seq1 = pF1KSDA0752.tfa, 930 bp
seq2 = pF1KSDA0752/gi568815593r_177624116.tfa (gi568815593r:177624116_177844967), 220852 bp

>pF1KSDA0752 930
>gi568815593r:177624116_177844967 (Chr5)

(complement)

1-28  (97173-97199)   96% ->
29-108  (100001-100080)   100% ->
109-133  (100550-100574)   96% ->
134-210  (103636-103712)   100% ->
211-235  (104167-104191)   100% ->
236-306  (105298-105368)   100% ->
307-331  (105831-105855)   100% ->
332-402  (107856-107926)   98% ->
403-433  (108359-108389)   96% ->
434-504  (110035-110105)   98% ->
505-529  (110564-110588)   100% ->
530-600  (112868-112938)   100% ->
601-631  (113369-113399)   100% ->
632-702  (115413-115483)   100% ->
703-733  (115915-115945)   100% ->
734-771  (120147-120184)   100% ->
772-839  (120606-120673)   100% ->
840-930  (120762-120852)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGACAAAGACACAGAGAGAGACA         TTGAGATGAAACG
        |-||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
  97173 A GGTGGACAAAGACACAGAGAGAGACAGTA...TAGTTGAGATGAAACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAACTACGGCGACTACGGGAGCTCCACCTATACAGCACATGGAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 GCAACTACGGCGACTACGGGAGCTCCACCTATACAGCACATGGAAGAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCAAGAGGCGATGAAG         ACATCCTTGGGAGTTCCACAACGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||| ||
 100064 ACCAAGAGGCGATGAAGGTC...CAGACATCCTTGGGAGTTCCACAATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 G         AGCGTGACGAAGGCTCCTTGGGCAAGCCATTGTGTCCACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100574 GGTA...TAGAGCGTGACGAAGGCTCCTTGGGCAAGCCATTGTGTCCACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 CGAGATACTCTCGGAGACGTTGCCAGGCTCTGTGAAG         AAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103676 CGAGATACTCTCGGAGACGTTGCCAGGCTCTGTGAAGGTA...CAGAAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 GGGTATGCTTTCCATCAGAAG         ATCATCTAGAGGAGTTTATA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 104171 GGGTATGCTTTCCATCAGAAGGTA...TAGATCATCTAGAGGAGTTTATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    256 GCAGAACATCTCCCTGAAGCATCCAATCAGAGTCTCCTCACTGTTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105318 GCAGAACATCTCCCTGAAGCATCCAATCAGAGTCTCCTCACTGTTGCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 T         GCAGACGCAGGCACCCAAACCAACG         GTGACC
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105368 TGTA...CAGGCAGACGCAGGCACCCAAACCAACGGTA...TAGGTGACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338 TGGAAGACCTGGAGGAGCATGGGCCAGGGCAGACAGTCTCTGAGGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107862 TGGAAGACCTGGAGGAGCATGGGCCAGGGCAGACAGTCTCTGAGGAAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    388 ACAGAAGTTCACATG         ATGGAGGGGGACCCAGACACACTGGC
        ||||||||||||| |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 107912 ACAGAAGTTCACACGGTA...TAGATGGAGGGGGACCCAGACACACTGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429 CGAAC         TTCTGATCAGGGATGTACTTCAGGAGCTGTCCAGTT
        |||| >>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108385 CGAATGTA...TAGTTCTGATCAGGGATGTACTTCAGGAGCTGTCCAGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470 ACAACGGCGAGGAGGAGGACCCAGAGGAGGTGAAG         ACATCC
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110071 ACAACGGTGAGGAGGAGGACCCAGAGGAGGTGAAGGTC...CAGACATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    511 TTGGGAGTTCCACAACGTG         GTGACCTGGAAGACCTGGAGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110570 TTGGGAGTTCCACAACGTGGTA...TAGGTGACCTGGAAGACCTGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552 GCATGTGCCAGGGCAGACAGTCTCTGAGGAAGCCACAGGGGTTCACATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 112890 GCATGTGCCAGGGCAGACAGTCTCTGAGGAAGCCACAGGGGTTCACATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601         ATGCAGGTGGACCCAGCCACGCTGGCAAAGA         GT
        >>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112940 TA...TAGATGCAGGTGGACCCAGCCACGCTGGCAAAGAGTA...TAGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    634 GACCTGGAAGACCTGGAGGAGCATGTGCCAGAGCAGACAGTCTCTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115415 GACCTGGAAGACCTGGAGGAGCATGTGCCAGAGCAGACAGTCTCTGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    684 AGCCACAGGGGTTCACATG         ATGCAGGTGGACCCAGCCACAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115465 AGCCACAGGGGTTCACATGGTA...TAGATGCAGGTGGACCCAGCCACAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    725 TGGCAAAGC         AATTGGAAGACTCCACCATTACAGGCAGCCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115937 TGGCAAAGCGTA...CAGAATTGGAAGACTCCACCATTACAGGCAGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    766 CAGCAG         ATGTCAGCAAGTCCTTCCTCTGCACCTGCAGAAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120179 CAGCAGGTA...CAGATGTCAGCAAGTCCTTCCTCTGCACCTGCAGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    807 AGCAACAGAAAAGACCAAAGTGGAAGAGGAAGT         GAAAACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120641 AGCAACAGAAAAGACCAAAGTGGAAGAGGAAGTGTG...CAGGAAAACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    848 GAAAGCCCAAGAAGAAAACCAGGAAGCCCAGCAAGAAAAGCCGGTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120770 GAAAGCCCAAGAAGAAAACCAGGAAGCCCAGCAAGAAAAGCCGGTGGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :
    898 GTCCTGAAATGTTGGGACATTTTTAATATATTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 120820 GTCCTGAAATGTTGGGACATTTTTAATATATTT