seq1 = pF1KSDA0724.tfa, 2889 bp
seq2 = pF1KSDA0724/gi568815597f_43847601.tfa (gi568815597f:43847601_44067679), 220079 bp

>pF1KSDA0724 2889
>gi568815597f:43847601_44067679 (Chr1)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-821  (101817-102553)   99% ->
822-962  (108720-108860)   100% ->
963-1104  (108960-109101)   100% ->
1105-1271  (109210-109376)   100% ->
1272-1392  (109595-109715)   100% ->
1393-1540  (109802-109949)   100% ->
1541-1722  (110377-110558)   100% ->
1723-1749  (110642-110668)   100% ->
1750-1884  (110861-110995)   100% ->
1885-2028  (111146-111289)   100% ->
2029-2109  (112649-112729)   100% ->
2110-2247  (113276-113413)   100% ->
2248-2344  (113566-113662)   100% ->
2345-2397  (116669-116721)   100% ->
2398-2464  (118975-119041)   100% ->
2465-2523  (119124-119182)   100% ->
2524-2613  (119330-119419)   100% ->
2614-2795  (119715-119896)   100% ->
2796-2889  (119986-120079)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCGGCGGGAGGAGCAGCCGGGGGCTGCAGGGGCTGGAGCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCGGCGGGAGGAGCAGCCGGGGGCTGCAGGGGCTGGAGCAGCACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCTTGGACTTCACTGTGGAGAACGTGGAGAAG         GCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 AGCCTTGGACTTCACTGTGGAGAACGTGGAGAAGGTA...CAGGCGCTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCAGCTCTACTATGATCCCAACATTGAGAATAAGAACCTGGCTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101824 ACCAGCTCTACTATGATCCCAACATTGAGAATAAGAACCTGGCTCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCTGATGCAGGCCCAGGTCTCCCCACAGGCCTGGCACTTCAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101874 TGGCTGATGCAGGCCCAGGTCTCCCCACAGGCCTGGCACTTCAGCTGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTACTGCAGCCCGACAAGGTACCAGAGATCCAGTACTTTGGGGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101924 GCTACTGCAGCCCGACAAGGTACCAGAGATCCAGTACTTTGGGGCCAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCTTCACATCAAGATCTCTCGCTACTGGAGTGACATCCCCACTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101974 CTCTTCACATCAAGATCTCTCGCTACTGGAGTGACATCCCCACTGACCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TATGAAAGCCTAAAGGCACAGCTCTTCACCCAGATCACCCGCTTTGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102024 TATGAAAGCCTAAAGGCACAGCTCTTCACCCAGATCACCCGCTTTGCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGCTCCAAGATTGTACTGACTCGGCTGTGCGTGGCACTGGCCTCACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102074 TGGCTCCAAGATTGTACTGACTCGGCTGTGCGTGGCACTGGCCTCACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCTCAGCATGATGCCTGATGCTTGGCCATGTGCTGTGGCAGATATGGTA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 102124 CTCTCAGCATGATGCCTGACGCTTGGCCATGTGCTGTGGCAGATATGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGACTCTTCCAGGCTGAGGACTCACCAGTGGATGGGCAGGGCCGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102174 CGACTCTTCCAGGCTGAGGACTCACCAGTGGATGGGCAGGGCCGCTGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGCCCTGTTAGAGCTGCTGACAGTGCTGCCTGAGGAGTTCCAGACCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102224 AGCCCTGTTAGAGCTGCTGACAGTGCTGCCTGAGGAGTTCCAGACCAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCTACCCCAGTACCGCAAAGGCCTGGTGCGGACCAGCCTGGCGGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102274 GCCTACCCCAGTACCGCAAAGGCCTGGTGCGGACCAGCCTGGCGGTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGTGGGGCTGTCTTCCCGCTGCTGGAGCAGCTGCTACAGCAGCCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102324 TGTGGGGCTGTCTTCCCGCTGCTGGAGCAGCTGCTACAGCAGCCCAGCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 ACCCAGCTGTGTGCGTCAGAAGGTGCTCAAGTGTTTCTCCAGCTGGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102374 ACCCAGCTGTGTGCGTCAGAAGGTGCTCAAGTGTTTCTCCAGCTGGGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGCTGGAGGTGCCGCTGCAGGACTGTGAGGCGCTCATTCAGGCTGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102424 AGCTGGAGGTGCCGCTGCAGGACTGTGAGGCGCTCATTCAGGCTGCCTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCTGCTCTGCAGGACTCGGAGCTCTTCGACAGCAGTGTGGAGGCCATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102474 GCTGCTCTGCAGGACTCGGAGCTCTTCGACAGCAGTGTGGAGGCCATTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAATGCCATCTCACAGCCTGATGCCCAGAG         GTACGTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102524 GAATGCCATCTCACAGCCTGATGCCCAGAGGTG...TAGGTACGTGAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CACTCCTGAAACTCATCCCGCTGGTGCTGGGTCTGCAGGAACAACTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108731 CACTCCTGAAACTCATCCCGCTGGTGCTGGGTCTGCAGGAACAACTGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CAGGCAGTGCAGAATGGGGACATGGAGACCTCCCATGGCATCTGTCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108781 CAGGCAGTGCAGAATGGGGACATGGAGACCTCCCATGGCATCTGTCGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGCTGTGGCCCTGGGCGAGAACCACTCCCG         GGCCTTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 108831 CGCTGTGGCCCTGGGCGAGAACCACTCCCGGTA...CAGGGCCTTGCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ACCAAGTAGAGCACTGGCAGAGTTTCCTGGCACTCGTCAACATGATTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108971 ACCAAGTAGAGCACTGGCAGAGTTTCCTGGCACTCGTCAACATGATTATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTCTGCACAGGCATCCCTGGCCACTATCCTGTCAATGAGACCACCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109021 TTCTGCACAGGCATCCCTGGCCACTATCCTGTCAATGAGACCACCAGCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CCTAACCCTCACCTTCTGGTACACACTGCAG         GATGATATTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109071 CCTAACCCTCACCTTCTGGTACACACTGCAGGTG...CAGGATGATATTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TATCCTTTGAGGCAGAGAAGCAGGCTGTATACCAGCAGGTGTACCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109220 TATCCTTTGAGGCAGAGAAGCAGGCTGTATACCAGCAGGTGTACCGGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GTCTACTTCCAGCTGGTGGATGTGCTTCTGCACAAGGCCCAGTTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109270 GTCTACTTCCAGCTGGTGGATGTGCTTCTGCACAAGGCCCAGTTCCCTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TGATGAGGAATATGGATTCTGGTCCTCAGACGAGAAGGAGCAGTTCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109320 TGATGAGGAATATGGATTCTGGTCCTCAGACGAGAAGGAGCAGTTCCGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TTTACAG         GGTGGACATCTCAGACACGCTCATGTATGTCTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109370 TTTACAGGTG...CAGGGTGGACATCTCAGACACGCTCATGTATGTCTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GAGATGTTGGGGGCCGAGCTGCTCAGCAACCTCTATGACAAGCTGGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109629 GAGATGTTGGGGGCCGAGCTGCTCAGCAACCTCTATGACAAGCTGGGTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TTTGCTCACCAGCTCAGAGGAGCCCTACTCCTGGCAG         CACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109679 TTTGCTCACCAGCTCAGAGGAGCCCTACTCCTGGCAGGTA...CAGCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CAGAGGCCCTCCTCTACGGCTTCCAATCCATCGCAGAGACCATTGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109806 CAGAGGCCCTCCTCTACGGCTTCCAATCCATCGCAGAGACCATTGACGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 AACTATTCTGATGTGGTGCCTGGGCTCATTGGCCTCATCCCACGGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109856 AACTATTCTGATGTGGTGCCTGGGCTCATTGGCCTCATCCCACGGATCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CATCAGCAACGTGCAGCTGGCAGACACTGTCATGTTCACCATTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109906 CATCAGCAACGTGCAGCTGGCAGACACTGTCATGTTCACCATTGGTG...

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1541    GAGCTCTGTCTGAATGGCTGGCTGACCACCCCGTCATGATCAACAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110374 CAGGAGCTCTGTCTGAATGGCTGGCTGACCACCCCGTCATGATCAACAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1588 GTTCTGCCCTTGGTACTGCATGCCCTAGGCAATCCTGAGCTGTCTGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110424 GTTCTGCCCTTGGTACTGCATGCCCTAGGCAATCCTGAGCTGTCTGTCTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TTCTGTGTCCACCCTCAAGAAGATCTGCCGAGAGTGCAAGTATGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110474 TTCTGTGTCCACCCTCAAGAAGATCTGCCGAGAGTGCAAGTATGACCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CTCCCTATGCTGCCAACATTGTGGCTGTGTCCCAG         GATGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110524 CTCCCTATGCTGCCAACATTGTGGCTGTGTCCCAGGTA...CAGGATGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1729 CTGATGAAACAGATCCACAAG         ACAAGCCAGTGCATGTGGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110648 CTGATGAAACAGATCCACAAGGTG...CAGACAAGCCAGTGCATGTGGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GATGCAGGCGCTGGGCTTCCTGCTGTCAGCTCTTCAAGTGGAGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110881 GATGCAGGCGCTGGGCTTCCTGCTGTCAGCTCTTCAAGTGGAGGAGATCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 TTAAGAACCTGCACTCGCTTATCTCACCCTATATCCAGCAACTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110931 TTAAGAACCTGCACTCGCTTATCTCACCCTATATCCAGCAACTGGAGAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CTGGCAGAGGAGATA         CCCAATCCCTCCAACAAGCTGGCCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110981 CTGGCAGAGGAGATAGTG...CAGCCCAATCCCTCCAACAAGCTGGCCAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 TGTTCACATCTTGGGGCTTCTCTCCAACCTCTTCACCACACTGGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111172 TGTTCACATCTTGGGGCTTCTCTCCAACCTCTTCACCACACTGGACATCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 GTCATCATGAGGATGATCATGAAGGCCCTGAGCTTCGGAAGCTGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111222 GTCATCATGAGGATGATCATGAAGGCCCTGAGCTTCGGAAGCTGCCAGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 CCACAGGGACCCAACCCC         GTGGTGGTGGTGCTGCAGCAGGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111272 CCACAGGGACCCAACCCCGTG...CAGGTGGTGGTGGTGCTGCAGCAGGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CTTCCAGCTTATCCAGAAGGTGCTGAGCAAATGGTTGAATGATGCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112672 CTTCCAGCTTATCCAGAAGGTGCTGAGCAAATGGTTGAATGATGCCCAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TTGTGGAG         GCGGTGTGCGCTATCTTTGAGAAGTCTGTTAAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112722 TTGTGGAGGTG...AAGGCGGTGTGCGCTATCTTTGAGAAGTCTGTTAAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 ACGCTGCTGGATGACTTTGCCCCCATGGTGCCACAGCTGTGTGAGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113309 ACGCTGCTGGATGACTTTGCCCCCATGGTGCCACAGCTGTGTGAGATGCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 GGGTCGGATGTACAGCACCATCCCCCAGGCCTCTGCTCTTGACCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113359 GGGTCGGATGTACAGCACCATCCCCCAGGCCTCTGCTCTTGACCTCACTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 GACAG         CTGGTCCACATCTTTGCTCATGAGCCTGCCCACTTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113409 GACAGGTG...TAGCTGGTCCACATCTTTGCTCATGAGCCTGCCCACTTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CCCCCAATTGAGGCCCTCTTCCTGCTCGTCACCTCCGTCACACTCACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113602 CCCCCAATTGAGGCCCTCTTCCTGCTCGTCACCTCCGTCACACTCACTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2334 CTTCCAGCAAG         GGCCCAGGGATCATCCTGATATTGTTGATT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113652 CTTCCAGCAAGGTA...TAGGGCCCAGGGATCATCCTGATATTGTTGATT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 CATTTATGCAACTCCTGGCACAG         GCTCTGAAGCGGAAGCCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 116699 CATTTATGCAACTCCTGGCACAGGTG...CAGGCTCTGAAGCGGAAGCCA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2416 GATTTGTTCCTGTGTGAACGATTGGATGTCAAAGCTGTGTTCCAGTGTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 118993 GATTTGTTCCTGTGTGAACGATTGGATGTCAAAGCTGTGTTCCAGTGTGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2465         CTGTGCTGGCCCTCAAGTTCCCTGAGGCACCTACTGTCAAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119043 TA...CAGCTGTGCTGGCCCTCAAGTTCCCTGAGGCACCTACTGTCAAGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2507 CCTCCTGTGGCTTCTTT         ACAGAGCTGCTGCCTCGGTGTGGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 119166 CCTCCTGTGGCTTCTTTGTG...CAGACAGAGCTGCTGCCTCGGTGTGGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 GAAGTAGAGTCTGTGGGAAAGGTGGTACAGGAAGACGGTCGTATGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119354 GAAGTAGAGTCTGTGGGAAAGGTGGTACAGGAAGACGGTCGTATGCTGCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2598 CATAGCAGTGCTGGAG         GCCATTGGGGGCCAGGCCTCCCGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119404 CATAGCAGTGCTGGAGGTG...CAGGCCATTGGGGGCCAGGCCTCCCGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 GCCTCATGGACTGCTTTGCCGATATCCTGTTCGCCCTGAACAAGCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119740 GCCTCATGGACTGCTTTGCCGATATCCTGTTCGCCCTGAACAAGCACTGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 TTCAGCCTCCTGAGCATGTGGATCAAGGAGGCCCTGCAGCCACCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119790 TTCAGCCTCCTGAGCATGTGGATCAAGGAGGCCCTGCAGCCACCTGGTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 CCCCTCTGCCCGCCTCAGCCCTGAACAGAAGGATACCTTCAGCCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119840 CCCCTCTGCCCGCCTCAGCCCTGAACAGAAGGATACCTTCAGCCAGCAGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 TCCTTCG         CGAGCGAGTGAACAAGAGGCGGGTGAAGGAGATG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119890 TCCTTCGGTG...CAGCGAGCGAGTGAACAAGAGGCGGGTGAAGGAGATG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2830 GTGAAGGAGTTCACACTGCTGTGCCGGGGTCTCCATGGCACAGATTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120020 GTGAAGGAGTTCACACTGCTGTGCCGGGGTCTCCATGGCACAGATTACAC

   3050     .    :
   2880 AGCTGACTAC
        ||||||||||
 120070 AGCTGACTAC