seq1 = pF1KSDA0398.tfa, 1428 bp
seq2 = pF1KSDA0398/gi568815580f_13631518.tfa (gi568815580f:13631518_13852428), 220911 bp

>pF1KSDA0398 1428
>gi568815580f:13631518_13852428 (Chr18)

1-417  (100001-100417)   100% ->
418-553  (102947-103082)   100% ->
554-679  (105493-105618)   100% ->
680-792  (108650-108762)   100% ->
793-974  (109993-110174)   100% ->
975-1139  (110971-111135)   100% ->
1140-1257  (114703-114820)   100% ->
1258-1359  (120809-120910)   100% ->
1360-1393  (122597-122630)   100% ->
1394-1428  (128425-128459)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAAATTCTGCAAAAGCAGAAGAATATGAAAAGATGTCTCTTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAATTCTGCAAAAGCAGAAGAATATGAAAAGATGTCTCTTGAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCAAAAGCGTCAGTGAATTCTGAAACAGAGTCTTCATTCAATATTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCAAAAGCGTCAGTGAATTCTGAAACAGAGTCTTCATTCAATATTAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAAACACAACAGCTTCTGGGACTGGGCTTTCTGAAAAGACTTCTGTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAAACACAACAGCTTCTGGGACTGGGCTTTCTGAAAAGACTTCTGTCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGCAAGTAGACATAGCAAGAAAGAGAAAAGAGTTTGAAGATGATCTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGCAAGTAGACATAGCAAGAAAGAGAAAAGAGTTTGAAGATGATCTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAAGGAAAGTTCTAGTTGTGGGAAAGACACTCCATCCAAGAAGAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAAGGAAAGTTCTAGTTGTGGGAAAGACACTCCATCCAAGAAGAGAAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTGATCCTGAAATTGTCCCAGAGGAAAAAGATTGTGGTGATGCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTGATCCTGAAATTGTCCCAGAGGAAAAAGATTGTGGTGATGCTGAAGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AATTCAAAGAAAAGAAAAAGAGAAACTGAGGATGTTCCAAAAGATAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AATTCAAAGAAAAGAAAAAGAGAAACTGAGGATGTTCCAAAAGATAAATC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TTCTACTGGAGATGGCACTCAAAATAAGAGAAAAATAGCACTTGAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TTCTACTGGAGATGGCACTCAAAATAAGAGAAAAATAGCACTTGAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TTCCTGAAAAGCAGAAA         AATCTGGAAGAAGGACACAGCTCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100401 TTCCTGAAAAGCAGAAAGTA...CAGAATCTGGAAGAAGGACACAGCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACAGTGGCTGCCCATTACAATGAACTTCAGGAAGTTGGTTTGGAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102971 ACAGTGGCTGCCCATTACAATGAACTTCAGGAAGTTGGTTTGGAGAAGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAGTCAAAGTCGTATTTTTTACCTAAGAAACTTTAATAATTGGATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103021 TAGTCAAAGTCGTATTTTTTACCTAAGAAACTTTAATAATTGGATGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGTTCTCATTG         GAGAATTTTTGGAAAAGGTACGACAGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103071 GTGTTCTCATTGGTA...TAGGAGAATTTTTGGAAAAGGTACGACAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAAAAACGTGATATCACTGTTTTGGACCTGGGATGTGGTAAAGGTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105522 AAAAAACGTGATATCACTGTTTTGGACCTGGGATGTGGTAAAGGTGGAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTTGCTGAAATGGAAAAAAGGAAGAATTAACAAGCTAGTTTGTACTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 105572 TTTGCTGAAATGGAAAAAAGGAAGAATTAACAAGCTAGTTTGTACTGGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680       ATATTGCCGATGTTTCTGTCAAACAGTGTCAGCAGCGGTATGAG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105622 ...CAGATATTGCCGATGTTTCTGTCAAACAGTGTCAGCAGCGGTATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACATGAAAAATCGTCGTGATAGTGAATATATTTTCAGTGCAGAATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108694 GACATGAAAAATCGTCGTGATAGTGAATATATTTTCAGTGCAGAATTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 AACTGCTGACAGCTCAAAG         GAACTTCTGATTGACAAATTTC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108744 AACTGCTGACAGCTCAAAGGTA...CAGGAACTTCTGATTGACAAATTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGACCCACAAATGTGTTTTGACATCTGCAGTTGTCAGTTTGTCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110015 GTGACCCACAAATGTGTTTTGACATCTGCAGTTGTCAGTTTGTCTGTCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TACTCATTTGAGTCTTATGAGCAGGCTGACATGATGCTGAGAAATGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110065 TACTCATTTGAGTCTTATGAGCAGGCTGACATGATGCTGAGAAATGCGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TGAGAGACTTAGCCCTGGGGGCTATTTTATTGGTACTACTCCCAATAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110115 TGAGAGACTTAGCCCTGGGGGCTATTTTATTGGTACTACTCCCAATAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 TTGAATTGAT         AAGACGCCTTGAAGCTTCAGAAACAGAATCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110165 TTGAATTGATGTA...TAGAAGACGCCTTGAAGCTTCAGAAACAGAATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTGGAAATGAAATATATACTGTGAAATTTCAGAAGAAAGGAGATTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111002 TTTGGAAATGAAATATATACTGTGAAATTTCAGAAGAAAGGAGATTATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 TTTATTTGGCTGCAAATATGACTTCAACTTGGAAGGTGTTGTGGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111052 TTTATTTGGCTGCAAATATGACTTCAACTTGGAAGGTGTTGTGGATGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CTGAATTCTTGGTCTATTTTCCATTGCTAAATGA         AATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111102 CTGAATTCTTGGTCTATTTTCCATTGCTAAATGAGTA...CAGAATGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 AAGAAGTACAATATGAAACTAGTCTACAAAAAAACATTTCTGGAATTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114710 AAGAAGTACAATATGAAACTAGTCTACAAAAAAACATTTCTGGAATTCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CGAAGAAAAGATTAAGAACAATGAAAATAAAATGCTCTTAAAACGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114760 CGAAGAAAAGATTAAGAACAATGAAAATAAAATGCTCTTAAAACGAATGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 AGGCCTTGGAG         CCATATCCTGCAAATGAGAGTTCTAAACTT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 114810 AGGCCTTGGAGGTG...CAGCCATATCCTGCAAATGAGAGTTCTAAACTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GTCTCTGAGAAGGTGGATGACTATGAACATGCAGCAAAGTACATGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120839 GTCTCTGAGAAGGTGGATGACTATGAACATGCAGCAAAGTACATGAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CAGTCAAGTAAGGTTACCTTTG         GGAACCTTAAGTAAATCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120889 CAGTCAAGTAAGGTTACCTTTGGTA...TAGGGAACCTTAAGTAAATCAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 AATGGGAAGCTACAA         GTATTTACTTGGTGTTTGCCTTTGAG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 122616 AATGGGAAGCTACAAGTG...TAGGTATTTACTTGGTGTTTGCCTTTGAG

   1500     .
   1420 AAACAGCAG
        |||||||||
 128451 AAACAGCAG