seq1 = pF1KSDA0763.tfa, 2523 bp
seq2 = pF1KSDA0763/gi568815595r_12799393.tfa (gi568815595r:12799393_13036691), 237299 bp

>pF1KSDA0763 2523
>gi568815595r:12799393_13036691 (Chr3)

(complement)

1-1244  (100001-101244)   100% ->
1245-1406  (111950-112111)   100% ->
1407-1529  (114450-114572)   100% ->
1530-1696  (116096-116262)   100% ->
1697-1836  (120959-121098)   100% ->
1837-1866  (121559-121588)   100% ->
1867-1992  (123139-123264)   100% ->
1993-2092  (124964-125063)   100% ->
2093-2254  (127258-127419)   100% ->
2255-2431  (128167-128343)   100% ->
2432-2481  (133870-133919)   100% ->
2482-2523  (137258-137299)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTAGAACGAAAGTATGGGGGGCGCCTGGTAACCCGCCATGCGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTAGAACGAAAGTATGGGGGGCGCCTGGTAACCCGCCATGCGGCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCATCCAGACGGCGTTTCGCCAGTACCAGATGAACAAGAACTTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCATCCAGACGGCGTTTCGCCAGTACCAGATGAACAAGAACTTCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTGCGCAGCTCCATGTCAGAGAACCGCATGTCACGCCGGATTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTGCGCAGCTCCATGTCAGAGAACCGCATGTCACGCCGGATTGTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCAACATGAGGATGCAGTTCTCCTTTGAGGGGCCTGAGAAAGTGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCAACATGAGGATGCAGTTCTCCTTTGAGGGGCCTGAGAAAGTGCACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTCCTACTTCGAGGGGAAGCAGGTCTCAGTGACTAACGACGGCTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTCCTACTTCGAGGGGAAGCAGGTCTCAGTGACTAACGACGGCTCCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGAGCCCTGGTGTCCCCTGAGTGTGGTGACCTCAGCGAGCCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGAGCCCTGGTGTCCCCTGAGTGTGGTGACCTCAGCGAGCCCACCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCAAGTCTCCGGCCCCCTCCAGTGACTTTGCGGACGCCATCACCGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTCAAGTCTCCGGCCCCCTCCAGTGACTTTGCGGACGCCATCACCGAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGGACGCCTTCTCTAGGCAAGTGAAATCACTGGCCGAGTCCATCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGGACGCCTTCTCTAGGCAAGTGAAATCACTGGCCGAGTCCATCGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATGCCCTCAACTGCCGCAGCCTGCACACTGAGGAGGCACCGGCCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ATGCCCTCAACTGCCGCAGCCTGCACACTGAGGAGGCACCGGCCCTGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCGGCGCGGGCCCGGGACACCGAACCCCAGACAGCCCTGCACGGCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCGGCGCGGGCCCGGGACACCGAACCCCAGACAGCCCTGCACGGCATGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACCGCAAACTGGACGAGATGACGGCCTCGTACAGTGATGTCACCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACCGCAAACTGGACGAGATGACGGCCTCGTACAGTGATGTCACCCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACATCGATGAGGAGGAGCTGTCGCCCCCTCTGCCCCTCTCGCAGGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ACATCGATGAGGAGGAGCTGTCGCCCCCTCTGCCCCTCTCGCAGGCAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACCGGCCGTCCAGCACCGAGTCGGACCTGCGGCTACGGGCTGGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACCGGCCGTCCAGCACCGAGTCGGACCTGCGGCTACGGGCTGGGGGCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCCCAGACTACTGGGCCCTGGCCCACAAAGAGGACAAGGCTGACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCCCCAGACTACTGGGCCCTGGCCCACAAAGAGGACAAGGCTGACACGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACACGAGCTGCCGGAGCACGCCGTCGCTGGAGCGGCAGGAGCAGCGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACACGAGCTGCCGGAGCACGCCGTCGCTGGAGCGGCAGGAGCAGCGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGGTGGAGCATCTGCCGCTGCTCACCATCGAGCCACCCAGCGACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGGTGGAGCATCTGCCGCTGCTCACCATCGAGCCACCCAGCGACAGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTGGACCTTAGTGACCGCTCGGAGCGGGGGTCACTCAAGAGGCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTGGACCTTAGTGACCGCTCGGAGCGGGGGTCACTCAAGAGGCAGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTACGAGCGCAGCCTTGGCGGGCAGCAGGGCAGTCCCAAGCATGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTACGAGCGCAGCCTTGGCGGGCAGCAGGGCAGTCCCAAGCATGGTCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CACAGCGGCGCCCCCAAGAGCCTCCCCCGGGAGGAGCCTGAGTTGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CACAGCGGCGCCCCCAAGAGCCTCCCCCGGGAGGAGCCTGAGTTGCGGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCGGCCCCCCAGGCCCCTGGACAGCCACTTGGCCATCAATGGCTCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCGGCCCCCCAGGCCCCTGGACAGCCACTTGGCCATCAATGGCTCAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCGGCAGAGCAAGTCTGAGTCGGACTACTCAGACGGTGACAATGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCGGCAGAGCAAGTCTGAGTCGGACTACTCAGACGGTGACAATGACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATCAACAGCACGTCCAACTCCAACGATACCATCAACTGCAGCTCCGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATCAACAGCACGTCCAACTCCAACGATACCATCAACTGCAGCTCCGAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 ATCGTCCCGTGACAGCCTGCGGGAGCAGACGCTCAGCAAGCAGACCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 ATCGTCCCGTGACAGCCTGCGGGAGCAGACGCTCAGCAAGCAGACCTACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACAAGGAGGCCCGCAACAGCTGGGACTCGCCTGCCTTTAGCAACGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACAAGGAGGCCCGCAACAGCTGGGACTCGCCTGCCTTTAGCAACGATGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ATCCGCAAGAGGCACTACCGCATCGGCCTGAACCTCTTCAACAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 101201 ATCCGCAAGAGGCACTACCGCATCGGCCTGAACCTCTTCAACAAGTG...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245    GAAGCCTGAGAAGGGAGTCCAGTACCTCATCGAGCGTGGCTTTGTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111947 CAGGAAGCCTGAGAAGGGAGTCCAGTACCTCATCGAGCGTGGCTTTGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCGACACGCCCGTCGGGGTGGCCCACTTCCTGCTGCAGCGCAAGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111997 CCGACACGCCCGTCGGGGTGGCCCACTTCCTGCTGCAGCGCAAGGGCCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AGCCGGCAGATGATCGGCGAGTTCCTGGGCAACCGGCAGAAGCAGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112047 AGCCGGCAGATGATCGGCGAGTTCCTGGGCAACCGGCAGAAGCAGTTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CCGTGACGTGCTCGA         CTGCGTCGTGGACGAGATGGACTTCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112097 CCGTGACGTGCTCGAGTA...CAGCTGCGTCGTGGACGAGATGGACTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CTACCATGGAGCTGGATGAGGCCCTCAGGAAATTCCAGGCGCACATCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114476 CTACCATGGAGCTGGATGAGGCCCTCAGGAAATTCCAGGCGCACATCCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GTCCAAGGGGAGGCTCAGAAAGTGGAGCGGCTCATAGAGGCGTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114526 GTCCAAGGGGAGGCTCAGAAAGTGGAGCGGCTCATAGAGGCGTTCAGGTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1530       CCAGCGCTACTGCATCTGCAACCCTGGGGTGGTGCGGCAATTCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114576 ...CAGCCAGCGCTACTGCATCTGCAACCCTGGGGTGGTGCGGCAATTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GGAACCCAGACACCATTTTCATCCTGGCCTTCGCCATCATCCTGCTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116140 GGAACCCAGACACCATTTTCATCCTGGCCTTCGCCATCATCCTGCTGAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 ACCGACATGTACAGCCCCAATGTCAAGCCCGAGCGGAAAATGAAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116190 ACCGACATGTACAGCCCCAATGTCAAGCCCGAGCGGAAAATGAAGCTAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 GGACTTCATCAAGAACCTCCGAG         GTGTGGACGATGGTGAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116240 GGACTTCATCAAGAACCTCCGAGGTG...CAGGTGTGGACGATGGTGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 ACATTCCCCGTGAGATGCTGATGGGGATCTATGAACGGATCCGTAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120977 ACATTCCCCGTGAGATGCTGATGGGGATCTATGAACGGATCCGTAAGCGA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 GAGCTAAAGACCAATGAGGACCATGTGTCCCAGGTGCAGAAGGTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121027 GAGCTAAAGACCAATGAGGACCATGTGTCCCAGGTGCAGAAGGTGGAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 GCTCATTGTGGGGAAAAAGCCG         ATCGGATCCCTGCATCCCG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 121077 GCTCATTGTGGGGAAAAAGCCGGTA...CAGATCGGATCCCTGCATCCCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GGCTCGGCTGT         GTGCTCTCTCTGCCCCACCGTCGGTTGGTC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 121578 GGCTCGGCTGTGTG...CAGGTGCTCTCTCTGCCCCACCGTCGGTTGGTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 TGCTACTGCCGGCTCTTTGAGGTTCCAGACCCAAACAAGCCCCAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123169 TGCTACTGCCGGCTCTTTGAGGTTCCAGACCCAAACAAGCCCCAGAAACT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 CGGACTACACCAGCGAGAAATCTTCCTGTTCAACGACCTCCTGGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123219 CGGACTACACCAGCGAGAAATCTTCCTGTTCAACGACCTCCTGGTGGTA.

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993      GTCACCAAGATCTTCCAGAAGAAGAAGAACTCGGTGACGTACAGC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123269 ..TAGGTCACCAAGATCTTCCAGAAGAAGAAGAACTCGGTGACGTACAGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 TTCCGACAGTCCTTCTCCTTGTACGGCATGCAGGTCCTGCTCTTCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125009 TTCCGACAGTCCTTCTCCTTGTACGGCATGCAGGTCCTGCTCTTCGAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088 CCAGT         ACTACCCCAATGGCATCCGGCTCACCTCGTCTGTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125059 CCAGTGTA...CAGACTACCCCAATGGCATCCGGCTCACCTCGTCTGTCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 CCGGAGCAGATATCAAAGTGTTAATAAACTTCAACGCCCCCAACCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127294 CCGGAGCAGATATCAAAGTGTTAATAAACTTCAACGCCCCCAACCCTCAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 GACCGGAAGAAATTCACCGATGACCTGCGGGAGTCCATTGCGGAAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127344 GACCGGAAGAAATTCACCGATGACCTGCGGGAGTCCATTGCGGAAGTCCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 AGAGATGGAGAAGCACAGGATAGAGT         CGGAGCTCGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 127394 AGAGATGGAGAAGCACAGGATAGAGTGTG...CAGCGGAGCTCGAGAAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 AGAAAGGCGTCGTGCGGCCCAGCATGTCCCAGTGCTCTAGCCTCAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128182 AGAAAGGCGTCGTGCGGCCCAGCATGTCCCAGTGCTCTAGCCTCAAAAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 GAGTCGGGCAACGGAACACTGAGCCGGGCCTGCCTGGACGACAGCTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128232 GAGTCGGGCAACGGAACACTGAGCCGGGCCTGCCTGGACGACAGCTATGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 CAGCGGTGAGGGCCTCAAGCGCAGCGCCCTCAGCAGCTCCCTGCGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128282 CAGCGGTGAGGGCCTCAAGCGCAGCGCCCTCAGCAGCTCCCTGCGGGACC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 TCTCGGAAGCCG         GGAAGCGAGGGCGTCGCAGCAGTGCGGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 128332 TCTCGGAAGCCGGTA...CAGGGAAGCGAGGGCGTCGCAGCAGTGCGGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 TCGCTAGAGAGCAATGTGGAA         TTTCAGCCTTTCGAGCCACT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 133899 TCGCTAGAGAGCAATGTGGAAGTA...TAGTTTCAGCCTTTCGAGCCACT

   2600     .    :    .    :
   2502 GCAGCCGTCAGTGCTGTGCTCC
        ||||||||||||||||||||||
 137278 GCAGCCGTCAGTGCTGTGCTCC