seq1 = pF1KSDA0582.tfa, 2271 bp
seq2 = pF1KSDA0582/gi568815596f_64969445.tfa (gi568815596f:64969445_65182702), 213258 bp

>pF1KSDA0582 2271
>gi568815596f:64969445_65182702 (Chr2)

1-357  (100001-100357)   100% ->
358-1884  (102010-103536)   100% ->
1885-2007  (104838-104960)   100% ->
2008-2104  (108424-108520)   100% ->
2105-2271  (113092-113258)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGGGTGAAGAAAAGGCAGAAGCGGAAGCATCTGAAGACACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCTGGGTGAAGAAAAGGCAGAAGCGGAAGCATCTGAAGACACAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCAGTCCTATGGGAGAGGGAGCTGCAGGGAGCGGGAGCTGGACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCAGTCCTATGGGAGAGGGAGCTGCAGGGAGCGGGAGCTGGACATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGGGCCCATGAGTGGGGAGCAGCCCCCACGCCTGGAAGCTGAGGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGGGCCCATGAGTGGGGAGCAGCCCCCACGCCTGGAAGCTGAGGGAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCATCTCCCCTGTATGGGGGGCAGAAGGGATACCTGCCCCTACTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCATCTCCCCTGTATGGGGGGCAGAAGGGATACCTGCCCCTACTTGCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GATTGGGACTGACCCTGGCGGCCCCTCTAGAGCCCACCAGCCACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GATTGGGACTGACCCTGGCGGCCCCTCTAGAGCCCACCAGCCACAGGCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGATGCCAACAGAGAGCCCGTAGCTGAGAGGTCTGAGCCTGCACTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTGATGCCAACAGAGAGCCCGTAGCTGAGAGGTCTGAGCCTGCACTCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCCTGCCTCCTGCCACCATGGGGTCTGGAGACCTTCTGCTCTCCGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGCCTGCCTCCTGCCACCATGGGGTCTGGAGACCTTCTGCTCTCCGGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AAGCCAG         GTGGAGAAGACCAAGCTTTCTTCCTCCGAGGAGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AAGCCAGGTA...CAGGTGGAGAAGACCAAGCTTTCTTCCTCCGAGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCCTCAGACTCTGAGCCTTCCCAGAACAACAACTATTTGCTCAGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102044 TCCCTCAGACTCTGAGCCTTCCCAGAACAACAACTATTTGCTCAGGACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATGCTGATACCGAAGATGATCCATCCCTAGCAGATTTGCCCCAGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102094 GATGCTGATACCGAAGATGATCCATCCCTAGCAGATTTGCCCCAGGCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGACCTCAGCCAGCAGCCTCACAGCTCAGGTCTCTCTTGCCTGTCACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102144 GGACCTCAGCCAGCAGCCTCACAGCTCAGGTCTCTCTTGCCTGTCACAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGAAGTCCGTGCTGAGCCCAGGTTCCGCAGCTCAGCCTTCCAGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102194 GGAAGTCCGTGCTGAGCCCAGGTTCCGCAGCTCAGCCTTCCAGCTGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ATCTCTGCTTCCTCCACAGGCAGCAGTCTCCAGGGTCACCAGGAGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102244 ATCTCTGCTTCCTCCACAGGCAGCAGTCTCCAGGGTCACCAGGAGAGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGAGCCTCGTGGTGGTTCTCTGGCCAAGGTCTCCTCCTCCCTGGAGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102294 GGAGCCTCGTGGTGGTTCTCTGGCCAAGGTCTCCTCCTCCCTGGAGCCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TCGTCCCCCAGGAACCTTCCTCTGTGGTGGGGCTAGGACCTCGGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102344 TCGTCCCCCAGGAACCTTCCTCTGTGGTGGGGCTAGGACCTCGGCCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGGTCACCACAGCCTGTGTTCTCTGGGGGTGATGCTTCTGGGCTAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102394 TGGTCACCACAGCCTGTGTTCTCTGGGGGTGATGCTTCTGGGCTAGGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GAGACGCCTCTCCTTCCAGGCTGAGTACTGGGCCTGTGTGCTGCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102444 GAGACGCCTCTCCTTCCAGGCTGAGTACTGGGCCTGTGTGCTGCCAGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCCTGCCTCCATCACCCGACCGCCACTCCCCTCTCTGGAACCCAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102494 CCCTGCCTCCATCACCCGACCGCCACTCCCCTCTCTGGAACCCAAATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAGTATGAAGATCTGCTTGACTATACTTACCCACTGAGGCCCGGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102544 GAGTATGAAGATCTGCTTGACTATACTTACCCACTGAGGCCCGGGCCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GCTCCCAAAGCACCTTGATAGCCGTGTGCCAGCTGACCCTGTCCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102594 GCTCCCAAAGCACCTTGATAGCCGTGTGCCAGCTGACCCTGTCCTGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACTCCGGGGTAGACCTGGATAGCTTCTCTGTCTCTCCAGCAAGCACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102644 ACTCCGGGGTAGACCTGGATAGCTTCTCTGTCTCTCCAGCAAGCACCCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAATCACCTACTAATGTCTCCCCCAACTGCCCACCAGCAGAGGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102694 AAATCACCTACTAATGTCTCCCCCAACTGCCCACCAGCAGAGGCCACTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCTGCCATTTTCTGGGCCCAGAGAGCCAAGCCTTAAGCAGTGGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102744 CCTGCCATTTTCTGGGCCCAGAGAGCCAAGCCTTAAGCAGTGGCCCTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 GAGTACCCCAGAAACAGGGTGGCATGGGCTTGGCATCTTGGAGCCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102794 GAGTACCCCAGAAACAGGGTGGCATGGGCTTGGCATCTTGGAGCCAACTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GCATCTACCCCCAGAGCCCCAGGCAGTAGGGATGCTCGTTGGGAGCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102844 GCATCTACCCCCAGAGCCCCAGGCAGTAGGGATGCTCGTTGGGAGCGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 AGAGCCAGCCCTGAGGGGTGCGAAGGACCGGCTGACTATAGGCAAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102894 AGAGCCAGCCCTGAGGGGTGCGAAGGACCGGCTGACTATAGGCAAGCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TTGATATGGGCTCTCCCCAGCTAAGGACACGGGACAGAGGGTGGCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102944 TTGATATGGGCTCTCCCCAGCTAAGGACACGGGACAGAGGGTGGCCCTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCCAGGCCAGAGAGGGAGAAGAGGACCAGCCAGAGTGCCCGGCGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 CCCAGGCCAGAGAGGGAGAAGAGGACCAGCCAGAGTGCCCGGCGCCCTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 CTGCACAGAGTCTAGGTGGAAATCAGAAGAGGAAGTGGAAAGTGATGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103044 CTGCACAGAGTCTAGGTGGAAATCAGAAGAGGAAGTGGAAAGTGATGACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AGTATCTTGCCCTCCCCGCTCGGCTGACACAGGTTTCTAGCCTGGTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103094 AGTATCTTGCCCTCCCCGCTCGGCTGACACAGGTTTCTAGCCTGGTTTCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 TATCTAGGATCCATTTCTACCTTGGTTACCCTGCCCACTGGGGATATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103144 TATCTAGGATCCATTTCTACCTTGGTTACCCTGCCCACTGGGGATATCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 AGGGCAGAGCCCCTTGGAAGTGTCAGACAGTGATGGGCCAGCTTCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103194 AGGGCAGAGCCCCTTGGAAGTGTCAGACAGTGATGGGCCAGCTTCCTTCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 CTTCAAGCTCCAGCCAAAGCCAGCTTCCCCCTGGAGCTGCCCTCCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103244 CTTCAAGCTCCAGCCAAAGCCAGCTTCCCCCTGGAGCTGCCCTCCAAGGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TCTGGGGATCCTGAGGGCCAGAATCCCTGTTTCCTGCGCTCCTTCGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103294 TCTGGGGATCCTGAGGGCCAGAATCCCTGTTTCCTGCGCTCCTTCGTCCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TGCCCACGACTCCGCAGGGGAAGGCAGTCTGGGGAGCAGCCAGGCCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103344 TGCCCACGACTCCGCAGGGGAAGGCAGTCTGGGGAGCAGCCAGGCCCTCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 GGGTCTCCTCTGGACTGCTGAAAACACGCCCCTCCTTGCCAGCTAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103394 GGGTCTCCTCTGGACTGCTGAAAACACGCCCCTCCTTGCCAGCTAGGTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 GACCGGTGGCCATTCTCAGACCCAGATGTTGAAGGGCAGCTTCCCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103444 GACCGGTGGCCATTCTCAGACCCAGATGTTGAAGGGCAGCTTCCCAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 AGGAGGAGAACAGGGAAAAGAATCACTGGTGCAATGTGTGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103494 AGGAGGAGAACAGGGAAAAGAATCACTGGTGCAATGTGTGAAGGTA...C

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1885   ACATTTTGCTGTCAGCTGGAAGAGCTGATCTGCTGGCTGTATAATGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104836 AGACATTTTGCTGTCAGCTGGAAGAGCTGATCTGCTGGCTGTATAATGTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1933 GCAGATGTTACTGACCACGGGACTGCAGCCAGGTCCAATCTTACAAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104886 GCAGATGTTACTGACCACGGGACTGCAGCCAGGTCCAATCTTACAAGTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1983 CAAGTCTTCTCTGCAGCTTTACCGG         CAATTTAAGAAAGATA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 104936 CAAGTCTTCTCTGCAGCTTTACCGGGTA...AAGCAATTTAAGAAAGATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 TAGATGAACATCAGTCTCTGACGGAGAGTGTCTTACAGAAGGGGGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108440 TAGATGAACATCAGTCTCTGACGGAGAGTGTCTTACAGAAGGGGGAGATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2074 CTTCTTCAGTGCCTGTTGGAGAACACCCCAG         TTTTAGAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 108490 CTTCTTCAGTGCCTGTTGGAGAACACCCCAGGTG...TAGTTTTAGAGGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 TGTCCTTGGGAGGATCGCAAAGCAGTCTGGTGAGCTGGAGAGCCACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113102 TGTCCTTGGGAGGATCGCAAAGCAGTCTGGTGAGCTGGAGAGCCACGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 ATCGCCTGTATGACTCTATCTTGGCCTCTCTGGACATGCTGGCTGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113152 ATCGCCTGTATGACTCTATCTTGGCCTCTCTGGACATGCTGGCTGGCTGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 ACCCTTATCCCTGACAAAAAGCCCATGGCGGCAATGGAGCACCCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113202 ACCCTTATCCCTGACAAAAAGCCCATGGCGGCAATGGAGCACCCATGTGA

   2300     .
   2265 AGGGGTT
        |||||||
 113252 AGGGGTT