seq1 = pF1KSDA0525.tfa, 2844 bp
seq2 = pF1KSDA0525/gi568815593r_96676404.tfa (gi568815593r:96676404_96903926), 227523 bp

>pF1KSDA0525 2844
>gi568815593r:96676404_96903926 (Chr5)

(complement)

1-524  (100001-100524)   99% ->
525-663  (102927-103065)   100% ->
664-798  (106618-106752)   100% ->
799-919  (108765-108885)   100% ->
920-1074  (109970-110124)   98% ->
1075-1188  (110414-110527)   100% ->
1189-1320  (111735-111866)   100% ->
1321-1452  (113284-113415)   99% ->
1453-1524  (113560-113631)   100% ->
1525-1679  (115242-115396)   99% ->
1680-1759  (117378-117457)   98% ->
1760-1943  (117956-118139)   99% ->
1944-2100  (119847-120003)   100% ->
2101-2285  (120692-120876)   98% ->
2286-2447  (122073-122234)   100% ->
2448-2588  (122729-122869)   100% ->
2589-2670  (123423-123504)   100% ->
2671-2818  (127376-127523)   100% ->
2819-2844  (140699-140724)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTTTCTGCCCCTCAAATGGTCCCTTGCAACCATGTCATTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTTTCTGCCCCTCAAATGGTCCCTTGCAACCATGTCATTTCTACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCTCACTGTTGGCTCTCTTAACTGTGTCCACTCCTTCATGGTGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCTCACTGTTGGCTCTCTTAACTGTGTCCACTCCTTCATGGTGTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCACTGAAGCATCTCCAAAACGTAGTGATGGGACACCATTTCCTTGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCACTGAAGCATCTCCAAAACGTAGTGATGGGACACCATTTCCTTGGAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAATACGACTTCCTGAGTACGTCATCCCAGTTCATTATGATCTCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAATACGACTTCCTGAGTACGTCATCCCAGTTCATTATGATCTCTTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCATGCAAACCTTACCACGCTGACCTTCTGGGGAACCACGAAAGTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCATGCAAACCTTACCACGCTGACCTTCTGGGGAACCACGAAAGTAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCACAGCCAGTCAGCCCACCAGCACCATCATCCTGCATAGTCACCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCACAGCCAGTCAGCCCACCAGCACCATCATCCTGCATAGTCACCACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGATATCTAGGGCCACCCTCAGGAAGGGAGCTGGAGAGAGGCTATCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGATATCTAGGGCCACCCTCAGGAAGGGAGCTGGAGAGAGGCTATCGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGAACCCCTGCAGGTCCTGGAACACCCCCCTCAGGAGCAAATTGCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100351 AGAACCCCTGCAGGTCCTGGAACACCCCCGTCAGGAGCAAATTGCACTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCTCCCGAGCCCCTCCTTGTCGGGCTCCCGTACACAGTTGTCATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGCTCCCGAGCCCCTCCTTGTCGGGCTCCCGTACACAGTTGTCATTCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TATGCTGGCAATCTTTCGGAGACTTTCCACGGATTTTACAAAAGCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TATGCTGGCAATCTTTCGGAGACTTTCCACGGATTTTACAAAAGCACCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAGAACCAAGGAAGGGGAACTGAG         GATACTAGCATCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100501 CAGAACCAAGGAAGGGGAACTGAGGTA...TAGGATACTAGCATCAACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AATTTGAACCCACTGCAGCTAGAATGGCCTTTCCCTGCTTTGATGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102944 AATTTGAACCCACTGCAGCTAGAATGGCCTTTCCCTGCTTTGATGAACCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCTTCAAAGCAAGTTTCTCAATCAAAATTAGAAGAGAGCCAAGGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102994 GCCTTCAAAGCAAGTTTCTCAATCAAAATTAGAAGAGAGCCAAGGCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGCCATCTCCAATATGCCATTG         GTGAAATCTGTGACTGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103044 AGCCATCTCCAATATGCCATTGGTG...TAGGTGAAATCTGTGACTGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGAAGGACTCATAGAAGACCATTTTGATGTCACTGTGAAGATGAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106637 CTGAAGGACTCATAGAAGACCATTTTGATGTCACTGTGAAGATGAGCACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TATCTGGTGGCCTTCATCATTTCAGATTTTGAGTCTGTCAGCAAGATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106687 TATCTGGTGGCCTTCATCATTTCAGATTTTGAGTCTGTCAGCAAGATAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAAGAGTGGAGTCAAG         GTTTCTGTTTATGCTGTGCCAGACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106737 CAAGAGTGGAGTCAAGGTG...TAGGTTTCTGTTTATGCTGTGCCAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGATAAATCAAGCAGATTATGCACTGGATGCTGCGGTGACTCTTCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108790 AGATAAATCAAGCAGATTATGCACTGGATGCTGCGGTGACTCTTCTAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TTTTATGAGGATTATTTCAGCATACCGTATCCCCTACCCAAACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108840 TTTTATGAGGATTATTTCAGCATACCGTATCCCCTACCCAAACAAGGTA.

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920      ATCTTGCTGCTATTCCCGACTTTCAGTCTGGTGCTATGGAAAACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108890 ..AAGATCTTGCTGCTATTCCCGACTTTCAGTCTGGTGCTATGGAAAACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GGGGACTGACAACATATAGAGAATCTGCTCTGTTGTTTGATGCAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110015 GGGGACTGACAACATATAGAGAATCTGCTCTGTTGTTTGATGCAGAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TCTTCTGCATCAAGTAAGCTTGGCATCACAGTGACTGTGGCCCATGAACT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 110065 TCTTCTGCATCAAGTAAGCTTGGCATCACAATGACTGTGGCCCATGAACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGCCCACCAG         TGGTTTGGGAACCTGGTCACTATGGAATGGT
        ||| ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110115 GGCTCACCAGGTA...TAGTGGTTTGGGAACCTGGTCACTATGGAATGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 GGAATGATCTTTGGCTAAATGAAGGATTTGCCAAATTTATGGAGTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110445 GGAATGATCTTTGGCTAAATGAAGGATTTGCCAAATTTATGGAGTTTGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TCTGTCAGTGTGACCCATCCTGAACTGAAAGTT         GGAGATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 110495 TCTGTCAGTGTGACCCATCCTGAACTGAAAGTTGTA...TAGGGAGATTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TTTCTTTGGCAAATGTTTTGACGCAATGGAGGTAGATGCTTTAAATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111743 TTTCTTTGGCAAATGTTTTGACGCAATGGAGGTAGATGCTTTAAATTCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CACACCCTGTGTCTACACCTGTGGAAAATCCTGCTCAGATCCGGGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111793 CACACCCTGTGTCTACACCTGTGGAAAATCCTGCTCAGATCCGGGAGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TTTGATGATGTTTCTTATGATAAG         GGAGCTTGTATTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 111843 TTTGATGATGTTTCTTATGATAAGGTA...CAGGGAGCTTGTATTCTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 TATGCTAAGGGAGTATCTTAGCGCTGACGCATTTAAAAGTGGTATTGTAC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 113301 TATGCTAAGGGAGTATCTTAGTGCTGACGCATTTAAAAGTGGTATTGTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGTATCTCCAGAAGCATAGCTATAAAAATACAAAAAACGAGGACCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113351 AGTATCTCCAGAAGCATAGCTATAAAAATACAAAAAACGAGGACCTGTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 GATAGTATGGCAAGT         ATTTGCCCTACAGATGGTGTAAAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113401 GATAGTATGGCAAGTGTG...TAGATTTGCCCTACAGATGGTGTAAAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GATGGATGGCTTTTGCTCTAGAAGTCAACATTCATCTTCATCCTCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113586 GATGGATGGCTTTTGCTCTAGAAGTCAACATTCATCTTCATCCTCAGTA.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525      CATTGGCATCAGGAAGGGGTGGATGTGAAAACCATGATGAACACT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113636 ..CAGCATTGGCATCAGGAAGGGGTGGATGTGAAAACCATGATGAACACT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TGGACACTGCAGAGGGGTTTTCCCCTAATAACCATCACAGTGAGGGGGAG
        ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115287 TGGACACTGCAGAAGGGTTTTCCCCTAATAACCATCACAGTGAGGGGGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GAATGTACACATGAAGCAAGAGCACTACATGAAGGGCTCTGACGGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115337 GAATGTACACATGAAGCAAGAGCACTACATGAAGGGCTCTGACGGCGCCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CGGACACTGG         GTACCTGTGGCATGTTCCATTGACATTCATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 115387 CGGACACTGGGTA...TAGGTACCTGTGGCATGTTCCATTGACATTCATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ACCAGCAAATCCAACATGGTCCATCGATTTTTGCTAAAAACAAAAACAG 
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 117409 ACCAGCAAATCCGACATGGTCCATCGATTTTTGCTAAAAACAAAAACAGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1760         ATGTGCTCATCCTCCCAGAAGAGGTGGAATGGATCAAATTTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117459 TA...TAGATGTGCTCATCCTCCCAGAAGAGGTGGAATGGATCAAATTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 ATGTGGGCATGAATGGCTATTACATTGTGCATTACGAGGATGATGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117998 ATGTGGGCATGAATGGCTATTACATTGTGCATTACGAGGATGATGGATGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GACTCTTTGACTGGCCTTTTAAAAGGAACACACACAGCAGTCAGCAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118048 GACTCTTTGACTGGCCTTTTAAAAGGAACACACACAGCAGTCAGCAGTAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TGATCGGGCAAGTCTCATTAACAATGCATTTCAGCTCGTCAG        
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 118098 TGATCGGGCGAGTCTCATTAACAATGCATTTCAGCTCGTCAGGTA...CA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1944  CATTGGGAAGCTGTCCATTGAAAAGGCCTTGGATTTATCCCTGTACTTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119846 GCATTGGGAAGCTGTCCATTGAAAAGGCCTTGGATTTATCCCTGTACTTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1993 AAACATGAAACTGAAATTATGCCCGTGTTTCAAGGTTTGAATGAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119896 AAACATGAAACTGAAATTATGCCCGTGTTTCAAGGTTTGAATGAGCTGAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TCCTATGTATAAGTTAATGGAGAAAAGAGATATGAATGAAGTGGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119946 TCCTATGTATAAGTTAATGGAGAAAAGAGATATGAATGAAGTGGAAACTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 AATTCAAG         GCCTTCCTCATCAGGCTGCTAAGGGACCTCATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 119996 AATTCAAGGTA...CAGGCCTTCCTCATCAGGCTGCTAAGGGACCTCATT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 GATAAGCAGACATGGACAGACGAGGGCTCAGTCTCAGAGCAAATGCTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 120725 GATAAGCAGACATGGACAGACGAGGGCTCAGTCTCAGAGCGAATGCTGCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GAGTGAACTACTACTCCTCGCCTGTGTGCACAACTATCAGCCGTGCGTAC
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120775 GAGTCAACTACTACTCCTCGCCTGTGTGCACAACTATCAGCCGTGCGTAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 AGAGGGCAGAAGGCTATTTCAGAAAGTGGAAGGAATCCAATGGAAACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120825 AGAGGGCAGAAGGCTATTTCAGAAAGTGGAAGGAATCCAATGGAAACTTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 AG         CCTGCCTGTCGACGTGACCTTGGCAGTGTTTGCTGTGGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120875 AGGTC...TAGCCTGCCTGTCGACGTGACCTTGGCAGTGTTTGCTGTGGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GGCCCAGAGCACAGAAGGCTGGGATTTTCTTTATAGTAAATATCAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122112 GGCCCAGAGCACAGAAGGCTGGGATTTTCTTTATAGTAAATATCAGTTTT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 CTTTGTCCAGTACTGAGAAAAGCCAAATTGAATTTGCCCTCTGCAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122162 CTTTGTCCAGTACTGAGAAAAGCCAAATTGAATTTGCCCTCTGCAGAACC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 CAAAATAAGGAAAAGCTTCAATG         GCTACTAGATGAAAGCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122212 CAAAATAAGGAAAAGCTTCAATGGTG...TAGGCTACTAGATGAAAGCTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 TAAGGGAGATAAAATAAAAACTCAGGAGTTTCCACAAATTCTTACACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122747 TAAGGGAGATAAAATAAAAACTCAGGAGTTTCCACAAATTCTTACACTCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 TTGGCAGGAACCCAGTAGGATACCCACTGGCCTGGCAATTTCTGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122797 TTGGCAGGAACCCAGTAGGATACCCACTGGCCTGGCAATTTCTGAGGAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 AACTGGAACAAACTTGTACAAAA         GTTTGAACTTGGCTCATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122847 AACTGGAACAAACTTGTACAAAAGTA...TAGGTTTGAACTTGGCTCATC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 TTCCATAGCCCACATGGTAATGGGTACAACAAATCAATTCTCCACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123441 TTCCATAGCCCACATGGTAATGGGTACAACAAATCAATTCTCCACAAGAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 CACGGCTTGAAGAG         GTAAAAGGATTCTTCAGCTCTTTGAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 123491 CACGGCTTGAAGAGGTA...AAGGTAAAAGGATTCTTCAGCTCTTTGAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 GAAAATGGTTCTCAGCTCCGTTGTGTCCAACAGACAATTGAAACCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127403 GAAAATGGTTCTCAGCTCCGTTGTGTCCAACAGACAATTGAAACCATTGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 AGAAAACATCGGTTGGATGGATAAGAATTTTGATAAAATCAGAGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127453 AGAAAACATCGGTTGGATGGATAAGAATTTTGATAAAATCAGAGTGTGGC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2798 TGCAAAGTGAAAAGCTTGAAC         ATGATCCTGAAGCTGACGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127503 TGCAAAGTGAAAAGCTTGAACGTA...CAGATGATCCTGAAGCTGACGCA

   3000     .
   2839 ACAGGA
        ||||||
 140719 ACAGGA