seq1 = pF1KSDA0757.tfa, 1560 bp
seq2 = pF1KSDA0757/gi568815578r_49805622.tfa (gi568815578r:49805622_50008490), 202869 bp

>pF1KSDA0757 1560
>gi568815578r:49805622_50008490 (Chr20)

(complement)

1-336  (100001-100336)   100% ->
337-1560  (101646-102869)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAAGCCCAGTTCAATGGATACTAAATTCAAGGATGACTTATTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAAGCCCAGTTCAATGGATACTAAATTCAAGGATGACTTATTTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGTACGTGCAGTTCCATGAGAGCAAAGTGGATACCACCACCAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGTACGTGCAGTTCCATGAGAGCAAAGTGGATACCACCACCAGCAGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCGGCCTGGCAGCGATGAGTGCCTGCGGGTGGCAGCCTCAACCCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCGGCCTGGCAGCGATGAGTGCCTGCGGGTGGCAGCCTCAACCCTGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCTGCACAAGGTGGATCCCTTTTATCGATTCCGGCTGATCCAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCCTGCACAAGGTGGATCCCTTTTATCGATTCCGGCTGATCCAGTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAGGTGGTGGAGAGCTCCTTGCGCTCGCTCAGCTCCTCTAGCCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAGGTGGTGGAGAGCTCCTTGCGCTCGCTCAGCTCCTCTAGCCTGCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTCTGCACGGCGCCTTCAGCATGCTGGAGACGGTGGGCATCAACCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTCTGCACGGCGCCTTCAGCATGCTGGAGACGGTGGGCATCAACCTCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTCTACCCGTGGAAGAAGGAATTCAGAAGCATCAAG         ACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100301 CTCTACCCGTGGAAGAAGGAATTCAGAAGCATCAAGGTG...TAGACCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACGGGCCCTTTTGTTTATTATGTCAAGTCGACATTACTGGAAGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 CACGGGCCCTTTTGTTTATTATGTCAAGTCGACATTACTGGAAGAGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCGAGCCATCCTGAGCTGCATGGGCTACACACCTGAGCTGGGCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 TCCGAGCCATCCTGAGCTGCATGGGCTACACACCTGAGCTGGGCACTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACAAGCTCAGAGAGCTCGTGGAGACCCTCCAGGTGAAGATGGTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 TACAAGCTCAGAGAGCTCGTGGAGACCCTCCAGGTGAAGATGGTCTCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAGCTCTTTCTGGCCAAAGTCGAGTGTGAGCAGATGCTAGAAATCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 TGAGCTCTTTCTGGCCAAAGTCGAGTGTGAGCAGATGCTAGAAATCCACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CACAAGTGAAGGACAAGGGCTACTCCGAGCTGGACATTGTGAGCGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 CACAAGTGAAGGACAAGGGCTACTCCGAGCTGGACATTGTGAGCGAGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AAGAGCAGTGCAGAGGATGTGCGCGGCTGCTCGGACGCCCTGCGGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 AAGAGCAGTGCAGAGGATGTGCGCGGCTGCTCGGACGCCCTGCGGCGGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGCAGAGGGCCGGGAGCACCTGACGGCCTCCATGTCACGAGTGGCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 GGCAGAGGGCCGGGAGCACCTGACGGCCTCCATGTCACGAGTGGCACTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGAAGTCGGCCAGCGAGCGGGCGGCCAAGGACTACTACAAGCCCCGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 AGAAGTCGGCCAGCGAGCGGGCGGCCAAGGACTACTACAAGCCCCGCGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCAAGCCCTCGAGGTCAGTGGATGCCTATGACAGCTACTGGGAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 ACCAAGCCCTCGAGGTCAGTGGATGCCTATGACAGCTACTGGGAGAGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAAGCCACCCCTGAAGGCCTCATTGAGTCTTCGGAAGGAGCCTGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 GAAGCCACCCCTGAAGGCCTCATTGAGTCTTCGGAAGGAGCCTGTGGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGATGTGGGGGACGACCTCAAGGATGAGATCATCCGCCCATCCCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 CGGATGTGGGGGACGACCTCAAGGATGAGATCATCCGCCCATCCCCTTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CTGCTGACCATGGCCAGCTCCCCCCACGGCAGCCCGGATGTGCTTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 CTGCTGACCATGGCCAGCTCCCCCCACGGCAGCCCGGATGTGCTTCCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGCCTCCCCCAGCAACGGCCCGGCCCTGCTGCGCGGTACCTACTTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 CGCCTCCCCCAGCAACGGCCCGGCCCTGCTGCGCGGTACCTACTTCTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTCAGGATGACGTGGATCTGTACACAGACTCTGAACCCAGGGCCACCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 CTCAGGATGACGTGGATCTGTACACAGACTCTGAACCCAGGGCCACCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGTCGGCAGGATGCTCTGCGGCCGGATGTGTGGCTGCTCAGAAACGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 CGTCGGCAGGATGCTCTGCGGCCGGATGTGTGGCTGCTCAGAAACGATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCACTCCCTCTACCACAAGCGCTCGCCCCCTGCCAAAGAGTCCGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 CCACTCCCTCTACCACAAGCGCTCGCCCCCTGCCAAAGAGTCCGCCCTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCAAGTGCCAAAGCTGCGGGCTGTCCTGCAGCTCCTCCCTCTGCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 CCAAGTGCCAAAGCTGCGGGCTGTCCTGCAGCTCCTCCCTCTGCCAGCGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TGTGACAGCCTGCTCACCTGTCCTCCAGCTTCCAAGCCCAGCGCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 TGTGACAGCCTGCTCACCTGTCCTCCAGCTTCCAAGCCCAGCGCCTTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CAGCAAGGCCTCGACTCATGACAGCCTGGCCCACGGGGCATCTCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 CAGCAAGGCCTCGACTCATGACAGCCTGGCCCACGGGGCATCTCTGCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 AGAAGTACCCAGGCCAGACTCAGGGCCTCGACCGCCTCCCGCACCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 AGAAGTACCCAGGCCAGACTCAGGGCCTCGACCGCCTCCCGCACCTTCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 TCCAAATCCAAGCCCTCCACCACGCCCACTTCCCGCTGTGGCTTCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 TCCAAATCCAAGCCCTCCACCACGCCCACTTCCCGCTGTGGCTTCTGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CCGCCCAGGCGCCACCAACACCTGCACCCAGTGTTCAAAAGTCTCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 CCGCCCAGGCGCCACCAACACCTGCACCCAGTGTTCAAAAGTCTCATGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 ACGCCTGCCTCAGCGCTTACCATTATGACCCCTGCTACAAAAAGAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 ACGCCTGCCTCAGCGCTTACCATTATGACCCCTGCTACAAAAAGAGTGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 CTGCACAAGTTCATGCCCAACAACCAGCTGAACTACAAGTCCACCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102801 CTGCACAAGTTCATGCCCAACAACCAGCTGAACTACAAGTCCACCCAGCT

   1550     .    :    .
   1542 CTCCCATCTCGTGTACAGA
        |||||||||||||||||||
 102851 CTCCCATCTCGTGTACAGA