seq1 = pF1KSDA0607.tfa, 2136 bp
seq2 = pF1KSDA0607/gi568815597f_35459125.tfa (gi568815597f:35459125_35665660), 206536 bp

>pF1KSDA0607 2136
>gi568815597f:35459125_35665660 (Chr1)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-1092  (101202-102170)   100% ->
1093-1334  (103268-103509)   100% ->
1335-1559  (104078-104302)   100% ->
1560-1702  (104643-104785)   100% ->
1703-2136  (106103-106536)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCGGATTGCGAGCCAGCTCTGAACCAGGCAGAGGGCCGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCGGATTGCGAGCCAGCTCTGAACCAGGCAGAGGGCCGAAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCCTGGAGCGCTACCTGGGAGCCCTCCGTGAGGCCAAGAATGACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCCTGGAGCGCTACCTGGGAGCCCTCCGTGAGGCCAAGAATGACAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGTTTGCAGCCCTGCTGCTA         GTGACCAAGGCAGTCAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 AGCAGTTTGCAGCCCTGCTGCTAGTA...TAGGTGACCAAGGCAGTCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGGTGACATAGATGCCAAAACTCGGCGGCGGATCTTCGATGCTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101220 GCAGGTGACATAGATGCCAAAACTCGGCGGCGGATCTTCGATGCTGTCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCACCTTCCCCAATCGTCTCCTGACCACCAAGGAGGCGCCGGATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101270 CTTCACCTTCCCCAATCGTCTCCTGACCACCAAGGAGGCGCCGGATGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCCTGACCATGTTCTGCGGGCTTTGGGTGTGGCCCTGCTGGCCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101320 GCCCTGACCATGTTCTGCGGGCTTTGGGTGTGGCCCTGCTGGCCTGCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCAGTGACCCTGAACTGGCCGCCCATCCCCAAGTCCTGAACAAGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101370 TGCAGTGACCCTGAACTGGCCGCCCATCCCCAAGTCCTGAACAAGATTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CATTCTTAGCACCTTCCTCACAGCCCGGGGGGACCCGGACGATGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101420 CATTCTTAGCACCTTCCTCACAGCCCGGGGGGACCCGGACGATGCTGCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCGCTCCATGATTGATGACACCTACCAGTGCCTGACGGCTGTAGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101470 GCCGCTCCATGATTGATGACACCTACCAGTGCCTGACGGCTGTAGCAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACACCCAGAGGGCCTCGGCACCTCATTGCTGGTGGCACCGTGTCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101520 ACACCCAGAGGGCCTCGGCACCTCATTGCTGGTGGCACCGTGTCTGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATGCCAGGCATACCTGGGGCACGGCTATGGCTTTGACCAGGCCCTGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101570 ATGCCAGGCATACCTGGGGCACGGCTATGGCTTTGACCAGGCCCTGGCAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCTGGTGGGGCTGCTGGCTGCTGCCGAGACACAGTGCTGGAAGGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101620 TCCTGGTGGGGCTGCTGGCTGCTGCCGAGACACAGTGCTGGAAGGAGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGCCCGACCTGCTGGCCGTGTTGCGGGGCCTCAGTGAGGATTTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101670 GAGCCCGACCTGCTGGCCGTGTTGCGGGGCCTCAGTGAGGATTTCCAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGCTGAGGATGCCAGCAAGTTTGAGCTCTGCCAGCTGCTGCCCCTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101720 AGCTGAGGATGCCAGCAAGTTTGAGCTCTGCCAGCTGCTGCCCCTCTTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGCCCCCGACAACCGTGCCCCCTGAATGCTACCGGGATCTGCAGGCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101770 TGCCCCCGACAACCGTGCCCCCTGAATGCTACCGGGATCTGCAGGCCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGGCACGCATCCTGGGAAGCAAGCTGAGCTCCTGGCAGCGCAACCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 CTGGCACGCATCCTGGGAAGCAAGCTGAGCTCCTGGCAGCGCAACCCTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 ACTGAAGCTGGCAGCCCGCCTGGCACACGCCTGCGGCTCCGACTGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101870 ACTGAAGCTGGCAGCCCGCCTGGCACACGCCTGCGGCTCCGACTGGATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CGGCGGGCAGCTCCGGGAGCAAGTTCCTGGCCCTGCTGGTGAATCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101920 CGGCGGGCAGCTCCGGGAGCAAGTTCCTGGCCCTGCTGGTGAATCTGGCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TGCGTGGAAGTGCGGCTGGCACTGGAGGAGACGGGCACGGAGGTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101970 TGCGTGGAAGTGCGGCTGGCACTGGAGGAGACGGGCACGGAGGTGAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGATGTGGTGACCGCCTGCTATGCCCTCATGGAGTTGGGGATCCAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102020 GGATGTGGTGACCGCCTGCTATGCCCTCATGGAGTTGGGGATCCAGGAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCACTCGCTGTGAGCAGTCACTGCTTAAGGAGCCACAGAAGGTGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102070 GCACTCGCTGTGAGCAGTCACTGCTTAAGGAGCCACAGAAGGTGCAGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GTGAGCGTCATGAAGGAGGCCATAGGGGCTGTTATCCACTACCTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102120 GTGAGCGTCATGAAGGAGGCCATAGGGGCTGTTATCCACTACCTGCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 G         GTGGGGTCAGAGAAGCAGAAGGAGCCCTTTGTGTTTGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102170 GGTG...CAGGTGGGGTCAGAGAAGCAGAAGGAGCCCTTTGTGTTTGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CGGTGCGGATCCTGGGTGCCTGGCTGGCCGAGGAGACCTCATCCTTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103308 CGGTGCGGATCCTGGGTGCCTGGCTGGCCGAGGAGACCTCATCCTTGCGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGGAGGTGTGCCAGCTGCTGCCCTTCCTCGTCCGCTATGCCAAGACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103358 AAGGAGGTGTGCCAGCTGCTGCCCTTCCTCGTCCGCTATGCCAAGACCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CTACGAGGAGGCCGAGGAGGCCAATGACCTTTCCCAGCAGGTGGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103408 CTACGAGGAGGCCGAGGAGGCCAATGACCTTTCCCAGCAGGTGGCCAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TGGCCATCTCCCCCACCACCCCAGGGCCCACCTGGCCAGGAGACGCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103458 TGGCCATCTCCCCCACCACCCCAGGGCCCACCTGGCCAGGAGACGCTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CG         GCTCCTCCTGCCTGGCTGGTGCCACCTGACCGTTGAAGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103508 CGGTG...CAGGCTCCTCCTGCCTGGCTGGTGCCACCTGACCGTTGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TGGGCCCCGGGAGATCCTGATCAAGGAAGGGGCCCCCTCGCTTCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104117 TGGGCCCCGGGAGATCCTGATCAAGGAAGGGGCCCCCTCGCTTCTGTGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AGTATTTCCTGCAGCAGTGGGAACTCACATCCCCTGGCCACGACACCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104167 AGTATTTCCTGCAGCAGTGGGAACTCACATCCCCTGGCCACGACACCTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 GTGCTGCCTGACAGCGTGGAGATTGGCCTGCAGACCTGCTGCCACATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104217 GTGCTGCCTGACAGCGTGGAGATTGGCCTGCAGACCTGCTGCCACATCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CCTCAACCTCGTGGTCACCGCACCGGGGCTGATCAA         GCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104267 CCTCAACCTCGTGGTCACCGCACCGGGGCTGATCAAGTG...CAGGCGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 ACGCCTGCTTCACATCTCTAATGAACACCCTCATGACGTCGCTACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104648 ACGCCTGCTTCACATCTCTAATGAACACCCTCATGACGTCGCTACCAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CTAGTGCAGCAACAGGGAAGGCTGCTTCTGGCTGCTAATGTGGCCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104698 CTAGTGCAGCAACAGGGAAGGCTGCTTCTGGCTGCTAATGTGGCCACCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GGGGCTCCTCATGGCCCGGCTCCTTAGCACCTCTCCAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104748 GGGGCTCCTCATGGCCCGGCTCCTTAGCACCTCTCCAGGTA...CAGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TTCAGGGAACACCAGCATCCCGAGGGTTCTTCGCAGCTGCCATCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106106 TTCAGGGAACACCAGCATCCCGAGGGTTCTTCGCAGCTGCCATCCTCTTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 CTATCACAGTCCCACGTGGCGCGGGCCACCCCGGGCTCAGACCAGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106156 CTATCACAGTCCCACGTGGCGCGGGCCACCCCGGGCTCAGACCAGGCAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GCTAGCCCTGTCCCCTGAGTATGAGGGCATCTGGGCCGACCTGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106206 GCTAGCCCTGTCCCCTGAGTATGAGGGCATCTGGGCCGACCTGCAGGAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 TCTGGTTCCTGGGCATGCAGGCCTTCACCGGCTGTGTGCCTCTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106256 TCTGGTTCCTGGGCATGCAGGCCTTCACCGGCTGTGTGCCTCTGCTGCCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 TGGCTGGCCCCCGCTGCCCTGCGCTCCCGCTGGCCGCAGGAGCTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106306 TGGCTGGCCCCCGCTGCCCTGCGCTCCCGCTGGCCGCAGGAGCTGCTCCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GCTGCTAGGCAGTGTCAGCCCCAACTCTGTCAAGCCCGAGATGGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106356 GCTGCTAGGCAGTGTCAGCCCCAACTCTGTCAAGCCCGAGATGGTGGCCG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 CCTATCAGGGTGTCCTGGTGGAGCTGGCGCGGGCCAACCGGCTGTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106406 CCTATCAGGGTGTCCTGGTGGAGCTGGCGCGGGCCAACCGGCTGTGCCGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2056 GAGGCCATGAGGCTGCAGGCGGGCGAGGAGACGGCCAGCCACTACCGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106456 GAGGCCATGAGGCTGCAGGCGGGCGAGGAGACGGCCAGCCACTACCGCAT

   2150     .    :    .    :    .    :
   2106 GGCTGCCTTGGAGCAGTGCCTGTCAGAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 106506 GGCTGCCTTGGAGCAGTGCCTGTCAGAGCCC