seq1 = pF1KSDA0646.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KSDA0646/gi568815592f_37254165.tfa (gi568815592f:37254165_37481354), 227190 bp

>pF1KSDA0646 1455
>gi568815592f:37254165_37481354 (Chr6)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-240  (106282-106410)   100% ->
241-975  (114320-115054)   100% ->
976-1038  (117348-117410)   100% ->
1039-1128  (120456-120545)   100% ->
1129-1236  (122762-122869)   100% ->
1237-1441  (126986-127190)   100% ->
1442-1455  (136578-136591)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGAGCCCGGCTTCTTCGTCACAGGAGACCGCGCCGGTGGCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGAGCCCGGCTTCTTCGTCACAGGAGACCGCGCCGGTGGCCGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGTGCCTGCGGCGGGTGGGGATGAGCGCCGGGTGGCTGCTGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGTGCCTGCGGCGGGTGGGGATGAGCGCCGGGTGGCTGCTGCTGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGGGTGCGAG         GTGACTGTAGGACGAGGATTTGGTGTCACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGGGTGCGAGGTA...CAGGTGACTGTAGGACGAGGATTTGGTGTCACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACCAACTGGTATCAAAAATCTGCCCCCTGATGATTTCTCGAAACCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106312 TACCAACTGGTATCAAAAATCTGCCCCCTGATGATTTCTCGAAACCACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTTTGAAGCAGAATCCTGAGGGCCAATGGACAATTATGGACAACAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106362 TGTTTTGAAGCAGAATCCTGAGGGCCAATGGACAATTATGGACAACAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         AGTCTAAATGGTGTTTGGCTGAACAGAGCGCGTCTGGAACCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106412 TA...CAGAGTCTAAATGGTGTTTGGCTGAACAGAGCGCGTCTGGAACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAAGGGTCTATTCCATTCATCAGGGAGACTACATCCAACTTGGAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114362 TTAAGGGTCTATTCCATTCATCAGGGAGACTACATCCAACTTGGAGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGGAAAATAAGGAGAATGCGGAGTATGAATATGAAGTTACTGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114412 TCTGGAAAATAAGGAGAATGCGGAGTATGAATATGAAGTTACTGAAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACTGGGAGACAATATATCCTTGTCTTTCCCCAAAGAATGACCAAATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114462 ACTGGGAGACAATATATCCTTGTCTTTCCCCAAAGAATGACCAAATGATA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAAAAAATAAGGAATTGAGAACTAAAAGGAAATTCAGTTTGGATGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114512 GAAAAAAATAAGGAATTGAGAACTAAAAGGAAATTCAGTTTGGATGAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCAGGTCCTGGAGCTGAAGGCCCCTCAAATTTGAAATCCAAAATAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114562 AGCAGGTCCTGGAGCTGAAGGCCCCTCAAATTTGAAATCCAAAATAAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGTGTCTTGTGAATCTGGTCAGCCAGTGAAATCACAGGGGAAAGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114612 AAGTGTCTTGTGAATCTGGTCAGCCAGTGAAATCACAGGGGAAAGGTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTGGCCAGTACACCCTCTGACAATTTGGATCCTAAGTTGACTGCCCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114662 GTGGCCAGTACACCCTCTGACAATTTGGATCCTAAGTTGACTGCCCTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCCAAGTAAGACCACAGGGGCTCCCATTTACCCTGGCTTCCCCAAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114712 GCCAAGTAAGACCACAGGGGCTCCCATTTACCCTGGCTTCCCCAAAGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CAGAGGTTCATCATGAGCAGAAAGCCTCAAACTCTTCAGCATCTCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114762 CAGAGGTTCATCATGAGCAGAAAGCCTCAAACTCTTCAGCATCTCAGAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AGCTTACAGATGTTTAAGGTGACCATGTCCAGGATTCTGAGGCTCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114812 AGCTTACAGATGTTTAAGGTGACCATGTCCAGGATTCTGAGGCTCAAAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACAGATGCAGGAAAAACATGAAGCCGTTATGAATGTGAAAAAGCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114862 ACAGATGCAGGAAAAACATGAAGCCGTTATGAATGTGAAAAAGCAGACCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AAAAGGGGAACTCAAAGAAAGTTGTGCAAATGGAGCAGGAACTTCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114912 AAAAGGGGAACTCAAAGAAAGTTGTGCAAATGGAGCAGGAACTTCAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTACAGTCCCAGCTGTGTGCAGAGCAGGCTCAGCAGCAGGCAAGAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114962 TTACAGTCCCAGCTGTGTGCAGAGCAGGCTCAGCAGCAGGCAAGAGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCAACTAGAGAAGACTTTCCAGGAAGAGGAACAGCATCTTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 115012 GCAACTAGAGAAGACTTTCCAGGAAGAGGAACAGCATCTTCAGGTA...C

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976   GGTTTGGAGATAGCCCAAGGAGAAAAGGACCTGAAGCAACAGCTGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117346 AGGGTTTGGAGATAGCCCAAGGAGAAAAGGACCTGAAGCAACAGCTGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGGCTCTGCAGGAG         CATTGGGCTCTAATGGAAGAGCTAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117396 CAGGCTCTGCAGGAGGTA...CAGCATTGGGCTCTAATGGAAGAGCTAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TCGCAGCAAGAAGGACTTTGAAGCAATCATTCAAGCCAAGAACAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120482 TCGCAGCAAGAAGGACTTTGAAGCAATCATTCAAGCCAAGAACAAAGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TAGAGCAGACCAAG         GAAGAGAAGGAGAAGATGCAAGCACAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120532 TAGAGCAGACCAAGGTA...CAGGAAGAGAAGGAGAAGATGCAAGCACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAGGAAGAAGTTCTTAGCCACATGAATGATGTGCTAGAGAATGAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122789 AAGGAAGAAGTTCTTAGCCACATGAATGATGTGCTAGAGAATGAGCTCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 ATGTATTATTTGTTCAGAATACTTCATTGAG         GCTGTCACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 122839 ATGTATTATTTGTTCAGAATACTTCATTGAGGTA...TAGGCTGTCACCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGAACTGTGCCCACAGTTTCTGCTCCTACTGTATCAATGAATGGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126996 TGAACTGTGCCCACAGTTTCTGCTCCTACTGTATCAATGAATGGATGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CGGAAGATAGAATGCCCCATTTGTCGGAAGGACATTAAGTCCAAAACGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127046 CGGAAGATAGAATGCCCCATTTGTCGGAAGGACATTAAGTCCAAAACGTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CTCTTTGGTTCTGGACAATTGCATTAATAAGATGGTAAATAATCTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127096 CTCTTTGGTTCTGGACAATTGCATTAATAAGATGGTAAATAATCTGAGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 CAGAAGTGAAAGAACGACGAATTGTTCTCATTAGGGAACGAAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 127146 CAGAAGTGAAAGAACGACGAATTGTTCTCATTAGGGAACGAAAAGGTG..

   1500     .    :    .
   1442     CAAAGAGATTGTTC
        .>>>||||||||||||||
 127196 .AAGCAAAGAGATTGTTC