seq1 = pF1KSDA0517.tfa, 2313 bp
seq2 = pF1KSDA0517/gi568815594f_153170332.tfa (gi568815594f:153170332_153434963), 264632 bp

>pF1KSDA0517 2313
>gi568815594f:153170332_153434963 (Chr4)

1-30  (34200-34229)   100% ->
31-215  (100004-100188)   100% ->
216-453  (105562-105799)   100% ->
454-605  (122651-122802)   100% ->
606-786  (123974-124154)   100% ->
787-1510  (124982-125705)   100% ->
1511-1614  (145154-145257)   100% ->
1615-1782  (145501-145668)   100% ->
1783-1951  (152317-152485)   100% ->
1952-2022  (153747-153817)   100% ->
2023-2163  (158199-158339)   100% ->
2164-2313  (164483-164632)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCACAGGAGTGGCCGTTATGGAACGCAG         CAGCAGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  34200 ATGCACAGGAGTGGCCGTTATGGAACGCAGGTA...CAGCAGCAGCGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGGGTCAAAGACAGCCGGCCCCCCATGTCAGTGGTCTAGGATGGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 AGGGTCAAAGACAGCCGGCCCCCCATGTCAGTGGTCTAGGATGGCCAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGGCACCAACATCCCAAGTCCTGTGGTGCGCCAGATTGACAAGCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 AAGGCACCAACATCCCAAGTCCTGTGGTGCGCCAGATTGACAAGCAGTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGATTTGCAGTATATGCCTGGAACGGTACAAGAATCCCAAGGTTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 CTGATTTGCAGTATATGCCTGGAACGGTACAAGAATCCCAAGGTTCTCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTCTGCACACTTTCTGCGAGAG         GTGCCTGCAGAACTACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100165 CTGTCTGCACACTTTCTGCGAGAGGTA...CAGGTGCCTGCAGAACTACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCCTGCCCACAGTTTAACCCTCTCCTGCCCAGTGTGCCGCCAGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105579 TTCCTGCCCACAGTTTAACCCTCTCCTGCCCAGTGTGCCGCCAGACCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCTGCCCGAGAAAGGGGTGGCCGCGCTCCAGAACAATTTCTTCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105629 ATCCTGCCCGAGAAAGGGGTGGCCGCGCTCCAGAACAATTTCTTCATCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAACCTGATGGACGTGCTGCAGCGAACTCCAGGCAGCAACGCTGAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105679 AAACCTGATGGACGTGCTGCAGCGAACTCCAGGCAGCAACGCTGAGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTTCCATCCTGGAGACAGTCACTGCTGTGGCTGCGGGAAAGCCTCTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105729 CTTCCATCCTGGAGACAGTCACTGCTGTGGCTGCGGGAAAGCCTCTCTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCCCAAACCACGATGGGAAT         GTGATGGAATTTTACTGCCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105779 TGCCCAAACCACGATGGGAATGTA...CAGGTGATGGAATTTTACTGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTCCTGTGAGACTGCCATGTGTCGGGAGTGCACGGAGGGGGAGCACGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122671 GTCCTGTGAGACTGCCATGTGTCGGGAGTGCACGGAGGGGGAGCACGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCACCCCACAGTTCCACTCAAGGATGTGGTGGAACAGCACAAGGCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122721 AGCACCCCACAGTTCCACTCAAGGATGTGGTGGAACAGCACAAGGCCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTCCAGGTCCAGCTGGATGCTGTCAACAAAAG         GCTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 122771 CTCCAGGTCCAGCTGGATGCTGTCAACAAAAGGTG...CAGGCTCCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATAGATTCTGCTCTTCAGTTCATCTCTGAAATCATTCATCAGTTAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123983 AATAGATTCTGCTCTTCAGTTCATCTCTGAAATCATTCATCAGTTAACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCAAAAGGCCAGCATCGTGGATGACATTCATTCCACCTTTGATGAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124033 ACCAAAAGGCCAGCATCGTGGATGACATTCATTCCACCTTTGATGAGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAGAAGACTTTAAATGTGCGCAAGAGTGTGCTGCTTATGGAATTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124083 CAGAAGACTTTAAATGTGCGCAAGAGTGTGCTGCTTATGGAATTGGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAACTATGGCCTCAAACACAAA         GTCCTCCAGTCGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124133 CAACTATGGCCTCAAACACAAAGTA...CAGGTCCTCCAGTCGCAGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATACTCTGCTCCAGGGGCAGGAGAGCATTAAGAGCTGCAGCAACTTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125001 ATACTCTGCTCCAGGGGCAGGAGAGCATTAAGAGCTGCAGCAACTTCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCGCAGGCCCTCAACCATGGCACGGAGACCGAGGTCCTACTGGTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125051 GCGCAGGCCCTCAACCATGGCACGGAGACCGAGGTCCTACTGGTGAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCAGATGAGCGAGAAGCTGAACGAGCTGGCCGACCAGGACTTCCCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125101 GCAGATGAGCGAGAAGCTGAACGAGCTGGCCGACCAGGACTTCCCCTTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCCGCGGGAGAACGACCAGCTGGATTTCATCGTGGAAACCGAGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125151 ACCCGCGGGAGAACGACCAGCTGGATTTCATCGTGGAAACCGAGGGGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AAGAAGTCCATCCACAACCTCGGGACGATCTTAACCACCAACGCCGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125201 AAGAAGTCCATCCACAACCTCGGGACGATCTTAACCACCAACGCCGTTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CTCAGAGACAGTGGCCACGGGCGAGGGGCTGCGGCAGACCATCATCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125251 CTCAGAGACAGTGGCCACGGGCGAGGGGCTGCGGCAGACCATCATCGGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 AGCCCATGTCCGTCACCATCACCACCAAGGACAAAGACGGTGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125301 AGCCCATGTCCGTCACCATCACCACCAAGGACAAAGACGGTGAGCTGTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 AAAACCGGCAACGCCTACCTCACCGCCGAACTGAGCACCCCCGACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125351 AAAACCGGCAACGCCTACCTCACCGCCGAACTGAGCACCCCCGACGGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CGTGGCAGACGGGGAGATCCTGGACAACAAGAACGGCACCTATGAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125401 CGTGGCAGACGGGGAGATCCTGGACAACAAGAACGGCACCTATGAGTTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TGTACACTGTCCAGAAGGAAGGGGACTTTACCCTGTCTCTGAGACTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125451 TGTACACTGTCCAGAAGGAAGGGGACTTTACCCTGTCTCTGAGACTCTAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 GACCAGCACATCCGAGGCAGCCCGTTTAAGCTGAAAGTGATCCGATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125501 GACCAGCACATCCGAGGCAGCCCGTTTAAGCTGAAAGTGATCCGATCCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 TGATGTGTCTCCCACCACAGAAGGCGTGAAGAGGCGCGTTAAGTCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125551 TGATGTGTCTCCCACCACAGAAGGCGTGAAGAGGCGCGTTAAGTCCCCGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 GGAGCGGCCACGTCAAGCAGAAAGCTGTGAAAAGACCCGCAAGCATGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125601 GGAGCGGCCACGTCAAGCAGAAAGCTGTGAAAAGACCCGCAAGCATGTAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AGCACTGGAAAACGAAAAGAGAATCCCATCGAAGACGATTTGATCTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125651 AGCACTGGAAAACGAAAAGAGAATCCCATCGAAGACGATTTGATCTTTCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGTGG         GTACCAAAGGAAGAAATAAAGGAGAGTTTACAAATC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125701 AGTGGGTA...TAGGTACCAAAGGAAGAAATAAAGGAGAGTTTACAAATC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TTCAGGGGGTAGCTGCATCTACAAATGGAAAGATATTAATTGCAGACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145190 TTCAGGGGGTAGCTGCATCTACAAATGGAAAGATATTAATTGCAGACAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AACAACCAATGTGTGCAG         ATATTTTCCAATGATGGCCAGTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 145240 AACAACCAATGTGTGCAGGTA...CAGATATTTTCCAATGATGGCCAGTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 CAAAAGTCGTTTTGGCATACGGGGACGCTCTCCGGGGCAGCTGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145524 CAAAAGTCGTTTTGGCATACGGGGACGCTCTCCGGGGCAGCTGCAGCGGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CCACAGGAGTGGCTGTACATCCCAGTGGGGACATAATCATTGCCGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145574 CCACAGGAGTGGCTGTACATCCCAGTGGGGACATAATCATTGCCGATTAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GATAATAAATGGGTCAGCATTTTCTCCTCCGATGGGAAATTTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 145624 GATAATAAATGGGTCAGCATTTTCTCCTCCGATGGGAAATTTAAGGTA..

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783     ACAAAAATTGGATCAGGAAAGCTGATGGGACCCAAAGGAGTTTCTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145674 .CAGACAAAAATTGGATCAGGAAAGCTGATGGGACCCAAAGGAGTTTCTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGGACCGCAATGGGCACATTATTGTTGTGGACAACAAGGCGTGCTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152363 TGGACCGCAATGGGCACATTATTGTTGTGGACAACAAGGCGTGCTGCGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 TTTATCTTCCAGCCAAACGGGAAAATAGTCACCAGGTTTGGTAGCCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152413 TTTATCTTCCAGCCAAACGGGAAAATAGTCACCAGGTTTGGTAGCCGAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 AAATGGGGACAGGCAGTTTGCAG         GTCCCCATTTTGCAGCTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 152463 AAATGGGGACAGGCAGTTTGCAGGTA...CAGGTCCCCATTTTGCAGCTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TAAATAGCAATAATGAGATTATTATTACAGATTTCCATAATCATTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153765 TAAATAGCAATAATGAGATTATTATTACAGATTTCCATAATCATTCTGTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AAG         GTGTTTAATCAGGAAGGAGAATTCATGTTGAAGTTTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153815 AAGGTA...CAGGTGTTTAATCAGGAAGGAGAATTCATGTTGAAGTTTGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CTCAAATGGAGAAGGAAATGGGCAGTTTAATGCTCCAACAGGTGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158237 CTCAAATGGAGAAGGAAATGGGCAGTTTAATGCTCCAACAGGTGTAGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 TGGATTCAAATGGAAACATCATTGTGGCCGACTGGGGAAACAGCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158287 TGGATTCAAATGGAAACATCATTGTGGCCGACTGGGGAAACAGCAGGATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 CAG         GTTTTTGATGGGAGTGGATCATTTTTGTCCTACATTAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158337 CAGGTA...CAGGTTTTTGATGGGAGTGGATCATTTTTGTCCTACATTAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 CACATCTGCTGACCCACTCTATGGCCCCCAAGGCCTGGCCCTAACTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164521 CACATCTGCTGACCCACTCTATGGCCCCCAAGGCCTGGCCCTAACTTCAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 ATGGTCATGTTGTGGTTGCAGACTCTGGAAATCACTGTTTCAAAGTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164571 ATGGTCATGTTGTGGTTGCAGACTCTGGAAATCACTGTTTCAAAGTCTAT

   2400     .    :
   2302 CGATACTTACAG
        ||||||||||||
 164621 CGATACTTACAG