTACTCGTAAAGAGCTTCAAGAACTTTCTTCATCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131534 TGTTGCCAGTACTACTCGTAAAGAGCTTCAAGAACTTTCTTCATCCATTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 AAGACCTTGTTCTCAAATCTAGGAAATCATCTGTGACGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131584 AAGACCTTGTTCTCAAATCTAGGAAATCATCTGTGACGGAAGAG