seq1 = pF1KSDA0680.tfa, 1902 bp
seq2 = pF1KSDA0680/gi568815592f_143612015.tfa (gi568815592f:143612015_143907135), 295121 bp

>pF1KSDA0680 1902
>gi568815592f:143612015_143907135 (Chr6)

13-181  (100001-100169)   100% ->
182-262  (136971-137051)   100% ->
263-421  (141740-141898)   100% ->
422-661  (148387-148626)   99% ->
662-1199  (153247-153784)   100% ->
1200-1399  (160244-160443)   100% ->
1400-1556  (162045-162201)   100% ->
1557-1612  (165314-165369)   100% ->
1613-1674  (171205-171266)   100% ->
1675-1812  (176759-176896)   100% ->
1813-1891  (195043-195121)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     13 GTTGACGGACTGGACAAAGCTTCTATAGCAAACTCAGATGGCCCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GTTGACGGACTGGACAAAGCTTCTATAGCAAACTCAGATGGCCCCACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     63 AGGTTCCCAAACACCTCCCTTCAAAAGAAAGGGGAAACTATCCACCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTTCCCAAACACCTCCCTTCAAAAGAAAGGGGAAACTATCCACCATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    113 GTAAAATCTTTAAGCCTTGGAAATGGAGGAAAAAGAAGACCAGCGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTAAAATCTTTAAGCCTTGGAAATGGAGGAAAAAGAAGACCAGCGACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    163 TTTAGAGAAACCTCGGCAG         TATTAGAAAGGAAGATATCCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 TTTAGAGAAACCTCGGCAGGTA...AAGTATTAGAAAGGAAGATATCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    204 ACGACAAAGTAGAGAGGAGCTGATAAGAAGGGGAGTGCTTAAGGAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136993 ACGACAAAGTAGAGAGGAGCTGATAAGAAGGGGAGTGCTTAAGGAATTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    254 CTGATCAAG         ATGGAGATGTAACAGTTAACTTTGAAAATTCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 137043 CTGATCAAGGTG...TAGATGGAGATGTAACAGTTAACTTTGAAAATTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 AACGGGCACATGATACCCATCGGAGAGGAATCTACCCGAGAGGAAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141772 AACGGGCACATGATACCCATCGGAGAGGAATCTACCCGAGAGGAAAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 AGTAAAGTCTGAAGAAGGTAATGGCTCTGTATCTGAAAAAACACCACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141822 AGTAAAGTCTGAAGAAGGTAATGGCTCTGTATCTGAAAAAACACCACCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 TGGAGGAACAGGCAGAAGATAAGAAAG         AGAACACTGAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 141872 TGGAGGAACAGGCAGAAGATAAGAAAGGTA...TAGAGAACACTGAAAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 CACTCTGAAACACCGGCAGCTCCTGCTCTACCTCCTTCTGCTCCTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148401 CACTCTGAAACACCGGCAGCTCCTGCTCTACCTCCTTCTGCTCCTCCTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 GCCTAGATCCAAACCTAAACCCAAAAAATCACCTGTGCCTCCGAAAGGGG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148451 GCCTAGACCCAAACCTAAACCCAAAAAATCACCTGTGCCTCCGAAAGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536 CCACTGCTGGGGCCAGCCACAAAGGTGATGAAGTGCCTCCCATTAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148501 CCACTGCTGGGGCCAGCCACAAAGGTGATGAAGTGCCTCCCATTAAAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586 AATACCAAGGCTCCTGGTAAGCAGGCCCCCGTCCCTCCACCCAAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148551 AATACCAAGGCTCCTGGTAAGCAGGCCCCCGTCCCTCCACCCAAGCCAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    636 AAGCCGAAACACGACCCGAGAGGCTG         CTGGCTCCTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 148601 AAGCCGAAACACGACCCGAGAGGCTGGTG...TAGCTGGCTCCTCTCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    677 CAAAAAAAACAACTGGCTCTAAAGCATCAGCTTCGCCATCCACTTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153262 CAAAAAAAACAACTGGCTCTAAAGCATCAGCTTCGCCATCCACTTCATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    727 ACCTCATCTCGTCCCAAAGCTTCAAAGGAGACAGTTTCTAGCAAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153312 ACCTCATCTCGTCCCAAAGCTTCAAAGGAGACAGTTTCTAGCAAAGCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    777 GACAGTGGGGACCACCAAGGGCAAGAGAAAAACTGACAAGCAGCCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153362 GACAGTGGGGACCACCAAGGGCAAGAGAAAAACTGACAAGCAGCCAATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    827 CTTCTCACCTGTCCTCAGACACAACAACTTCTGGCACATCCGACCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153412 CTTCTCACCTGTCCTCAGACACAACAACTTCTGGCACATCCGACCTGAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877 GGAGAGCCTGCAGAGACCAGAGTGGAGAGTTTCAAACTCGAACAGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153462 GGAGAGCCTGCAGAGACCAGAGTGGAGAGTTTCAAACTCGAACAGACTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    927 CCCTGGAGCTGAGGAGCAGAACACAGGCAAATTCAAGTCCATGGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153512 CCCTGGAGCTGAGGAGCAGAACACAGGCAAATTCAAGTCCATGGTCCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    977 CACCCCCTGTGGCTCCAGCACCTTCTCCTCTGGCCCCCCCTCTCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153562 CACCCCCTGTGGCTCCAGCACCTTCTCCTCTGGCCCCCCCTCTCCCTCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1027 GAGGATCAGTGCATTACTGCCTCAGACACTCCAGTTGTCCTCGTCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153612 GAGGATCAGTGCATTACTGCCTCAGACACTCCAGTTGTCCTCGTCAGCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077 TGGAGCTGACCTGCCCGTCTCTGCCTTAGACCCAAGTCAGCTTCTTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153662 TGGAGCTGACCTGCCCGTCTCTGCCTTAGACCCAAGTCAGCTTCTTTGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127 CTGAAGAGCCGACGAACAGAACCACTCTCTACTCAGGCACTGGCTTAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153712 CTGAAGAGCCGACGAACAGAACCACTCTCTACTCAGGCACTGGCTTAAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1177 GTTAACAGAGAAAATGCAAAATG         TTTCACAACCAAAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 153762 GTTAACAGAGAAAATGCAAAATGGTG...CAGTTTCACAACCAAAGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1218 GCTGGGGAAGACAGTGCCTCAGCTACTGACTCCTGGGCTGATGGGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160262 GCTGGGGAAGACAGTGCCTCAGCTACTGACTCCTGGGCTGATGGGCGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1268 CTTCAGAATCCTTTAGTGCCTCAGAAGATGAAGGCCACAGGGAATACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160312 CTTCAGAATCCTTTAGTGCCTCAGAAGATGAAGGCCACAGGGAATACCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1318 GCCAATGACTCTGACTCGGACGGGCCTATCTTGTACACCGATGATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160362 GCCAATGACTCTGACTCGGACGGGCCTATCTTGTACACCGATGATGAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1368 CGAAGACGAAGATGAGGATGGCAGTGGAGAAA         GTGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 160412 CGAAGACGAAGATGAGGATGGCAGTGGAGAAAGTA...CAGGTGCTTTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1409 CAAGTAAAATACGCCGGAGGGATACTCTTGCTATCAAACTTGGCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162054 CAAGTAAAATACGCCGGAGGGATACTCTTGCTATCAAACTTGGCAACAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1459 CCATCTAAGAAAGAACTAGAGGACAAAAACATCTTGCAGCGTACATCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162104 CCATCTAAGAAAGAACTAGAGGACAAAAACATCTTGCAGCGTACATCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1509 AGAAGAGAGGCAGGAAATCCGACAACAAATTGGAACCAAGTTAGTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 162154 AGAAGAGAGGCAGGAAATCCGACAACAAATTGGAACCAAGTTAGTCAGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1557        GAGGCTGAGCCAGAGGCCCACAACTGAAGAATTAGAGCAAAGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162204 A...TAGGAGGCTGAGCCAGAGGCCCACAACTGAAGAATTAGAGCAAAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 AACATCCTAAAAC         AAAAGAATGAAGAAGAGGAACAAGAAGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 165357 AACATCCTAAAACGTG...CAGAAAAGAATGAAGAAGAGGAACAAGAAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1641 AAAAATGGAACTTAAACGCAGACTCAGCAGAAAG         CTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 171233 AAAAATGGAACTTAAACGCAGACTCAGCAGAAAGGTA...CAGCTCAGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1682 TGAGACCCACAGTGGCAGAGCTACAAGCTCGAAGGATCCTGCGATTTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176766 TGAGACCCACAGTGGCAGAGCTACAAGCTCGAAGGATCCTGCGATTTAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1732 GAGTATGTAGAAGTCACGGATTCTCCTGACTATGACCGCCGAGCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176816 GAGTATGTAGAAGTCACGGATTCTCCTGACTATGACCGCCGAGCAGACAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1782 GCCCTGGGCCAGGTTAACACCTGCAGACAAG         GCAGCAATAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 176866 GCCCTGGGCCAGGTTAACACCTGCAGACAAGGCA...TAGGCAGCAATAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1823 GGAAAGAACTAAATGAATTTAAAAGCACAGAAATGGAAGTTCATGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195053 GGAAAGAACTAAATGAATTTAAAAGCACAGAAATGGAAGTTCATGAAGAG

   1950     .    :    .
   1873 AGTCGACAGTTTACAAGGT
        |||||||||||||||||||
 195103 AGTCGACAGTTTACAAGGT