seq1 = pF1KSDA0441.tfa, 2091 bp
seq2 = pF1KSDA0441/gi568815592r_109365854.tfa (gi568815592r:109365854_109582026), 216173 bp

>pF1KSDA0441 2091
>gi568815592r:109365854_109582026 (Chr6)

(complement)

1-952  (100001-100952)   99% ->
953-1120  (105097-105264)   100% ->
1121-1204  (105769-105852)   100% ->
1205-1288  (106545-106628)   100% ->
1289-1370  (114293-114374)   100% ->
1371-2091  (115453-116173)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAACATCGCCAGAGCCTTCTGGGCAGCTTGTTGTACACTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAAACATCGCCAGAGCCTTCTGGGCAGCTTGTTGTACACTCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCTCACAGTGACACTGTGCTGGCCAGTTTTGAGGATCAGAGGAAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCTCACAGTGACACTGTGCTGGCCAGTTTTGAGGATCAGAGGAAGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTCCTCTGTGACATTACTTTAATCGTGGAGAATGTACATTTCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTCCTCTGTGACATTACTTTAATCGTGGAGAATGTACATTTCCGGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAAAGCCTTACTTGCTGCCAGTAGTGAATACTTCTCAATGATGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACAAAGCCTTACTTGCTGCCAGTAGTGAATACTTCTCAATGATGTTTGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAAGAGGGGGAAATCGGCCAATCCATTTATATGCTGGAAGGCATGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAAGAGGGGGAAATCGGCCAATCCATTTATATGCTGGAAGGCATGGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGACACCTTTGGTATCCTGCTGGAATTTATCTACACAGGTTATCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAGACACCTTTGGTATCCTGCTGGAATTTATCTACACAGGTTATCTCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCAGTGAGAAAAGTACAGAACAAATCCTGGCTACTGCTCAGTTCTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GCCAGTGAGAAAAGTACAGAACAAATCCTGGCTACTGCTCAGTTCTTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTCTATGACCTGGTAAAGGCTTACACAGACTTCCAAAATAATCATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTCTATGACCTGGTAAAGGCTTACACAGACTTCCAAAATAATCATAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCCAAAGCCAACAACTTTGAACACTGCTGGTGCCCCAGTGGTTGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCCAAAGCCAACAACTTTGAACACTGCTGGTGCCCCAGTGGTTGTTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCTAATAAGAAAAACGATCCTCCAAAGCGGAAACGGGGAAGACCAAAAAA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCTAATAAGAAAAACGATCCTCCAAAGCGGAAACGGGGAAGACCAAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGTCAATACATTGCAGGAGGAGAAATCAGAACTGGCTGCAGAGGAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGTCAATACATTGCAGGAGGAGAAATCAGAACTGGCTGCAGAGGAAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TACAGTTAAGAGTGAACAATTCAGTTCAGAATAGACAAAACTTTGTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TACAGTTAAGAGTGAACAATTCAGTTCAGAATAGACAAAACTTTGTGGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AAAGGAGACAGTGGTGTACTGAATGAGCAAATTGCAGCAAAAGAAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AAAGGAGACAGTGGTGTACTGAATGAGCAAATTGCAGCAAAAGAAAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGAATCGGAGCCTACTTGTGAGCCAAGTAGAGAGGAGGAAATGCCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAATCGGAGCCTACTTGTGAGCCAAGTAGAGAGGAGGAAATGCCAGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AAAAAGATGAGAACTATGATCCCAAGACCGAGGATGGCCAGGCAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AAAAAGATGAGAACTATGATCCCAAGACCGAGGATGGCCAGGCAAGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 AGTCGATACAGCAAGCGGAGGATTTGGAGATCCGTCAAACTTAAAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 AGTCGATACAGCAAGCGGAGGATTTGGAGATCCGTCAAACTTAAAGATTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CAAACTTGTTGGGGATCAAGAGGACCATGGTTCAGCCAAGAGGATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CAAACTTGTTGGGGATCAAGAGGACCATGGTTCAGCCAAGAGGATCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GAAGGAGAAAGCGCCCTGGAGGCCCTGAGGCCCGCTGTAAAGACTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GAAGGAGAAAGCGCCCTGGAGGCCCTGAGGCCCGCTGTAAAGACTGTGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AAGGTCTTTAAGTACAATCACTTTTTAGCAATCCACCAGAGGAGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGGTCTTTAAGTACAATCACTTTTTAGCAATCCACCAGAGGAGCCACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 AG         GGGAGCGACCTTTCAAATGTAATGAGTGTGGAAAAGGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 AGGTA...CAGGGGAGCGACCTTTCAAATGTAATGAGTGTGGAAAAGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTGCCCAGAAGCACTCGCTACAGGTCCACACCAGGATGCACACAGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105136 TTGCCCAGAAGCACTCGCTACAGGTCCACACCAGGATGCACACAGGCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CGGCCGTACACCTGCACCGTGTGCAGCAAGGCTCTGACCACCAAGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105186 CGGCCGTACACCTGCACCGTGTGCAGCAAGGCTCTGACCACCAAGCACTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ACTGCTGGAGCACATGAGCCTGCACTCAG         GACAGAAGTCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105236 ACTGCTGGAGCACATGAGCCTGCACTCAGGTA...CAGGACAGAAGTCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTACCTGTGATCAATGCGGAAAATATTTCAGCCAGAACAGACAGCTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105781 TTACCTGTGATCAATGCGGAAAATATTTCAGCCAGAACAGACAGCTAAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGCCATTACCGAGTTCATACAG         GCCACTCATTACCGGAATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105831 AGCCATTACCGAGTTCATACAGGTA...AAGGCCACTCATTACCGGAATG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CAAAGACTGCCATCGCAAATTCATGGATGTGTCTCAGCTAAAGAAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106564 CAAAGACTGCCATCGCAAATTCATGGATGTGTCTCAGCTAAAGAAACATC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TGCGAACACACACAG         GTGAGAAGCCATTTACTTGTGAAATC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106614 TGCGAACACACACAGGTA...TAGGTGAGAAGCCATTTACTTGTGAAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TGTGGCAAATCTTTCACAGCAAAGAGTTCTCTTCAGACCCACATCAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114319 TGTGGCAAATCTTTCACAGCAAAGAGTTCTCTTCAGACCCACATCAGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCATCG         AGGAGAAAAGCCATACTCCTGTGGCATTTGTGGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114369 CCATCGGTA...CAGAGGAGAAAAGCCATACTCCTGTGGCATTTGTGGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 AATCCTTCTCTGACTCCAGTGCCAAAAGGAGACACTGCATTCTACACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115488 AATCCTTCTCTGACTCCAGTGCCAAAAGGAGACACTGCATTCTACACACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GGCAAGAAGCCTTTCTCCTGCCCTGAGTGTAACTTACAGTTTGCTCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115538 GGCAAGAAGCCTTTCTCCTGCCCTGAGTGTAACTTACAGTTTGCTCGCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 AGACAACTTGAAGGCTCACTTGAAAATTCATAGCAAGGAGAAGCATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115588 AGACAACTTGAAGGCTCACTTGAAAATTCATAGCAAGGAGAAGCATGCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CAGATGCCAGCAGCATTTCTGGCAGTAGTAATACAGAAGAGGTCAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115638 CAGATGCCAGCAGCATTTCTGGCAGTAGTAATACAGAAGAGGTCAGGAAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ATTCTTCAGCTACAGCCATATCAACTCTCTACCTCGGGAGAGCAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115688 ATTCTTCAGCTACAGCCATATCAACTCTCTACCTCGGGAGAGCAGGAAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TCAGCTTCTCGTAACCGATTCTGTACATAACATCAATTTCATGCCCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115738 TCAGCTTCTCGTAACCGATTCTGTACATAACATCAATTTCATGCCCGGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CTAGCCAGGGAATCAGCATTGTGACTGCAGAGAGTTCCCAAAACATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115788 CTAGCCAGGGAATCAGCATTGTGACTGCAGAGAGTTCCCAAAACATGACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GCAGACCAGGCTGCTAATCTTACCCTGCTCACGCAGCAGCCAGAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115838 GCAGACCAGGCTGCTAATCTTACCCTGCTCACGCAGCAGCCAGAGCAACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 GCAGAATTTAATTCTTTCAGCTCAACAGGAGCAAACAGAACACATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115888 GCAGAATTTAATTCTTTCAGCTCAACAGGAGCAAACAGAACACATTCAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 GCCTCAATATGATTGAAAGCCAGATGGGGCCCTCACAAACAGAGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115938 GCCTCAATATGATTGAAAGCCAGATGGGGCCCTCACAAACAGAGCCAGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 CACGTGATCACTCTGTCCAAGGAAACACTGGAACATCTTCATGCCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115988 CACGTGATCACTCTGTCCAAGGAAACACTGGAACATCTTCATGCCCATCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 AGAGCAAACAGAGGAGCTCCATTTAGCTACAAGTACTTCAGATCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116038 AGAGCAAACAGAGGAGCTCCATTTAGCTACAAGTACTTCAGATCCAGCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2006 AGCACCTGCAGCTGACACAGGAGCCTGGTCCGCCACCACCCACTCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116088 AGCACCTGCAGCTGACACAGGAGCCTGGTCCGCCACCACCCACTCACCAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .
   2056 GTGCCCCAGCCAACGCCACTTGGCCAGGAGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116138 GTGCCCCAGCCAACGCCACTTGGCCAGGAGCAGAGC