seq1 = pF1KSDA0626.tfa, 1227 bp
seq2 = pF1KSDA0626/gi568815594r_169891381.tfa (gi568815594r:169891381_170105877), 214497 bp

>pF1KSDA0626 1227
>gi568815594r:169891381_170105877 (Chr4)

(complement)

1-298  (100001-100298)   100% ->
299-1227  (113569-114497)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCGATTGAAGAGCCATCTGACTGTGTGCTTTCTACCTTCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCGATTGAAGAGCCATCTGACTGTGTGCTTTCTACCTTCTGTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTTTTAATCCTAGTATCCACTCTAGCCACCGCTAAGAGTGTGACTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTTTTAATCCTAGTATCCACTCTAGCCACCGCTAAGAGTGTGACTAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACTTTAAATGGCACTAACGTGGTCTTGGGCTCTGTGCCCGTAATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACTTTAAATGGCACTAACGTGGTCTTGGGCTCTGTGCCCGTAATCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAGAACTGACCATATCATAGTCAAGGAAGGGAACAGTGCCTTGATTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCAGAACTGACCATATCATAGTCAAGGAAGGGAACAGTGCCTTGATTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGTAGTGTTTATGGCATCCCTGACCCACAGTTCAAGTGGTATAATTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTGTAGTGTTTATGGCATCCCTGACCCACAGTTCAAGTGGTATAATTCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGGCAAGCTGCTGAAAGAAGAAGAGGATGAGAAGGAGAGAGGAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100251 TTGGCAAGCTGCTGAAAGAAGAAGAGGATGAGAAGGAGAGAGGAGGAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299        GAAAATGGCAAATGCACGACAGCGGCCTCCTGAACATCACCAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 A...CAGGAAAATGGCAAATGCACGACAGCGGCCTCCTGAACATCACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTATCCTTCTCAGACCGAGGTAAATACACGTGTGTGGCTTCTAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113612 GGTATCCTTCTCAGACCGAGGTAAATACACGTGTGTGGCTTCTAACATCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACGGCACCGTGAACAACACGGTGACCTTGCGCGTCATCTTCACTTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113662 ACGGCACCGTGAACAACACGGTGACCTTGCGCGTCATCTTCACTTCTGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GACATGGGTGTCTACTACATGGTCGTGTGCCTGGTGGCCTTCACCATCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113712 GACATGGGTGTCTACTACATGGTCGTGTGCCTGGTGGCCTTCACCATCGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATGGTCCTCAATATCACCCGCCTGTGCATGATGAGCAGCCATCTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113762 CATGGTCCTCAATATCACCCGCCTGTGCATGATGAGCAGCCATCTAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGACTGAGAAGGCCATCAATGAGTTCTTTAGGACCGAAGGTGCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113812 AGACTGAGAAGGCCATCAATGAGTTCTTTAGGACCGAAGGTGCAGAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CTGCAGAAGGCATTTGAGATCGCCAAGCGCATCCCCATCATCACCTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113862 CTGCAGAAGGCATTTGAGATCGCCAAGCGCATCCCCATCATCACCTCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAAAACTCTAGAGCTTGCCAAAGTCACCCAGTTCAAAACCATGGAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113912 CAAAACTCTAGAGCTTGCCAAAGTCACCCAGTTCAAAACCATGGAGTTCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCCGCTACATCGAAGAGCTTGCCAGGAGCGTGCCTCTGCCGCCTCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113962 CCCGCTACATCGAAGAGCTTGCCAGGAGCGTGCCTCTGCCGCCTCTCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATGAACTGCAGGACTATCATGGAGGAGATTATGGAGGTGGTTGGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114012 ATGAACTGCAGGACTATCATGGAGGAGATTATGGAGGTGGTTGGGCTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGAGCAGGGGCAGAATTTTGTGAGGCATACTCCAGAGGGCCAGGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114062 GGAGCAGGGGCAGAATTTTGTGAGGCATACTCCAGAGGGCCAGGAGGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAGACAGGGATGAGGTCTACACAATCCCCAACTCTCTGAAGCGGAGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114112 CAGACAGGGATGAGGTCTACACAATCCCCAACTCTCTGAAGCGGAGCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCCCCTGCCGCTGACTCGGACGCCTCATCGCTGCACGAGCAACCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114162 TCCCCTGCCGCTGACTCGGACGCCTCATCGCTGCACGAGCAACCTCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 AATTGCCATCAAGGTGTCAGTTCACCCGCAGTCCAAAAAAGAGCATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114212 AATTGCCATCAAGGTGTCAGTTCACCCGCAGTCCAAAAAAGAGCATGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATGACCAAGAGGGTGGACAGTTTGAAGTCAAAGATGTAGAGGAGACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114262 ATGACCAAGAGGGTGGACAGTTTGAAGTCAAAGATGTAGAGGAGACAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTGTCGGCGGAACATTCCCCCGAAACTGCAGAACCTTCTACCGATGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114312 CTGTCGGCGGAACATTCCCCCGAAACTGCAGAACCTTCTACCGATGTCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GTCCACCGAGCTAACATCTGAAGAGCCAACACCTGTTGAGGTACCAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114362 GTCCACCGAGCTAACATCTGAAGAGCCAACACCTGTTGAGGTACCAGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGGTACTGCCGCCAGCTTACCTGGAAGCCACAGAGCCAGCAGTGACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114412 AGGTACTGCCGCCAGCTTACCTGGAAGCCACAGAGCCAGCAGTGACACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1192 GACAAAAACACCTGCATTATTTACGAAAGCCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114462 GACAAAAACACCTGCATTATTTACGAAAGCCATGTC