seq1 = pF1KSDA0414.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KSDA0414/gi568815589f_126732510.tfa (gi568815589f:126732510_126933910), 201401 bp

>pF1KSDA0414 1401
>gi568815589f:126732510_126933910 (Chr9)

1-1401  (100001-101401)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCTGGAACAAACTCTTTTCGGGTAGAATTTCCTGATTTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCTGGAACAAACTCTTTTCGGGTAGAATTTCCTGATTTTTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCATTCTACAGAAACTGAACCAGCAGCGCCAGCAAGGACAATTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCATTCTACAGAAACTGAACCAGCAGCGCCAGCAAGGACAATTATGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGTCTCCATTGTTGTCCAAGGCCACATTTTCCGGGCACACAAAGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGTCTCCATTGTTGTCCAAGGCCACATTTTCCGGGCACACAAAGCCGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTTGCTGCCAGTTCACCCTACTTTTGTGACCAGGTACTCCTGAAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTTGCTGCCAGTTCACCCTACTTTTGTGACCAGGTACTCCTGAAAAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGGAGAATTGTTTTGCCTGATGTGATGAACCCAAGAGTGTTTGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGGAGAATTGTTTTGCCTGATGTGATGAACCCAAGAGTGTTTGAGAACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCTCCTATCTAGTTATACAGGACGTCTAGTAATGCCCGCTCCAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCTCCTATCTAGTTATACAGGACGTCTAGTAATGCCCGCTCCAGAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTTAGTTACTTGACAGCGGCAAGCTTCCTCCAGATGTGGCATGTGGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTTAGTTACTTGACAGCGGCAAGCTTCCTCCAGATGTGGCATGTGGTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAATGCACTGAAGTTTTAGAGGGAAACCCTACAGTCCTTTGTCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAATGCACTGAAGTTTTAGAGGGAAACCCTACAGTCCTTTGTCAGAAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TAAATCATGGCAGTGACCACCAGTCACCAAGCAGCAGTAGTTATAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TAAATCATGGCAGTGACCACCAGTCACCAAGCAGCAGTAGTTATAATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGTAGAGAGCTTTGAGCTGGGCTCTGGGGGTCATACTGATTTTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGTAGAGAGCTTTGAGCTGGGCTCTGGGGGTCATACTGATTTTCCCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCCCAAGAACTGAGAGATGGTGAAAATGAAGAGGAGAGCACCAAAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGCCCAAGAACTGAGAGATGGTGAAAATGAAGAGGAGAGCACCAAAGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGCTGTCATCCCAGCTCACCGAGCACGAATACCTGCCCAGCAACTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGCTGTCATCCCAGCTCACCGAGCACGAATACCTGCCCAGCAACTCGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ACAGAGCATGACCGCCTGAGCACGGAAATGGCAAGCCAGGATGGGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ACAGAGCATGACCGCCTGAGCACGGAAATGGCAAGCCAGGATGGGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGGCGCCAGCGACAGCGCCGAGTTCCACTACACCCGGCCCATGTACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGGCGCCAGCGACAGCGCCGAGTTCCACTACACCCGGCCCATGTACAGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 AGCCCAGCATCATGGCTCACAAACGCTGGATCCACGTGAAGCCCGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGCCCAGCATCATGGCTCACAAACGCTGGATCCACGTGAAGCCCGAGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTAGAACAGGCTTGCGAGGGCATGGATGTGCACGCGACCTACGACGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTAGAACAGGCTTGCGAGGGCATGGATGTGCACGCGACCTACGACGAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CCAGGTCACAGAGTCCATCAACACCGTGCAGACAGAGCACACGGTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CCAGGTCACAGAGTCCATCAACACCGTGCAGACAGAGCACACGGTGCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTTCGGGAGTGGAGGAGGACTTCCACATCGGGGAGAAGAAAGTGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTTCGGGAGTGGAGGAGGACTTCCACATCGGGGAGAAGAAAGTGGAAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GAGTTTGATGAACAGGCTGATGAAAGCAATTATGATGAGCAGGTGGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GAGTTTGATGAACAGGCTGATGAAAGCAATTATGATGAGCAGGTGGATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CTATGGCTCTTCCATGGAAGAGTTTTCCGGAGAGAGGTCAGATGGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CTATGGCTCTTCCATGGAAGAGTTTTCCGGAGAGAGGTCAGATGGGAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TAATTGGGCACAGACAGGAGGCTGCCCTCGCAGCAGGTTACAGTGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TAATTGGGCACAGACAGGAGGCTGCCCTCGCAGCAGGTTACAGTGAGAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATTGAAATGGTAACAGGGATTAAAGAAGAAGCTTCCCACTTAGGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 ATTGAAATGGTAACAGGGATTAAAGAAGAAGCTTCCCACTTAGGATTCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AGCCACTGACAAGCTGTATCCTTGTCAGTGTGGGAAAAGTTTCACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AGCCACTGACAAGCTGTATCCTTGTCAGTGTGGGAAAAGTTTCACTCACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGAGTCAGAGAGATCGGCACATGAGCATGCACCTCGGTCTTCGGCCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGAGTCAGAGAGATCGGCACATGAGCATGCACCTCGGTCTTCGGCCTTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GGCTGTGGGGTCTGCGGTAAGAAATTCAAAATGAAGCACCATCTCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GGCTGTGGGGTCTGCGGTAAGAAATTCAAAATGAAGCACCATCTCGTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CCACATGAAAATTCACACAGGCATAAAGCCGTATGAGTGTAATATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CCACATGAAAATTCACACAGGCATAAAGCCGTATGAGTGTAATATCTGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CAAAGAGGTTTATGTGGAGGGACAGTTTCCACCGGCATGTGACTTCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CAAAGAGGTTTATGTGGAGGGACAGTTTCCACCGGCATGTGACTTCTTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 ACTAAGTCCTACGAAGCTGCAAAGGCTGAGCAGAATACAACTGAGGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 ACTAAGTCCTACGAAGCTGCAAAGGCTGAGCAGAATACAACTGAGGCTAA

   1400 
   1401 C
        |
 101401 C