seq1 = pF1KSDA0636.tfa, 1611 bp
seq2 = pF1KSDA0636/gi568815590f_86428546.tfa (gi568815590f:86428546_86658407), 229862 bp

>pF1KSDA0636 1611
>gi568815590f:86428546_86658407 (Chr8)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-312  (100400-100579)   100% ->
313-387  (102610-102684)   100% ->
388-459  (103964-104035)   100% ->
460-543  (109018-109101)   100% ->
544-633  (111700-111789)   100% ->
634-732  (116195-116293)   100% ->
733-819  (118050-118136)   100% ->
820-879  (119166-119225)   100% ->
880-1013  (119756-119889)   100% ->
1014-1068  (122501-122555)   100% ->
1069-1120  (122638-122689)   100% ->
1121-1254  (126306-126439)   100% ->
1255-1491  (127557-127793)   100% ->
1492-1611  (129743-129862)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCCAGTGTGTCACAAAGGTGGCGCTGAATGTTTCCTGTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCCAGTGTGTCACAAAGGTGGCGCTGAATGTTTCCTGTGCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTTTTGGATAAAGATATAGGGTCAAAGTCAGACCCTTTATGTGTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTTTTGGATAAAGATATAGGGTCAAAGTCAGACCCTTTATGTGTGTTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTTGAATACAAGTGGTCAACAGTGGTATGAG         GTTGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 TTTTGAATACAAGTGGTCAACAGTGGTATGAGGTA...TAGGTTGAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGAAAGGATTAAGAATTGCTTGAATCCCCAATTTTCCAAGACATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100409 ACAGAAAGGATTAAGAATTGCTTGAATCCCCAATTTTCCAAGACATTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATTGATTACTACTTTGAAGTGGTTCAGAAATTGAAATTTGGGGTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100459 TATTGATTACTACTTTGAAGTGGTTCAGAAATTGAAATTTGGGGTTTATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATCGACAACAAAACTATTGAGCTGAGTGATGATGACTTCTTAGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100509 ACATCGACAACAAAACTATTGAGCTGAGTGATGATGACTTCTTAGGGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTGAATGTACCCTTGGACAA         ATTGTTTCCAGCAAGAAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100559 TGTGAATGTACCCTTGGACAAGTA...CAGATTGTTTCCAGCAAGAAGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACTCGACCACTGGTGATGAAAACTGGCAGACCTGCAGGAAAAGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102630 AACTCGACCACTGGTGATGAAAACTGGCAGACCTGCAGGAAAAGGGAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTACG         ATTTCAGCTGAAGAAATAAAAGATAATAGAGTGGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102680 TTACGGTA...TAGATTTCAGCTGAAGAAATAAAAGATAATAGAGTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGTTTGAAATGGAAGCCAGAAAACTGGATAATAAG         GATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104000 TTGTTTGAAATGGAAGCCAGAAAACTGGATAATAAGGTG...TAGGATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATTTGGAAAGTCAGACCCATACCTGGAATTCCACAAGCAGACATCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109023 ATTTGGAAAGTCAGACCCATACCTGGAATTCCACAAGCAGACATCTGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GAAACTGGCTAATGGTTCATCGGACAGAG         GTTGTTAAAAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 109073 GAAACTGGCTAATGGTTCATCGGACAGAGGTG...TAGGTTGTTAAAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AACTTGAATCCTGTTTGGAGGCCTTTCAAGATCTCTCTTAACTCACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111712 AACTTGAATCCTGTTTGGAGGCCTTTCAAGATCTCTCTTAACTCACTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TTACGGAGATATGGACAAAACCATTAAG         GTGGAGTGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111762 TTACGGAGATATGGACAAAACCATTAAGGTA...CAGGTGGAGTGTTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ATTATGACAATGATGGGTCACATGATCTCATTGGAACATTTCAGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116208 ATTATGACAATGATGGGTCACATGATCTCATTGGAACATTTCAGACCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATGACAAAACTGAAAGAAGCCTCCAGAAGCTCACCT         GTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 116258 ATGACAAAACTGAAAGAAGCCTCCAGAAGCTCACCTGTA...CAGGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATTTGAATGCATAAATGAGAAAAAAAGGCAAAAGAAAAAAAGCTACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118055 ATTTGAATGCATAAATGAGAAAAAAAGGCAAAAGAAAAAAAGCTACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATTCAGGTGTTATCAGTGTGAAACAGTGTGAG         ATTACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 118105 ATTCAGGTGTTATCAGTGTGAAACAGTGTGAGGTC...TAGATTACAGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAATGCACATTCCTTGACTATATAATGGGAGGATGTCAGCTGAATTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119175 GAATGCACATTCCTTGACTATATAATGGGAGGATGTCAGCTGAATTTTAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 T         GTGGGAGTGGACTTCACTGGCTCCAATGGTGACCCAAGGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119225 TGTA...CAGGTGGGAGTGGACTTCACTGGCTCCAATGGTGACCCAAGGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CTCCAGACTCCCTTCATTACATCAGCCCCAATGGCGTTAATGAGTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119796 CTCCAGACTCCCTTCATTACATCAGCCCCAATGGCGTTAATGAGTATTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACTGCTCTCTGGTCTGTGGGACTGGTCATTCAAGATTATGATGC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 119846 ACTGCTCTCTGGTCTGTGGGACTGGTCATTCAAGATTATGATGCGTG...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1014    TGATAAGATGTTTCCAGCTTTTGGTTTTGGCGCTCAGATACCTCCTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122498 TAGTGATAAGATGTTTCCAGCTTTTGGTTTTGGCGCTCAGATACCTCCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGTGGCAG         GTATCACATGAATTTCCAATGAACTTCAACCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 122548 AGTGGCAGGTA...CAGGTATCACATGAATTTCCAATGAACTTCAACCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCCAATCCCTACTGCAATG         GAATCCAAGGCATTGTAGAGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122671 TCCAATCCCTACTGCAATGGTA...TAGGAATCCAAGGCATTGTAGAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 GTATCGGTCTTGTCTTCCTCAGATAAAACTCTATGGACCAACTAATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126328 GTATCGGTCTTGTCTTCCTCAGATAAAACTCTATGGACCAACTAATTTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CTCCAATCATAAATCACGTGGCCAGGTTTGCTGCTGCAGCCACGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126378 CTCCAATCATAAATCACGTGGCCAGGTTTGCTGCTGCAGCCACGCAACAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 CAGACAGCTTCT         CAATATTTTGTGCTTTTGATTATTACTGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 126428 CAGACAGCTTCTGTA...CAGCAATATTTTGTGCTTTTGATTATTACTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 TGGTGTGATCACAGACCTTGATGAAACCAGACAAGCTATAGTTAATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127586 TGGTGTGATCACAGACCTTGATGAAACCAGACAAGCTATAGTTAATGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CCAGGCTGCCTATGTCCATCATAATTGTTGGAGTTGGAGGTGCTGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127636 CCAGGCTGCCTATGTCCATCATAATTGTTGGAGTTGGAGGTGCTGACTTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 AGCGCCATGGAGTTTCTGGATGGTGATGGTGGAAGTCTCCGCTCCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127686 AGCGCCATGGAGTTTCTGGATGGTGATGGTGGAAGTCTCCGCTCCCCATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GGGCGAAGTGGCCATCAGAGATATTGTCCAGTTTGTGCCTTTCAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127736 GGGCGAAGTGGCCATCAGAGATATTGTCCAGTTTGTGCCTTTCAGACAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCCAGAAT         GCTCCAAAAGAAGCACTTGCTCAGTGTGTCTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 127786 TCCAGAATGTG...AAGGCTCCAAAAGAAGCACTTGCTCAGTGTGTCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GCAGAGATTCCCCAGCAGGTGGTGGGCTACTTCAATACATACAAACTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129776 GCAGAGATTCCCCAGCAGGTGGTGGGCTACTTCAATACATACAAACTCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1575 TCCTCCCAAGAACCCAGCCACGAAACAACAGAAGCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129826 TCCTCCCAAGAACCCAGCCACGAAACAACAGAAGCAG