seq1 = pF1KSDA0416.tfa, 1548 bp
seq2 = pF1KSDA0416/gi568815593r_138773013.tfa (gi568815593r:138773013_138974557), 201545 bp

>pF1KSDA0416 1548
>gi568815593r:138773013_138974557 (Chr5)

(complement)

1-1548  (100000-101545)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTTACATTTCAAGTGGCCATTAGGGGCCCCTATGCTGGCAGCAAT
        |--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A  GGCTTACATTTCAAGTGGCCATTAGGGGCCCCTATGCTGGCAGCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATATGCAATGAGTATGGTTTTAAAAATGCTGCCTGCCCTGGGTATGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 ATATGCAATGAGTATGGTTTTAAAAATGCTGCCTGCCCTGGGTATGGCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCCACCCAAATGCCGCTGCGAGAAGCTGCTCTTCTACTGCGACTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100098 GTCCACCCAAATGCCGCTGCGAGAAGCTGCTCTTCTACTGCGACTCTCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCTTCCACTCAGTGCCAAACGCCACAGACAAGGGCTCTCTGGGCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 GGCTTCCACTCAGTGCCAAACGCCACAGACAAGGGCTCTCTGGGCCTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCTGAGGCACAATCACATCACAGAGCTCGAAAGAGATCAATTTGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100198 CCTGAGGCACAATCACATCACAGAGCTCGAAAGAGATCAATTTGCCAGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAGTCAACTTACTTGGCTCCACTTAGATCACAATCAAATTTCAACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100248 TCAGTCAACTTACTTGGCTCCACTTAGATCACAATCAAATTTCAACAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAAGAAGATGCTTTTCAAGGACTATATAAACTTAAGGAATTAATCTTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100298 AAAGAAGATGCTTTTCAAGGACTATATAAACTTAAGGAATTAATCTTAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCCAACAAAATATTTTACTTGCCAAACACAACTTTTACCCAACTGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100348 TTCCAACAAAATATTTTACTTGCCAAACACAACTTTTACCCAACTGATTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTGCAAAATTTGGACCTGTCTTTTAATCAGCTGTCATCTCTGCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100398 ACCTGCAAAATTTGGACCTGTCTTTTAATCAGCTGTCATCTCTGCACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGCTCTTCTATGGCCTTCGGAAGCTGCAGACCTTGCATTTACGTTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100448 GAGCTCTTCTATGGCCTTCGGAAGCTGCAGACCTTGCATTTACGTTCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTCCCTGCGGACTATCCCAGTACGCCTGTTCTGGGACTGTCGTAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 CTCCCTGCGGACTATCCCAGTACGCCTGTTCTGGGACTGTCGTAGTCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGTTTCTGGATTTGAGCACAAATCGTTTGCGAAGTTTGGCTCGCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 AGTTTCTGGATTTGAGCACAAATCGTTTGCGAAGTTTGGCTCGCAATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TTTGCAGGATTAATTAAACTGAGAGAGCTTCACCTAGAGCACAACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 TTTGCAGGATTAATTAAACTGAGAGAGCTTCACCTAGAGCACAACCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GACGAAGATTAATTTTGCTCATTTCCTACGGCTAAGCAGTCTGCACACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100648 GACGAAGATTAATTTTGCTCATTTCCTACGGCTAAGCAGTCTGCACACGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCTTCTTACAATGGAACAAAATCAGCAACTTGACATGTGGGATGGAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 TCTTCTTACAATGGAACAAAATCAGCAACTTGACATGTGGGATGGAGTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACCTGGGGCACTTTAGAAAAGCTAGACCTGACTGGAAATGAAATCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100748 ACCTGGGGCACTTTAGAAAAGCTAGACCTGACTGGAAATGAAATCAAAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATCGACTTGACAGTGTTTGAAACGATGCCCAATCTTAAAATACTACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 100798 CATCGACTTGACAGTGTTTGAAACGATGCCCAATCTTAAAATACTCCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGGATAACAACAAGTTAAACAGCCTTGATTCCAAGATCTTAAACTCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100848 TGGATAACAACAAGTTAAACAGCCTTGATTCCAAGATCTTAAACTCCCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AGATCCCTCACAACCGTTGGTCTCTCTGGCAATCTGTGGGAATGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100898 AGATCCCTCACAACCGTTGGTCTCTCTGGCAATCTGTGGGAATGCAGCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCGAATATGTGCTCTGGCCTCCTGGCTGGGCAGTTTCCAAGGTCGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100948 CCGAATATGTGCTCTGGCCTCCTGGCTGGGCAGTTTCCAAGGTCGGTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AACACTCCATCCTATGCCACAGTCCTGACCACACCCAAGGAGAGGATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100998 AACACTCCATCCTATGCCACAGTCCTGACCACACCCAAGGAGAGGATATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 CTAGATGCAGTCCATGGATTTCAGCTCTGCTGGAATTTGTCAACCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101048 CTAGATGCAGTCCATGGATTTCAGCTCTGCTGGAATTTGTCAACCACTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CACTGTCATGGCTACAACTTATAGAGATCCAACCACTGAATATACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101098 CACTGTCATGGCTACAACTTATAGAGATCCAACCACTGAATATACAAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GAATAAGCTCATCAAGTTACCATGTGGGAGACAAAGAAATCCCAACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101148 GAATAAGCTCATCAAGTTACCATGTGGGAGACAAAGAAATCCCAACTACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GCAGGCATAGCAGTTACTACCGAGGAACACTTTCCTGAACCAGACAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101198 GCAGGCATAGCAGTTACTACCGAGGAACACTTTCCTGAACCAGACAATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CATCTTCACTCAGCGGGTAATTACGGGAACAATGGCTTTATTGTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101248 CATCTTCACTCAGCGGGTAATTACGGGAACAATGGCTTTATTGTTTTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TCTTTTTTATTATTTTTATAGTGTTCATCTCCAGGAAGTGCTGCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101298 TCTTTTTTATTATTTTTATAGTGTTCATCTCCAGGAAGTGCTGCCCTCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACTTTAAGAAGAATTAGGCAGTGCTCAATGGTTCAGAACCACAGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101348 ACTTTAAGAAGAATTAGGCAGTGCTCAATGGTTCAGAACCACAGGCAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCGATCCCAAACACGACTCCATATGTCAAACATGTCAGACCAAGGACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101398 CCGATCCCAAACACGACTCCATATGTCAAACATGTCAGACCAAGGACCGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 ATAATGAATATGAACCCACCCATGAAGGACCCTTCATCATCATTAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 ATAATGAATATGAACCCACCCATGAAGGACCCTTCATCATCATTAATGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1501 TATGGACAGTGCAAGTGTCAGCAGCTGCCATACAAAGAATGTGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 TATGGACAGTGCAAGTGTCAGCAGCTGCCATACAAAGAATGTGAAGTA