seq1 = pF1KSDA0544.tfa, 1656 bp
seq2 = pF1KSDA0544/gi568815582f_4524961.tfa (gi568815582f:4524961_4786296), 261336 bp

>pF1KSDA0544 1656
>gi568815582f:4524961_4786296 (Chr16)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-207  (125405-125523)   100% ->
208-296  (127003-127091)   100% ->
297-443  (127718-127864)   100% ->
444-561  (132286-132403)   100% ->
562-628  (139749-139815)   100% ->
629-678  (140142-140191)   100% ->
679-726  (143305-143352)   100% ->
727-795  (146431-146499)   100% ->
796-955  (148538-148697)   100% ->
956-1065  (152503-152612)   100% ->
1066-1131  (155072-155137)   100% ->
1132-1358  (156590-156816)   100% ->
1359-1482  (157863-157986)   100% ->
1483-1528  (158264-158309)   100% ->
1529-1618  (158883-158972)   100% ->
1619-1656  (161299-161336)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCCATTCTCAGCCGCCGCATCGCGGGGGTGGAGGACATCGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTCCATTCTCAGCCGCCGCATCGCGGGGGTGGAGGACATCGACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGCGAACTCGGCCTATCGCTACCCTCCGAAGTCCG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CCAGGCGAACTCGGCCTATCGCTACCCTCCGAAGTCCGGTG...CAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTACTTTGCTTCGCACTTTTTCATGGGAGGAGAGAAATTCGACACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125408 ACTACTTTGCTTCGCACTTTTTCATGGGAGGAGAGAAATTCGACACCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACCCTGAAGGTTACCTCTTTGGAGAGAACATGGATCTGAACTTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125458 CACCCTGAAGGTTACCTCTTTGGAGAGAACATGGATCTGAACTTCCTGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCGCCCGGTCCAG         TTTCCCTACGTCACTCCTGCCCCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 125508 CAGCCGCCCGGTCCAGGTG...TAGTTTCCCTACGTCACTCCTGCCCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACGAGCCCGTGAAGACGCTGCGGAGCCTGGTGAACATCCGCAAAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127028 ACGAGCCCGTGAAGACGCTGCGGAGCCTGGTGAACATCCGCAAAGACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGCGGCTGGTGAG         GTACAAAGACGATGCCGACAGCCCCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 127078 CTGCGGCTGGTGAGGTA...TAGGTACAAAGACGATGCCGACAGCCCCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAGGACGGCGACAAGCCCCGGGTGCTCTACAGCCTGGAGTTCACCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127745 CGAGGACGGCGACAAGCCCCGGGTGCTCTACAGCCTGGAGTTCACCTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGCCGATGCCCGCGTGGCCATCACCATCTACTGCCAGGCATCGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127795 ACGCCGATGCCCGCGTGGCCATCACCATCTACTGCCAGGCATCGGAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCCTGAACGGCAGGGCAGT         ATACAGCCCCAAGAGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 127845 TTCCTGAACGGCAGGGCAGTGTG...CAGATACAGCCCCAAGAGCCCCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTACAGTCCGAGACCGTCCACTACAAGAGAGGGGTGAGCCAGCAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132307 GCTACAGTCCGAGACCGTCCACTACAAGAGAGGGGTGAGCCAGCAGTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCTGCCCTCCTTCAAGATTGACTTCTCGGAATGGAAGGATGACGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 132357 CCCTGCCCTCCTTCAAGATTGACTTCTCGGAATGGAAGGATGACGAGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562       CTGAACTTTGACCTGGACCGGGGCGTGTTTCCAGTAGTCATCCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132407 ...CAGCTGAACTTTGACCTGGACCGGGGCGTGTTTCCAGTAGTCATCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGCTGTGGTGGACGAAGGAGATG         TGGTGGAAGTGACTGGCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 139793 GGCTGTGGTGGACGAAGGAGATGGTG...CAGTGGTGGAAGTGACTGGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACGCCCACGTGCTCTTGGCTGCCTTTGAAAAG         CACATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 140160 ACGCCCACGTGCTCTTGGCTGCCTTTGAAAAGGTA...CAGCACATGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGCAGCTTCTCTGTGAAGCCTTTAAAGCAGAAGCAAATT         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 143314 GGCAGCTTCTCTGTGAAGCCTTTAAAGCAGAAGCAAATTGTA...CAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GGACCGGGTCAGCTACCTCCTGCAGGAGATCTATGGCATTGAGAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146433 GGACCGGGTCAGCTACCTCCTGCAGGAGATCTATGGCATTGAGAACAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 ACAACCAGGAGACCAAG         CCCTCGGACGACGAGAACAGCGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 146483 ACAACCAGGAGACCAAGGTG...CAGCCCTCGGACGACGAGAACAGCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AACAGCAACGAGTGTGTGGTGTGCCTGTCCGACCTGCGGGACACGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148562 AACAGCAACGAGTGTGTGGTGTGCCTGTCCGACCTGCGGGACACGCTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CCTGCCCTGCCGCCACCTGTGCCTCTGTACCTCCTGCGCCGACACGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148612 CCTGCCCTGCCGCCACCTGTGCCTCTGTACCTCCTGCGCCGACACGCTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCTACCAGGCCAACAACTGCCCCATCTGCCGGCTGC         CTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 148662 GCTACCAGGCCAACAACTGCCCCATCTGCCGGCTGCGTG...CAGCTTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CGGGCCCTCCTGCAGATCCGGGCGGTGCGGAAGAAGCCAGGAGCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152508 CGGGCCCTCCTGCAGATCCGGGCGGTGCGGAAGAAGCCAGGAGCCCTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCCCGTGTCCTTCAGCCCCGTCCTGGCCCAGAGCCTGGAGCATGATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152558 CCCCGTGTCCTTCAGCCCCGTCCTGGCCCAGAGCCTGGAGCATGATGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACTCT         TGTCCCTTTAAAAAATCAAAGCCGCACCCCGCCTCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152608 ACTCTGTA...CAGTGTCCCTTTAAAAAATCAAAGCCGCACCCCGCCTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 CTGGCCAGCAAGAAACCTAAAAGGGAAACA         AACTCTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 155108 CTGGCCAGCAAGAAACCTAAAAGGGAAACAGTA...CAGAACTCTGACAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 CGTCCCACCTGGCTACGAGCCCATCTCGCTGCTCGAGGCGCTCAACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156601 CGTCCCACCTGGCTACGAGCCCATCTCGCTGCTCGAGGCGCTCAACGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TCCGGGCTGTCTCCCCGGCCATCCCCTCGGCCCCTCTTTATGAAGAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156651 TCCGGGCTGTCTCCCCGGCCATCCCCTCGGCCCCTCTTTATGAAGAAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 ACCTATTCAGGCATCTCGGACGGCCTGTCCCAGGCCAGCTGTCCCCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156701 ACCTATTCAGGCATCTCGGACGGCCTGTCCCAGGCCAGCTGTCCCCTCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGCTATCGACCACATCCTGGACAGCAGCCGCCAGAAGGGCAGGCCGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156751 GGCTATCGACCACATCCTGGACAGCAGCCGCCAGAAGGGCAGGCCGCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GCAAGGCCCCCGACAG         CACCCTACGGTCCCCGTCTTCCCCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 156801 GCAAGGCCCCCGACAGGTG...CAGCACCCTACGGTCCCCGTCTTCCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ATCCACGAAGAGGATGAGGAGAAGCTCTCCGAGGACGTGGACGCCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157888 ATCCACGAAGAGGATGAGGAGAAGCTCTCCGAGGACGTGGACGCCCCTCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CCCACTGGGTGGCGCAGAGCTGGCCCTGCGGGAAAGCAGCTCCCCTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 157938 CCCACTGGGTGGCGCAGAGCTGGCCCTGCGGGAAAGCAGCTCCCCTGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483         AGTTTCATAACAGAAGAGGTTGATGAGTCGTCGTCACCACAG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157988 TG...TAGAGTTTCATAACAGAAGAGGTTGATGAGTCGTCGTCACCACAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CAAG         GGACCCGAGCAGCTTCCATTGAGAATGTCCTGCAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158306 CAAGGTG...CAGGGACCCGAGCAGCTTCCATTGAGAATGTCCTGCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CAGCAGCCCCGAGCACTGTGGCCGAGGCCCACCTGCTGACATCTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158920 CAGCAGCCCCGAGCACTGTGGCCGAGGCCCACCTGCTGACATCTACCTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CAG         CCCTGGGGCCCGACTCCTGCTCTGTTGGTATAGACGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158970 CAGGTA...CAGCCCTGGGGCCCGACTCCTGCTCTGTTGGTATAGACGAG