seq1 = pF1KSDA0613.tfa, 2181 bp
seq2 = pF1KSDA0613/gi568815588f_86568692.tfa (gi568815588f:86568692_86832973), 264282 bp

>pF1KSDA0613 2181
>gi568815588f:86568692_86832973 (Chr10)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-245  (110676-110827)   100% ->
246-321  (111391-111466)   100% ->
322-689  (112745-113112)   100% ->
690-859  (123205-123374)   100% ->
860-896  (123844-123880)   100% ->
897-1085  (137840-138028)   100% ->
1086-1231  (141214-141359)   100% ->
1232-1676  (147636-148080)   100% ->
1677-1857  (149273-149453)   100% ->
1858-1978  (150036-150156)   100% ->
1979-2094  (157446-157561)   100% ->
2095-2181  (164196-164282)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTTACAGTGTGACCCTGACTGGGCCCGGGCCCTGGGGCTTCCGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTTACAGTGTGACCCTGACTGGGCCCGGGCCCTGGGGCTTCCGTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGGGGGCAAGGACTTCAACATGCCCCTCACTATCTCCCGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GCAGGGGGGCAAGGACTTCAACATGCCCCTCACTATCTCCCGGGTG...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   ATCACACCAGGCAGCAAGGCAGCCCAGTCCCAGCTCAGCCAGGGTGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110674 AGATCACACCAGGCAGCAAGGCAGCCCAGTCCCAGCTCAGCCAGGGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTCGTGGTGGCCATTGACGGCGTCAACACAGACACCATGACCCACCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110724 CTCGTGGTGGCCATTGACGGCGTCAACACAGACACCATGACCCACCTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCCAGAACAAGATCAAGTCTGCCAGCTACAACTTGAGCCTCACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110774 AGCCCAGAACAAGATCAAGTCTGCCAGCTACAACTTGAGCCTCACCCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAA         ATCAAAGCGTCCCATTCCCATCTCCACGACAGCACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110824 AGAAGTA...CAGATCAAAGCGTCCCATTCCCATCTCCACGACAGCACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGTCCAGACCCCTCTGCCGGTGATCCCTCACCAGAAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111428 CCAGTCCAGACCCCTCTGCCGGTGATCCCTCACCAGAAGGTA...CAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCCGCTCTGGACACGAACGGCAGCCTGGTGGCACCCAGCCCCAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112747 CCCCGCTCTGGACACGAACGGCAGCCTGGTGGCACCCAGCCCCAGCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCGAGGGCCAGCCCAGGCACCCCAGGCACCCCGGAGCTCAGGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112797 AGGCGAGGGCCAGCCCAGGCACCCCAGGCACCCCGGAGCTCAGGCCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTTAGCCCTGCCTTCTCCCGGCCCTCCGCCTTCTCCTCACTCGCCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112847 TTTAGCCCTGCCTTCTCCCGGCCCTCCGCCTTCTCCTCACTCGCCGAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTCTGACCCTGGCCCTCCGCGGGCCAGCCTGAGGGCCAAGACCAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112897 CTCTGACCCTGGCCCTCCGCGGGCCAGCCTGAGGGCCAAGACCAGCCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGGGGGCCCGGGACCTACTCGGCCCAAAAGCCCTGCCGGGCTCGAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112947 AGGGGGCCCGGGACCTACTCGGCCCAAAAGCCCTGCCGGGCTCGAGCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCGAGGCAATATAACAACCCCATTGGCCTGTACTCGGCAGAGACCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112997 CCGAGGCAATATAACAACCCCATTGGCCTGTACTCGGCAGAGACCCTGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAGATGGCTCAGATGTACCAGATGAGCCTCCGAGGGAAGGCCTCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113047 GGAGATGGCTCAGATGTACCAGATGAGCCTCCGAGGGAAGGCCTCGGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCGGACTCCCAGGAGG         GAGCCTCCCTATTAAGGACCTTGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 113097 TCGGACTCCCAGGAGGGTA...CAGGAGCCTCCCTATTAAGGACCTTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTAGACAGCGCCTCTCCCGTCTACCAGGCTGTGATTAAGAGCCAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123230 GTAGACAGCGCCTCTCCCGTCTACCAGGCTGTGATTAAGAGCCAGAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCCAGAAGATGAGGCTGACGAGTGGGCACGCCGTTCCTCCAACCTGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123280 GCCAGAAGATGAGGCTGACGAGTGGGCACGCCGTTCCTCCAACCTGCAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCGCTCCTTCCGCATCCTGGCCCAGATGACGGGGACAGAATTCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 123330 CTCGCTCCTTCCGCATCCTGGCCCAGATGACGGGGACAGAATTCAGTG..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860     TGCAAGACCCTGATGAAGAAGCTCTGCGAAGGTCAAG         
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 123380 .CAGTGCAAGACCCTGATGAAGAAGCTCTGCGAAGGTCAAGGTA...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACCCCTATTGAGCATGCGCCGGTGTGCACCAGCCAGGCCACCACCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137840 CACCCCTATTGAGCATGCGCCGGTGTGCACCAGCCAGGCCACCACCCCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGCTGCCCGCTTCTGCCCAGCCACCTGCTGCTGCCTCTCCCAGTGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137890 TGCTGCCCGCTTCTGCCCAGCCACCTGCTGCTGCCTCTCCCAGTGCGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TCGCCACCCCTGGCCACAGCTGCTGCCCACACTGCCATCGCCTCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137940 TCGCCACCCCTGGCCACAGCTGCTGCCCACACTGCCATCGCCTCCGCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CACCACAGCCCCTGCTTCAAGTCCTGCCGACAGCCCAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 137990 CACCACAGCCCCTGCTTCAAGTCCTGCCGACAGCCCAAGGTA...CAGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCCAGGCCTCTTCCTACAGCCCCGCAGTGGCCGCCTCTTCAGCACCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141216 CCCAGGCCTCTTCCTACAGCCCCGCAGTGGCCGCCTCTTCAGCACCTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACCCACACCAGCTACAGTGAGGGCCCCGCCGCCCCTGCACCCAAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141266 ACCCACACCAGCTACAGTGAGGGCCCCGCCGCCCCTGCACCCAAGCCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GGTTGTCACCACTGCCAGCATCCGGCCTTCTGTCTACCAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 141316 GGTTGTCACCACTGCCAGCATCCGGCCTTCTGTCTACCAGCCAGGTA...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1232    TGCCTGCATCTACCTACAGCCCGTCCCCAGGGGCCAATTACAGTCCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147633 CAGTGCCTGCATCTACCTACAGCCCGTCCCCAGGGGCCAATTACAGTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ACTCCCTACACCCCCTCCCCTGCCCCTGCCTACACCCCCTCCCCTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147683 ACTCCCTACACCCCCTCCCCTGCCCCTGCCTACACCCCCTCCCCTGCCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGCCTACACCCCCTCACCTGTCCCCACCTACACTCCATCCCCAGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147733 TGCCTACACCCCCTCACCTGTCCCCACCTACACTCCATCCCCAGCACCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCTATACCCCCTCACCTGCCCCCAACTATAACCCTGCACCCTCGGTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147783 CCTATACCCCCTCACCTGCCCCCAACTATAACCCTGCACCCTCGGTGGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TACAGCGGGGGCCCTGCGGAGCCTGCCAGCCGTCCACCCTGGGTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147833 TACAGCGGGGGCCCTGCGGAGCCTGCCAGCCGTCCACCCTGGGTGACAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TGATAGCTTCTCCCAGAAGTTTGCCCCGGGCAAGAGCACCACCTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147883 TGATAGCTTCTCCCAGAAGTTTGCCCCGGGCAAGAGCACCACCTCCATCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 GCAAGCAGACCCTGCCCCGGGGAGGCCCAGCCTACACCCCAGCGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147933 GCAAGCAGACCCTGCCCCGGGGAGGCCCAGCCTACACCCCAGCGGGTCCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CAGGTGCCACCACTTGCCAGGGGGACCGTCCAGAGGGCTGAGCGATTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147983 CAGGTGCCACCACTTGCCAGGGGGACCGTCCAGAGGGCTGAGCGATTCCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 AGCCAGCAGCCGGACTCCACTCTGCGGTCACTGCAACAATGTCATCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 148033 AGCCAGCAGCCGGACTCCACTCTGCGGTCACTGCAACAATGTCATCCGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1677        GGGCCCATTTCTGGTAGCCATGGGCCGTTCTTGGCACCCTGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148083 A...CAGGGGCCCATTTCTGGTAGCCATGGGCCGTTCTTGGCACCCTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAGTTCACCTGTGCCTACTGCAAGACTTCCCTGGCAGATGTGTGCTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149316 GAGTTCACCTGTGCCTACTGCAAGACTTCCCTGGCAGATGTGTGCTTTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GGAAGAGCAGAACAACGTTTACTGTGAGCGATGTTATGAGCAATTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149366 GGAAGAGCAGAACAACGTTTACTGTGAGCGATGTTATGAGCAATTCTTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CCCCGCTGTGTGCCAAGTGCAACACCAAAATTATGGGG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 149416 CCCCGCTGTGTGCCAAGTGCAACACCAAAATTATGGGGGTA...CAGGAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 GTAATGCATGCCTTGAGACAGACATGGCACACCACCTGCTTCGTCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150039 GTAATGCATGCCTTGAGACAGACATGGCACACCACCTGCTTCGTCTGTGC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 GGCCTGCAAGAAGCCTTTTGGGAACAGCCTCTTCCACATGGAAGACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150089 GGCCTGCAAGAAGCCTTTTGGGAACAGCCTCTTCCACATGGAAGACGGGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 AGCCCTACTGCGAGAAAG         ACTACATCAATCTGTTCAGCACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 150139 AGCCCTACTGCGAGAAAGGTA...CAGACTACATCAATCTGTTCAGCACC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AAGTGCCATGGCTGCGATTTCCCCGTGGAGGCTGGCGACAAGTTTATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157469 AAGTGCCATGGCTGCGATTTCCCCGTGGAGGCTGGCGACAAGTTTATCGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 AGCCCTGGGCCACACTTGGCACGACACCTGCTTCATTTGCGCA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 157519 AGCCCTGGGCCACACTTGGCACGACACCTGCTTCATTTGCGCAGTA...C

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2095   GTCTGCCATGTGAATCTGGAGGGGCAGCCGTTCTACTCCAAGAAGGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164194 AGGTCTGCCATGTGAATCTGGAGGGGCAGCCGTTCTACTCCAAGAAGGAC

   2250     .    :    .    :    .    :    .
   2143 AGACCCCTGTGCAAGAAGCACGCACACACCATCAACTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164244 AGACCCCTGTGCAAGAAGCACGCACACACCATCAACTTG