seq1 = pF1KSDA0719.tfa, 1824 bp
seq2 = pF1KSDA0719/gi568815595r_100265567.tfa (gi568815595r:100265567_100500949), 235383 bp

>pF1KSDA0719 1824
>gi568815595r:100265567_100500949 (Chr3)

(complement)

1-324  (100001-100324)   100% ->
325-498  (113972-114145)   100% ->
499-625  (114606-114732)   100% ->
626-735  (116362-116471)   100% ->
736-884  (119187-119335)   100% ->
885-1092  (123038-123245)   100% ->
1093-1227  (125798-125932)   100% ->
1228-1335  (127305-127412)   100% ->
1336-1452  (128228-128344)   100% ->
1453-1550  (131815-131912)   100% ->
1551-1673  (132784-132906)   100% ->
1674-1824  (135233-135383)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCCTCTAAACCTGTGGAGGCAGCGGTGGTCGCAGCCGCTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCCTCTAAACCTGTGGAGGCAGCGGTGGTCGCAGCCGCTGTACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGCTCCGGGAGTGGGGTGGGCGGCGGCGGGACTGCGGGCCCGGGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAGCTCCGGGAGTGGGGTGGGCGGCGGCGGGACTGCGGGCCCGGGCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGGCTGCCGCGATGGCAGCTGGCTCTGGCGGTCGGGGCACCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGGCTGCCGCGATGGCAGCTGGCTCTGGCGGTCGGGGCACCCCTGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGGCGCGGGTGCCATATACCTGTGGAGTCGGCAGCAACGGCGCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGGCGCGGGTGCCATATACCTGTGGAGTCGGCAGCAACGGCGCCGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCAGAGGCCGGGGCGACGCCAGCGGCCTGAAGCGCAACAGCGAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCAGAGGCCGGGGCGACGCCAGCGGCCTGAAGCGCAACAGCGAACGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGACCCCGGAGGGCAGGGCCAGTCCGGCCCCGGGCAGCGGACACCCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGACCCCGGAGGGCAGGGCCAGTCCGGCCCCGGGCAGCGGACACCCTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTCCCGGTGCTCACTTGGACATG         AACTCTCTTGATAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100301 GGTCCCGGTGCTCACTTGGACATGGTG...CAGAACTCTCTTGATAGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCAAGCAGCCAAGAATAAAGGCAATAAATATTTTAAAGCAGGAAAATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113989 CCAAGCAGCCAAGAATAAAGGCAATAAATATTTTAAAGCAGGAAAATATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACAAGCTATTCAGTGCTATACTGAGGCTATTAGCTTGTGCCCTACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114039 AACAAGCTATTCAGTGCTATACTGAGGCTATTAGCTTGTGCCCTACAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGAATGTTGACCTTTCTACATTTTATCAAAACAGAGCTGCTGCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114089 AAGAATGTTGACCTTTCTACATTTTATCAAAACAGAGCTGCTGCCTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACAGTTG         CAAAAATGGAAAGAAGTGGCACAAGACTGTACAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114139 ACAGTTGGTA...CAGCAAAAATGGAAAGAAGTGGCACAAGACTGTACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGCTGTTGAACTTAATCCCAAATATGTGAAAGCTCTCTTTAGACGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114640 AAGCTGTTGAACTTAATCCCAAATATGTGAAAGCTCTCTTTAGACGTGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAGCCCATGAGAAGCTAGACAATAAGAAGGAATGTTTAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114690 AAAGCCCATGAGAAGCTAGACAATAAGAAGGAATGTTTAGAAGGTG...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    626   ATGTCACTGCTGTGTGTATATTAGAAGGGTTCCAAAATCAACAAAGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116360 AGATGTCACTGCTGTGTGTATATTAGAAGGGTTCCAAAATCAACAAAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGCTGTTAGCCGATAAAGTTCTTAAACTCCTTGGAAAAGAGAAAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116410 TGCTGTTAGCCGATAAAGTTCTTAAACTCCTTGGAAAAGAGAAAGCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GAAAAATATAAG         AATCGTGAACCTCTGATGCCATCTCCACA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116460 GAAAAATATAAGGTA...CAGAATCGTGAACCTCTGATGCCATCTCCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTTTATCAAATCTTACTTCAGTTCTTTCACGGATGATATCATTTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119216 GTTTATCAAATCTTACTTCAGTTCTTTCACGGATGATATCATTTCCCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCATGCTTAAAGGAGAGAAATCTGATGAAGATAAAGACAAGGAAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119266 CCATGCTTAAAGGAGAGAAATCTGATGAAGATAAAGACAAGGAAGGGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCTTTAGAAGTGAAAGAAAA         TTCTGGATACTTAAAGGCCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 119316 GCTTTAGAAGTGAAAGAAAAGTA...CAGTTCTGGATACTTAAAGGCCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ACAGTATATGGAAGAAGAAAACTACGATAAAATCATAAGTGAATGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123059 ACAGTATATGGAAGAAGAAAACTACGATAAAATCATAAGTGAATGCTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AAGAAATAGATGCTGAAGGCAAATACATGGCAGAAGCATTGCTACTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123109 AAGAAATAGATGCTGAAGGCAAATACATGGCAGAAGCATTGCTACTACGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GCTACCTTCTACCTGCTTATTGGCAATGCCAATGCAGCCAAACCAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123159 GCTACCTTCTACCTGCTTATTGGCAATGCCAATGCAGCCAAACCAGATTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGATAAAGTCATCAGTTTGAAAGAAGCTAATGTGAAG         CTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123209 AGATAAAGTCATCAGTTTGAAAGAAGCTAATGTGAAGGTA...TAGCTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAGCAAATGCTCTCATCAAAAGAGGCAGCATGTACATGCAACAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125802 GAGCAAATGCTCTCATCAAAAGAGGCAGCATGTACATGCAACAGCAGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCTTTGCTGTCCACTCAAGATTTTAACATGGCTGCTGACATCGATCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125852 CCTTTGCTGTCCACTCAAGATTTTAACATGGCTGCTGACATCGATCCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GAATGCAGATGTTTATCACCACCGAGGACAG         CTGAAAATAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 125902 GAATGCAGATGTTTATCACCACCGAGGACAGGTA...TAGCTGAAAATAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCCTTGATCAAGTTGAAGAAGCAGTGGCAGATTTTGATGAATGTATTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127315 TCCTTGATCAAGTTGAAGAAGCAGTGGCAGATTTTGATGAATGTATTAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TTAAGACCTGAGTCTGCTCTGGCACAAGCACAGAAATGTTTTGCATTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 127365 TTAAGACCTGAGTCTGCTCTGGCACAAGCACAGAAATGTTTTGCATTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1336        TACCGCCAGGCATATACGGGAAACAACTCTTCACAAATCCAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127415 A...TAGTACCGCCAGGCATATACGGGAAACAACTCTTCACAAATCCAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAGCTATGAAAGGTTTTGAAGAGGTCATAAAGAAATTTCCAAGGTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128271 CAGCTATGAAAGGTTTTGAAGAGGTCATAAAGAAATTTCCAAGGTGTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GAAGGCTATGCACTATACGCCCAG         GCATTAACAGATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 128321 GAAGGCTATGCACTATACGCCCAGGTA...TAGGCATTAACAGATCAACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 ACAGTTTGGTAAAGCTGATGAAATGTATGATAAATGTATTGATTTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131832 ACAGTTTGGTAAAGCTGATGAAATGTATGATAAATGTATTGATTTGGAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CAGATAATGCTACAACATATGTTCATAAAGG         TTTACTTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 131882 CAGATAATGCTACAACATATGTTCATAAAGGGTA...CAGTTTACTTCAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CTTCAGTGGAAGCAAGATCTGGATAGAGGTTTGGAACTTATCAGCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132794 CTTCAGTGGAAGCAAGATCTGGATAGAGGTTTGGAACTTATCAGCAAGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TATTGAAATTGACAATAAATGTGATTTTGCCTATGAAACCATGGGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132844 TATTGAAATTGACAATAAATGTGATTTTGCCTATGAAACCATGGGAACTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTGAAGTACAAAG         AGGAAACATGGAGAAAGCCATTGACATG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 132894 TTGAAGTACAAAGGTA...TAGAGGAAACATGGAGAAAGCCATTGACATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TTCAACAAAGCTATTAACCTGGCCAAATCGGAAATGGAGATGGCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135261 TTCAACAAAGCTATTAACCTGGCCAAATCGGAAATGGAGATGGCCCATCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GTATTCACTTTGCGATGCCGCCCATGCCCAGACAGAAGTTGCAAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135311 GTATTCACTTTGCGATGCCGCCCATGCCCAGACAGAAGTTGCAAAGAAAT

   1900     .    :    .    :
   1802 ACGGATTAAAACCACCAACATTA
        |||||||||||||||||||||||
 135361 ACGGATTAAAACCACCAACATTA