seq1 = pF1KSDA0554.tfa, 1851 bp
seq2 = pF1KSDA0554/gi568815589r_129795838.tfa (gi568815589r:129795838_130094959), 299122 bp

>pF1KSDA0554 1851
>gi568815589r:129795838_130094959 (Chr9)

(complement)

1-24  (51985-52008)   100% ->
25-140  (100002-100117)   100% ->
141-197  (115586-115642)   100% ->
198-345  (116348-116495)   100% ->
346-408  (136407-136469)   100% ->
409-513  (137496-137600)   100% ->
514-642  (165265-165393)   100% ->
643-789  (167619-167765)   100% ->
790-987  (169803-170000)   100% ->
988-1170  (170934-171116)   99% ->
1171-1295  (185947-186070)   95% ->
1296-1428  (191959-192091)   100% ->
1429-1550  (194413-194534)   100% ->
1551-1687  (194859-194995)   100% ->
1688-1851  (198964-199126)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTGGGGCACCGAGCTCTGG         GATCAGTTTGACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
  51985 ATGAGCTGGGGCACCGAGCTCTGGGTG...CAGGATCAGTTTGACAACTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAAAAACACACACAGTGGGGAATTGATATTCTTGAGAAATATATCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100019 AGAAAAACACACACAGTGGGGAATTGATATTCTTGAGAAATATATCAAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTGAAAGAAAGGACAGAGATTGAACTCAGCTATGCAAAGCAACTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100069 TTGTGAAAGAAAGGACAGAGATTGAACTCAGCTATGCAAAGCAACTCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         GAATCTTTCAAAGAAGTACCAACCTAAAAAGAACTCGAAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100119 TA...CAGGAATCTTTCAAAGAAGTACCAACCTAAAAAGAACTCGAAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGAAGAATACAA         GTATACGTCATGTAAAGCTTTCATTT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 115628 GGAAGAAGAATACAAGTA...TAGGTATACGTCATGTAAAGCTTTCATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAACCTGAACGAAATGAATGATTACGCAGGGCAGCATGAAGTTATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116374 CCAACCTGAACGAAATGAATGATTACGCAGGGCAGCATGAAGTTATCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGAACATGGCATCACAGATCATTGTGGACTTGGCACGCTATGTTCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116424 GAGAACATGGCATCACAGATCATTGTGGACTTGGCACGCTATGTTCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGAAACAGGAGAGGAAATCA         AACTTTCACGATGGCCGTA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 116474 ACTGAAACAGGAGAGGAAATCAGTA...CAGAACTTTCACGATGGCCGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGCACAGCAGCACATCGAGACTTGCTGGAAGCAGCTTGAATCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 136426 AAGCACAGCAGCACATCGAGACTTGCTGGAAGCAGCTTGAATCTGTA...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409    AGTAAAAGGCGATTTGAACGCGATTGCAAAGAGGCGGACAGGGCGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137493 TAGAGTAAAAGGCGATTTGAACGCGATTGCAAAGAGGCGGACAGGGCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCAGTACTTTGAGAAAATGGACGCTGACATCAATGTCACAAAAGCGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137543 GCAGTACTTTGAGAAAATGGACGCTGACATCAATGTCACAAAAGCGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGAAAAG         GCCCGACAACAAGCTCAAATACGTCACCAAATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 137593 TTGAAAAGGTG...AAGGCCCGACAACAAGCTCAAATACGTCACCAAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCAGAGGACAGCAAAGCAGATTACTCATCCATTCTCCAGAAATTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165298 GCAGAGGACAGCAAAGCAGATTACTCATCCATTCTCCAGAAATTCAACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGAGCAGCATGAATATTACCATACTCACATCCCCAACATCTTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 165348 TGAGCAGCATGAATATTACCATACTCACATCCCCAACATCTTCCAGGTA.

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    643      AAAATACAAGAGATGGAGGAAAGGAGGATTGTGAGAATGGGAGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165398 ..CAGAAAATACAAGAGATGGAGGAAAGGAGGATTGTGAGAATGGGAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 TCCATGAAGACATATGCAGAGGTTGATCGGCAGGTGATCCCAATCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167664 TCCATGAAGACATATGCAGAGGTTGATCGGCAGGTGATCCCAATCATTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GAAGTGCCTGGATGGAATAGTAAAAGCAGCCGAATCAATTGATCAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167714 GAAGTGCCTGGATGGAATAGTAAAAGCAGCCGAATCAATTGATCAGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AT         GATTCACAGCTGGTAATAGAAGCTTATAAATCAGGGTTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167764 ATGTA...CAGGATTCACAGCTGGTAATAGAAGCTTATAAATCAGGGTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGCCTCCTGGAGACATTGAATTTGAGGATTACACTCAGCCAATGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169842 GAGCCTCCTGGAGACATTGAATTTGAGGATTACACTCAGCCAATGAAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACTGTGTCAGATAACAGCCTTTCAAATTCCAGAGGAGAAGGCAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169892 CACTGTGTCAGATAACAGCCTTTCAAATTCCAGAGGAGAAGGCAAACCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCTCAAATTTGGTGGCAAATCCAAAGGAAAGTTATGGCCGTTCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169942 ACCTCAAATTTGGTGGCAAATCCAAAGGAAAGTTATGGCCGTTCATCAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAAATAAG         CTTATGTCCCTTTTAACATCCCCCCATCAGCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 169992 AAAAATAAGGTA...TAGCTTATGTCCCTTTTAACATCCCCCCATCAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCCCCTCCCCCTCCTGCCTCTGCCTCACCCTCTGCTGTTCCCAACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170966 TCCCCCTCCCCCTCCTGCCTCTGCCTCACCCTCTGCTGTTCCCAACGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCCAGTCTCCCAAGCAGCAAAAGGAACCCCTCTCCCACCGCTTCAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 171016 CCCAGTCTCCCAAGCAGCAAAAGGAACCCCTCTCCCATCGCTTCAACGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCATGACCTCCAAACCCAAAATCCACTGCTTCAGGAGCCTAAAGCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171066 TTCATGACCTCCAAACCCAAAATCCACTGCTTCAGGAGCCTAAAGCGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 G         CTTTCTCTCAAGCTGGGTGCAACACCGGAGGATTTCAGCA
        |>>>...>>> ||| | || -|| ||||||||||||||||||||||||||
 171116 GGTA...TATATTTGTGTCT GCAGGGTGCAACACCGGAGGATTTCAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACCTCCCACCTGAACAAAGAAGGAAAAAGCTGCAGCAGAAAGTCGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185986 ACCTCCCACCTGAACAAAGAAGGAAAAAGCTGCAGCAGAAAGTCGATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTAAATAAAGAAATTCAGAAGGAGATGGATCAAAG         AGATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 186036 TTAAATAAAGAAATTCAGAAGGAGATGGATCAAAGGTA...CAGAGATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CATAACAAAAATGAAAGATGTCTACCTAAAGAATCCTCAGATGGGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191965 CATAACAAAAATGAAAGATGTCTACCTAAAGAATCCTCAGATGGGAGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 CAGCCAGTTTGGATCACAAATTAGCAGAAGTCAGCCAAAATATAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192015 CAGCCAGTTTGGATCACAAATTAGCAGAAGTCAGCCAAAATATAGAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTGCGAGTAGAGACCCAGAAATTTGAG         GCCTGGCTGGCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 192065 CTGCGAGTAGAGACCCAGAAATTTGAGGTA...CAGGCCTGGCTGGCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GGTTGAAGGCCGGCTCCCAGCACGCAGCGAGCAGGCGCGCCGGCAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194427 GGTTGAAGGCCGGCTCCCAGCACGCAGCGAGCAGGCGCGCCGGCAGAGCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GACTGTACGACAGCCAGAACCCACCCACAGTCAACAACTGCGCCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194477 GACTGTACGACAGCCAGAACCCACCCACAGTCAACAACTGCGCCCAGGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CGTGAGAG         CCCAGATGGCAGTTACACAGAGGAGCAGAGTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 194527 CGTGAGAGGTA...CAGCCCAGATGGCAGTTACACAGAGGAGCAGAGTCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 GGAGAGTGAGATGAAGGTGCTGGCCACGGATTTTGACGACGAGTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194892 GGAGAGTGAGATGAAGGTGCTGGCCACGGATTTTGACGACGAGTTTGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 ATGAGGAGCCCCTCCCTGCCATAGGGACGTGCAAAGCTCTCTACACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194942 ATGAGGAGCCCCTCCCTGCCATAGGGACGTGCAAAGCTCTCTACACATTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAAG         GTCAGAATGAAGGAACGATTTCCGTAGTTGAAGGAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194992 GAAGGTG...CAGGTCAGAATGAAGGAACGATTTCCGTAGTTGAAGGAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AACATTGTATGTCATAGAGGAAGACAAAGGCGATGGCTGGACCCGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199001 AACATTGTATGTCATAGAGGAAGACAAAGGCGATGGCTGGACCCGCATTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GGAGAAATGAAGATGAAGAGGGTTATGTCCCCACTTCATATGTCGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199051 GGAGAAATGAAGATGAAGAGGGTTATGTCCCCACTTCATATGTCGAAGTC

   1950     .    :    .    :    .
   1825 TGTTTGGACAAAAATGCCAAAGATTCC
        |||||||||||||||||||||| | |-
 199101 TGTTTGGACAAAAATGCCAAAGGTGC