seq1 = pF1KSDA0457.tfa, 2496 bp
seq2 = pF1KSDA0457/gi568815597f_231526868.tfa (gi568815597f:231526868_232136828), 609961 bp

>pF1KSDA0457 2496
>gi568815597f:231526868_232136828 (Chr1)

1-67  (100001-100067)   100% ->
68-1047  (166959-167938)   99% ->
1048-1117  (175088-175157)   100% ->
1118-1268  (223059-223209)   100% ->
1269-1398  (240273-240402)   100% ->
1399-1634  (243968-244203)   100% ->
1635-1689  (268375-268429)   100% ->
1690-1792  (273241-273343)   100% ->
1793-1981  (291462-291650)   100% ->
1982-2042  (431961-432021)   100% ->
2043-2241  (481918-482116)   100% ->
2242-2361  (499568-499687)   99% ->
2362-2496  (509827-509961)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGGCGGGGGTCCTCAGGGCGCCCCAGCCGCCGCCGGCGGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTGAGCCACCGCGCAG         GCAGCCGGGATTGCTTACCACCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTGAGCCACCGCGCAGGTA...CAGGCAGCCGGGATTGCTTACCACCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166983 CAGCGTGCTTTCGGAGGCGGCGGCTGGCACGGAGGCCGGGCTACATGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTCGACAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167033 AGCTCGACAGGGCCTGGGATCGGGTTCCTTTCCCCAGCAGTGGGCACACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAGGAGTCCCACCACTCGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167083 GTTCCGGTTCCCAGGAGGGGTGTCTGGCGAGGAGTCCCACCACTCGGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167133 CCAGGGCCAGACAGTGTGGCCTTGACTCGAGAGGCCTCTTGGTCCGGAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCTGTTTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167183 CCTGTTTCCAAGAGTGCAGCAGCCCCTACTGTGACCTCTGTGAGAGGAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAGGTGGCACCAGATTGCCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167233 CTCGGCGCACTTTGGGATTCAGCTCAGAGGTGGCACCAGATTGCCTGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167283 GGCTTAGCTGGCCGTGTGGCCCTGGGAGTGCTGGGTGGCAGCAAGAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCAGCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167333 GCAGCCATGGATAGTTCTGAGACCCTGGACGCCAGCTGGGAGGCAGCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGCAGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167383 CAGCGATGGAGCAAGGCGTGTCCGGGCAGCAGGCTCTCTGCCATCAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167433 AGTTGAGTAGCAACAGCTGCAGCCCTGGCTGTGGCCCTGAGGTCCCCCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 ACCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167483 ACCCCTCCTGGCTCTCACAGTGCCTTTACCTCAAGCTTTAGCTTTATTCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAACGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167533 GCTCTCGCTTGGCTCTGCCGGGGAACGTGGAGAAGCAGAAGGCTGCCCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167583 CATCCAGAGAGGCTGAGTCCCATTGCCAGAGCCCCCAGGAGATGGGAGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 167633 AAAGCTGCCAGCTTGGACGGGCCTCACGAGGACCCGCGATGTCTCTCTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCCTTCAGTCTCTTGGCTACACGGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167683 GCCCTTCAGTCTCTTGGCTACACGGGTCTCTGCAGACTTGGCCCAGGCCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167733 CAAGGAACAGCTCCAGGCCAGAGCGTGACATGCATTCTTTACCAGACATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167783 GACCCTGGCTCCTCCAGTTCTCTGGATCCCTCACTGGCTGGCTGTGGTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TGATGGGAGCAGCGGCTCAGGGGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167833 TGATGGGAGCAGCGGCTCAGGGGATGCCCACTCTTGGGACACCCTGCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167883 GGAAATGGGAGCCAGTGCTGCGGGACTGCCTGCTGAGAAACCGGAGGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATGGAG         GTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167933 ATGGAGGTC...TAGGTAATATCCTTAAGATTAAAACTTCAGAAACTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTATGATAAAG         CTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 175123 GGAAGATGCAGTTGAGAATGATGATTATGATAAAGGTG...CAGCTGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223065 CGTTACAACAAAGATTAGAAGACCTGGAACAAGAGAAAATCAGCCTGCAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TTTCAACTTCCTTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223115 TTTCAACTTCCTTCAAGGCAGCCAGCTCTTAGCAGTTTCCTGGGTCACCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGGCCACTCAGCA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 223165 GGCAGCACAAGTCCAGGCTGCCTTGCGCCGTGGGGCCACTCAGCAGTG..

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1269     GGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223215 .AAGGGCCAGCGGAGATGACACCCACACCCCACTGAGAATGGAGCCGAGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240319 CTGTTGGAACCCACTGCTCAGGACAGCTTGCACGTGTCCATCACGAGACG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAG         AAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 240369 AGACTGGCTTCTTCAGGAAAAGCAGCAGCTACAGGTG...CAGAAAGAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TCGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243975 TCGAAGCTCTCCAAGCAAGGATGTTTGTGCTGGAAGCCAAAGATCAACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244025 CTGAGAAGGGAAATAGAGGAGCAAGAGCAGCAACTCCAGTGGCAGGGCTG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244075 CGACCTGACCCCACTGGTGGGCCAGCTGTCCCTGGGTCAGCTGCAGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 244125 TCAGCAAGGCCTTGCAGGACACCCTGGCCTCAGCCGGTCAGATTCCCTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 CATGCAGAGCCACCGGAAACCATAAGGAG         CCTCCAGGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 244175 CATGCAGAGCCACCGGAAACCATAAGGAGGTA...CAGCCTCCAGGAAAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 AATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 268387 AATAAAATCCCTCAACTTGTCACTTAAAGAAATCACTACTAAGGTA...T

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1690   GTGTGTATGAGTGAGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273239 AGGTGTGTATGAGTGAGAAATTCTGCAGCACCCTGAGGAAGAAAGTTAAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAAATGCATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273289 GATATTGAAACCCAACTACCAGCCTTGCTTGAAGCCAAAATGCATGCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 ATCAG         GAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273339 ATCAGGTA...TAGGAAACCATTTCTGGACGGCTAAAGACCTCACCGAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 AGATTAGATCATTAACATCAGAGAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291498 AGATTAGATCATTAACATCAGAGAGAGAAGGGCTGGAGGGACTCCTCAGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 AAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291548 AAGCTGTTGGTGTTGAGTTCCAGGAATGTCAAAAAGCTGGGAAGTGTTAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 AGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291598 AGAAGATTACAACAGACTGAGAAGAGAAGTGGAGCACCAGGAGACTGCCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1979 ATG         AAACAAGTGTGAAGGAAAATACTATGAAGTACATGGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 291648 ATGGTA...CAGAAACAAGTGTGAAGGAAAATACTATGAAGTACATGGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 ACACTTAAGAATAAACTGTGCAG         CTGCAAGTGTCCACTGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 431999 ACACTTAAGAATAAACTGTGCAGGTA...CAGCTGCAAGTGTCCACTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 TGGGAAAGTGTGGGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481936 TGGGAAAGTGTGGGAAGCTGACTTGGAAGCTTGTCGATTGCTTATCCAGA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GCCTACAGCTCCAGGAAGCCAGGGGAAGCCTGTCTGTAGAAGATGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 481986 GCCTACAGCTCCAGGAAGCCAGGGGAAGCCTGTCTGTAGAAGATGAGAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 CAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 482036 CAGATGGATGACTTAGAGGGAGCTGCTCCTCCTATTCCCCCCAGGCTCCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 CTCCGAGGATAAAAGGAAGACCCCTTTGAAG         GAATCTTACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 482086 CTCCGAGGATAAAAGGAAGACCCCTTTGAAGGTA...CAGGAATCTTACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TCCTTTCTGCAGAACTTGGAGAAAAGTGTGAAGACATAGGCAAGAAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 499578 TCCTTTCTGCAGAACTTGGAGAAAAGTGTGAAGACATAGGCAAGAAGCTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 TTGTACTTGGAAGATCAACTTCACACAGCAATCCACAGTCATGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 499628 TTGTACTTGGAAGATCAACTTCACACAGCAATCCACAGTCATGATGAAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 TCTCATTCAG         TCTCTCAGGAGGGAGCTCCAGATGGTGAAGG
        ||||||||| >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 499678 TCTCATTCATATC...CAGTCTCTCAGGAGGGAGCTCCAGATGGTGAAGG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 AAACTCTGCAGGCCATGATCCTGCAGCTCCAGCCAGCAAAGGAGGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 509858 AAACTCTGCAGGCCATGATCCTGCAGCTCCAGCCAGCAAAGGAGGCGGGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GAAAGAGAAGCTGCAGCTTCCTGCATGACAGCTGGTGTCCACGAAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 509908 GAAAGAGAAGCTGCAGCTTCCTGCATGACAGCTGGTGTCCACGAAGCACA

   2600 
   2493 AGCC
        ||||
 509958 AGCC