seq1 = pF1KSDA0479.tfa, 921 bp
seq2 = pF1KSDA0479/gi568815597r_183152644.tfa (gi568815597r:183152644_183518267), 365624 bp

>pF1KSDA0479 921
>gi568815597r:183152644_183518267 (Chr1)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-174  (224475-224563)   100% ->
175-242  (225411-225478)   100% ->
243-321  (228062-228140)   100% ->
322-448  (231480-231606)   100% ->
449-529  (233478-233558)   100% ->
530-574  (234229-234273)   100% ->
575-651  (239639-239715)   100% ->
652-753  (256965-257066)   100% ->
754-821  (257199-257266)   100% ->
822-921  (265525-265624)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCGAGACCACCAAGACCCACGTTATCTTGCTCGCCTGCGGCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCGAGACCACCAAGACCCACGTTATCTTGCTCGCCTGCGGCAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATCCCATCACCAAAGGGCACATTCAGATGTTTG         AAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CAATCCCATCACCAAAGGGCACATTCAGATGTTTGGTG...TAGAAAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAGGGATTATCTGCACAAAACTGGAAGGTTTATTGTGATTGGCGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224481 CCAGGGATTATCTGCACAAAACTGGAAGGTTTATTGTGATTGGCGGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCTCCCCTGTCCACGACTCCTATGGAAAACAG         GGCCTCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 224531 GTCTCCCCTGTCCACGACTCCTATGGAAAACAGGTG...CAGGGCCTCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GTCAAGCCGGCACCGTCTCATCATGTGTCAGCTGGCCGTCCAGAATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225419 GTCAAGCCGGCACCGTCTCATCATGTGTCAGCTGGCCGTCCAGAATTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATTGGATCAG         GGTGGACCCTTGGGAGTGCTACCAGGACACC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 225469 ATTGGATCAGGTA...TAGGGTGGACCCTTGGGAGTGCTACCAGGACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TGGCAGACGACCTGCAGCGTGTTGGAACACCACCGGGACCTCATGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 228093 TGGCAGACGACCTGCAGCGTGTTGGAACACCACCGGGACCTCATGAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        AGGGTGACTGGCTGCATCCTCTCCAATGTCAACACACCTTCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228143 G...TAGAGGGTGACTGGCTGCATCCTCTCCAATGTCAACACACCTTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGACACCTGTGATCGGACAGCCACAAAACGAGACCCCCCAGCCCATTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231523 TGACACCTGTGATCGGACAGCCACAAAACGAGACCCCCCAGCCCATTTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGAACAGCAACGTGGCCACCAAGCCCACTGCAG         CCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 231573 CAGAACAGCAACGTGGCCACCAAGCCCACTGCAGGTA...TAGCCAAGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTGGGGAAGGTGGGAGAAAGCCTCAGCCGGATCTGCTGTGTCCGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233485 CTTGGGGAAGGTGGGAGAAAGCCTCAGCCGGATCTGCTGTGTCCGCCCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CGGTGGAGCGTTTCACCTTTGTAG         ATGAGAATGCCAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 233535 CGGTGGAGCGTTTCACCTTTGTAGGTG...TAGATGAGAATGCCAATCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GGCACGGTGATGCGGTATGAAGAGATTG         AGCTACGGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 234246 GGCACGGTGATGCGGTATGAAGAGATTGGTG...CAGAGCTACGGATCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 GCTGCTGTGTGGTAGTGACCTGCTGGAGTCCTTCTGCATCCCAGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239652 GCTGCTGTGTGGTAGTGACCTGCTGGAGTCCTTCTGCATCCCAGGGCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GGAACGAGGCAGAT         ATGGAGGTGATTGTTGGTGACTTTGGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 239702 GGAACGAGGCAGATGTG...TAGATGGAGGTGATTGTTGGTGACTTTGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 ATTGTGGTGGTGCCCCGGGATGCAGCCGACACAGACCGAATCATGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 256992 ATTGTGGTGGTGCCCCGGGATGCAGCCGACACAGACCGAATCATGAATCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CTCCTCAATACTCCGCAAATACAAA         AACAACATCATGGTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 257042 CTCCTCAATACTCCGCAAATACAAAGTG...CAGAACAACATCATGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGAAGGATGACATCAACCATCCCATGTCTGTTGTCAGCTCAACCAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257215 TGAAGGATGACATCAACCATCCCATGTCTGTTGTCAGCTCAACCAAGAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AG         GCTGGCCCTGCAGCATGGGGACGGCCATGTTGTGGATTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257265 AGGTA...CAGGCTGGCCCTGCAGCATGGGGACGGCCATGTTGTGGATTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 CCTGTCCCAGCCGGTCATCGACTACATCCTCAAAAGCCAGCTGTACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265564 CCTGTCCCAGCCGGTCATCGACTACATCCTCAAAAGCCAGCTGTACATCA

   1000     .    :
    911 ATGCCTCCGGC
        |||||||||||
 265614 ATGCCTCCGGC