seq1 = pF1KSDA0513.tfa, 1233 bp
seq2 = pF1KSDA0513/gi568815582f_84967072.tfa (gi568815582f:84967072_85188322), 221251 bp

>pF1KSDA0513 1233
>gi568815582f:84967072_85188322 (Chr16)

1-329  (100001-100329)   100% ->
330-429  (104712-104811)   100% ->
430-503  (105854-105927)   100% ->
504-574  (108773-108843)   100% ->
575-782  (110354-110561)   100% ->
783-823  (111344-111384)   100% ->
824-902  (111854-111932)   100% ->
903-980  (114244-114321)   100% ->
981-1010  (115493-115522)   100% ->
1011-1091  (119573-119653)   100% ->
1092-1186  (120001-120095)   100% ->
1187-1233  (121205-121251)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACCCCAGAGGTCCCCGTGGGCTCGCTAATCGACTTTGGGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGACCCCAGAGGTCCCCGTGGGCTCGCTAATCGACTTTGGGCCTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCACCCACCTCTTCTCCCCTGGAGGCACCACCCCCTGTGCTGCAGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCACCCACCTCTTCTCCCCTGGAGGCACCACCCCCTGTGCTGCAGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGATGGCTCCCTGGGGGACGGTGCATCAGAGAGTGAGACCACTGAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGATGGCTCCCTGGGGGACGGTGCATCAGAGAGTGAGACCACTGAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGACAGTGAGAATGACATGGGCGAGTCGCCCTCGCACCCGTCCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGGACAGTGAGAATGACATGGGCGAGTCGCCCTCGCACCCGTCCTGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAAGACCGCCGTTCCTCCTCCAACGAGTCCTTCTCCTCCAACCAGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAAGACCGCCGTTCCTCCTCCAACGAGTCCTTCTCCTCCAACCAGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGAGTCTACCCAGGATGAAGAGACCCTGGCACTCAGGGACTTCATGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGAGTCTACCCAGGATGAAGAGACCCTGGCACTCAGGGACTTCATGCGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGCTACGTGGAGAAGATCTTCTCTGGAGG         GGAGGACTTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100301 GGCTACGTGGAGAAGATCTTCTCTGGAGGGTA...TAGGGAGGACTTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCAGGAGGAGAAAGCCAAGTTTGGAGAGTACTGCAGCAGTGAAAATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104724 TCAGGAGGAGAAAGCCAAGTTTGGAGAGTACTGCAGCAGTGAAAATGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAGGCCGGGAGTGGTTTGCTCGATACGTGAGTGCCCAG         CGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 104774 AAGGCCGGGAGTGGTTTGCTCGATACGTGAGTGCCCAGGTA...CAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGCAACTCCAAGTGTGTCTCAGAGGCAACCTTCTACCGCCTGGTGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105857 TGCAACTCCAAGTGTGTCTCAGAGGCAACCTTCTACCGCCTGGTGCAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTTTGCAGTGGTGCTGTTCGA         GTGTCATCAGATGGATGACT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105907 TTTTGCAGTGGTGCTGTTCGAGTA...CAGGTGTCATCAGATGGATGACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTGGGCCTGCCAAGAACCTCATGACCATGTGCTTCACCTACTACCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108793 TTGGGCCTGCCAAGAACCTCATGACCATGTGCTTCACCTACTACCACATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 G         GAAAACCACAGCTGCTGCCCCCGGAGTCCCGGGAGAAGCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108843 GGTA...AAGGAAAACCACAGCTGCTGCCCCCGGAGTCCCGGGAGAAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CGCGGGCAGCATCGACTCCTACCTGAAATCCGCAAACAGCTGGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110394 CGCGGGCAGCATCGACTCCTACCTGAAATCCGCAAACAGCTGGCTGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAAAGAAGGACATCGCCGAGCGGCTGCTGAAGAACACCTCGGCCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110444 AAAAGAAGGACATCGCCGAGCGGCTGCTGAAGAACACCTCGGCCAGGACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGAATGTCAAGGGCTTCTTCGGGGGGCTGGAGACCAAGCTGAAGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110494 GAGAATGTCAAGGGCTTCTTCGGGGGGCTGGAGACCAAGCTGAAGGGGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCTGGCCAGGAGGAACGA         GGAAGACGAGAACAAACCCCAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 110544 CCTGGCCAGGAGGAACGAGTA...CAGGGAAGACGAGAACAAACCCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGAAGCGGCCCAGGGCTG         TGACCGCGTACAGCCCCGAGGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111367 AGAAGCGGCCCAGGGCTGGTG...CAGTGACCGCGTACAGCCCCGAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAAAGAAGGGGGAGAAGATCTACCTGTACACGCACCTGAAGCAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111877 GAAAAGAAGGGGGAGAAGATCTACCTGTACACGCACCTGAAGCAACAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CATCTG         GCACACTCTGAGGTTCTGGAATGCAGCCTTTTTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111927 CATCTGGTA...CAGGCACACTCTGAGGTTCTGGAATGCAGCCTTTTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACGCTGTCCATTGTGAGAGGACAAAGCGATCTCCCACTACCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114279 ACGCTGTCCATTGTGAGAGGACAAAGCGATCTCCCACTACCAGGTA...C

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    981   AGGGGATGCTGGAGAGGAGGAGGAGAAGAG         GGAGAAGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115491 AGAGGGGATGCTGGAGAGGAGGAGGAGAAGAGGTG...CAGGGAGAAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTGCCACATGACCCAGGAGGAGCGCGACGACAGCCTCCGGTTCAACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119582 GTGCCACATGACCCAGGAGGAGCGCGACGACAGCCTCCGGTTCAACGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACATCACCTTCGGGCAGCTGGG         CACATTCACGCACAACATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 119632 ACATCACCTTCGGGCAGCTGGGGTA...CAGCACATTCACGCACAACATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTGGCCTTTGGACTGAACAAGAAGCTGTGCAATGACTTCCTGAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120020 CTGGCCTTTGGACTGAACAAGAAGCTGTGCAATGACTTCCTGAAGAAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGCTGTGATTGGCAACCTGGATGAAG         AGCAATACAAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120070 GGCTGTGATTGGCAACCTGGATGAAGGTG...CAGAGCAATACAAGCTGC

   1300     .    :    .    :    .    :
   1202 TTAGTGACCACATTGAGCAAATGGCCACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 121220 TTAGTGACCACATTGAGCAAATGGCCACTGAG