seq1 = pF1KSDA0604.tfa, 2295 bp
seq2 = pF1KSDA0604/gi568815595f_184176154.tfa (gi568815595f:184176154_184392235), 216082 bp

>pF1KSDA0604 2295
>gi568815595f:184176154_184392235 (Chr3)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-126  (100328-100414)   100% ->
127-262  (100739-100874)   100% ->
263-478  (101098-101313)   100% ->
479-603  (101772-101896)   100% ->
604-750  (102014-102160)   99% ->
751-816  (102339-102404)   100% ->
817-1005  (107632-107820)   100% ->
1006-1148  (108810-108952)   100% ->
1149-1263  (109325-109439)   100% ->
1264-1374  (111684-111794)   100% ->
1375-1473  (113284-113382)   100% ->
1474-1551  (113488-113565)   100% ->
1552-1655  (114102-114205)   100% ->
1656-1766  (114404-114514)   100% ->
1767-1834  (114640-114707)   100% ->
1835-2025  (114887-115077)   100% ->
2026-2121  (115191-115286)   100% ->
2122-2295  (115909-116082)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACGTCGCGCTGCAGGAGCTGGGAGCTGGCAGCAAC         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGAACGTCGCGCTGCAGGAGCTGGGAGCTGGCAGCAACGTG...CAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGTGGAGTACAAACGGGCCACGCTTCGGGATGAAGACGCACCCGAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100330 GGTGGAGTACAAACGGGCCACGCTTCGGGATGAAGACGCACCCGAGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGTAGAGGGCGGGGCCTCCCCGGACGCCATGGAG         GTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100380 CCGTAGAGGGCGGGGCCTCCCCGGACGCCATGGAGGTG...CAGGTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTCCAGAAGGGGACAAGACAGCTGTTAGGCTCACGCACGCAGCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100745 TTCCAGAAGGGGACAAGACAGCTGTTAGGCTCACGCACGCAGCTGGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTCTTAGCAGGTGCCTCTCTACTGCTGGCTGCACTGCTTCTGGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100795 GGTCTTAGCAGGTGCCTCTCTACTGCTGGCTGCACTGCTTCTGGGCTGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTGGCCCTAGGGGTCCAGTACCACAGAG         ACCCATCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100845 TTGTGGCCCTAGGGGTCCAGTACCACAGAGGTA...CAGACCCATCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGCACCTGCCTTACAGAGGCCTGCATTCGAGTGGCTGGAAAAATCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101109 AGCACCTGCCTTACAGAGGCCTGCATTCGAGTGGCTGGAAAAATCCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTCCCTGGACCGAGGGGTGAGCCCCTGTGAGGACTTTTACCAGTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101159 GTCCCTGGACCGAGGGGTGAGCCCCTGTGAGGACTTTTACCAGTTCTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGGGGGCTGGATTCGGAGGAACCCCCTGCCCGATGGGCGTTCTCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101209 GTGGGGGCTGGATTCGGAGGAACCCCCTGCCCGATGGGCGTTCTCGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACACCTTCAACAGCCTCTGGGACCAAAACCAGGCCATACTGAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101259 AACACCTTCAACAGCCTCTGGGACCAAAACCAGGCCATACTGAAGCACCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTTG         AAAACACCACCTTCAACTCCAGCAGTGAAGCTGAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101309 GCTTGGTG...CAGAAAACACCACCTTCAACTCCAGCAGTGAAGCTGAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGAAGACACAGCGCTTCTACCTATCTTGCCTACAGGTGGAGCGCATTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101808 AGAAGACACAGCGCTTCTACCTATCTTGCCTACAGGTGGAGCGCATTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCTGGGAGCCCAGCCACTGAGAGACCTCATTGAGAAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101858 GAGCTGGGAGCCCAGCCACTGAGAGACCTCATTGAGAAGGTA...TAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGTGGTTGGAACATTACGGGGCCCTGGGACCAGGACAACTTTATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102016 TGGTGGTTGGAACATTACGGGGCCCTGGGACCAGGACAACTTTATGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGTTGAAGGCAGTAGCAGGGACCTACAGGGCCACCCCATTCTTCACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102066 TGTTGAAGGCAGTAGCAGGGACCTACAGGGCCACCCCATTCTTCACCGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TACATCAGTGCTGACTCTAAGAGTTCCAACAGCAATGTTATCCAG     
        ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102116 TACATCAGTGCCGACTCTAAGAGTTCCAACAGCAATGTTATCCAGGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751     GTGGACCAGTCTGGGCTCTTTCTGCCCTCTCGGGATTACTACTTAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102166 .CAGGTGGACCAGTCTGGGCTCTTTCTGCCCTCTCGGGATTACTACTTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACAGAACTGCCAATGAGAAA         GTGCTCACTGCCTATCTGGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102385 ACAGAACTGCCAATGAGAAAGTA...CAGGTGCTCACTGCCTATCTGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TACATGGAGGAACTGGGGATGCTGCTGGGTGGGCGGCCCACCTCCACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107653 TACATGGAGGAACTGGGGATGCTGCTGGGTGGGCGGCCCACCTCCACGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGCAGATGCAGCAGGTGCTGGAGTTGGAGATACAGCTGGCCAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107703 GGAGCAGATGCAGCAGGTGCTGGAGTTGGAGATACAGCTGGCCAACATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGTGCCCCAGGACCAGCGGCGCGACGAGGAGAAGATCTACCACAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107753 CAGTGCCCCAGGACCAGCGGCGCGACGAGGAGAAGATCTACCACAAGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AGCATTTCGGAGCTGCAG         GCTCTGGCGCCCTCCATGGACTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107803 AGCATTTCGGAGCTGCAGGTG...CAGGCTCTGGCGCCCTCCATGGACTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCTTGAGTTCCTGTCTTTCTTGCTGTCACCATTGGAGTTGAGTGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108833 GCTTGAGTTCCTGTCTTTCTTGCTGTCACCATTGGAGTTGAGTGACTCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCCTGTGGTGGTGTATGGGATGGATTATTTGCAGCAGGTGTCAGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108883 AGCCTGTGGTGGTGTATGGGATGGATTATTTGCAGCAGGTGTCAGAGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATCAACCGCACGGAACCAAG         CATCCTGAACAATTACCTGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108933 ATCAACCGCACGGAACCAAGGTG...CAGCATCCTGAACAATTACCTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTGGAACCTGGTGCAAAAGACAACCTCAAGCCTGGACCGACGCTTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109346 CTGGAACCTGGTGCAAAAGACAACCTCAAGCCTGGACCGACGCTTTGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTGCACAAGAGAAGCTGCTGGAGACCCTCTATGGCACTAAGAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109396 CTGCACAAGAGAAGCTGCTGGAGACCCTCTATGGCACTAAGAAGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264    TCCTGTGTGCCGAGGTGGCAGACCTGCATCTCCAACACGGATGACGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111681 CAGTCCTGTGTGCCGAGGTGGCAGACCTGCATCTCCAACACGGATGACGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTTGGCTTTGCTTTGGGGTCCCTCTTCGTGAAGGCCACGTTTGACCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111731 CCTTGGCTTTGCTTTGGGGTCCCTCTTCGTGAAGGCCACGTTTGACCGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAAGCAAAGAAATT         GCAGAGGGGATGATCAGCGAAATCCGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111781 AAAGCAAAGAAATTGTG...CAGGCAGAGGGGATGATCAGCGAAATCCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACCGCATTTGAGGAGGCCCTGGGACAGCTGGTTTGGATGGATGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113311 ACCGCATTTGAGGAGGCCCTGGGACAGCTGGTTTGGATGGATGAGAAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CCGCCAGGCAGCCAAGGAGAAA         GCAGATGCCATCTATGATA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 113361 CCGCCAGGCAGCCAAGGAGAAAGTG...CAGGCAGATGCCATCTATGATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 TGATTGGTTTCCCAGACTTTATCCTGGAGCCCAAAGAGCTGGATGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113507 TGATTGGTTTCCCAGACTTTATCCTGGAGCCCAAAGAGCTGGATGATGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TATGACGGG         TACGAAATTTCTGAAGATTCTTTCTTCCAAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113557 TATGACGGGGTG...CAGTACGAAATTTCTGAAGATTCTTTCTTCCAAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CATGTTGAATTTGTACAACTTCTCTGCCAAGGTTATGGCTGACCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114134 CATGTTGAATTTGTACAACTTCTCTGCCAAGGTTATGGCTGACCAGCTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 GCAAGCCTCCCAGCCGAGACCA         GTGGAGCATGACCCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114184 GCAAGCCTCCCAGCCGAGACCAGTG...CAGGTGGAGCATGACCCCCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 ACAGTGAATGCCTACTACCTTCCAACTAAGAATGAGATCGTCTTCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114423 ACAGTGAATGCCTACTACCTTCCAACTAAGAATGAGATCGTCTTCCCCGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 TGGCATCCTGCAGGCCCCCTTCTATGCCCGCAACCACCCCAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 114473 TGGCATCCTGCAGGCCCCCTTCTATGCCCGCAACCACCCCAAGTG...CA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1767  GGCCCTGAACTTCGGTGGCATCGGTGTGGTCATGGGCCATGAGTTGACG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114639 GGGCCCTGAACTTCGGTGGCATCGGTGTGGTCATGGGCCATGAGTTGACG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 CATGCCTTTGATGACCAAG         GGCGCGAGTATGACAAAGAAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114689 CATGCCTTTGATGACCAAGGTA...CAGGGCGCGAGTATGACAAAGAAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 GAACCTGCGGCCCTGGTGGCAGAATGAGTCCCTGGCAGCCTTCCGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114909 GAACCTGCGGCCCTGGTGGCAGAATGAGTCCCTGGCAGCCTTCCGGAACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 ACACGGCCTGCATGGAGGAACAGTACAATCAATACCAGGTCAATGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114959 ACACGGCCTGCATGGAGGAACAGTACAATCAATACCAGGTCAATGGGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AGGCTCAACGGCCGCCAGACGCTGGGGGAGAACATTGCTGACAACGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115009 AGGCTCAACGGCCGCCAGACGCTGGGGGAGAACATTGCTGACAACGGGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 GCTGAAGGCTGCCTACAAT         GCTTACAAAGCATGGCTGAGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115059 GCTGAAGGCTGCCTACAATGTG...CAGGCTTACAAAGCATGGCTGAGAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 AGCATGGGGAGGAGCAGCAACTGCCAGCCGTGGGGCTCACCAACCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115213 AGCATGGGGAGGAGCAGCAACTGCCAGCCGTGGGGCTCACCAACCACCAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 CTCTTCTTCGTGGGATTTGCCCAG         GTGTGGTGCTCGGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 115263 CTCTTCTTCGTGGGATTTGCCCAGGTA...CAGGTGTGGTGCTCGGTCCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 CACACCAGAGAGCTCTCACGAGGGGCTGGTGACCGACCCCCACAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115926 CACACCAGAGAGCTCTCACGAGGGGCTGGTGACCGACCCCCACAGCCCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CCCGCTTCCGCGTGCTGGGCACTCTCTCCAACTCCCGTGACTTCCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115976 CCCGCTTCCGCGTGCTGGGCACTCTCTCCAACTCCCGTGACTTCCTGCGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2239 CACTTCGGCTGCCCTGTCGGCTCCCCCATGAACCCAGGGCAGCTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116026 CACTTCGGCTGCCCTGTCGGCTCCCCCATGAACCCAGGGCAGCTGTGTGA

   2450     .
   2289 GGTGTGG
        |||||||
 116076 GGTGTGG