seq1 = pF1KSDA0410.tfa, 1455 bp
seq2 = pF1KSDA0410/gi568815585f_25201774.tfa (gi568815585f:25201774_25431578), 229805 bp

>pF1KSDA0410 1455
>gi568815585f:25201774_25431578 (Chr13)

1-107  (100001-100107)   100% ->
108-250  (106033-106175)   100% ->
251-286  (107474-107509)   100% ->
287-436  (111110-111259)   100% ->
437-574  (111841-111978)   100% ->
575-685  (113584-113694)   100% ->
686-710  (117553-117577)   100% ->
711-776  (118757-118822)   100% ->
777-951  (119146-119320)   100% ->
952-1031  (123216-123295)   100% ->
1032-1150  (125143-125261)   100% ->
1151-1233  (125657-125739)   100% ->
1234-1455  (129584-129805)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACAGGGTTCTCCTTCGGGTCCGGGACTCTGGGCTCCACCACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACAGGGTTCTCCTTCGGGTCCGGGACTCTGGGCTCCACCACCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCGCCGGCGGGACCAGCACAGGCGGCGTTTTCTCCTTCGGAACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCGCCGGCGGGACCAGCACAGGCGGCGTTTTCTCCTTCGGAACGGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCTAG         CAACCCTTCTGTGGGGCTCAATTTTGGAAATCTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCTAGGTA...AAGCAACCCTTCTGTGGGGCTCAATTTTGGAAATCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGAAGTACTTCAACTCCAGCAACTACATCTGCTCCTTCAAGTGGTTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106067 GGAAGTACTTCAACTCCAGCAACTACATCTGCTCCTTCAAGTGGTTTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACCGGGCTCTTTGGATCTAAACCTGCCACTGGGTTCACTCTAGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106117 AACCGGGCTCTTTGGATCTAAACCTGCCACTGGGTTCACTCTAGGAGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAATACAG         GAATAGCAACAACTATAACTACAGGATTAACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106167 CAAATACAGGTG...CAGGAATAGCAACAACTATAACTACAGGATTAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGG         GAACGCCAGCCACTACATCTGCAGCTACAACAGGCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107506 CTGGGTA...TAGGAACGCCAGCCACTACATCTGCAGCTACAACAGGCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGTTTAGGATTCAATAAACCTGCAGCATCTGCCACACCATTTGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111147 CAGTTTAGGATTCAATAAACCTGCAGCATCTGCCACACCATTTGCTCTAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTATTACCTCTACCTCAGCTAGCGGTCTGACTCTTTCGTCTGCTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111197 CTATTACCTCTACCTCAGCTAGCGGTCTGACTCTTTCGTCTGCTCTGACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCAACTCCAGCAG         CATCCACAGGATTTACTCTAAATAATTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 111247 TCAACTCCAGCAGGTG...TAGCATCCACAGGATTTACTCTAAATAATTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGTGGGACAACAGCCACAACTACAACTGCATCAACAGGCCTCTCTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111869 GGGTGGGACAACAGCCACAACTACAACTGCATCAACAGGCCTCTCTTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGGAGCCTTAGCTGGTTTGGGAGGTTCACTTTTCCAGAGTACAAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111919 GGGGAGCCTTAGCTGGTTTGGGAGGTTCACTTTTCCAGAGTACAAACACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGAACATCAG         GACTTGGACAGAATGCTTTAGGGTTGACTTT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111969 GGAACATCAGGTA...TAGGACTTGGACAGAATGCTTTAGGGTTGACTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGAACTACAGCAGCTACTTCAACTGCAGGCAATGAAGGCCTTGGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113615 GGGAACTACAGCAGCTACTTCAACTGCAGGCAATGAAGGCCTTGGTGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGATTTCAGTAGCTCCTCAGATAAAAAGA         GTGATAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113665 TAGATTTCAGTAGCTCCTCAGATAAAAAGAGTA...TAGGTGATAAAACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGAACAAGACCAGA         GGATAGTAAAGCTCTGAAGGATGAAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117564 GGAACAAGACCAGAGTA...TAGGGATAGTAAAGCTCTGAAGGATGAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCTACCTCCTGTCATCTGCCAGGATGTTGAAAATCTCCA         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118784 TCTACCTCCTGTCATCTGCCAGGATGTTGAAAATCTCCAGTA...TAGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AATTTGTGAAGGAGCAGAAACAAGTTCAAGAAGAAATTAGTAGAATGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119148 AATTTGTGAAGGAGCAGAAACAAGTTCAAGAAGAAATTAGTAGAATGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCAAAAGCAATGCTTAAGGTACAAGAAGATATTAAAGCTCTGAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119198 TCAAAAGCAATGCTTAAGGTACAAGAAGATATTAAAGCTCTGAAGCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCTGTCGTTGGCTGCCAATGGAATACAGAGAAACACTCTCAACATTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119248 CCTGTCGTTGGCTGCCAATGGAATACAGAGAAACACTCTCAACATTGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AATTGAAAATAGAAACTGCTCAG         GAGTTGAAGAATGCTGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119298 AATTGAAAATAGAAACTGCTCAGGTA...TAGGAGTTGAAGAATGCTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ATAGCTTTAAGAACCCAGAAGACACCACCTGGACTTCAACATGAATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123234 ATAGCTTTAAGAACCCAGAAGACACCACCTGGACTTCAACATGAATATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGCTCCTGCTGA         CTACTTCAGAATCTTGGTTCAGCAATTTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 123284 AGCTCCTGCTGAGTA...AAGCTACTTCAGAATCTTGGTTCAGCAATTTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGGTACAGCTTCAGCAGTACAGGCAGCAGATTGAAGAACTAGAAAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125172 AGGTACAGCTTCAGCAGTACAGGCAGCAGATTGAAGAACTAGAAAACCAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CTTGCCACTCAAGCAAATAATTCACATATAACCCCTCAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 125222 CTTGCCACTCAAGCAAATAATTCACATATAACCCCTCAAGGTA...TAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 TTTGTCAATGGCTATGCAGAAAATTTATCAAACATTTGTAGCTTTAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125658 TTTGTCAATGGCTATGCAGAAAATTTATCAAACATTTGTAGCTTTAGCGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CACAACTTCAGTCTATTCATGAAAATGTAAAG         GTTCTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125708 CACAACTTCAGTCTATTCATGAAAATGTAAAGGTA...TAGGTTCTGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAACAGTACCTTGGCTACAGGAAAATGTTCTTGGGAGATGCTGTTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129593 GAACAGTACCTTGGCTACAGGAAAATGTTCTTGGGAGATGCTGTTGATGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GTTTGAAACAAGGCGAGCAGAAGCCAAGAAGTGGCAGAACACACCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129643 GTTTGAAACAAGGCGAGCAGAAGCCAAGAAGTGGCAGAACACACCCAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTACTACTGGACCCACTCCTTTCAGCACCATGCCAAACGCAGCAGCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129693 TTACTACTGGACCCACTCCTTTCAGCACCATGCCAAACGCAGCAGCCGTT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCCATGGCTGCAACACTTACACAGCAGCAACAGCCTGCTACAGGTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129743 GCCATGGCTGCAACACTTACACAGCAGCAACAGCCTGCTACAGGTCTGAA

   1550     .    :
   1443 CGCATTCAAGTTA
        |||||||||||||
 129793 CGCATTCAAGTTA