seq1 = pF1KSDA0764.tfa, 1242 bp
seq2 = pF1KSDA0764/gi568815596r_27553488.tfa (gi568815596r:27553488_27761390), 207903 bp

>pF1KSDA0764 1242
>gi568815596r:27553488_27761390 (Chr2)

(complement)

8-419  (99996-100407)   99% ->
420-744  (103722-104046)   99% ->
745-982  (105789-106026)   100% ->
983-1242  (107644-107903)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 TGCAAAGATACTGGGGAGAGATACCAATATCATCAAGCCAGACCAACAGA
        ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 TGTTGAGATACTGGGGAGAGATACCAATATCATCAAGCCAGACCAACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 AGTTCCTTCGATTTGCTCCCACGGGAGTTCCGTCTGGTGGAAGTCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 AGTTCCTTCGATTTGCTCCCACGGGAGTTCCGTCTGGTGGAAGTCCATGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 CCCACCCCTGCACCAACCCTCAGCCAACAAGCCGAAGCCCCCCACTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 CCCACCCCTGCACCAACCCTCAGCCAACAAGCCGAAGCCCCCCACTATGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    158 TGGACATCCCCTCAGAGCCATGTAGTCTCACCATCCATACGATTCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100146 TGGACATCCCCTCAGAGCCATGTAGTCTCACCATCCATACGATTCAGTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    208 ATTCAGCACAACCGACGTCTTCGCAACCTTATTGCCACAGCTCAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100196 ATTCAGCACAACCGACGTCTTCGCAACCTTATTGCCACAGCTCAGGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    258 GAATCAGCAGCAGACAGAAGGTGTAAAAACTGAAGAGAGTGAACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100246 GAATCAGCAGCAGACAGAAGGTGTAAAAACTGAAGAGAGTGAACCTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    308 CCTCGTGCCCTGGGTCACCTCCTCTCCCTGATGACCTCCTGCCTTTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100296 CCTCGTGCCCTGGGTCACCTCCTCTCCCTGATGACCTCCTGCCTTTAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    358 TGTAAGAATCCCAATGCACCATTCCAGATCCGGCACAGTGACCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100346 TGTAAGAATCCCAATGCACCATTCCAGATCCGGCACAGTGACCCAGAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    408 TGACTTTTATCG         TGGGAAAGGGGAACCTGTGACTGAACTCA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100396 TGACTTTTATCGGTA...CAGTGGGAAAGGGGAACCTGTGACTGAACTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 GCTGGCACTCCTGTCGGCAGCTCCTCTACCAGGCAGTGGCCACAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103751 GCTGGCACTCCTGTCGGCAGCTCCTCTACCAGGCAGTGGCCACAATCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    499 GCCCATGCGGGCTTTGACTGTGCTAATGAGAGTGTCCTGGAGACCCTAAC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103801 GCCCACGCGGGCTTTGACTGTGCTAATGAGAGTGTCCTGGAGACCCTAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    549 TGATGTGGCACATGAGTATTGCCTTAAGTTTACCAAGTTGCTGCGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103851 TGATGTGGCACATGAGTATTGCCTTAAGTTTACCAAGTTGCTGCGTTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599 CTGTGGACCGGGAGGCCCGGCTGGGACAGACTCCTTTTCCTGATGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103901 CTGTGGACCGGGAGGCCCGGCTGGGACAGACTCCTTTTCCTGATGTGATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649 GAGCAGGTATTCCATGAAGTGGGTATTGGCAGTGTGCTCTCCCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103951 GAGCAGGTATTCCATGAAGTGGGTATTGGCAGTGTGCTCTCCCTCCAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    699 GTTCTGGCAGCACCGCATCAAGGACTATCACAGTTACATGCTACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104001 GTTCTGGCAGCACCGCATCAAGGACTATCACAGTTACATGCTACAGGTG.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745      ATTAGTAAGCAACTCTCTGAAGAATATGAAAGGATTGTCAATCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104051 ..CAGATTAGTAAGCAACTCTCTGAAGAATATGAAAGGATTGTCAATCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790 GAGAAGGCCACAGAGGACGCTAAACCTGTGAAGATCAAGGAGGAACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105834 GAGAAGGCCACAGAGGACGCTAAACCTGTGAAGATCAAGGAGGAACCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    840 GAGCGACATCACTTTTCCTGTCAGTGAGGAGCTGGAGGCTGACCTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105884 GAGCGACATCACTTTTCCTGTCAGTGAGGAGCTGGAGGCTGACCTTGCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890 CTGGAGACCAGTCACTGCCTATGGGAGTGCTTGGGGCTCAGAGCGAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105934 CTGGAGACCAGTCACTGCCTATGGGAGTGCTTGGGGCTCAGAGCGAACGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    940 TTCCCATCTAACCTGGAGGTTGAAGCTTCACCACAGGCTTCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105984 TTCCCATCTAACCTGGAGGTTGAAGCTTCACCACAGGCTTCAAGTA...T

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983   GTGCAGAGGTAAATGCTTCTCCTCTTTGGAATCTGGCCCATGTGAAAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107642 AGGTGCAGAGGTAAATGCTTCTCCTCTTTGGAATCTGGCCCATGTGAAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1031 TGGAGCCTCAAGAAAGTGAAGAAGGCAATGTCTCTGGGCATGGTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107692 TGGAGCCTCAAGAAAGTGAAGAAGGCAATGTCTCTGGGCATGGTGTGCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1081 GGCAGTGATGTCTTCGAGGAGCCTATGTCAGGCATGAGTGAAGCTGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107742 GGCAGTGATGTCTTCGAGGAGCCTATGTCAGGCATGAGTGAAGCTGGGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1131 TCCTCAGAGCCCTGATGACTCAGATAGCAGCTATGGTTCCCACTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107792 TCCTCAGAGCCCTGATGACTCAGATAGCAGCTATGGTTCCCACTCCACTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1181 ACAGCCTCATGGGGTCCTCCCCTGTTTTCAACCAGCGCTGCAAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107842 ACAGCCTCATGGGGTCCTCCCCTGTTTTCAACCAGCGCTGCAAGAAGAGG

   1250     .    :
   1231 ATGAGGAAAATA
        ||||||||||||
 107892 ATGAGGAAAATA