seq1 = pF1KSDA0388.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KSDA0388/gi568815581r_42602535.tfa (gi568815581r:42602535_42828941), 226407 bp

>pF1KSDA0388 2241
>gi568815581r:42602535_42828941 (Chr17)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-246  (101179-101307)   100% ->
247-366  (104518-104637)   100% ->
367-487  (106027-106147)   100% ->
488-664  (108493-108669)   100% ->
665-767  (109735-109837)   100% ->
768-931  (110325-110488)   100% ->
932-1023  (110875-110966)   100% ->
1024-1204  (115553-115733)   100% ->
1205-1401  (116457-116653)   100% ->
1402-1493  (119005-119096)   100% ->
1494-1534  (120026-120066)   100% ->
1535-1660  (120859-120984)   100% ->
1661-1839  (122757-122935)   100% ->
1840-1935  (123759-123854)   100% ->
1936-2017  (124259-124340)   100% ->
2018-2098  (125122-125202)   100% ->
2099-2183  (125981-126065)   100% ->
2184-2241  (126350-126407)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAATACCAAATCCCCCTACCTCCAAATGTATCACTTACTGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAATACCAAATCCCCCTACCTCCAAATGTATCACTTACTGGAAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAAGTGAAATCTGAATACATGCGACTTCGACAACTTAAACGGCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAAGTGAAATCTGAATACATGCGACTTCGACAACTTAAACGGCTTCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAATATGGGTGCAAAG         GCTTTGTATGTGGCAAATTTTGCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 CAAATATGGGTGCAAAGGTA...TAGGCTTTGTATGTGGCAAATTTTGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGTTCAAGAAAAAACCCAGATCCTCAATGAAGAATGGAAGAAGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101203 AAGGTTCAAGAAAAAACCCAGATCCTCAATGAAGAATGGAAGAAGCTTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCCAACCTGTTCAGTCAATGAAGCCTGTGAGTGGACACCCTTTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101253 TGTCCAACCTGTTCAGTCAATGAAGCCTGTGAGTGGACACCCTTTTCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAAAG         TGTACCATAGAGAGCATTTTCCCGGGATTTGCAAGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101303 AAAAGGTA...CAGTGTACCATAGAGAGCATTTTCCCGGGATTTGCAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAACATATGTTAATGAGGTCACTGAACACAGTTGCATTGGTTCCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104554 CAACATATGTTAATGAGGTCACTGAACACAGTTGCATTGGTTCCCATCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTATTCCTGGTCCCCTCTCCAACAGAACTTTATG         GTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 104604 GTATTCCTGGTCCCCTCTCCAACAGAACTTTATGGTA...CAGGTAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGAGACGGTTTTGTGCAATATTCCCTACATGGGAGATGAAGTGAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106034 ATGAGACGGTTTTGTGCAATATTCCCTACATGGGAGATGAAGTGAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAGATGAGACTTTTATTGAGGAGCTGATCAATAACTATGATGGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106084 GAAGATGAGACTTTTATTGAGGAGCTGATCAATAACTATGATGGGAAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATGGTGAAGAAG         AGATGATCCCTGGATCCGTTCTGATTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106134 CCATGGTGAAGAAGGTA...CAGAGATGATCCCTGGATCCGTTCTGATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGATGCTGTTTTTCTGGAGTTGGTCGATGCCCTGAATCAGTACTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108520 GTGATGCTGTTTTTCTGGAGTTGGTCGATGCCCTGAATCAGTACTCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGGAGGAGGAAGGGCACAATGACACCTCAGATGGAAAGCAGGATGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108570 GAGGAGGAGGAAGGGCACAATGACACCTCAGATGGAAAGCAGGATGACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAAGAAGATCTGCCAGTAACAAGAAAGAGAAAGCGACATGCTATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108620 CAAAGAAGATCTGCCAGTAACAAGAAAGAGAAAGCGACATGCTATTGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665          GCAACAAAAAGAGTTCCAAGAAACAGTTCCCAAATGACATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108670 GTA...CAGGCAACAAAAAGAGTTCCAAGAAACAGTTCCCAAATGACATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCTTCAGTGCAATTGCCTCAATGTTCCCTGAGAATGGTGTCCCAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109776 ATCTTCAGTGCAATTGCCTCAATGTTCCCTGAGAATGGTGTCCCAGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CATGAAGGAGAG         GTATCGAGAACTAACAGAGATGTCAGACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 109826 CATGAAGGAGAGGTA...TAGGTATCGAGAACTAACAGAGATGTCAGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCAATGCACTTCCCCCTCAGTGCACACCCAACATCGATGGCCCCAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110354 CCAATGCACTTCCCCCTCAGTGCACACCCAACATCGATGGCCCCAATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAGTCTGTGCAGCGGGAGCAATCTCTGCACTCCTTCCACACACTTTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110404 AAGTCTGTGCAGCGGGAGCAATCTCTGCACTCCTTCCACACACTTTTTTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCGGCGCTGCTTTAAATACGACTGCTTCCTTCACC         CTTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 110454 CCGGCGCTGCTTTAAATACGACTGCTTCCTTCACCGTG...CAGCTTTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGCCACCCCTAATGTATATAAACGCAAGAATAAAGAAATCAAGATTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110881 ATGCCACCCCTAATGTATATAAACGCAAGAATAAAGAAATCAAGATTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCAGAACCATGTGGCACAGACTGCTTCCTTTTGCTG         GAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110931 CCAGAACCATGTGGCACAGACTGCTTCCTTTTGCTGGTA...CAGGAAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCAAAGGAGTATGCCATGCTCCACAACCCCCGCTCCAAGTGCTCTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115558 AGCAAAGGAGTATGCCATGCTCCACAACCCCCGCTCCAAGTGCTCTGGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTCGCCGGAGAAGGCACCACATAGTCAGTGCTTCCTGCTCCAATGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115608 GTCGCCGGAGAAGGCACCACATAGTCAGTGCTTCCTGCTCCAATGCCTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GCCTCTGCTGTGGCTGAGACTAAAGAAGGAGACAGTGACAGGGACACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115658 GCCTCTGCTGTGGCTGAGACTAAAGAAGGAGACAGTGACAGGGACACAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CAATGACTGGGCCTCCAGTTCTTCAG         AGGCTAACTCTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115708 CAATGACTGGGCCTCCAGTTCTTCAGGTA...CAGAGGCTAACTCTCGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTCAGACTCCCACAAAACAGAAGGCTAGTCCAGCCCCACCTCAACTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116472 GTCAGACTCCCACAAAACAGAAGGCTAGTCCAGCCCCACCTCAACTCTGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTAGTGGAAGCACCCTCGGAGCCTGTGGAATGGACTGGGGCTGAAGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116522 GTAGTGGAAGCACCCTCGGAGCCTGTGGAATGGACTGGGGCTGAAGAATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCTTTTTCGAGTCTTCCATGGCACCTACTTCAACAACTTCTGTTCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116572 TCTTTTTCGAGTCTTCCATGGCACCTACTTCAACAACTTCTGTTCAATAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CCAGGCTTCTGGGGACCAAGACGTGCAAGCAG         GTCTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 116622 CCAGGCTTCTGGGGACCAAGACGTGCAAGCAGGTA...CAGGTCTTTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 TTTGCAGTCAAAGAATCACTTATCCTGAAGCTGCCAACAGATGAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119014 TTTGCAGTCAAAGAATCACTTATCCTGAAGCTGCCAACAGATGAGCTCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GAACCCCTCACAGAAGAAGAAAAGAAAGCACAG         ATTGTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119064 GAACCCCTCACAGAAGAAGAAAAGAAAGCACAGGCA...CAGATTGTGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CTGCACACTGCAGGAAGATTCAGCTGAAGAAAG         ATAACTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120034 CTGCACACTGCAGGAAGATTCAGCTGAAGAAAGGTA...TAGATAACTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TCCACACAAGTGTACAACTACCAACCCTGCGACCACCCAGACCGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120867 TCCACACAAGTGTACAACTACCAACCCTGCGACCACCCAGACCGCCCCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 TGACAGCACCTGCCCCTGCATCATGACTCAGAATTTCTGTGAGAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120917 TGACAGCACCTGCCCCTGCATCATGACTCAGAATTTCTGTGAGAAGTTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GCCAGTGCAACCCAGACT         GTCAGAATCGTTTCCCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120967 GCCAGTGCAACCCAGACTGTA...CAGGTCAGAATCGTTTCCCTGGCTGT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 CGCTGTAAGACCCAGTGCAATACCAAGCAATGTCCTTGCTATCTGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122780 CGCTGTAAGACCCAGTGCAATACCAAGCAATGTCCTTGCTATCTGGCAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 GCGAGAATGTGACCCTGACCTGTGTCTCACCTGTGGGGCCTCAGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122830 GCGAGAATGTGACCCTGACCTGTGTCTCACCTGTGGGGCCTCAGAGCACT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 GGGACTGCAAGGTGGTTTCCTGTAAAAACTGCAGCATCCAGCGTGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122880 GGGACTGCAAGGTGGTTTCCTGTAAAAACTGCAGCATCCAGCGTGGACTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAGAAG         CACCTGCTGCTGGCCCCCTCTGATGTGGCCGGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122930 AAGAAGGTG...CAGCACCTGCTGCTGGCCCCCTCTGATGTGGCCGGATG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 GGGCACCTTCATAAAGGAGTCTGTGCAGAAGAACGAATTCATTTCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123794 GGGCACCTTCATAAAGGAGTCTGTGCAGAAGAACGAATTCATTTCTGAAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 ACTGTGGTGAG         CTCATCTCTCAGGATGAGGCTGATCGACGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 123844 ACTGTGGTGAGGTG...TAGCTCATCTCTCAGGATGAGGCTGATCGACGC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GGAAAGGTCTATGACAAATACATGTCCAGCTTCCTCTTCAACCTCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124289 GGAAAGGTCTATGACAAATACATGTCCAGCTTCCTCTTCAACCTCAATAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TG         ATTTTGTAGTGGATGCTACTCGGAAAGGAAACAAAATTC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124339 TGGTA...CAGATTTTGTAGTGGATGCTACTCGGAAAGGAAACAAAATTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 GATTTGCAAATCATTCAGTGAATCCCAACTGTTATGCCAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 125161 GATTTGCAAATCATTCAGTGAATCCCAACTGTTATGCCAAAGGTG...CA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2099  TGGTCATGGTGAATGGAGACCATCGGATTGGGATCTTTGCCAAGAGGGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125980 GTGGTCATGGTGAATGGAGACCATCGGATTGGGATCTTTGCCAAGAGGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 AATTCAAGCTGGCGAAGAGCTCTTCTTTGATTACAG         GTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126030 AATTCAAGCTGGCGAAGAGCTCTTCTTTGATTACAGGTG...CAGGTACA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 GCCAAGCTGATGCTCTCAAGTACGTGGGGATCGAGAGGGAGACCGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126355 GCCAAGCTGATGCTCTCAAGTACGTGGGGATCGAGAGGGAGACCGACGTC

   2400 
   2239 CTT
        |||
 126405 CTT