seq1 = pF1KSDA0396.tfa, 1881 bp
seq2 = pF1KSDA0396/gi568815583f_68178418.tfa (gi568815583f:68178418_68391239), 212822 bp

>pF1KSDA0396 1881
>gi568815583f:68178418_68391239 (Chr15)

1-248  (100001-100248)   100% ->
249-1881  (111190-112822)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGCCTGGCTGGCTATGTATACAAGGCGGCCAGCGAGGGCAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGGCCTGGCTGGCTATGTATACAAGGCGGCCAGCGAGGGCAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGACTCTGGCCGCCTTGCTTCTCAACCGGTCTGAAAGCGACATCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGACTCTGGCCGCCTTGCTTCTCAACCGGTCTGAAAGCGACATCCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTGCTTGGCTATGTCAGCCAGCAGGGAGGGCAGCGCTCCACGCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTGCTTGGCTATGTCAGCCAGCAGGGAGGGCAGCGCTCCACGCCCCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATCGCAGCCCGCAATGGACACGCAAAGGTGGTACGCTTGCTCTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATCGCAGCCCGCAATGGACACGCAAAGGTGGTACGCTTGCTCTTAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACATTACCGGGTGCAGACTCAGCAGACTGGCACCGTCCGCTTCGACGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100201 ACATTACCGGGTGCAGACTCAGCAGACTGGCACCGTCCGCTTCGACGGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    249        GTATGTCATTGATGGTGCCACTGCTCTTTGGTGTGCAGCTGGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 A...TAGGTATGTCATTGATGGTGCCACTGCTCTTTGGTGTGCAGCTGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAGGACATTTTGAAGTTGTTAAACTTCTAGTCAGCCATGGAGCCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111233 GCAGGACATTTTGAAGTTGTTAAACTTCTAGTCAGCCATGGAGCCAACGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAACCATACCACAGTAACTAATTCAACCCCCCTGCGGGCAGCATGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111283 GAACCATACCACAGTAACTAATTCAACCCCCCTGCGGGCAGCATGCTTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGGCAGACTGGACATTGTGAAATACTTGGTTGAAAATAATGCCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111333 ATGGCAGACTGGACATTGTGAAATACTTGGTTGAAAATAATGCCAACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCATTGCCAACAAATATGACAACACCTGCCTAATGATTGCGGCATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111383 AGCATTGCCAACAAATATGACAACACCTGCCTAATGATTGCGGCATATAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGGACACACTGATGTGGTCAGATACCTTTTAGAACAACGTGCTGATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111433 GGGACACACTGATGTGGTCAGATACCTTTTAGAACAACGTGCTGATCCCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ATGCCAAAGCACATTGTGGAGCCACAGCATTGCACTTTGCAGCTGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111483 ATGCCAAAGCACATTGTGGAGCCACAGCATTGCACTTTGCAGCTGAAGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGGCACATAGATATTGTGAAAGAGCTGATAAAATGGCGTGCTGCTATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111533 GGGCACATAGATATTGTGAAAGAGCTGATAAAATGGCGTGCTGCTATAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 AGTGAATGGCCATGGGATGACGCCATTGAAAGTAGCTGCCGAAAGCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111583 AGTGAATGGCCATGGGATGACGCCATTGAAAGTAGCTGCCGAAAGCTGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAGCTGATGTCGTAGAACTGTTACTCTCTCATGCTGATTGCGACCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111633 AAGCTGATGTCGTAGAACTGTTACTCTCTCATGCTGATTGCGACCGAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 AGTCGGATTGAAGCTTTGGAACTCTTGGGTGCCTCCTTTGCAAATGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111683 AGTCGGATTGAAGCTTTGGAACTCTTGGGTGCCTCCTTTGCAAATGACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGAGAACTATGACATCATAAAGACATACCACTATCTATATTTAGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111733 TGAGAACTATGACATCATAAAGACATACCACTATCTATATTTAGCCATGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TAGAGAGGTTCCAAGATGGTGATAACATTCTCGAAAAAGAGGTTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111783 TAGAGAGGTTCCAAGATGGTGATAACATTCTCGAAAAAGAGGTTCTTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCAATCCATGCTTATGGGAATAGAACTGAATGTAGAAATCCTCAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111833 CCAATCCATGCTTATGGGAATAGAACTGAATGTAGAAATCCTCAGGAACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGAGTCCATTCGGCAAGACAGAGATGCTCTTCATATGGAAGGCCTTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111883 GGAGTCCATTCGGCAAGACAGAGATGCTCTTCATATGGAAGGCCTTATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTCGGGAACGGATTTTAGGTGCTGACAATATTGATGTTTCTCATCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111933 TTCGGGAACGGATTTTAGGTGCTGACAATATTGATGTTTCTCATCCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ATTTACAGAGGAGCTGTTTATGCGGATAATATGGAATTTGAGCAGTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111983 ATTTACAGAGGAGCTGTTTATGCGGATAATATGGAATTTGAGCAGTGTAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAAGTTGTGGCTTCATGCCCTGCACCTCAGACAAAAAGGTAACAGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112033 CAAGTTGTGGCTTCATGCCCTGCACCTCAGACAAAAAGGTAACAGGAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CCCACAAGGATCTTCTTCGATTTGCTCAAGTTTTCTCACAAATGATACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112083 CCCACAAGGATCTTCTTCGATTTGCTCAAGTTTTCTCACAAATGATACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TTGAATGAAACTGTGAAGGCCCCAGACATAGAATGTGTTTTGAGATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112133 TTGAATGAAACTGTGAAGGCCCCAGACATAGAATGTGTTTTGAGATGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGTTTTGGAAATAGAACAAAGTATGAACAGAGTGAAAAATATTTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112183 TGTTTTGGAAATAGAACAAAGTATGAACAGAGTGAAAAATATTTCAGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CTGATGTCCACAATGCTATGGACAATTATGAATGTAATCTCTATACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112233 CTGATGTCCACAATGCTATGGACAATTATGAATGTAATCTCTATACCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CTGTATTTAGTGTGCATCTCTACCAAAACACAGTGCAGCGAAGAAGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112283 CTGTATTTAGTGTGCATCTCTACCAAAACACAGTGCAGCGAAGAAGATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GTGCAAAATTAACAAGCAGATCTACAACCTGATTCACCTTGATCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112333 GTGCAAAATTAACAAGCAGATCTACAACCTGATTCACCTTGATCCCAGAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 CTCGTGAAGGTTTCACCTTGCTGCATCTGGCTGTCAACTCCAATACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 112383 CTCGTGAAGGTTTCACCTTGCTGCATCTGGCTGTCAATTCCAATACTCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GTTGATGATTTCCACACCAATGACGTCTGCAGCTTTCCAAATGCACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112433 GTTGATGATTTCCACACCAATGACGTCTGCAGCTTTCCAAATGCACTTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CACAAAGCTCCTGCTGGACTGTGGTGCTGAGGTGAATGCCGTGGACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112483 CACAAAGCTCCTGCTGGACTGTGGTGCTGAGGTGAATGCCGTGGACAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 AGGGAAACAGTGCCCTTCATATTATCGTTCAGTACAACAGGCCCATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112533 AGGGAAACAGTGCCCTTCATATTATCGTTCAGTACAACAGGCCCATCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GATTTTTTGACCTTGCACTCCATCATCATTAGCCTAGTTGAAGCCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112583 GATTTTTTGACCTTGCACTCCATCATCATTAGCCTAGTTGAAGCCGGAGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 TCACACTGACATGACGAATAAACAGAATAAGACTCCGCTAGACAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112633 TCACACTGACATGACGAATAAACAGAATAAGACTCCGCTAGACAAAAGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1742 CAACTGGGGTATCTGAAATACTGCTTAAAACTCAAATGAAGATGAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112683 CAACTGGGGTATCTGAAATACTGCTTAAAACTCAAATGAAGATGAGTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1792 AAGTGCCTGGCTGCCCGAGCAGTTCGGGCTAATGACATTAACTACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112733 AAGTGCCTGGCTGCCCGAGCAGTTCGGGCTAATGACATTAACTACCAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1842 CCAGATCCCCAGAACTCTTGAAGAGTTTGTTGGATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112783 CCAGATCCCCAGAACTCTTGAAGAGTTTGTTGGATTTCAT