seq1 = pF1KSDA0420.tfa, 2088 bp
seq2 = pF1KSDA0420/gi568815582f_4859324.tfa (gi568815582f:4859324_5114967), 255644 bp

>pF1KSDA0420 2088
>gi568815582f:4859324_5114967 (Chr16)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-213  (128234-128383)   100% ->
214-345  (128826-128957)   100% ->
346-474  (131444-131572)   100% ->
475-667  (132515-132707)   100% ->
668-780  (137025-137137)   100% ->
781-970  (137532-137721)   100% ->
971-1059  (141332-141420)   100% ->
1060-1130  (141532-141602)   98% ->
1131-1302  (144079-144250)   100% ->
1303-1437  (146591-146725)   100% ->
1438-1572  (148029-148163)   100% ->
1573-1800  (149098-149325)   100% ->
1801-1979  (151772-151950)   100% ->
1980-2088  (155536-155644)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAAAGATACCAGTCTCCTGTCCGAGTCTACAAGTACCCGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAAAGATACCAGTCTCCTGTCCGAGTCTACAAGTACCCGTTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGGTCATGGCG         GCCTACGAGAAGCGTTTCCCCACGTGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGGTCATGGCGGTG...CAGGCCTACGAGAAGCGTTTCCCCACGTGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CACAGATCCCAGTCTTCCTGGGCAGCGAGGTCTTGCGCGAGTCCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128262 CACAGATCCCAGTCTTCCTGGGCAGCGAGGTCTTGCGCGAGTCCCGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCGGACGGGGCTGTGCACGTGGTGGAGCGGAGCTGCCGGCTGCGCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128312 CCGGACGGGGCTGTGCACGTGGTGGAGCGGAGCTGCCGGCTGCGCGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCCCCGCGGCTGCTGCGGAAG         ATCGCAGGTGTTGAGCACG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 128362 CGCCCCGCGGCTGCTGCGGAAGGTG...CAGATCGCAGGTGTTGAGCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTCTTCGTGCAGACAAACATCTTGAACTGGAAGGAGAGGACGCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128845 TGGTCTTCGTGCAGACAAACATCTTGAACTGGAAGGAGAGGACGCTCCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCGAAGCGCACAATGAGACCTTCGCCAACCGCGTGGTGGTGAACGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128895 ATCGAAGCGCACAATGAGACCTTCGCCAACCGCGTGGTGGTGAACGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CTGCAGCTACACG         GTCCACCCTGAGAATGAAGACTGGACTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128945 CTGCAGCTACACGGTG...CAGGTCCACCCTGAGAATGAAGACTGGACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTCGAGCAGTCTGCCTCACTGGACATTCGGTCTTTCTTTGGCTTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131472 GCTTCGAGCAGTCTGCCTCACTGGACATTCGGTCTTTCTTTGGCTTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGCCTTGGAGAAGATCGCCATGAAGCAGTACACCGCCAACGTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131522 AATGCCTTGGAGAAGATCGCCATGAAGCAGTACACCGCCAACGTCAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 G         GGGAAGGAGGTGATTGAGCATTACCTGAATGAGCTCATCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131572 GGTA...CAGGGGAAGGAGGTGATTGAGCATTACCTGAATGAGCTCATCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCAGGGTACCTCGCACATTCCGCGCTGGACGCCTGCCCCAGTCCGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132555 CCCAGGGTACCTCGCACATTCCGCGCTGGACGCCTGCCCCAGTCCGTGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGATGCCCGCAACCAGGCTGGACCGAGGGACCCCAGCTCCCTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132605 GAGGATGCCCGCAACCAGGCTGGACCGAGGGACCCCAGCTCCCTGGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCACGGGCCCCGTAGCACCCTGGGGCCCGCTCTGGAGGCGGTCAGTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132655 CCACGGGCCCCGTAGCACCCTGGGGCCCGCTCTGGAGGCGGTCAGTATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACG         GGGACAAGCTGGATGCGGACTACATTGAGAGGTGCCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132705 ACGGTA...AAGGGGACAAGCTGGATGCGGACTACATTGAGAGGTGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCCACCTCACGCCCATGCAGGAGAGCTGCCTGATCCAGCTTCGGCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137063 GGCCACCTCACGCCCATGCAGGAGAGCTGCCTGATCCAGCTTCGGCACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GTTACAGGAGACCCACAAAGGCAAG         ATTCCCAAAGATGAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 137113 GTTACAGGAGACCCACAAAGGCAAGGTG...CAGATTCCCAAAGATGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACATCCTTCGGTTCCTGCGGGCTCATGACTTCCACCTGGACAAGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137548 ACATCCTTCGGTTCCTGCGGGCTCATGACTTCCACCTGGACAAGGCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAAATGCTGCGCCAGTCCTTGAGCTGGCGCAAGCAGCACCAGGTGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137598 GAAATGCTGCGCCAGTCCTTGAGCTGGCGCAAGCAGCACCAGGTGGATCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTCCTTCAGACCTGGCAACCCCCTGCCCTGCTGGAGGAGTTCTATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137648 CCTCCTTCAGACCTGGCAACCCCCTGCCCTGCTGGAGGAGTTCTATGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGGGCTGGCATTACCAGGACATAG         ATGGCCGCCCCCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 137698 GGGGCTGGCATTACCAGGACATAGGTG...AAGATGGCCGCCCCCTCTAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCCTCCGCCTGGGCCAGATGGACACCAAAGGCTTGATGAAGGCCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141349 ATCCTCCGCCTGGGCCAGATGGACACCAAAGGCTTGATGAAGGCCGTGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAGGAGGCGCTGCTGCGGCAT         GTTCTCTCCGTCAACGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 141399 GGAGGAGGCGCTGCTGCGGCATGTG...CAGGTTCTCTCCGTCAACGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AAGGACAGAAGCGGTGTGAGGGCAGCACAAGGCAGCTGGGCCGTCCCATC
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 141551 AAGGACAGAAGCGGTGTGAGGGGAGCACAAGGCAGCTGGGCCGTCCCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AG         CTCCTGGACCTGCCTGCTAGACCTGGAGGGACTCAACAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141601 AGGCA...CAGCTCCTGGACCTGCCTGCTAGACCTGGAGGGACTCAACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GCGGCACCTGTGGCGGCCGGGGGTGAAGGCCCTGCTGCGGATGATTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144118 GCGGCACCTGTGGCGGCCGGGGGTGAAGGCCCTGCTGCGGATGATTGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGGTTGAGGACAATTACCCAGAGACCCTGGGTCGGCTGCTCATCGTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144168 TGGTTGAGGACAATTACCCAGAGACCCTGGGTCGGCTGCTCATCGTGCGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCCCCCCGAGTCTTCCCCGTGCTCTGGACACTG         ATCAGCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 144218 GCCCCCCGAGTCTTCCCCGTGCTCTGGACACTGGTA...CAGATCAGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTTCATCAATGAGAACACCAGGCGGAAGTTCCTCATCTACAGTGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146599 CTTCATCAATGAGAACACCAGGCGGAAGTTCCTCATCTACAGTGGCAGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACTACCAGGGACCCGGAGGCCTTGTGGACTATCTGGATAGAGAAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146649 ACTACCAGGGACCCGGAGGCCTTGTGGACTATCTGGATAGAGAAGTGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CCTGACTTCCTTGGGGGAGAGAGTGTG         TGTAATGTCCCCGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 146699 CCTGACTTCCTTGGGGGAGAGAGTGTGGTG...CAGTGTAATGTCCCCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGGAGGGCTGGTCCCCAAGTCCCTCTACATGACAGAAGAGGAGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148043 AGGAGGGCTGGTCCCCAAGTCCCTCTACATGACAGAAGAGGAGCAGGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ACACGGACCAGCTGTGGCAGTGGAGTGAGACCTACCATTCAGCCAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148093 ACACGGACCAGCTGTGGCAGTGGAGTGAGACCTACCATTCAGCCAGCGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CTCCGCGGAGCCCCCCACGAG         GTGGCCGTGGAGATCCTGGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 148143 CTCCGCGGAGCCCCCCACGAGGTG...CAGGTGGCCGTGGAGATCCTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGGAGAGTCGGTCATCACCTGGGACTTTGACATCCTGCGAGGGGACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149118 AGGAGAGTCGGTCATCACCTGGGACTTTGACATCCTGCGAGGGGACGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TGTTCAGCCTGTACCACACCAAGCAGGCGCCCAGGCTGGGCGCCCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149168 TGTTCAGCCTGTACCACACCAAGCAGGCGCCCAGGCTGGGCGCCCGGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CCGGGGACCAGGGCCAGCGGGCAGCTGATCGACAAAGGCTGGGTCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149218 CCGGGGACCAGGGCCAGCGGGCAGCTGATCGACAAAGGCTGGGTCCTGGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CAGGGATTACAGCCGTGTGGAGGCTCCCCTTGTCTGCCGGGAGGGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149268 CAGGGATTACAGCCGTGTGGAGGCTCCCCTTGTCTGCCGGGAGGGGGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GCATCCAG         GGCTCCCATGTGACCCGGTGGCCCGGCGTCTAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 149318 GCATCCAGGTT...CAGGGCTCCCATGTGACCCGGTGGCCCGGCGTCTAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTGCTCCAGTGGCAAATGCACAGCCCCCCCAGCAGCGTGGCCTGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151805 CTGCTCCAGTGGCAAATGCACAGCCCCCCCAGCAGCGTGGCCTGCAGCCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CCCGGGTGTGGACGATGTCCTGACGGCTCTGCACAGCCCCGGGCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151855 CCCGGGTGTGGACGATGTCCTGACGGCTCTGCACAGCCCCGGGCCCAAGT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GCAAACTTCTCTACTACTGTGAGGTGCTCGCCTCTGAGGACTTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 151905 GCAAACTTCTCTACTACTGTGAGGTGCTCGCCTCTGAGGACTTCAGGTA.

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980      GGGCTCCATGTCCAGCCTGGAATCCTGCACCAGCGGCTTCTCCCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151955 ..CAGGGGCTCCATGTCCAGCCTGGAATCCTGCACCAGCGGCTTCTCCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GCTCAGCGCCGCCACCTCGTCCTCCTCCTCCGGCCAGTCTCATAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155581 GCTCAGCGCCGCCACCTCGTCCTCCTCCTCCGGCCAGTCTCATAGCAGCT

   2200     .    :
   2075 CCCTGGTCTCCAGA
        ||||||||||||||
 155631 CCCTGGTCTCCAGA