seq1 = pF1KSDA0688.tfa, 2511 bp
seq2 = pF1KSDA0688/gi568815597r_161091141.tfa (gi568815597r:161091141_161298627), 207487 bp

>pF1KSDA0688 2511
>gi568815597r:161091141_161298627 (Chr1)

(complement)

1-633  (100001-100633)   99% ->
634-957  (101748-102071)   100% ->
958-1090  (102325-102457)   100% ->
1091-1261  (102993-103163)   100% ->
1262-1548  (104407-104693)   100% ->
1549-1735  (104802-104988)   100% ->
1736-1911  (105240-105415)   99% ->
1912-2087  (106388-106563)   100% ->
2088-2511  (107064-107487)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCAGACAGGCTCGCATCCCGGGAGGGGCTTGGCAGGGCGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCAGACAGGCTCGCATCCCGGGAGGGGCTTGGCAGGGCGCTGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGGGAGCCCAACCCTGCCTCCTGCTCCCCATTGTGCCGCTCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGGGGAGCCCAACCCTGCCTCCTGCTCCCCATTGTGCCGCTCTCCTGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGTGTGGCTGCTTCTGCTACTGCTGGCCTCTCTCCTGCCCTCAGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGTGTGGCTGCTTCTGCTACTGCTGGCCTCTCTCCTGCCCTCAGCCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCCAGCCCCCTCCCCCGGGAGGAGGAGATCGTGTTTCCAGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGGCCAGCCCCCTCCCCCGGGAGGAGGAGATCGTGTTTCCAGAGAAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACGGCAGCGTCCTGCCTGGCTCGGGCACCCCTGCCAGGCTGTTGTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 100201 CAACGGCAGCGTCCTGCCTGGCTCGGGCGCCCCTGCCAGGCTGTTGTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTTGCAGGCCTTTGGGGAGACGCTGCTACTAGAGCTGGAGCAGGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTTGCAGGCCTTTGGGGAGACGCTGCTACTAGAGCTGGAGCAGGACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGTGTGCAGGTCGAGGGGCTGACAGTGCAGTACCTGGGCCAGGCGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGTGTGCAGGTCGAGGGGCTGACAGTGCAGTACCTGGGCCAGGCGCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCTGCTGGGTGGAGCAGAGCCTGGCACCTACCTGACTGGCACCATCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCTGCTGGGTGGAGCAGAGCCTGGCACCTACCTGACTGGCACCATCAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GAGATCCGGAGTCGGTGGCATCTCTGCACTGGGATGGGGGAGCCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GAGATCCGGAGTCGGTGGCATCTCTGCACTGGGATGGGGGAGCCCTGTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGCGTGTTACAATATCGGGGGGCTGAACTCCACCTCCAGCCCCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGCGTGTTACAATATCGGGGGGCTGAACTCCACCTCCAGCCCCTGGAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGCACCCCTAACTCTGCTGGGGGACCTGGGGCTCACATCCTACGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGCACCCCTAACTCTGCTGGGGGACCTGGGGCTCACATCCTACGCCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGAGTCCTGCCAGCGGTCAAGGTCCCATGTGCAACGTCAAGGCTCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGAGTCCTGCCAGCGGTCAAGGTCCCATGTGCAACGTCAAGGCTCCTCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GGAAGCCCCAGCCCCAGACCCCGAAGAGCCAAG         CGCTTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100601 GGAAGCCCCAGCCCCAGACCCCGAAGAGCCAAGGTA...CAGCGCTTTGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TTCACTGAGTAGATTTGTGGAGACACTGGTGGTGGCAGATGACAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101756 TTCACTGAGTAGATTTGTGGAGACACTGGTGGTGGCAGATGACAAGATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCGCATTCCACGGTGCGGGGCTAAAGCGCTACCTGCTAACAGTGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101806 CCGCATTCCACGGTGCGGGGCTAAAGCGCTACCTGCTAACAGTGATGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCAGCAGCCAAGGCCTTCAAGCACCCAAGCATCCGCAATCCTGTCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101856 GCAGCAGCCAAGGCCTTCAAGCACCCAAGCATCCGCAATCCTGTCAGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGTGGTGACTCGGCTAGTGATCCTGGGGTCAGGCGAGGAGGGGCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101906 GGTGGTGACTCGGCTAGTGATCCTGGGGTCAGGCGAGGAGGGGCCCCAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGGGCCCAGTGCTGCCCAGACCCTGCGCAGCTTCTGTGCCTGGCAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101956 TGGGGCCCAGTGCTGCCCAGACCCTGCGCAGCTTCTGTGCCTGGCAGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGCCTCAACACCCCTGAGGACTCGGACCCTGACCACTTTGACACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102006 GGCCTCAACACCCCTGAGGACTCGGACCCTGACCACTTTGACACAGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TCTGTTTACCCGTCAG         GACCTGTGTGGAGTCTCCACTTGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 102056 TCTGTTTACCCGTCAGGTG...CAGGACCTGTGTGGAGTCTCCACTTGCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACACGCTGGGTATGGCTGATGTGGGCACCGTCTGTGACCCGGCTCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102350 ACACGCTGGGTATGGCTGATGTGGGCACCGTCTGTGACCCGGCTCGGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGTGCCATTGTGGAGGATGATGGGCTCCAGTCAGCCTTCACTGCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102400 TGTGCCATTGTGGAGGATGATGGGCTCCAGTCAGCCTTCACTGCTGCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TGAACTGG         GTCATGTCTTCAACATGCTCCATGACAACTCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102450 TGAACTGGGTA...CAGGTCATGTCTTCAACATGCTCCATGACAACTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGCCATGCATCAGTTTGAATGGGCCTTTGAGCACCTCTCGCCATGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 AGCCATGCATCAGTTTGAATGGGCCTTTGAGCACCTCTCGCCATGTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GCCCCTGTGATGGCTCATGTGGATCCTGAGGAGCCCTGGTCCCCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103076 GCCCCTGTGATGGCTCATGTGGATCCTGAGGAGCCCTGGTCCCCCTGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGCCCGCTTCATCACTGACTTCCTGGACAATGGCTATG         GGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103126 TGCCCGCTTCATCACTGACTTCCTGGACAATGGCTATGGTA...CAGGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ACTGTCTCTTAGACAAACCAGAGGCTCCATTGCATCTGCCTGTGACTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104410 ACTGTCTCTTAGACAAACCAGAGGCTCCATTGCATCTGCCTGTGACTTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CCTGGCAAGGACTATGATGCTGACCGCCAGTGCCAGCTGACCTTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104460 CCTGGCAAGGACTATGATGCTGACCGCCAGTGCCAGCTGACCTTCGGGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGACTCACGCCATTGTCCACAGCTGCCGCCGCCCTGTGCTGCCCTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104510 CGACTCACGCCATTGTCCACAGCTGCCGCCGCCCTGTGCTGCCCTCTGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCTCTGGCCACCTCAATGGCCATGCCATGTGCCAGACCAAACACTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104560 GCTCTGGCCACCTCAATGGCCATGCCATGTGCCAGACCAAACACTCGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TGGGCCGATGGCACACCCTGCGGGCCCGCACAGGCCTGCATGGGTGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104610 TGGGCCGATGGCACACCCTGCGGGCCCGCACAGGCCTGCATGGGTGGTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CTGCCTCCACATGGACCAGCTCCAGGACTTCAAT         ATTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104660 CTGCCTCCACATGGACCAGCTCCAGGACTTCAATGTG...CAGATTCCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGGCTGGTGGCTGGGGTCCTTGGGGACCATGGGGTGACTGCTCTCGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104809 AGGCTGGTGGCTGGGGTCCTTGGGGACCATGGGGTGACTGCTCTCGGACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 TGTGGGGGTGGTGTCCAGTTCTCCTCCCGAGACTGCACGAGGCCTGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104859 TGTGGGGGTGGTGTCCAGTTCTCCTCCCGAGACTGCACGAGGCCTGTCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 CCGGAATGGTGGCAAGTACTGTGAGGGCCGCCGTACCCGCTTCCGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104909 CCGGAATGGTGGCAAGTACTGTGAGGGCCGCCGTACCCGCTTCCGCTCCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 GCAACACTGAGGACTGCCCAACTGGCTCAG         CCCTGACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 104959 GCAACACTGAGGACTGCCCAACTGGCTCAGGTG...CAGCCCTGACCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CGCGAGGAGCAGTGTGCTGCCTACAACCACCGCACCGACCTCTTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105251 CGCGAGGAGCAGTGTGCTGCCTACAACCACCGCACCGACCTCTTCAAGAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CTTCCCAGGGCCCATGGACTGGGTTCCTCGCTACACAGGCGTGGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105301 CTTCCCAGGGCCCATGGACTGGGTTCCTCGCTACACAGGCGTGGCCCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 AGGACCAGTGCAAACTCACCTGCCAGGCCCGGGCACTGGGCTACTACTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 105351 AGGACCAGTGCAAACTCACCTGCCAGGCCCAGGCACTGGGCTACTACTAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 GTGCTGGAGCCACGG         GTGGTAGATGGGACCCCCTGTTCCCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 105401 GTGCTGGAGCCACGGGTG...CAGGTGGTAGATGGGACCCCCTGTTCCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 GGACAGCTCCTCGGTCTGTGTCCAGGGCCGATGCATCCATGCTGGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106414 GGACAGCTCCTCGGTCTGTGTCCAGGGCCGATGCATCCATGCTGGCTGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 ATCGCATCATTGGCTCCAAGAAGAAGTTTGACAAGTGCATGGTGTGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106464 ATCGCATCATTGGCTCCAAGAAGAAGTTTGACAAGTGCATGGTGTGCGGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 GGGGACGGTTCTGGTTGCAGCAAGCAGTCAGGCTCCTTCAGGAAATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106514 GGGGACGGTTCTGGTTGCAGCAAGCAGTCAGGCTCCTTCAGGAAATTCAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2088          GTACGGATACAACAATGTGGTCACTATCCCCGCGGGGGCCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106564 GTT...CAGGTACGGATACAACAATGTGGTCACTATCCCCGCGGGGGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 CCCACATTCTTGTCCGGCAGCAGGGAAACCCTGGCCACCGGAGCATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107105 CCCACATTCTTGTCCGGCAGCAGGGAAACCCTGGCCACCGGAGCATCTAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 TTGGCCCTGAAGCTGCCAGATGGCTCCTATGCCCTCAATGGTGAATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107155 TTGGCCCTGAAGCTGCCAGATGGCTCCTATGCCCTCAATGGTGAATACAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 GCTGATGCCCTCCCCCACAGATGTGGTACTGCCTGGGGCAGTCAGCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107205 GCTGATGCCCTCCCCCACAGATGTGGTACTGCCTGGGGCAGTCAGCTTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 GCTACAGCGGGGCCACTGCAGCCTCAGAGACACTGTCAGGCCATGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107255 GCTACAGCGGGGCCACTGCAGCCTCAGAGACACTGTCAGGCCATGGGCCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 CTGGCCCAGCCTTTGACACTGCAAGTCCTAGTGGCTGGCAACCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107305 CTGGCCCAGCCTTTGACACTGCAAGTCCTAGTGGCTGGCAACCCCCAGGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 CACACGCCTCCGATACAGCTTCTTCGTGCCCCGGCCGACCCCTTCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107355 CACACGCCTCCGATACAGCTTCTTCGTGCCCCGGCCGACCCCTTCAACGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 CACGCCCCACTCCCCAGGACTGGCTGCACCGAAGAGCACAGATTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107405 CACGCCCCACTCCCCAGGACTGGCTGCACCGAAGAGCACAGATTCTGGAG

   2550     .    :    .    :    .    :
   2479 ATCCTTCGGCGGCGCCCCTGGGCGGGCAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 107455 ATCCTTCGGCGGCGCCCCTGGGCGGGCAGGAAA