seq1 = pF1KSDA0693.tfa, 1188 bp
seq2 = pF1KSDA0693/gi568815578f_62043821.tfa (gi568815578f:62043821_62274645), 230825 bp

>pF1KSDA0693 1188
>gi568815578f:62043821_62274645 (Chr20)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-146  (114852-114928)   100% ->
147-231  (116057-116141)   100% ->
232-376  (117616-117760)   100% ->
377-556  (118932-119111)   100% ->
557-721  (119638-119802)   100% ->
722-823  (120325-120426)   100% ->
824-916  (121602-121694)   100% ->
917-1036  (128862-128981)   100% ->
1037-1164  (130697-130824)   100% ->
1165-1188  (135362-135385)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGTGGCCTTCGCGTCTGCCCGGCCAAGAGGCAAAGGGGAGGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGTGGCCTTCGCGTCTGCCCGGCCAAGAGGCAAAGGGGAGGTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCAAACCATCCAGAAG         ATGCTGGACGAGAACCACCACC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCAAACCATCCAGAAGGTG...CAGATGCTGGACGAGAACCACCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGATCCAGTGCATCCTGGAGTACCAGAGCAAGGGCAAGACGGCCGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114874 TGATCCAGTGCATCCTGGAGTACCAGAGCAAGGGCAAGACGGCCGAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGCA         GTACCAGCAGATCCTGCACCGGAACCTGGTATACCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114924 ACGCAGTG...CAGGTACCAGCAGATCCTGCACCGGAACCTGGTATACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCCACGATCGCAGACTCCAACCAGAACATGCAGTCCCTGCTTCCTGCC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116093 GGCCACGATCGCAGACTCCAACCAGAACATGCAGTCCCTGCTTCCTGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    232         CCGCCCACGCAGAACATGAACCTGGGCCCTGGAGCCCTGACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116143 TG...CAGCCGCCCACGCAGAACATGAACCTGGGCCCTGGAGCCCTGACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAGAGCGGCTCCAGCCAGGGCCTGCACTCTCAGGGCAGCCTGAGTGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117658 CAGAGCGGCTCCAGCCAGGGCCTGCACTCTCAGGGCAGCCTGAGTGACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CATCAGCACGGGCCTGCCACCCTCCTCCCTCCTGCAGGGCCAGATTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117708 CATCAGCACGGGCCTGCCACCCTCCTCCCTCCTGCAGGGCCAGATTGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACG         GGCCGAGCCACGTGTCCATGCAGCAGACGGCGCCTAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117758 ACGGTG...CAGGGCCGAGCCACGTGTCCATGCAGCAGACGGCGCCTAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACGCTGCCCACCACCTCCATGAGCATCTCTGGGCCCGGCTACAGCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118970 ACGCTGCCCACCACCTCCATGAGCATCTCTGGGCCCGGCTACAGCCACGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGACCCGCCTCGCAGGGCGTCCCCATGCAGGGGCAAGGCACCATCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119020 GGGACCCGCCTCGCAGGGCGTCCCCATGCAGGGGCAAGGCACCATCGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTACGTGTCTCGGACCAACATCAACATGCAGTCCAACCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 119070 ACTACGTGTCTCGGACCAACATCAACATGCAGTCCAACCCAGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    557  TCTCCATGATGCAGCAGCAGGCGGCCACGTCGCACTACAGCTCGGCGCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119637 GTCTCCATGATGCAGCAGCAGGCGGCCACGTCGCACTACAGCTCGGCGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGCGGCAGCCAGCACTACCAGGGCCAGTCGTCCATCGCCATGATGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119687 GGGCGGCAGCCAGCACTACCAGGGCCAGTCGTCCATCGCCATGATGGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGGCAGCCAGGGGAGCAGCATGATGGGGCAGCGGCCCATGGCGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119737 AGGGCAGCCAGGGGAGCAGCATGATGGGGCAGCGGCCCATGGCGCCCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGCCCTCCCAGCAAG         GCTCTTCCCAGCAGTACCTGGGCCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119787 CGGCCCTCCCAGCAAGGTA...CAGGCTCTTCCCAGCAGTACCTGGGCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGAGTACTATGGCGAGCAGTACAGCCACAGCCAGGGCGCCGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120350 GGAGGAGTACTATGGCGAGCAGTACAGCCACAGCCAGGGCGCCGCGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCATGGGCCAGCAGTACTACCCCGACG         GCCATGGCGATTAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120400 CCATGGGCCAGCAGTACTACCCCGACGGTG...CAGGCCATGGCGATTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCTACCAGCAGTCATCCTACACGGAGCAGAGCTACGACCGGTCCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121616 GCCTACCAGCAGTCATCCTACACGGAGCAGAGCTACGACCGGTCCTTCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGTCCACGCAGCACTACTATGAGGGGG         GAAACTCCCAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 121666 GGAGTCCACGCAGCACTACTATGAGGGGGGTA...CAGGAAACTCCCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACAGCCAGCAGCAGGCCGGGTACCAGCAGGGTGCCGCGCAGCAGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128874 ACAGCCAGCAGCAGGCCGGGTACCAGCAGGGTGCCGCGCAGCAGCAGACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACTCCCAGCAGCAGTACCCCAGCCAGCAGAGCTACCCCGGGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128924 TACTCCCAGCAGCAGTACCCCAGCCAGCAGAGCTACCCCGGGCAGCAGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGGCTACG         GGTCTGCCCAGGGAGCCCCGTCACAGTACCCCG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 128974 GGGCTACGGTA...CAGGGTCTGCCCAGGGAGCCCCGTCACAGTACCCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCTACCAGCAAGGCCAAGGCCAGCAGTACGGAAGCTACCGAGCACCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130730 GCTACCAGCAAGGCCAAGGCCAGCAGTACGGAAGCTACCGAGCACCGCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ACAGCGCCGTCTGCCCAGCAGCAGCGGCCCTACGGCTATGAACAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 130780 ACAGCGCCGTCTGCCCAGCAGCAGCGGCCCTACGGCTATGAACAGGCA..

   1250     .    :    .    :    .
   1165     GGCCAGTATGGAAATTACCAGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||
 130830 .TAGGGCCAGTATGGAAATTACCAGCAG