seq1 = pF1KSDA0640.tfa, 1755 bp
seq2 = pF1KSDA0640/gi568815587f_9564180.tfa (gi568815587f:9564180_9849918), 285739 bp

>pF1KSDA0640 1755
>gi568815587f:9564180_9849918 (Chr11)

1-99  (100001-100099)   100% ->
100-240  (129967-130107)   100% ->
241-414  (149287-149460)   100% ->
415-642  (160479-160706)   100% ->
643-789  (163874-164020)   99% ->
790-898  (165164-165272)   100% ->
899-1080  (168350-168531)   99% ->
1081-1188  (174034-174141)   100% ->
1189-1355  (176002-176168)   100% ->
1356-1554  (183679-183877)   99% ->
1555-1651  (184908-185004)   100% ->
1652-1755  (185685-185788)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGAGCTTGAAGGAGGAGCTGCTCAAAGCCATCTGGCACGCCTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGAGCTTGAAGGAGGAGCTGCTCAAAGCCATCTGGCACGCCTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCACTCGACCAGGACCACAGCGGCAAGGTCTCCAAGTCCCAGCTCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 CGCACTCGACCAGGACCACAGCGGCAAGGTCTCCAAGTCCCAGCTCAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         GTCCTTTCCCATAACCTGTGCACGGTGCTGAAGGTTCCTCAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...CAGGTCCTTTCCCATAACCTGTGCACGGTGCTGAAGGTTCCTCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACCCAGTTGCCCTTGAAGAGCACTTCAGGGATGATGATGAGGGTCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130009 GACCCAGTTGCCCTTGAAGAGCACTTCAGGGATGATGATGAGGGTCCAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTCCAACCAGGGCTACATGCCTTATTTAAACAGGTTCATTTTGGAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 130059 GTCCAACCAGGGCTACATGCCTTATTTAAACAGGTTCATTTTGGAAAAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         GTCCAAGACAACTTTGACAAGATTGAATTCAATAGGATGTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130109 TA...TAGGTCCAAGACAACTTTGACAAGATTGAATTCAATAGGATGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGGACCCTCTGTGTCAAAAAAAACCTCACAAAGAATCCCCTGCTCATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149329 TGGACCCTCTGTGTCAAAAAAAACCTCACAAAGAATCCCCTGCTCATTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGAAGATGCATTTAAAATATGGGTTATTTTCAACTTTTTATCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149379 AGAAGAAGATGCATTTAAAATATGGGTTATTTTCAACTTTTTATCTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAAGTATCCATTAATTATTGTGTCAGAAGAG         ATTGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 149429 ACAAGTATCCATTAATTATTGTGTCAGAAGAGGTA...TAGATTGAATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTTAAGAAGCTTACAGAAGCTATGGGAGGAGGTTGGCAGCAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160488 CTGCTTAAGAAGCTTACAGAAGCTATGGGAGGAGGTTGGCAGCAAGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ATTTGAACATTATAAAATCAACTTTGATGACAGTAAAAATGGCCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160538 ATTTGAACATTATAAAATCAACTTTGATGACAGTAAAAATGGCCTTTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CATGGGAACTTATTGAGCTTATTGGAAATGGACAGTTTAGCAAAGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160588 CATGGGAACTTATTGAGCTTATTGGAAATGGACAGTTTAGCAAAGGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACCGGCAGACTGTGTCTATGGCAATTAATGAAGTCTTTAATGAACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160638 GACCGGCAGACTGTGTCTATGGCAATTAATGAAGTCTTTAATGAACTTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ATTAGATGTGTTAAAGCAG         GGTTACATGATGAAAAAGGGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 160688 ATTAGATGTGTTAAAGCAGGTA...CAGGGTTACATGATGAAAAAGGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAGACGGAAAAACTGGACTGAACGATGGTTTGTACTAAAACCCAACATA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 163896 ACAGACGGAAAAACTGGACTGAAAGATGGTTTGTACTAAAACCCAACATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTTCTTACTATGTGAGTGAGGATCTGAAGGATAAGAAAGGAGACATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163946 ATTTCTTACTATGTGAGTGAGGATCTGAAGGATAAGAAAGGAGACATTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CTTGGATGAAAATTGCTGTGTAGAG         TCCTTGCCTGACAAAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 163996 CTTGGATGAAAATTGCTGTGTAGAGGTG...TAGTCCTTGCCTGACAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGGAAAGAAATGCCTTTTTCTCGTAAAATGTTTTGATAAGACTTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165180 ATGGAAAGAAATGCCTTTTTCTCGTAAAATGTTTTGATAAGACTTTTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATCAGTGCTTCAGATAAGAAGAAGAAACAGGAGTGGATTCAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 165230 ATCAGTGCTTCAGATAAGAAGAAGAAACAGGAGTGGATTCAAGGTA...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899   CCATTCATTCTACTATTCATCTGTTGAAGCTGGGCAGCCCTCCACCAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168348 AGCCATTCATTCTACTATTCATCTGTTGAAGCTGGGCAGCCCTCCACCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAAAGAAGCCCGCCAGCGTCGGAAAGAACTCCGGAAGAAGCAGCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168398 ACAAAGAAGCCCGCCAGCGTCGGAAAGAACTCCGGAAGAAGCAGCTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAACAAGAGGAACTGGAGCGACAAATGAAGGAACTCCAGGCCGCCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 168448 GAACAAGAGGAACTGGAGCGACAAATGAAGGAACTCCAGGCCGCCAACGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAGCAAGCAGCAGGAGCTGGAGGCCGTGCGGAAG         AAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 168498 AAGCAAGCAGCAGGAGCTGGAGGCCGTGCGGAAGGTG...TAGAAACTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGGAAGCAGCATCTCGTGCAGCAGAAGAGGAAAAGAAACGCCTTCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174041 AGGAAGCAGCATCTCGTGCAGCAGAAGAGGAAAAGAAACGCCTTCAGACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAAGTGGAACTTCAGGCCAGGTTCAGCACAGAGCTGGAAAGAGAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174091 CAAGTGGAACTTCAGGCCAGGTTCAGCACAGAGCTGGAAAGAGAGAAGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 T         ATCAGACAGCAGATGGAAGAACAGGTTGCTCAAAAGTCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174141 TGTG...CAGATCAGACAGCAGATGGAAGAACAGGTTGCTCAAAAGTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGAACTGGAACAGTATTTACAGCGAGTACGGGAGCTGGAAGACATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176042 CTGAACTGGAACAGTATTTACAGCGAGTACGGGAGCTGGAAGACATGTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CTAAAGCTGCAGGAGGCTCTTGAAGATGAGAGACAGGCCCGGCAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176092 CTAAAGCTGCAGGAGGCTCTTGAAGATGAGAGACAGGCCCGGCAAGATGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGAGACAGTGCGGAAGCTTCAGGCCAG         GTTGTTGGAGGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 176142 AGAGACAGTGCGGAAGCTTCAGGCCAGGTG...TAGGTTGTTGGAGGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGTCTTCCAAGAGGGCTGAACTAGAAAAGTGGCACTTGGAGCAGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183693 AGTCTTCCAAGAGGGCTGAACTAGAAAAGTGGCACTTGGAGCAGCAGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCCATTCAGACAACCGAGGCGGAGAAGCAGGAGTTGGAGAATCAGCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183743 GCCATTCAGACAACCGAGGCGGAGAAGCAGGAGTTGGAGAATCAGCGTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTGAAGGAACAGGCCCTGCAGGAGGCCATGGAGCAGCTGGAGGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 183793 CCTGAAGGAACAGGCCCTGCAGGAGGCCATGGAGCAGCTGGAGCAGCTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGTTAGAACGGAAGCAAGCACTTGAGCAGTACGAG         GAAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 183843 AGTTAGAACGGAAGCAAGCACTTGAGCAGTACGAGGTA...CAGGAAGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 AAAAAGAAGCTGGAGATGGCAACTAATAAGACCAAGAGCTGGAAGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184914 AAAAAGAAGCTGGAGATGGCAACTAATAAGACCAAGAGCTGGAAGGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGTGGCCCATCATGAAGGATTAATTCGACTGATAGAACCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 184964 AGTGGCCCATCATGAAGGATTAATTCGACTGATAGAACCAGGTA...TAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GTTCAAAGAACCCTCACCTGATCACTAACTGGGGACCTGCAGCTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185685 GTTCAAAGAACCCTCACCTGATCACTAACTGGGGACCTGCAGCTTTCACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GAGGCAGAACTTGAAGAGAGAGAGAAGAACTGGAAAGAGAAAAAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185735 GAGGCAGAACTTGAAGAGAGAGAGAAGAACTGGAAAGAGAAAAAGACCAC

   1850 
   1752 GGAG
        ||||
 185785 GGAG