seq1 = pF1KSDA0529.tfa, 2856 bp
seq2 = pF1KSDA0529/gi568815586f_62160415.tfa (gi568815586f:62160415_62504372), 343958 bp

>pF1KSDA0529 2856
>gi568815586f:62160415_62504372 (Chr12)

1-89  (100001-100089)   100% ->
90-217  (133765-133892)   100% ->
218-348  (142376-142506)   99% ->
349-475  (154376-154502)   100% ->
476-621  (161050-161195)   100% ->
622-683  (165458-165519)   100% ->
684-828  (194917-195061)   100% ->
829-1002  (221076-221249)   100% ->
1003-1161  (223426-223584)   100% ->
1162-1386  (223664-223888)   99% ->
1387-1470  (229017-229100)   100% ->
1471-1565  (229191-229285)   100% ->
1566-1757  (229383-229574)   100% ->
1758-1873  (230450-230565)   100% ->
1874-2146  (230743-231015)   100% ->
2147-2217  (231402-231472)   100% ->
2218-2333  (231858-231973)   100% ->
2334-2483  (232639-232788)   100% ->
2484-2587  (235881-235984)   100% ->
2588-2676  (240773-240861)   100% ->
2677-2856  (243779-243958)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGAAGGCGGAGCGGCGGATCTGGACACCCAGCGGTCTGACATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGAAGGCGGAGCGGCGGATCTGGACACCCAGCGGTCTGACATCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACGCTGCTCAAAACCTCGCTCCGGAAAGGGGACACCTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100051 GACGCTGCTCAAAACCTCGCTCCGGAAAGGGGACACCTGGTA...TAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTAGTCGATAGTCGCTGGTTCAAACAGTGGAAAAAATATGTTGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133767 ACCTAGTCGATAGTCGCTGGTTCAAACAGTGGAAAAAATATGTTGGCTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAGTTGGGACAAATACCAGATGGGAGATCAAAATGTGTATCCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133817 GACAGTTGGGACAAATACCAGATGGGAGATCAAAATGTGTATCCTGGACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTGATAACTCTGGACTTCTCAAAG         ATGGTGATGCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133867 CATTGATAACTCTGGACTTCTCAAAGGTC...CAGATGGTGATGCCCAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CACTTAAGGAACATCTTATTGATGAATTGGATTACATACTGTTGCCAACT
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142391 CACTTAAGGAACACCTTATTGATGAATTGGATTACATACTGTTGCCAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAGGTTGGAATAAACTTGTCAGCTGGTACACATTGATGGAAGGTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142441 GAAGGTTGGAATAAACTTGTCAGCTGGTACACATTGATGGAAGGTCAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCAATAGCACGAAAG         GTGGTTGAACAGGGTATGTTTGTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 142491 GCCAATAGCACGAAAGGTA...TAGGTGGTTGAACAGGGTATGTTTGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGCACTGCAAAGTAGAAGTATATCTCACAGAATTGAAGCTATGTGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154401 AGCACTGCAAAGTAGAAGTATATCTCACAGAATTGAAGCTATGTGAAAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAAACATGAATAATGTTGTAACTCGAAGATTTAGCAAAGCTGACACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154451 GGAAACATGAATAATGTTGTAACTCGAAGATTTAGCAAAGCTGACACAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AG         ATACAATTGAAAAGGAAATAAGAAAAATCTTCAGTATTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154501 AGGTA...TAGATACAATTGAAAAGGAAATAAGAAAAATCTTCAGTATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGATGAAAAGGAGACCAGATTGTGGAACAAATACATGAGTAACACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161089 CAGATGAAAAGGAGACCAGATTGTGGAACAAATACATGAGTAACACATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAACCACTGAATAAACCAGACAGCACCATTCAGGATGCTGGTTTATACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161139 GAACCACTGAATAAACCAGACAGCACCATTCAGGATGCTGGTTTATACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGGACAG         GTATTAGTGATAGAACAGAAAAATGAAGATGGAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161189 AGGACAGGTA...CAGGTATTAGTGATAGAACAGAAAAATGAAGATGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CATGGCCAAGGGGTCCTTCTACTCCTAA         TGTGAAAAACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 165492 CATGGCCAAGGGGTCCTTCTACTCCTAAGTA...CAGTGTGAAAAACTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AATTACTGTCTTCCATCATATACCGCTTATAAGAACTATGATTATTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194930 AATTACTGTCTTCCATCATATACCGCTTATAAGAACTATGATTATTCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACCTGGAAGAAACAATGAACAGCCAGGCCTCTGTGGCCTAAGTAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194980 ACCTGGAAGAAACAATGAACAGCCAGGCCTCTGTGGCCTAAGTAACTTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GAAATACGTGTTTCATGAACTCAGCTATTCAG         TGTTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 195030 GAAATACGTGTTTCATGAACTCAGCTATTCAGGTA...CAGTGTTTGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AACACACCTCCACTTACTGAGTATTTCCTCAATGATAAGTATCAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221085 AACACACCTCCACTTACTGAGTATTTCCTCAATGATAAGTATCAAGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTGAATTTTGACAATCCCTTAGGAATGAGAGGTGAAATAGCTAAATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221135 ACTGAATTTTGACAATCCCTTAGGAATGAGAGGTGAAATAGCTAAATCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGCCGAACTGATCAAGCAAATGTGGTCTGGAAAGTTTAGCTACGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221185 ATGCCGAACTGATCAAGCAAATGTGGTCTGGAAAGTTTAGCTACGTCACC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCAAGAGCCTTTAAG         ACACAGGTAGGACGTTTTGCACCTCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 221235 CCAAGAGCCTTTAAGGTT...CAGACACAGGTAGGACGTTTTGCACCTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTTCTCTGGATATCAGCAGCAAGACTGTCAAGAACTGTTAGCTTTCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223452 GTTCTCTGGATATCAGCAGCAAGACTGTCAAGAACTGTTAGCTTTCCTAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TAGATGGATTACATGAGGATTTGAATAGAATTAGGAAAAAACCATATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223502 TAGATGGATTACATGAGGATTTGAATAGAATTAGGAAAAAACCATATATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CAATTAAAAGATGCAGATGGAAGGCCAGATAAG         GTGGTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 223552 CAATTAAAAGATGCAGATGGAAGGCCAGATAAGGTA...TAGGTGGTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGAAGAAGCCTGGGAAAACCATTTAAAACGAAATGATTCTATCATAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223672 CGAAGAAGCCTGGGAAAACCATTTAAAACGAAATGATTCTATCATAGTAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATATATTTCATGGCCTTTTCAAATCAACTTTAGTTTGTCCTGAGTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223722 ATATATTTCATGGCCTTTTCAAATCAACTTTAGTTTGTCCTGAGTGTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAGATTTCAGTAACATTTGATCCTTTTTGTTACTTGACACTTCCATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223772 AAGATTTCAGTAACATTTGATCCTTTTTGTTACTTGACACTTCCATTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATGAAAAAAGAACGCACCTTGGAAGTTTACTTAGTTAGAATGGATCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 223822 CATGAAAAAAGAACGCACCTTGGAAGTTTACTTAGTTAGAATGGATCCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 TTACCAAACCTATGCAG         TACAAAGTGGTTGTCCCCAAAATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 223872 TTACCAAACCTATGCAGGTA...TAGTACAAAGTGGTTGTCCCCAAAATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GGAAACATATTAGATCTTTGTACAGCATTGTCTGCTTTGTCAGGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229041 GGAAACATATTAGATCTTTGTACAGCATTGTCTGCTTTGTCAGGAATACC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGCAGATAAG         ATGATAGTTACTGATATATACAATCATAGAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 229091 TGCAGATAAGGTA...TAGATGATAGTTACTGATATATACAATCATAGAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TTCACAGAATATTCGCTATGGATGAAAACCTTAGTAGTATTATGGAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229222 TTCACAGAATATTCGCTATGGATGAAAACCTTAGTAGTATTATGGAACGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GATGATATTTATGT         GTTTGAAATTAACATCAATAGGACAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 229272 GATGATATTTATGTGTA...TAGGTTTGAAATTAACATCAATAGGACAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGATACAGAGCACGTGATTATTCCTGTTTGCCTAAGAGAAAAATTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229410 AGATACAGAGCACGTGATTATTCCTGTTTGCCTAAGAGAAAAATTCAGAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ACTCGAGTTATACCCACCATACTGGTTCTTCACTTTTTGGTCAGCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229460 ACTCGAGTTATACCCACCATACTGGTTCTTCACTTTTTGGTCAGCCCTTT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CTTATGGCTGTACCACGAAACAATACTGAAGACAAACTTTATAATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229510 CTTATGGCTGTACCACGAAACAATACTGAAGACAAACTTTATAATCTCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GCTCTTGAGAATGTG         CCGATATGTCAAAATATCTACTGAAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 229560 GCTCTTGAGAATGTGGTA...AAGCCGATATGTCAAAATATCTACTGAAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CTGAAGAAACTGAAGGATCCCTACACTGCTGTAAGGACCAAAATATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230476 CTGAAGAAACTGAAGGATCCCTACACTGCTGTAAGGACCAAAATATTAAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 GGGAATGGCCCAAATGGCATACATGAAGAAGGCTCACCAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 230526 GGGAATGGCCCAAATGGCATACATGAAGAAGGCTCACCAAGTA...TAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 TGAAATGGAAACAGATGAGCCAGATGATGAATCCAGCCAGGATCAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230744 TGAAATGGAAACAGATGAGCCAGATGATGAATCCAGCCAGGATCAAGAAC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TTCCCTCAGAGAATGAAAACAGTCAGTCTGAAGATTCAGTTGGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230794 TTCCCTCAGAGAATGAAAACAGTCAGTCTGAAGATTCAGTTGGAGGAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AATGATTCTGAAAATGGATTATGTACTGAGGATACTTGCAAAGGTCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230844 AATGATTCTGAAAATGGATTATGTACTGAGGATACTTGCAAAGGTCAACT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 CACGGGACACAAAAAACGATTGTTTACATTCCAGTTCAACAACTTAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230894 CACGGGACACAAAAAACGATTGTTTACATTCCAGTTCAACAACTTAGGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 ATACTGATATCAACTACATCAAAGATGATACCAGGCATATAAGATTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230944 ATACTGATATCAACTACATCAAAGATGATACCAGGCATATAAGATTTGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GATAGGCAGCTTAGGCTAGATG         AAAGATCTTTTCTTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 230994 GATAGGCAGCTTAGGCTAGATGGTA...TAGAAAGATCTTTTCTTGCTTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 GGATTGGGATCCTGATTTGAAAAAAAGATATTTTGATGAAAATGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231421 GGATTGGGATCCTGATTTGAAAAAAAGATATTTTGATGAAAATGCTGCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2216 AG         GACTTTGAAAAACATGAAAGTGTGGAGTATAAACCTCCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231471 AGGTA...TAGGACTTTGAAAAACATGAAAGTGTGGAGTATAAACCTCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 AAAAAACCCTTTGTGAAATTAAAAGATTGCATTGAACTTTTTACAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231897 AAAAAACCCTTTGTGAAATTAAAAGATTGCATTGAACTTTTTACAACAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 AGAAAAGCTAGGTGCTGAAGATCCCTG         GTATTGTCCGAATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 231947 AGAAAAGCTAGGTGCTGAAGATCCCTGGTA...TAGGTATTGTCCGAATT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 GTAAAGAACATCAGCAAGCCACAAAGAAATTGGATTTATGGTCCCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232653 GTAAAGAACATCAGCAAGCCACAAAGAAATTGGATTTATGGTCCCTGCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CCAGTACTTGTAGTACATCTCAAGCGATTTTCTTACAGTCGATACATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232703 CCAGTACTTGTAGTACATCTCAAGCGATTTTCTTACAGTCGATACATGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 AGACAAGTTGGATACCTTAGTTGATTTTCCTATCAA         TGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 232753 AGACAAGTTGGATACCTTAGTTGATTTTCCTATCAAGTA...CAGTGACT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 TGGATATGTCGGAATTCTTAATTAATCCAAATGCAGGTCCTTGCCGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235886 TGGATATGTCGGAATTCTTAATTAATCCAAATGCAGGTCCTTGCCGCTAT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 AATCTGATTGCTGTTTCCAACCACTATGGAGGGATGGGAGGAGGACACT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 235936 AATCTGATTGCTGTTTCCAACCACTATGGAGGGATGGGAGGAGGACACTG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2588         ATACTGCTTTTGCAAAAAATAAAGATGATGGAAAATGGTACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235986 TA...TAGATACTGCTTTTGCAAAAAATAAAGATGATGGAAAATGGTACT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 ATTTTGATGACAGTAGTGTCTCCACTGCATCTGAAGACCAAATTGTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 240815 ATTTTGATGACAGTAGTGTCTCCACTGCATCTGAAGACCAAATTGTGGTA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2677       TCCAAAGCAGCATATGTACTCTTCTACCAGAGACAAGACACTTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240865 ...CAGTCCAAAGCAGCATATGTACTCTTCTACCAGAGACAAGACACTTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2721 CAGTGGAACTGGCTTTTTTCCTCTTGACCGAGAAACTAAAGGTGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243823 CAGTGGAACTGGCTTTTTTCCTCTTGACCGAGAAACTAAAGGTGCTTCAG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 CTGCCACTGGCATCCCATTAGAAAGTGATGAAGATAGCAATGATAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243873 CTGCCACTGGCATCCCATTAGAAAGTGATGAAGATAGCAATGATAATGAC

   3000     .    :    .    :    .    :    .
   2821 AATGATATAGAAAATGAAAACTGTATGCACACTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243923 AATGATATAGAAAATGAAAACTGTATGCACACTAAC