seq1 = pF1KSDA0427.tfa, 1794 bp
seq2 = pF1KSDA0427/gi568815580f_48519566.tfa (gi568815580f:48519566_48959556), 439991 bp

>pF1KSDA0427 1794
>gi568815580f:48519566_48959556 (Chr18)

1-180  (100001-100180)   100% ->
181-252  (117049-117120)   100% ->
253-326  (144187-144260)   100% ->
327-431  (144882-144986)   100% ->
432-507  (151104-151179)   100% ->
508-584  (192054-192130)   100% ->
585-1071  (238354-238840)   99% ->
1072-1371  (241825-242124)   100% ->
1372-1527  (297656-297811)   99% ->
1528-1581  (338023-338076)   100% ->
1582-1794  (339779-339991)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAAACTCCTCTGCAGCATCAGCCTCCTCGGAGGCAGGGAGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAAACTCCTCTGCAGCATCAGCCTCCTCGGAGGCAGGGAGCAGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCAGGAGATCGAGGAGCTGGAGCGCTTCATCGACAGCTACGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCCAGGAGATCGAGGAGCTGGAGCGCTTCATCGACAGCTACGTGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTACCAGGTGCAGGGGCTGCTGGCTGACAAGACGGAGGGTGATGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTACCAGGTGCAGGGGCTGCTGGCTGACAAGACGGAGGGTGATGGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCGAGAGGACCCAGTCCCACATCTCCCAG         TGGACAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100151 AGCGAGAGGACCCAGTCCCACATCTCCCAGGTG...CAGTGGACAGCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGCAGCGAACCGCTGGACAGCAGCTGTTCCTTCTCCCGAGGGCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117060 CTGCAGCGAACCGCTGGACAGCAGCTGTTCCTTCTCCCGAGGGCGAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCCACAGCAG         AATGGCAGCAAAGACAACTCTCTGGACATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117110 CCCCACAGCAGGTA...CAGAATGGCAGCAAAGACAACTCTCTGGACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGGCACGGACATCTGGGCGGCCAACACCTTCGATTCCTTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 144217 CTGGGCACGGACATCTGGGCGGCCAACACCTTCGATTCCTTCAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    327    TGGTGCCACCTGGGACCTGCAGCCGGAAAAGCTGGACTTCACCCAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144879 TAGTGGTGCCACCTGGGACCTGCAGCCGGAAAAGCTGGACTTCACCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCACCGCAAAGTCCGACACACGCCCAAGCAGCCCCTGCCACACATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144929 TCCACCGCAAAGTCCGACACACGCCCAAGCAGCCCCTGCCACACATCGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CGCGAAGG         GTGTGGCAAAGGGAAGCTGGAAGATGGGGATGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 144979 CGCGAAGGGTA...CAGGTGTGGCAAAGGGAAGCTGGAAGATGGGGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCAACCTGAATGACATCGAGAAGGTCCTTCCAGCCTGGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 151137 CATCAACCTGAATGACATCGAGAAGGTCCTTCCAGCCTGGCAGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    508   GGCTACCACCCGATGCCCCATGAAGTGGAGATCGCACACACCAAGAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192052 AGGGCTACCACCCGATGCCCCATGAAGTGGAGATCGCACACACCAAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTGTTCCGCAGGAGGAGAAATGATCGAAG         GCGGCAGCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 192102 CTGTTCCGCAGGAGGAGAAATGATCGAAGGTA...CAGGCGGCAGCAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACCTCCGGGGGGCAACAAGCCCCAACAGCATGGTGACCACCAGCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238366 ACCTCCGGGGGGCAACAAGCCCCAACAGCATGGTGACCACCAGCCAGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGCCAAACACAACAGGGACCACCAGAAATCCTACCAGGGGGGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238416 GTGCCAAACACAACAGGGACCACCAGAAATCCTACCAGGGGGGCTCAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCCCACCCCTCAGGGAGGCCCACTCACCATGGCTACAGCCAGAACCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238466 CCCCACCCCTCAGGGAGGCCCACTCACCATGGCTACAGCCAGAACCGGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGGCACCATGGCAACATGAAGCACCCACCAGGCGACAAGGGGGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238516 CTGGCACCATGGCAACATGAAGCACCCACCAGGCGACAAGGGGGAGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCGCACACCGCAATGCCAAAGAGACCATGACCATCGAGAACCCAAAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238566 GCGCACACCGCAATGCCAAAGAGACCATGACCATCGAGAACCCAAAACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGGACACTGCAGGGGACACCGGGCACAGCAGCCTCGAGGCCCCCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 238616 GAGGACACTGCAGGGGACACCGGGCACAGCAGCCTTGAGGCCCCCCGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTGACACCCTGGCCCCGGTGGCTTCTGAGCGGCTGCCCCCACAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238666 CCCTGACACCCTGGCCCCGGTGGCTTCTGAGCGGCTGCCCCCACAGCAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGGGGGGCCAGAGGTTGAGACAAAACGTAAAGACAGTATTCTTCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238716 CAGGGGGGCCAGAGGTTGAGACAAAACGTAAAGACAGTATTCTTCCCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGCATCGGGGAGCGGCCCAAAATTACCCTGCTCCAGTCTTCCAAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238766 CGCATCGGGGAGCGGCCCAAAATTACCCTGCTCCAGTCTTCCAAAGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 ACTGCGGCGAAGGCTAAAGGAAAAG         GATGAAGTGGCCGTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 238816 ACTGCGGCGAAGGCTAAAGGAAAAGGTA...CAGGATGAAGTGGCCGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGACGACCACTCCCCAGCAGAACAAGATGGACAAGCTGATCGAGATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241841 AGACGACCACTCCCCAGCAGAACAAGATGGACAAGCTGATCGAGATCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AACAGCATGCGGAACAACAGCAGCGACGTGGACACCAAGCTCACCACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241891 AACAGCATGCGGAACAACAGCAGCGACGTGGACACCAAGCTCACCACCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CATGGAGGAGGCCCAGAACTCCACCAACTCCGAGGAGATGCTGGGCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241941 CATGGAGGAGGCCCAGAACTCCACCAACTCCGAGGAGATGCTGGGCGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCGTGCGCACAATCTACCAGAAGGCTGTGTCCGACCGCAGCTTCGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241991 TCGTGCGCACAATCTACCAGAAGGCTGTGTCCGACCGCAGCTTCGCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 ACCGCTGCCAAGCTCTGCGACAAGATGGCGCTCTTTATGGTGGAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242041 ACCGCTGCCAAGCTCTGCGACAAGATGGCGCTCTTTATGGTGGAGGGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAAGTTCCGGAGCCTGCTCCTCAACATGCTGCAG         AAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 242091 CAAGTTCCGGAGCCTGCTCCTCAACATGCTGCAGGTA...CAGAAGGACT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCACGGTGCGCGAGGAGCTGCAGCAGCAGGACGTGGAGCGCTGGCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297663 TCACGGTGCGCGAGGAGCTGCAGCAGCAGGACGTGGAGCGCTGGCTGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TTCATCACCTTCCTGTGTGAGGTCTTCGGCACCATGCGCAGCAGCACAGG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 297713 TTCATCACCTTCCTGTGCGAGGTCTTCGGCACCATGCGCAGCAGCACAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CGAGCCCTTCCGTGTGCTCGTGTGCCCCATCTACACCTGCCTCAGGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 297763 CGAGCCCTTCCGTGTGCTCGTGTGCCCCATCTACACCTGCCTCAGGGAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1528         CTCTTGCAATCTCAGGATGTGAAGGAAGATGCTGTCCTTTGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 297813 TA...CAGCTCTTGCAATCTCAGGATGTGAAGGAAGATGCTGTCCTTTGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TGCTCTATGGAG         CTGCAGAGTACAGGCCGGCTGCTGGAGGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 338065 TGCTCTATGGAGGTA...CAGCTGCAGAGTACAGGCCGGCTGCTGGAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ACAGCTGCCTGAGATGATGACAGAGCTCCTGGCCAGCGCACGGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339808 ACAGCTGCCTGAGATGATGACAGAGCTCCTGGCCAGCGCACGGGACAAGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TGCTGTGCCCCTCGGAGTCCATGCTGACCCGGTCGCTGCTCCTAGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339858 TGCTGTGCCCCTCGGAGTCCATGCTGACCCGGTCGCTGCTCCTAGAGGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 ATCGAGCTCCACGCTAACAGCTGGAACCCTCTGACGCCCCCCATCACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339908 ATCGAGCTCCACGCTAACAGCTGGAACCCTCTGACGCCCCCCATCACGCA

   1850     .    :    .    :    .    :
   1761 GTACTACAACAGAACCATCCAGAAACTGACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 339958 GTACTACAACAGAACCATCCAGAAACTGACAGCC