seq1 = pF1KSDA0652.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KSDA0652/gi568815587f_46544292.tfa (gi568815587f:46544292_46772329), 228038 bp

>pF1KSDA0652 1551
>gi568815587f:46544292_46772329 (Chr11)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-150  (101048-101128)   100% ->
151-270  (101579-101698)   100% ->
271-317  (104846-104892)   100% ->
318-458  (105886-106026)   100% ->
459-499  (111942-111982)   100% ->
500-596  (112804-112900)   100% ->
597-695  (113233-113331)   100% ->
696-789  (115101-115194)   100% ->
790-900  (120558-120668)   100% ->
901-1037  (121092-121228)   100% ->
1038-1152  (123482-123596)   100% ->
1153-1230  (124208-124285)   100% ->
1231-1347  (124503-124619)   100% ->
1348-1476  (125113-125241)   100% ->
1477-1551  (127964-128038)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACTGATCTCAATTCCCAGGACAGAAAGGACCTGGACAAGTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACTGATCTCAATTCCCAGGACAGAAAGGACCTGGACAAGTTTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAATTTTTTGCCCTCAAG         ACTGTCCAAGTGATTGTCCAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 TAAATTTTTTGCCCTCAAGGTA...TAGACTGTCCAAGTGATTGTCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCGGCTTGGTGAAAAGATTTGCACTCGTTCATCATCTTCTCCAACGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101070 CTCGGCTTGGTGAAAAGATTTGCACTCGTTCATCATCTTCTCCAACGGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAGATTGG         TTCAACTTAGCAATCAAAGACATCCCAGAGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101120 TCAGATTGGGTA...CAGTTCAACTTAGCAATCAAAGACATCCCAGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACACATGAAGCAAAGAAGGCACTGGCAGGACAGCTGCCTGCAGTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101611 TACACATGAAGCAAAGAAGGCACTGGCAGGACAGCTGCCTGCAGTCGGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGTCCATGTGTGTGGAGATTTCACTTAAGACTTCTGAG         GGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101661 GGTCCATGTGTGTGGAGATTTCACTTAAGACTTCTGAGGTA...CAGGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATTCCATGGAGCTGGAAATATGGTGTCTTGAAATGAATGAAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104849 GATTCCATGGAGCTGGAAATATGGTGTCTTGAAATGAATGAAAAGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    318    GTGTGATAAAGAAATCAAAGTTTCCTACACGGTGTACAACAGACTGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105883 CAGGTGTGATAAAGAAATCAAAGTTTCCTACACGGTGTACAACAGACTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CATTGCTGCTGAAGTCCCTTCTTGCTATAACTAGGGTGACACCAGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105933 CATTGCTGCTGAAGTCCCTTCTTGCTATAACTAGGGTGACACCAGCCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGGCTCTCCAGGAAACAAGGGCATGAATATGTCATATTATACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105983 AGGCTCTCCAGGAAACAAGGGCATGAATATGTCATATTATACAGGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    459    GATATATTTTGGAGAAGTTCAGCTGAGTGGCTTAGGAGAAG      
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 111939 CAGGATATATTTTGGAGAAGTTCAGCTGAGTGGCTTAGGAGAAGGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500    GCTTCCAGACAGTTCGTGTTGGGACAGTGGGCACCCCTGTGGGCACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112801 TAGGCTTCCAGACAGTTCGTGTTGGGACAGTGGGCACCCCTGTGGGCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATCACTCTTTCTTGTGCTTACAGAATTAACTTGGCATTCATGTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112851 ATCACTCTTTCTTGTGCTTACAGAATTAACTTGGCATTCATGTCTACCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597          GCAATTTGAGAGGACCCCACCTATCATGGGGATTATTATTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112901 GTG...CAGGCAATTTGAGAGGACCCCACCTATCATGGGGATTATTATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATCACTTTGTGGACCGTCCCTATCCCAGCTCCTCTCCCATGCACCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113274 ATCACTTTGTGGACCGTCCCTATCCCAGCTCCTCTCCCATGCACCCCTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AATTACAG         AACTGCTGGTGAGGACACTGGAGTAATATACCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 113324 AATTACAGGTG...TAGAACTGCTGGTGAGGACACTGGAGTAATATACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTCTGTAGAAGACTCTCAAGAAGTGTGTACCACCTCTTTTTCCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115134 GTCTGTAGAAGACTCTCAAGAAGTGTGTACCACCTCTTTTTCCACCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CACCATCCCAG         CTCTCAAGCTCTCGCCTTTCCTATCAGCCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115184 CACCATCCCAGGTA...TAGCTCTCAAGCTCTCGCCTTTCCTATCAGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GCTGCCCTGGGCGTTGGATCAGCTGACCTGGCTTATCCAGTAGTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120588 GCTGCCCTGGGCGTTGGATCAGCTGACCTGGCTTATCCAGTAGTGTTTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 TGCTGGCTTAAATGCTACACACCCTCACCAG         CTGATGGTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120638 TGCTGGCTTAAATGCTACACACCCTCACCAGGTA...AAGCTGATGGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTGGGAAGGAAGGTGGGGTACCCCTTGCTCCCAACCAGCCTGTCCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121102 CTGGGAAGGAAGGTGGGGTACCCCTTGCTCCCAACCAGCCTGTCCATGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 ACCCAGGCTGACCAGGAGAGACTGGCAACCTGCACCCCTTCTGACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121152 ACCCAGGCTGACCAGGAGAGACTGGCAACCTGCACCCCTTCTGACAGAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCACTGTGCTGCCACACCCTCCAGTAG         TGAGGATACTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121202 CCACTGTGCTGCCACACCCTCCAGTAGGTG...CAGTGAGGATACTGAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCGTATCAAACAGCAGTGAGGGACGGGCCTCCCCTCACGATGTCTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123496 CCGTATCAAACAGCAGTGAGGGACGGGCCTCCCCTCACGATGTCTTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 ACCATCTTTGTCCGAAAAGTGGGGGCTTTTGTCAACAAACCCATTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123546 ACCATCTTTGTCCGAAAAGTGGGGGCTTTTGTCAACAAACCCATTAACCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 G         GTGACCCTGACGAGTTTGGATATACCCTTTGCCATGTTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123596 GGTG...CAGGTGACCCTGACGAGTTTGGATATACCCTTTGCCATGTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CTCCCAAGAATTTGGAGCTGGAGGATACCGATCCAATG         GTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124248 CTCCCAAGAATTTGGAGCTGGAGGATACCGATCCAATGGTG...CAGGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 AATCCTCCAGATTCCCCAGAGACTGAATCTCCTCTCCAGGGCAGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124506 AATCCTCCAGATTCCCCAGAGACTGAATCTCCTCTCCAGGGCAGCCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 CTCAGATGGCTCCAGCGGGGGCAGCAGTGGCAATACCCATGATGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124556 CTCAGATGGCTCCAGCGGGGGCAGCAGTGGCAATACCCATGATGACTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 TTATGATAGACTTT         AAACCAGCTTTTTCTAAAGATGACATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 124606 TTATGATAGACTTTGTA...AAGAAACCAGCTTTTTCTAAAGATGACATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 CTTCCGATGGACCTGGGGACCTTCTATCGGGAGTTTCAGAACCCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125140 CTTCCGATGGACCTGGGGACCTTCTATCGGGAGTTTCAGAACCCACCTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 GCTGAGCAGCCTCTCCATAGATATTGGAGCACAGTCCATGGCTGAAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125190 GCTGAGCAGCCTCTCCATAGATATTGGAGCACAGTCCATGGCTGAAGACT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TG         GACTCATTACCAGAGAAGCTGGCTGTGCATGAGAAGAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125240 TGGTA...CAGGACTCATTACCAGAGAAGCTGGCTGTGCATGAGAAGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .
   1516 GTCCGCGAGTTTGATGCCTTTGTGGAAACCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128003 GTCCGCGAGTTTGATGCCTTTGTGGAAACCCTGCAG