seq1 = pF1KSDA0438.tfa, 2124 bp
seq2 = pF1KSDA0438/gi568815593r_109237234.tfa (gi568815593r:109237234_109481706), 244473 bp

>pF1KSDA0438 2124
>gi568815593r:109237234_109481706 (Chr5)

(complement)

1-31  (98274-98304)   100% ->
32-232  (100004-100204)   100% ->
233-1283  (102453-103503)   99% ->
1284-1469  (112961-113146)   100% ->
1470-1652  (118685-118867)   100% ->
1653-1764  (125681-125792)   100% ->
1765-1879  (136888-137002)   100% ->
1880-2001  (137396-137517)   100% ->
2002-2124  (144351-144473)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACAGTACACTGAAAAGGAGCCAGCAG         CAATGGACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  98274 ATGTCACAGTACACTGAAAAGGAGCCAGCAGGTA...CAGCAATGGACCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAATCTGGTAAGGCTGTCTGGCCCAAACCAGCAGGAGGGTATCAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 AGAATCTGGTAAGGCTGTCTGGCCCAAACCAGCAGGAGGGTATCAGACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTACAGGCAGGAGATATGGAAGAAGACATGCTTATGTCAGTTTTAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 TTACAGGCAGGAGATATGGAAGAAGACATGCTTATGTCAGTTTTAAACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTATGACCAGACATGAAAGAAGCTTAGGTCGGGCTGGTGATGACTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100114 TGTATGACCAGACATGAAAGAAGCTTAGGTCGGGCTGGTGATGACTATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGTTGGAACTAGATGATGTTCCAAAGGAAAATTCCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100164 AGTGTTGGAACTAGATGATGTTCCAAAGGAAAATTCCTCAGGTG...AAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTTCCAGTCCTTTGGATCAAGTTGATTCTTCTTTACCCAGTGAACCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102453 GTTCCAGTCCTTTGGATCAAGTTGATTCTTCTTTACCCAGTGAACCTATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGAAAAAAGTGAAACAGAAATTCCCACTTGTGGTTCAGCATTGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102503 TTTGAAAAAAGTGAAACAGAAATTCCCACTTGTGGTTCAGCATTGAATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACCACTGAGAGCAGTCAATCCTTTGTTGCAGTACATCACAGTGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102553 AACCACTGAGAGCAGTCAATCCTTTGTTGCAGTACATCACAGTGAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGGGATACCTTAGGAAGCAGTACAAATCTTCATAATCACTCTGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102603 GCAGGGATACCTTAGGAAGCAGTACAAATCTTCATAATCACTCTGAGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGTATATTCCAGGAGCTTGTAGTGCTTCAAGTGTCCAAAATGGAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102653 GAGTATATTCCAGGAGCTTGTAGTGCTTCAAGTGTCCAAAATGGAATTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATTGGTTCATACAGACTCTTATGATCCAGATGGCAAACATGGAGAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102703 ATTGGTTCATACAGACTCTTATGATCCAGATGGCAAACATGGAGAAGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGACCATCTTCAACTTTCTGCAGAAGTCGTGGAAGGTAGTAGATACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102753 ATGACCATCTTCAACTTTCTGCAGAAGTCGTGGAAGGTAGTAGATACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAATCATTAGGCAATACAGTATTTGAGTTGGAAAACAGAGAGGCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102803 GAATCATTAGGCAATACAGTATTTGAGTTGGAAAACAGAGAGGCAGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 ATACACTGGTCTTTCACCACCAGTTCCCTCATTTAACTGTGAAGTAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102853 ATACACTGGTCTTTCACCACCAGTTCCCTCATTTAACTGTGAAGTAAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ATGAGTTTGAAGAGTTAGATTCTGTACCATTAGTGAAAAGTTCTGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102903 ATGAGTTTGAAGAGTTAGATTCTGTACCATTAGTGAAAAGTTCTGCTGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GATACTGAGTTTGTCCATCAGAATAGCCAGGAAATTCAGAGGTCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102953 GATACTGAGTTTGTCCATCAGAATAGCCAGGAAATTCAGAGGTCTTCTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGATGAAATGGTTAGTACGAAACAACAAAATAATACTAGCCAGGAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103003 AGATGAAATGGTTAGTACGAAACAACAAAATAATACTAGCCAGGAAAGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGACAGAACATTCACCTGAAGATGCAGCCTGTGGTCCAGGGCATATTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103053 AGACAGAACATTCACCTGAAGATGCAGCCTGTGGTCCAGGGCATATTTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGTGAACGAAATACCAATGATAGGGAAAAGAACCATGGAAGTTCTCCTGA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103103 AGTGAACAAAATACCAATGATAGGGAAAAGAACCATGGAAGTTCTCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACAGGTAGTGAGGCCAAAAGTTAGAAAACTGATAAGTTCAAGCCAGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103153 ACAGGTAGTGAGGCCAAAAGTTAGAAAACTGATAAGTTCAAGCCAGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCAAGAAACAGGTTTTAATAGGCATGAGGCGAAACAAAGAAGTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103203 ACCAAGAAACAGGTTTTAATAGGCATGAGGCGAAACAAAGAAGTGTTCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGATGGAGAGAGGCTTTGGAAGTTGAGGAAAGTGGCTCAGATGACCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103253 AGATGGAGAGAGGCTTTGGAAGTTGAGGAAAGTGGCTCAGATGACCTCTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AATAAAATGTGAAGAATATGATGGAGAGCATGACTGTATGTTCTTGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103303 AATAAAATGTGAAGAATATGATGGAGAGCATGACTGTATGTTCTTGGATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CACCATACTCAAGAGTTATTACACAAAGGGAAACAGAAAATAACCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103353 CACCATACTCAAGAGTTATTACACAAAGGGAAACAGAAAATAACCAAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 ACATCAGAAAGTGGAGCCACAGCGGGAAGGCAAGAAGTGGATAACACCTT
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
 103403 ACATCAGAAAGTGGAGCCACAGCAGGAAGGCAAGAGGTGGATAACACCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TTGGAATGGCTGTGGAGATTATTACCAACTCTATGACAAAGATGAAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103453 TTGGAATGGCTGTGGAGATTATTACCAACTCTATGACAAAGATGAAGATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 G         TTCTGAATGCAGTGATGGGGAATGGTCTGCTTCTTTGCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103503 GGTA...CAGTTCTGAATGCAGTGATGGGGAATGGTCTGCTTCTTTGCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CATCGATTTTCTGGTACAGAAAAAGATCAATCCTCAAGTGATGAAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113001 CATCGATTTTCTGGTACAGAAAAAGATCAATCCTCAAGTGATGAAAGCTG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GGAGACTCTGCCAGGAAAAGATGAGAATGAACCTGAGCTACAAAGTGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113051 GGAGACTCTGCCAGGAAAAGATGAGAATGAACCTGAGCTACAAAGTGATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GCAGTGGCCCTGAAGAAGAAAACCAAGAATTATCTCTTCAGGAAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 113101 GCAGTGGCCCTGAAGAAGAAAACCAAGAATTATCTCTTCAGGAAGGGTA.

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470      GGAACAGACATCCTTGGAAGAGGGAGAAATTCCTTGGTTACAGTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113151 ..TAGGGAACAGACATCCTTGGAAGAGGGAGAAATTCCTTGGTTACAGTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CAATGAAGTCAATGAAAGCAGCAGTGATGAGGGAAATGAACCTGCCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118730 CAATGAAGTCAATGAAAGCAGCAGTGATGAGGGAAATGAACCTGCCAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AATTTGCACAGCCAGCTTTCATGTTGGATGGTAACAATAACCTGGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118780 AATTTGCACAGCCAGCTTTCATGTTGGATGGTAACAATAACCTGGAGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GACTCCAGTGTGAGTGAAGACTTAGATGTGGATTGGAG         CCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 118830 GACTCCAGTGTGAGTGAAGACTTAGATGTGGATTGGAGGTA...CAGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 ATTTGATGGCTTTGCAGATGGACTAGGAGTTGCTGAAGCTATTTCATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125684 ATTTGATGGCTTTGCAGATGGACTAGGAGTTGCTGAAGCTATTTCATATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 TGGATCCTCAGTTCCTTACCTACATGGCACTAGAAGAACGCTTAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125734 TGGATCCTCAGTTCCTTACCTACATGGCACTAGAAGAACGCTTAGCCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GCTATGGAG         ACTGCTCTGGCCCATTTAGAGTCTCTTGCAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125784 GCTATGGAGGTA...CAGACTGCTCTGGCCCATTTAGAGTCTCTTGCAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 GGATGTTGAGGTGGCCAATCCACCAGCTAGTAAGGAAAGCATTGATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136920 GGATGTTGAGGTGGCCAATCCACCAGCTAGTAAGGAAAGCATTGATGGTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 TTCCAGAGACCCTTGTTCTTGAAGATCACACTG         CTATTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 136970 TTCCAGAGACCCTTGTTCTTGAAGATCACACTGGTA...CAGCTATTGGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 CAGGAACAATGCTGTCCAATCTGTTGCAGTGAGTATATTAAGGATGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137404 CAGGAACAATGCTGTCCAATCTGTTGCAGTGAGTATATTAAGGATGATAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1938 AGCAACAGAGTTGCCCTGTCACCATTTCTTTCACAAACCTTGTGTCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137454 AGCAACAGAGTTGCCCTGTCACCATTTCTTTCACAAACCTTGTGTCTCAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 TTTGGCTACAAAAG         TCGGGAACATGCCCTGTGTGCCGCCGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 137504 TTTGGCTACAAAAGGTG...CAGTCGGGAACATGCCCTGTGTGCCGCCGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2029 CATTTCCCACCTGCGGTTATTGAAGCATCTGCAGCTCCTTCCTCTGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144378 CATTTCCCACCTGCGGTTATTGAAGCATCTGCAGCTCCTTCCTCTGAGCC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2079 TGATCCTGATGCCCCACCTTCAAATGACAGTATTGCAGAAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144428 TGATCCTGATGCCCCACCTTCAAATGACAGTATTGCAGAAGCACCC