seq1 = pF1KSDA0717.tfa, 2181 bp
seq2 = pF1KSDA0717/gi568815590f_22904435.tfa (gi568815590f:22904435_23117466), 213032 bp

>pF1KSDA0717 2181
>gi568815590f:22904435_23117466 (Chr8)

1-192  (100001-100192)   100% ->
193-296  (100938-101041)   100% ->
297-482  (101526-101711)   100% ->
483-1501  (102294-103312)   99% ->
1502-1620  (103559-103677)   100% ->
1621-1771  (106104-106254)   100% ->
1772-1860  (110256-110344)   100% ->
1861-1966  (111204-111309)   100% ->
1967-2181  (112818-113032)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCTGACATGGATTATGAAAGGCCAAACGTAGAGACCATCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCTGACATGGATTATGAAAGGCCAAACGTAGAGACCATCAAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTTGTGGTGGGGGACAACGCCGTGGGTAAGACCAGGCTCATCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTTGTGGTGGGGGACAACGCCGTGGGTAAGACCAGGCTCATCTGTGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGCTTGCAATGCCACCCTCACCCAGTACCAGCTGCTGGCCACGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGCTTGCAATGCCACCCTCACCCAGTACCAGCTGCTGGCCACGCATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCACAGTATGGGCCATCGACCAATATCGTGTGTGCCAGGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100151 CCCACAGTATGGGCCATCGACCAATATCGTGTGTGCCAGGAGGTA...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  GTGCTGGAACGCTCCCGAGACGTGGTAGATGATGTCAGCGTCTCTCTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100937 GGTGCTGGAACGCTCCCGAGACGTGGTAGATGATGTCAGCGTCTCTCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCTCTGGGACACCTTTGGAGACCACCACAAAGACCGTCGCTTTGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100987 GCCTCTGGGACACCTTTGGAGACCACCACAAAGACCGTCGCTTTGCTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGAG         ATCTGATGTGGTGGTTCTGTGCTTCTCCATTGCCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101037 GGGAGGTA...CAGATCTGATGTGGTGGTTCTGTGCTTCTCCATTGCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCCAATTCCCTCCACCATGTCAAGACCATGTGGTACCCAGAAATCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101562 CCCCAATTCCCTCCACCATGTCAAGACCATGTGGTACCCAGAAATCAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTTCTGCCCCCGAGCACCTGTCATCTTGGTGGGCTGCCAGTTGGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101612 ACTTCTGCCCCCGAGCACCTGTCATCTTGGTGGGCTGCCAGTTGGACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CGCTACGCTGACCTGGAGGCTGTCAACAGGGCTAGGCGACCCTTGGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101662 CGCTACGCTGACCTGGAGGCTGTCAACAGGGCTAGGCGACCCTTGGCTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483          GCCCATCAAACCTAATGAAATCCTGCCCCCAGAGAAGGGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101712 GTA...CAGGCCCATCAAACCTAATGAAATCCTGCCCCCAGAGAAGGGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGAGGTGGCCAAGGAGCTGGGCATCCCCTACTATGAGACCAGCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102335 GGGAGGTGGCCAAGGAGCTGGGCATCCCCTACTATGAGACCAGCGTGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCCCAGTTCGGCATCAAGGACGTCTTTGACAACGCCATCCGAGCTGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102385 GCCCAGTTCGGCATCAAGGACGTCTTTGACAACGCCATCCGAGCTGCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CATCTCCCGCCGCCACCTGCAGTTCTGGAAGTCCCACCTCCGCAATGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102435 CATCTCCCGCCGCCACCTGCAGTTCTGGAAGTCCCACCTCCGCAATGTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGCGGCCTCTGCTGCAGGCACCCTTCCTACCCCCCAAGCCACCGCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102485 AGCGGCCTCTGCTGCAGGCACCCTTCCTACCCCCCAAGCCACCGCCCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 ATCATCGTGGTGCCCGACCCTCCCTCCAGCAGCGAGGAGTGCCCCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102535 ATCATCGTGGTGCCCGACCCTCCCTCCAGCAGCGAGGAGTGCCCCGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTCCTGGAGGACCCGCTCTGCGCGGACGTCATCCTGGTGCTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102585 CCTCCTGGAGGACCCGCTCTGCGCGGACGTCATCCTGGTGCTGCAGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGGTGCGCATCTTTGCCCACAAGATCTACCTCTCCACCTCCTCCTCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 102635 GGGTGCGCATCTTTGCCCACAAGATCTACCTCTCCACCTCTTCCTCCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTCTATGACCTGTTCCTCATGGACCTGAGTGAGGGGGAGCTGGGGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102685 TTCTATGACCTGTTCCTCATGGACCTGAGTGAGGGGGAGCTGGGGGGCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CTCGGAGCCAGGGGGCACCCACCCAGAGGACCACCAGGGCCACTCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102735 CTCGGAGCCAGGGGGCACCCACCCAGAGGACCACCAGGGCCACTCTGATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AACACCACCACCATCACCACCACCACCATGGGCGAGACTTCCTGCTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102785 AACACCACCACCATCACCACCACCACCATGGGCGAGACTTCCTGCTCCGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GCAGCCAGCTTTGACGTGTGCGAGAGCGTGGATGAGGCTGGGGGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102835 GCAGCCAGCTTTGACGTGTGCGAGAGCGTGGATGAGGCTGGGGGCTCCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TCCTGCTGGCCTCCGTGCTTCCACCAGCGACGGGATCTTACGGGGCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102885 TCCTGCTGGCCTCCGTGCTTCCACCAGCGACGGGATCTTACGGGGCAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GAACAGGGTACCTACCGGGCAGGGGTCGTGTGCTGTCTTCCTGGAGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102935 GAACAGGGTACCTACCGGGCAGGGGTCGTGTGCTGTCTTCCTGGAGCCGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCTTTTGTGAGCATCCAGGAAGAGATGGCAGAAGATCCTCTCACCTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102985 GCTTTTGTGAGCATCCAGGAAGAGATGGCAGAAGATCCTCTCACCTACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 ATCCCGGCTGATGGTGGTGGTGAAGATGGACAGTTCCATCCAGCCGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103035 ATCCCGGCTGATGGTGGTGGTGAAGATGGACAGTTCCATCCAGCCGGGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CCTTCCGGGCTGTCCTCAAGTACCTGTACACGGGGGAGCTAGATGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103085 CCTTCCGGGCTGTCCTCAAGTACCTGTACACGGGGGAGCTAGATGAGAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAGCGTGACCTCATGCACATTGCCCACATTGCTGAGCTGCTCGAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103135 GAGCGTGACCTCATGCACATTGCCCACATTGCTGAGCTGCTCGAGGTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TGATCTGCGCATGATGGTGGCCAACATTCTCAACAATGAGGCCTTCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103185 TGATCTGCGCATGATGGTGGCCAACATTCTCAACAATGAGGCCTTCATGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 ACCAGGAGATCACCAAGGCCTTCCACGTCCGCCGGACCAACCGGGTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103235 ACCAGGAGATCACCAAGGCCTTCCACGTCCGCCGGACCAACCGGGTTAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GAGTGCTTGGCAAAAGGCACCTTCTCAG         ATGTGACCTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103285 GAGTGCTTGGCAAAAGGCACCTTCTCAGGTA...CAGATGTGACCTTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CCTGGATGATGGCACCATCAGCGCCCACAAGCCCCTGTTGATTTCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103572 CCTGGATGATGGCACCATCAGCGCCCACAAGCCCCTGTTGATTTCCAGCT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GTGACTGGATGGCTGCCATGTTTGGGGGGCCATTTGTGGAGAGCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103622 GTGACTGGATGGCTGCCATGTTTGGGGGGCCATTTGTGGAGAGCTCCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CGGGAG         GTGGTGTTTCCCTACACAAGCAAGAGCTGCATGCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103672 CGGGAGGTA...CAGGTGGTGTTTCCCTACACAAGCAAGAGCTGCATGCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 GGCCGTGCTGGAATACCTCTACACCGGCATGTTCACCTCCAGCCCCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106139 GGCCGTGCTGGAATACCTCTACACCGGCATGTTCACCTCCAGCCCCGACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TGGATGACATGAAGCTCATCATTCTAGCCAACCGCCTCTGCCTGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106189 TGGATGACATGAAGCTCATCATTCTAGCCAACCGCCTCTGCCTGCCACAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CTGGTTGCCCTCACAG         AGCAGTACACAGTGACCGGGCTGAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106239 CTGGTTGCCCTCACAGGTA...CAGAGCAGTACACAGTGACCGGGCTGAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GGAAGCGACCCAGATGATGGTGGACATCGATGGGGACGTCCTTGTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110281 GGAAGCGACCCAGATGATGGTGGACATCGATGGGGACGTCCTTGTGTTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 TGGAACTGGCTCAG         TTCCACTGTGCGTACCAGCTGGCCGAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110331 TGGAACTGGCTCAGGTA...CAGTTCCACTGTGCGTACCAGCTGGCCGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 TGGTGTCTCCACCACATCTGCACCAACTACAACAACGTGTGCCGCAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111231 TGGTGTCTCCACCACATCTGCACCAACTACAACAACGTGTGCCGCAAGTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 CCCCCGAGACATGAAGGCCATGTCCCCAG         AAAACCAGGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 111281 CCCCCGAGACATGAAGGCCATGTCCCCAGGTG...CAGAAAACCAGGAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 ATTTCGAGAAGCATCGGTGGCCACCTGTGTGGTACCTGAAGGAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112830 ATTTCGAGAAGCATCGGTGGCCACCTGTGTGGTACCTGAAGGAGGAAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 CATTACCAGCGGGCACGGAAGGAGCGTGAGAAGGAGGACTACCTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112880 CATTACCAGCGGGCACGGAAGGAGCGTGAGAAGGAGGACTACCTCCACCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 CAAGCGGCAGCCCAAACGGCGTTGGCTCTTCTGGAACAGTCCATCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112930 CAAGCGGCAGCCCAAACGGCGTTGGCTCTTCTGGAACAGTCCATCCTCCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 CGTCTTCCTCGGCAGCCTCCTCCTCATCCCCATCTTCCTCCTCGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112980 CGTCTTCCTCGGCAGCCTCCTCCTCATCCCCATCTTCCTCCTCGGCTGTG

   2250 
   2179 GTC
        |||
 113030 GTC