seq1 = pF1KSDA0601.tfa, 2556 bp
seq2 = pF1KSDA0601/gi568815597f_22919597.tfa (gi568815597f:22919597_23183361), 263765 bp

>pF1KSDA0601 2556
>gi568815597f:22919597_23183361 (Chr1)

1-351  (100001-100351)   100% ->
352-517  (110873-111038)   100% ->
518-651  (130791-130924)   100% ->
652-730  (134165-134243)   100% ->
731-823  (135473-135565)   100% ->
824-930  (136336-136442)   100% ->
931-1012  (137888-137969)   100% ->
1013-1107  (139477-139571)   100% ->
1108-1250  (148943-149085)   100% ->
1251-1341  (149465-149555)   100% ->
1342-1476  (151629-151763)   100% ->
1477-1550  (152528-152601)   100% ->
1551-1662  (153696-153807)   100% ->
1663-1795  (157632-157764)   100% ->
1796-1983  (159394-159581)   100% ->
1984-2098  (159957-160071)   100% ->
2099-2226  (161850-161977)   100% ->
2227-2373  (162624-162770)   100% ->
2374-2556  (163583-163765)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTATCTGGGAAGAAGGCGGCAGCCGCGGCGGCGGCGGCTGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTATCTGGGAAGAAGGCGGCAGCCGCGGCGGCGGCGGCTGCAGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAACCGGGACGGAGGCTGGCCCTGGGACAGCAGGCGGCTCCGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAACCGGGACGGAGGCTGGCCCTGGGACAGCAGGCGGCTCCGAGAACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTCTGAGGTGGCCGCGCAGCCCGCGGGCCTGTCGGGCCCAGCCGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTCTGAGGTGGCCGCGCAGCCCGCGGGCCTGTCGGGCCCAGCCGAGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGCCGGGGGCGGTGGGGGAGCGCACACCCCGCAAGAAAGAGCCTCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGCCGGGGGCGGTGGGGGAGCGCACACCCCGCAAGAAAGAGCCTCCGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGCCTCGCCCCCCGGGGGCCTGGCGGAACCGCCGGGGTCCGCAGGGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGCCTCGCCCCCCGGGGGCCTGGCGGAACCGCCGGGGTCCGCAGGGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGCCGGCCCTACTGTCGTGCCTGGGTCTGCGACCCCCATGGAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGGCCGGCCCTACTGTCGTGCCTGGGTCTGCGACCCCCATGGAAACTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATAGCAGAGACTCCGGAGGGGCGTCGGACCAGCCGGCGCAAGCGGGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATAGCAGAGACTCCGGAGGGGCGTCGGACCAGCCGGCGCAAGCGGGCGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 G         GTAGAGTACAGAGAGATGGATGAAAGCTTGGCCAACCTCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGTA...TAGGTAGAGTACAGAGAGATGGATGAAAGCTTGGCCAACCTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGAAGATGAGTATTATTCAGAAGAAGAGAGAAATGCCAAAGCAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110913 CAGAAGATGAGTATTATTCAGAAGAAGAGAGAAATGCCAAAGCAGAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAAAAGAAGCTTCCCCCACCACCCCCTCAAGCCCCACCTGAGGAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110963 GAAAAGAAGCTTCCCCCACCACCCCCTCAAGCCCCACCTGAGGAAGAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGAAAGTGAGCCTGAAGAACCATCGG         GTGTGGAGGGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 111013 TGAAAGTGAGCCTGAAGAACCATCGGGTG...TAGGTGTGGAGGGCGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CTTTCCAGAGCCGACTTCCTCATGACCGGATGACTTCTCAAGAAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130806 CTTTCCAGAGCCGACTTCCTCATGACCGGATGACTTCTCAAGAAGCAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGTTTTCCAGATATTATCAGTGGACCACAACAGACCCAGAAGGTTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130856 TGTTTTCCAGATATTATCAGTGGACCACAACAGACCCAGAAGGTTTTTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTTCATTAGAAACCGCACA         CTGCAGTTGTGGTTGGATAATC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 130906 TTTCATTAGAAACCGCACAGTA...CAGCTGCAGTTGTGGTTGGATAATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAAAGATTCAGCTGACATTTGAGGCTACTCTCCAACAATTAGAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134187 CAAAGATTCAGCTGACATTTGAGGCTACTCTCCAACAATTAGAAGCACCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TATAACA         GTGATACTGTGCTTGTCCACCGAGTTCACAGTTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134237 TATAACAGTA...TAGGTGATACTGTGCTTGTCCACCGAGTTCACAGTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTTAGAGCGTCATGGTCTTATCAACTTCGGCATCTATAAGAGGATAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135507 TTTAGAGCGTCATGGTCTTATCAACTTCGGCATCTATAAGAGGATAAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCTACCAA         CTAAAAAGACAGGAAAGGTAATTATTATAGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 135557 CCCTACCAAGTA...TAGCTAAAAAGACAGGAAAGGTAATTATTATAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTGGGGTCTCAGGCTTGGCAGCAGCTCGACAGTTACAAAGTTTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136368 TCTGGGGTCTCAGGCTTGGCAGCAGCTCGACAGTTACAAAGTTTTGGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGATGTCACACTTTTGGAAGCCAGG         GATCGTGTGGGTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 136418 GGATGTCACACTTTTGGAAGCCAGGGTA...CAGGATCGTGTGGGTGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GAGTTGCCACATTTCGCAAAGGAAACTATGTAGCTGATCTTGGAGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137904 GAGTTGCCACATTTCGCAAAGGAAACTATGTAGCTGATCTTGGAGCCATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGGTAACAGGTCTTG         GAGGGAATCCTATGGCTGTGGTCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 137954 GTGGTAACAGGTCTTGGTA...TAGGAGGGAATCCTATGGCTGTGGTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAACAAGTAAATATGGAACTGGCCAAGATCAAGCAAAAATGCCCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139502 CAAACAAGTAAATATGGAACTGGCCAAGATCAAGCAAAAATGCCCACTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATGAAGCCAACGGACAAGCT         GTTCCTAAAGAGAAAGATGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139552 ATGAAGCCAACGGACAAGCTGTA...CAGGTTCCTAAAGAGAAAGATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATGGTAGAGCAAGAGTTTAACCGGTTGCTAGAAGCTACATCTTACCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148964 ATGGTAGAGCAAGAGTTTAACCGGTTGCTAGAAGCTACATCTTACCTTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TCATCAACTAGACTTCAATGTCCTCAATAATAAGCCTGTGTCCCTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149014 TCATCAACTAGACTTCAATGTCCTCAATAATAAGCCTGTGTCCCTTGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGGCATTGGAAGTTGTCATTCA         GTTACAAGAGAAGCATGTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 149064 AGGCATTGGAAGTTGTCATTCAGTA...TAGGTTACAAGAGAAGCATGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAAGATGAGCAGATTGAACATTGGAAGAAGATAGTGAAAACTCAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149484 AAAGATGAGCAGATTGAACATTGGAAGAAGATAGTGAAAACTCAGGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ATTGAAAGAACTTCTTAATAAG         ATGGTAAATTTGAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 149534 ATTGAAAGAACTTCTTAATAAGGTG...TAGATGGTAAATTTGAAAGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAATTAAAGAACTCCATCAGCAATACAAAGAAGCATCTGAAGTAAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151648 AAATTAAAGAACTCCATCAGCAATACAAAGAAGCATCTGAAGTAAAGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCCAGAGATATTACTGCCGAGTTCTTAGTGAAAAGCAAACACAGGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151698 CCCAGAGATATTACTGCCGAGTTCTTAGTGAAAAGCAAACACAGGGATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GACCGCCCTATGCAAG         GAATATGATGAATTAGCTGAAACAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 151748 GACCGCCCTATGCAAGGTG...CAGGAATATGATGAATTAGCTGAAACAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AAGGAAAGCTAGAAGAAAAACTTCAGGAGTTGGAAGCGAATCCCCCAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 152553 AAGGAAAGCTAGAAGAAAAACTTCAGGAGTTGGAAGCGAATCCCCCAAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551         TGATGTATATCTCTCATCAAGAGACAGACAAATACTTGATTG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152603 TA...CAGTGATGTATATCTCTCATCAAGAGACAGACAAATACTTGATTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCATTTTGCAAATCTTGAATTTGCTAATGCCACACCTCTCTCAACTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153738 GCATTTTGCAAATCTTGAATTTGCTAATGCCACACCTCTCTCAACTCTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCCTTAAGCACTGGGATCAG         GATGATGACTTTGAGTTCACT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 153788 CCCTTAAGCACTGGGATCAGGTA...TAGGATGATGACTTTGAGTTCACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGCAGCCACCTGACAGTAAGGAATGGCTACTCGTGTGTGCCTGTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157653 GGCAGCCACCTGACAGTAAGGAATGGCTACTCGTGTGTGCCTGTGGCTTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AGCAGAAGGCCTAGACATTAAACTGAATACAGCAGTGCGACAGGTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157703 AGCAGAAGGCCTAGACATTAAACTGAATACAGCAGTGCGACAGGTTCGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 ACACGGCTTCAG         GATGTGAAGTGATAGCTGTGAATACCCGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 157753 ACACGGCTTCAGGTA...CAGGATGTGAAGTGATAGCTGTGAATACCCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 TCCACGAGTCAAACCTTTATTTATAAATGCGACGCAGTTCTCTGTACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159423 TCCACGAGTCAAACCTTTATTTATAAATGCGACGCAGTTCTCTGTACCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TCCCCTGGGTGTGCTGAAGCAGCAGCCACCAGCCGTTCAGTTTGTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159473 TCCCCTGGGTGTGCTGAAGCAGCAGCCACCAGCCGTTCAGTTTGTGCCAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CTCTCCCTGAGTGGAAAACATCTGCAGTCCAAAGGATGGGATTTGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159523 CTCTCCCTGAGTGGAAAACATCTGCAGTCCAAAGGATGGGATTTGGCAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CTTAACAAG         GTGGTGTTGTGTTTTGATCGGGTGTTCTGGGA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 159573 CTTAACAAGGTA...TAGGTGGTGTTGTGTTTTGATCGGGTGTTCTGGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TCCAAGTGTCAATTTGTTCGGGCATGTTGGCAGTACGACTGCCAGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159989 TCCAAGTGTCAATTTGTTCGGGCATGTTGGCAGTACGACTGCCAGCAGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 GTGAGCTCTTCCTCTTCTGGAACCTCTATAAAG         CTCCAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 160039 GTGAGCTCTTCCTCTTCTGGAACCTCTATAAAGGTA...CAGCTCCAATA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CTGTTGGCACTAGTGGCAGGAGAAGCTGCTGGTATCATGGAAAACATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161858 CTGTTGGCACTAGTGGCAGGAGAAGCTGCTGGTATCATGGAAAACATAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 TGACGATGTGATTGTTGGCCGATGCCTGGCCATTCTCAAAGGGATTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161908 TGACGATGTGATTGTTGGCCGATGCCTGGCCATTCTCAAAGGGATTTTTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 GTAGCAGTGCAGTACCTCAG         CCCAAAGAAACTGTGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 161958 GTAGCAGTGCAGTACCTCAGGTA...TAGCCCAAAGAAACTGTGGTGTCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 CGTTGGCGTGCTGATCCCTGGGCTCGGGGCTCTTATTCCTATGTTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162645 CGTTGGCGTGCTGATCCCTGGGCTCGGGGCTCTTATTCCTATGTTGCTGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 AGGATCATCTGGAAATGACTATGATTTAATGGCTCAGCCAATCACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162695 AGGATCATCTGGAAATGACTATGATTTAATGGCTCAGCCAATCACTCCTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GCCCCTCGATTCCAGGTGCCCCACAG         CCGATTCCACGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 162745 GCCCCTCGATTCCAGGTGCCCCACAGGTG...TAGCCGATTCCACGACTC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 TTCTTTGCGGGAGAACATACGATCCGTAACTACCCAGCCACAGTGCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163598 TTCTTTGCGGGAGAACATACGATCCGTAACTACCCAGCCACAGTGCATGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 TGCTCTGCTGAGTGGGCTGCGAGAAGCGGGAAGAATTGCAGACCAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163648 TGCTCTGCTGAGTGGGCTGCGAGAAGCGGGAAGAATTGCAGACCAGTTTT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TGGGGGCCATGTATACGCTGCCTCGCCAGGCCACACCAGGTGTTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163698 TGGGGGCCATGTATACGCTGCCTCGCCAGGCCACACCAGGTGTTCCTGCA

   2700     .    :    .
   2539 CAGCAGTCCCCAAGCATG
        ||||||||||||||||||
 163748 CAGCAGTCCCCAAGCATG