seq1 = pF1KSDA0448.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KSDA0448/gi568815597f_86815037.tfa (gi568815597f:86815037_87204693), 389657 bp

>pF1KSDA0448 1068
>gi568815597f:86815037_87204693 (Chr1)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-363  (257898-258136)   100% ->
364-449  (269158-269243)   100% ->
450-588  (277495-277633)   100% ->
589-686  (282802-282899)   100% ->
687-844  (288396-288553)   100% ->
845-1068  (289434-289657)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTCCTCAGGATTATGATGCCGCCCAAGTTGCAGCTGCTGGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCTCCTCAGGATTATGATGCCGCCCAAGTTGCAGCTGCTGGCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGCCTTCGCGGTGGCGATGCTCTTCTTGGAAAACCAGATCCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGCCTTCGCGGTGGCGATGCTCTTCTTGGAAAACCAGATCCAGAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGGAGTCCCGCTCGAAGCTAG         AAAGGGCTATTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 TGGAGGAGTCCCGCTCGAAGCTAGGTG...CAGAAAGGGCTATTGCAAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACGAAGTCCGAGAAATTGAGCAGCGACATACAATGGATGGCCCTCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257915 CACGAAGTCCGAGAAATTGAGCAGCGACATACAATGGATGGCCCTCGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGATGCCACTTTAGATGAGGAAGAGGACATGGTGATCATTTATAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257965 AGATGCCACTTTAGATGAGGAAGAGGACATGGTGATCATTTATAACAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCCCAAAACGGCAAGCACTTCATTTACCAATATCGCCTATGACCTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258015 TTCCCAAAACGGCAAGCACTTCATTTACCAATATCGCCTATGACCTGTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAAAGAATAAATACCATGTCCTTCATATCAACACTACCAAAAATAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 258065 GCAAAGAATAAATACCATGTCCTTCATATCAACACTACCAAAAATAATCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTGATGTCATTGCAAGATCAG         GTGCGCTTTGTAAAGAATA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 258115 AGTGATGTCATTGCAAGATCAGGTA...TAGGTGCGCTTTGTAAAGAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TAACTTCCTGGAAAGAGATGAAACCAGGATTTTATCATGGACACGTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269177 TAACTTCCTGGAAAGAGATGAAACCAGGATTTTATCATGGACACGTTTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACTTGGATTTTGCAAA         ATTTGGTGTGAAGAAGAAACCAAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 269227 TACTTGGATTTTGCAAAGTA...CAGATTTGGTGTGAAGAAGAAACCAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTACATTAATGTCATAAGGGATCCTATTGAGAGGCTAGTTTCTTATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277519 TTACATTAATGTCATAAGGGATCCTATTGAGAGGCTAGTTTCTTATTATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACTTTCTGAGATTTGGAGATGATTATAGACCAGGGTTACGGAGACGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277569 ACTTTCTGAGATTTGGAGATGATTATAGACCAGGGTTACGGAGACGAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAAGGAGACAAAAAG         ACCTTTGATGAATGTGTAGCAGAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 277619 CAAGGAGACAAAAAGGTA...TAGACCTTTGATGAATGTGTAGCAGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGCTCAGACTGTGCTCCAGAGAAGCTCTGGCTTCAAATCCCGTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282828 TGGCTCAGACTGTGCTCCAGAGAAGCTCTGGCTTCAAATCCCGTTCTTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GTGGCCATAGCTCCGAATGCTG         GAATGTGGGAAGCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 282878 GTGGCCATAGCTCCGAATGCTGGTA...CAGGAATGTGGGAAGCAGGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTATGGATCAAGCCAAGTATAACCTAATTAATGAATATTTTCTGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288415 GCTATGGATCAAGCCAAGTATAACCTAATTAATGAATATTTTCTGGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTTACTGAAGAACTTGAAGATTTTATCATGTTATTGGAGGCAGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 288465 AGTTACTGAAGAACTTGAAGATTTTATCATGTTATTGGAGGCAGCATTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCGGTTTTTCAGGGGTGCTACTGAACTCTATCGCACAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 288515 CCCGGTTTTTCAGGGGTGCTACTGAACTCTATCGCACAGGTA...TAGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGAAATCTCATCTTAGGAAAACCACAGAGAAGAAACTCCCCACTAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289436 AAGAAATCTCATCTTAGGAAAACCACAGAGAAGAAACTCCCCACTAAACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AACCATTGCAAAACTACAGCAATCTGATATTTGGAAAATGGAGAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289486 AACCATTGCAAAACTACAGCAATCTGATATTTGGAAAATGGAGAATGAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCTATGAATTTGCACTAGAGCAGTTCCAATTCATCAGAGCCCATGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289536 TCTATGAATTTGCACTAGAGCAGTTCCAATTCATCAGAGCCCATGCCGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGAGAAAAAGATGGAGACCTCTACATCCTCGCACAAAACTTTTTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 289586 CGAGAAAAAGATGGAGACCTCTACATCCTCGCACAAAACTTTTTCTATGA

   1100     .    :    .    :
   1047 AAAGATTTACCCTAAGTCGAAC
        ||||||||||||||||||||||
 289636 AAAGATTTACCCTAAGTCGAAC