seq1 = pF1KSDA0661.tfa, 3003 bp
seq2 = pF1KSDA0661/gi568815582f_30662546.tfa (gi568815582f:30662546_30874111), 211566 bp

>pF1KSDA0661 3003
>gi568815582f:30662546_30874111 (Chr16)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-300  (100573-100740)   100% ->
301-442  (100873-101014)   100% ->
443-649  (101634-101840)   100% ->
650-771  (102393-102514)   100% ->
772-918  (102636-102782)   100% ->
919-993  (102880-102954)   100% ->
994-1113  (103618-103737)   100% ->
1114-1293  (103834-104013)   100% ->
1294-1429  (104196-104331)   100% ->
1430-1551  (105349-105470)   100% ->
1552-1979  (105558-105985)   100% ->
1980-2097  (106074-106191)   100% ->
2098-2247  (106293-106442)   100% ->
2248-2460  (106641-106853)   100% ->
2461-2586  (106930-107055)   99% ->
2587-2727  (109288-109428)   100% ->
2728-2829  (109544-109645)   100% ->
2830-3003  (111393-111566)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGGCCAGGCAACAAACGCGCCGCCGGCGACGGGGGCTCAGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGGCCAGGCAACAAACGCGCCGCCGGCGACGGGGGCTCAGGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGAAAAGAAGCTGAGTCGTGAGGAGAAGACCACCACGACTCTTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCGGAAAAGAAGCTGAGTCGTGAGGAGAAGACCACCACGACTCTTATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCATTCGTCTTGGAGGCATCTCTTCCACG         GAGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 AGCCCATTCGTCTTGGAGGCATCTCTTCCACGGTT...TAGGAGGAGATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCTGAAGGTACTACAGTTCAAGAACAAGAAACTGGCAGAGCGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100582 GACCTGAAGGTACTACAGTTCAAGAACAAGAAACTGGCAGAGCGGCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAACGGCAGGCTTGTGAAGATGAACTCCGAGAACGAATTGAGAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100632 ACAACGGCAGGCTTGTGAAGATGAACTCCGAGAACGAATTGAGAAGTTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAGCGGCAGGCCACAGATGATGCCACACTCCTCATCGTCAATCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100682 AGAAGCGGCAGGCCACAGATGATGCCACACTCCTCATCGTCAATCGCTAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGGCCCAG         CTGGATGAAACTGTGGAAGCCCTTCTCCGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100732 TGGGCCCAGGTG...CAGCTGGATGAAACTGTGGAAGCCCTTCTCCGATG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCATGAGAGCCAGGGGGAGCTGTCTTCAGCGCCTGAGGCACCTGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100905 CCATGAGAGCCAGGGGGAGCTGTCTTCAGCGCCTGAGGCACCTGGGACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAGGGGCCAACATGTGATGGGACTCCTCTCCCAGAGCCGGGGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100955 AGGAGGGGCCAACATGTGATGGGACTCCTCTCCCAGAGCCGGGGACATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGCTGAGAG         ACCCCTTGCTGATGCAGCTGCGGCCCCCTCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101005 GAGCTGAGAGGTA...CAGACCCCTTGCTGATGCAGCTGCGGCCCCCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGTGAGCCGGCCTTGGCTTTTGTGGTGGCACTGGGTGCCAGCAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 CAGTGAGCCGGCCTTGGCTTTTGTGGTGGCACTGGGTGCCAGCAGCAGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGAGGTGGAGCTGGAGCTGCAAGGCCGAATGGAGTTCTCCAAGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101715 AGGAGGTGGAGCTGGAGCTGCAAGGCCGAATGGAGTTCTCCAAGGCAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGTCTCGTGTGGTAGAGGCCTCAGACCGCCTACAGCGCCGGGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 GTGTCTCGTGTGGTAGAGGCCTCAGACCGCCTACAGCGCCGGGTGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACTCTGTCAGCGAGTGTACAGCCGAG         GGGACAGTGAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101815 ACTCTGTCAGCGAGTGTACAGCCGAGGTG...CAGGGGACAGTGAGCCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCAGTGAGGCGGCTCAGGCACACACCCGAGAGCTGGGCCGTGAGAACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102408 TCAGTGAGGCGGCTCAGGCACACACCCGAGAGCTGGGCCGTGAGAACCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGACTGCAGGACTTGGCCACTCAGCTGCAGGAGAAACACCACCGCATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102458 CGACTGCAGGACTTGGCCACTCAGCTGCAGGAGAAACACCACCGCATCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATTGGAG         TACTCCGAGCTCCAGGATAAAGTGACATCGGCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102508 ATTGGAGGTG...CAGTACTCCGAGCTCCAGGATAAAGTGACATCGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGACCAAGGTGCTGGAGATGGAGACAACAGTGGAGGACTTGCAGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102670 AGACCAAGGTGCTGGAGATGGAGACAACAGTGGAGGACTTGCAGTGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCGAGAAGCTGCGGAAGCGAGAGCAAAAGCTCAATAAGCACCTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102720 ATCGAGAAGCTGCGGAAGCGAGAGCAAAAGCTCAATAAGCACCTGGCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGCCTTAGAGCAG         CTTAACTCTGGCTACTATGTATCTGGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102770 GGCCTTAGAGCAGGTG...CAGCTTAACTCTGGCTACTATGTATCTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTCCTCAGGCTTCCAGGGGGGCCAGATCACACTCAGCATGCAGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102908 GCTCCTCAGGCTTCCAGGGGGGCCAGATCACACTCAGCATGCAGAAGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    994       TTTGAGATGCTGAATGCAGAGTTAGAGGAAAACCAGGAACTGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 ...TAGTTTGAGATGCTGAATGCAGAGTTAGAGGAAAACCAGGAACTGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAACAGCCGTATGGCAGAGCTGGAGAAACTGCAGGCCGAACTTCAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103662 CAACAGCCGTATGGCAGAGCTGGAGAAACTGCAGGCCGAACTTCAGGGGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CTGTGCGGACCAATGAGCGCCTCAAG         GTGGCCCTGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103712 CTGTGCGGACCAATGAGCGCCTCAAGGTG...CAGGTGGCCCTGCGGAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTTCCTGAGGAGGTAGTGCGGGAGACGGGGGAGTACCGCATGCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103849 CTTCCTGAGGAGGTAGTGCGGGAGACGGGGGAGTACCGCATGCTGCAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCAATTCTCACTGCTCTACAACGAGTCTCTGCAAGTGAAGACCCAGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103899 CCAATTCTCACTGCTCTACAACGAGTCTCTGCAAGTGAAGACCCAGCTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACGAGGCTCGGGGCCTGCTGCTGGCCACAAAGAACTCCCACCTGCGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103949 ACGAGGCTCGGGGCCTGCTGCTGGCCACAAAGAACTCCCACCTGCGACAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATCGAGCACATGGAG         AGCGACGAGCTGGGGCTGCAGAAGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103999 ATCGAGCACATGGAGGTA...CAGAGCGACGAGCTGGGGCTGCAGAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTACGCACAGAGGTCATTCAGCTGGAGGACACGCTGGCCCAGGTACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104222 GCTACGCACAGAGGTCATTCAGCTGGAGGACACGCTGGCCCAGGTACGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGGAGTATGAGATGCTGCGCATCGAGTTTGAGCAGAATCTGGCGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104272 AGGAGTATGAGATGCTGCGCATCGAGTTTGAGCAGAATCTGGCGGCCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGCAGGCGG         GGCCCATCAACCGTGAGATGCGCCACCTGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 104322 GAGCAGGCGGGTA...CAGGGCCCATCAACCGTGAGATGCGCCACCTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TAGTAGTCTTCAAAACCACAACCACCAGCTAAAAGGGGACGCCCAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105380 TAGTAGTCTTCAAAACCACAACCACCAGCTAAAAGGGGACGCCCAGCGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 ACAAGCGGAAGCTTCGAGAAGTACAAGCTGAGATTGGCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105430 ACAAGCGGAAGCTTCGAGAAGTACAAGCTGAGATTGGCAAGGTG...CAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTCCGGGCCCAGGCCAGTGGCTCTGCCCACTCCACCCCCAACCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105558 CTCCGGGCCCAGGCCAGTGGCTCTGCCCACTCCACCCCCAACCTGGGCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 CCCAGAGGATTCTGGCGTCAGTGCCCCAGCCCCAGGGAAAGAGGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105608 CCCAGAGGATTCTGGCGTCAGTGCCCCAGCCCCAGGGAAAGAGGAGGGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GGCCAGGCCCTGTCAGTACCCCCGACAACAGAAAGGAGATGGCTCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105658 GGCCAGGCCCTGTCAGTACCCCCGACAACAGAAAGGAGATGGCTCCAGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 CCTGGCACCACCACTACTACCACTTCAGTGAAGAAGGAGGAGCTGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105708 CCTGGCACCACCACTACTACCACTTCAGTGAAGAAGGAGGAGCTGGTCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CTCTGAAGAGGACTTCCAGGGTATAACCCCTGGGGCCCAGGGCCCTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105758 CTCTGAAGAGGACTTCCAGGGTATAACCCCTGGGGCCCAGGGCCCTTCCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCCGGGGCCGAGAACCTGAGGCCAGGCCCAAGCGGGAGCTTCGGGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105808 CCCGGGGCCGAGAACCTGAGGCCAGGCCCAAGCGGGAGCTTCGGGAACGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GAAGGTCCCAGCCTAGGACCTCCACCTGTAGCCTCCGCTCTCTCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105858 GAAGGTCCCAGCCTAGGACCTCCACCTGTAGCCTCCGCTCTCTCAAGGGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TGATCGGGAGAAGGCCAAGGTGGAAGAAACCAAGCGGAAGGAATCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105908 TGATCGGGAGAAGGCCAAGGTGGAAGAAACCAAGCGGAAGGAATCAGAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 TCCTCAAGGGTCTCCGAGCAGAGCTCAA         GAAGGCCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105958 TCCTCAAGGGTCTCCGAGCAGAGCTCAAGTG...CAGGAAGGCCCAGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AGCCAGAAGGAGATGAAACTGCTGCTGGATATGTACAAGTCAGCGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106087 AGCCAGAAGGAGATGAAACTGCTGCTGGATATGTACAAGTCAGCGCCCAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 GGAGCAGCGGGATAAGGTGCAGCTCATGGCAGCGGAACGCAAGGCTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106137 GGAGCAGCGGGATAAGGTGCAGCTCATGGCAGCGGAACGCAAGGCTAAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CCGAG         GTTGATGAGCTGCGGAGCCGCATCCGGGAATTGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106187 CCGAGGTG...TAGGTTGATGAGCTGCGGAGCCGCATCCGGGAATTGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GAGAGGGATCGAAGGGAGAGCAAGAAGATCGCGGATGAGGATGCCCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106329 GAGAGGGATCGAAGGGAGAGCAAGAAGATCGCGGATGAGGATGCCCTGCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GCGCATTCGGCAGGCAGAGGAGCAGATAGAACACCTGCAGCGCAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106379 GCGCATTCGGCAGGCAGAGGAGCAGATAGAACACCTGCAGCGCAAGCTGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 GTGCCACCAAGCAG         GAGGAGGAGGCTCTGCTCTCAGAGATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106429 GTGCCACCAAGCAGGTG...CAGGAGGAGGAGGCTCTGCTCTCAGAGATG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 GATGTGACAGGTCAGGCTTTTGAGGACATGCAGGAACAGAACGGGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106668 GATGTGACAGGTCAGGCTTTTGAGGACATGCAGGAACAGAACGGGCGGCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GCTACAGCAGTTGCGGGAAAAGGATGATGCCAACTTTAAGCTAATGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106718 GCTACAGCAGTTGCGGGAAAAGGATGATGCCAACTTTAAGCTAATGTCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 AGCGGATCAAGGCCAACCAGATTCACAAGCTGCTGCGGGAGGAGAAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106768 AGCGGATCAAGGCCAACCAGATTCACAAGCTGCTGCGGGAGGAGAAGGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 GAGTTGGGCGAGCAGGTCCTTGGCCTCAAGTCCCAG         GTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106818 GAGTTGGGCGAGCAGGTCCTTGGCCTCAAGTCCCAGGTA...TAGGTGGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 TGCCCAGCTGCTGACTGTGCAGAAGCTGGAGGAGAAGGAGCGAGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 106935 TGCCCAGCTGCTGACTGTGCAGAAGCTAGAGGAGAAGGAGCGAGCCTTGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 AGGGCAGCCTCGGGGGTGTGGAGAAGGAGCTGACGCTGCGCAGCCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106985 AGGGCAGCCTCGGGGGTGTGGAGAAGGAGCTGACGCTGCGCAGCCAAGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 CTGGAGCTCAACAAGCGGAAG         GCTGTAGAAGCCGCCCAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107035 CTGGAGCTCAACAAGCGGAAGGTG...CAGGCTGTAGAAGCCGCCCAGCT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 GGCCGAGGACCTGAAGGTGCAGCTGGAGCACGTGCAGACTCGGCTGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109308 GGCCGAGGACCTGAAGGTGCAGCTGGAGCACGTGCAGACTCGGCTGCGGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 AGATCCAGCCCTGCCTGGCAGAGAGCCGGGCTGCTCGTGAGAAAGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109358 AGATCCAGCCCTGCCTGGCAGAGAGCCGGGCTGCTCGTGAGAAAGAGAGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2707 TTCAACCTCAAGAGGGCTCAG         GAGGACATCTCACGGCTGCG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 109408 TTCAACCTCAAGAGGGCTCAGGTG...CAGGAGGACATCTCACGGCTGCG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 GCGCAAGCTGGAAAAGCAGAGGAAGGTGGAGGTCTACGCAGATGCCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109564 GCGCAAGCTGGAAAAGCAGAGGAAGGTGGAGGTCTACGCAGATGCCGACG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 AAATCCTCCAGGAGGAGATCAAGGAGTACAAG         GCGCGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 109614 AAATCCTCCAGGAGGAGATCAAGGAGTACAAGGTG...CAGGCGCGGTTG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 ACCTGCCCCTGCTGTAACACCCGCAAGAAGGATGCAGTCCTTACCAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111402 ACCTGCCCCTGCTGTAACACCCGCAAGAAGGATGCAGTCCTTACCAAGTG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 CTTCCACGTTTTCTGCTTCGAGTGCGTGCGGGGCCGCTATGAGGCCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111452 CTTCCACGTTTTCTGCTTCGAGTGCGTGCGGGGCCGCTATGAGGCCCGCC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2939 AGAGGAAGTGCCCCAAGTGCAACGCGGCCTTTGGTGCCCACGACTTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111502 AGAGGAAGTGCCCCAAGTGCAACGCGGCCTTTGGTGCCCACGACTTCCAT

   3150     .    :    .
   2989 CGTATCTACATCAGC
        |||||||||||||||
 111552 CGTATCTACATCAGC