seq1 = pF1KSDA0379.tfa, 3159 bp
seq2 = pF1KSDA0379/gi568815595r_15570273.tfa (gi568815595r:15570273_15895308), 325036 bp

>pF1KSDA0379 3159
>gi568815595r:15570273_15895308 (Chr3)

(complement)

1-27  (35906-35932)   100% ->
28-111  (100003-100086)   100% ->
112-190  (128997-129075)   100% ->
191-261  (143489-143559)   100% ->
262-462  (158076-158276)   100% ->
463-550  (159812-159899)   100% ->
551-693  (170785-170927)   100% ->
694-906  (174182-174394)   100% ->
907-985  (180653-180731)   100% ->
986-1100  (181668-181782)   100% ->
1101-1183  (183087-183169)   100% ->
1184-1247  (184035-184098)   100% ->
1248-1316  (185573-185641)   100% ->
1317-1457  (187245-187385)   100% ->
1458-1569  (199064-199175)   100% ->
1570-1596  (200095-200121)   100% ->
1597-1671  (200496-200570)   100% ->
1672-1873  (205089-205290)   100% ->
1874-1961  (209000-209087)   100% ->
1962-2079  (209190-209307)   100% ->
2080-2299  (209864-210083)   100% ->
2300-2387  (215746-215833)   100% ->
2388-2471  (215925-216008)   100% ->
2472-2617  (216955-217100)   100% ->
2618-2700  (217747-217829)   100% ->
2701-2783  (218253-218335)   100% ->
2784-2875  (219320-219411)   100% ->
2876-3159  (224753-225036)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTTCCTCAAACTCCGTGACCAG         CCATCACTGGTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  35906 ATGGCGTTCCTCAAACTCCGTGACCAGGTA...TAGCCATCACTGGTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGCTATATTTAACGGAGATCCTGATGAAGTTCGAGCACTAATATTTAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100017 AGCTATATTTAACGGAGATCCTGATGAAGTTCGAGCACTAATATTTAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAAGATGTTAACTTTCAG         GACAATGAAAAGCGAACCCCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100067 AAGAAGATGTTAACTTTCAGGTA...CAGGACAATGAAAAGCGAACCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGCACGCCGCAGCTTACCTTGGAGATGCAGAAATCATTGAACTTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129018 TTGCACGCCGCAGCTTACCTTGGAGATGCAGAAATCATTGAACTTCTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTATCTG         GAGCTAGAGTTAATGCCAAAGACAGCAAATGGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 129068 TTTATCTGGTA...CAGGAGCTAGAGTTAATGCCAAAGACAGCAAATGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGACACCTTTACACAGAGCAGTTGCATCTTGTAGTGAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 143522 TGACACCTTTACACAGAGCAGTTGCATCTTGTAGTGAGGTA...TAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCAGTTCAGGTACTTTTGAAGCATTCTGCAGATGTTAATGCTCGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158079 GCAGTTCAGGTACTTTTGAAGCATTCTGCAGATGTTAATGCTCGAGACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AAATTGGCAAACCCCTTTACATATAGCTGCTGCTAATAAAGCTGTAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158129 AAATTGGCAAACCCCTTTACATATAGCTGCTGCTAATAAAGCTGTAAAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GTGCTGAAGCTTTGGTACCTCTTCTGAGTAATGTAAACGTATCTGATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158179 GTGCTGAAGCTTTGGTACCTCTTCTGAGTAATGTAAACGTATCTGATCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCAGGGAGGACTGCATTACATCATGCAGCTTTCAGTGGACATGGTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 158229 GCAGGGAGGACTGCATTACATCATGCAGCTTTCAGTGGACATGGTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    463        ATGGTCAAACTACTCTTGTCTAGAGGTGCCAATATTAATGCTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158279 A...CAGATGGTCAAACTACTCTTGTCTAGAGGTGCCAATATTAATGCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TTGACAAGAAAGATAGGCGTGCTATCCATTGGGCAGCATATATGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 159855 TTGACAAGAAAGATAGGCGTGCTATCCATTGGGCAGCATATATGGGTA..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551     GTCACATTGAAGTAGTGAAATTGCTTGTGTCGCATGGAGCTGAAGT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159905 .TAGGTCACATTGAAGTAGTGAAATTGCTTGTGTCGCATGGAGCTGAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GACATGCAAGGATAAAAAGTCTTATACACCTCTTCATGCAGCAGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170831 GACATGCAAGGATAAAAAGTCTTATACACCTCTTCATGCAGCAGCCTCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGGAATGATCAGCGTAGTCAAGTACCTTCTAGATCTTGGAGTTGAT   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 170881 GTGGAATGATCAGCGTAGTCAAGTACCTTCTAGATCTTGGAGTTGATGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694       ATGAATGAACCAAATGCCTATGGAAATACACCTCTTCATGTAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170931 ...TAGATGAATGAACCAAATGCCTATGGAAATACACCTCTTCATGTAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CTGCTATAATGGACAAGATGTTGTAGTGAATGAACTTATAGACTGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174226 CTGCTATAATGGACAAGATGTTGTAGTGAATGAACTTATAGACTGTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CTATTGTGAATCAAAAGAATGAAAAAGGATTTACTCCTTTGCACTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174276 CTATTGTGAATCAAAAGAATGAAAAAGGATTTACTCCTTTGCACTTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTGCATCAACACATGGAGCATTGTGTTTAGAGCTTCTAGTTGGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174326 GCTGCATCAACACATGGAGCATTGTGTTTAGAGCTTCTAGTTGGCAATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGCCGATGTCAATATGAAG         AGTAAAGATGGGAAAACCCCAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 174376 GGCCGATGTCAATATGAAGGTA...CAGAGTAAAGATGGGAAAACCCCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TACACATGACTGCTCTCCACGGTAGATTCTCCCGATCACAAACCATTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180675 TACACATGACTGCTCTCCACGGTAGATTCTCCCGATCACAAACCATTATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CAGAGTG         GAGCTGTAATCGACTGTGAGGATAAGAATGGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180725 CAGAGTGGTA...CAGGAGCTGTAATCGACTGTGAGGATAAGAATGGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TACCCCTTTGCACATAGCAGCACGGTATGGCCATGAGCTGCTGATCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181702 TACCCCTTTGCACATAGCAGCACGGTATGGCCATGAGCTGCTGATCAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTCTTATTACAAGTGGTGCTGACACTGCAAA         GCGTGGCATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 181752 CTCTTATTACAAGTGGTGCTGACACTGCAAAGTA...TAGGCGTGGCATA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CATGGAATGTTCCCCCTCCATTTGGCAGCCTTAAGCGGCTTTTCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183097 CATGGAATGTTCCCCCTCCATTTGGCAGCCTTAAGCGGCTTTTCAGATTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CTGCAGAAAACTTCTTTCTTCAG         GATTTGATATAGATACCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 183147 CTGCAGAAAACTTCTTTCTTCAGGTA...TAGGATTTGATATAGATACCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CAGATGATTTTGGCAGGACTTGTCTACATGCAGCTGCAGCTGGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 184053 CAGATGATTTTGGCAGGACTTGTCTACATGCAGCTGCAGCTGGAGGGTA.

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1248      GAATTTGGAGTGCCTAAACCTTCTGCTGAATACTGGTGCAGACTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184103 ..TAGGAATTTGGAGTGCCTAAACCTTCTGCTGAATACTGGTGCAGACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TAATAAAAAGGACAAATTTGGGAG         ATCTCCACTGCACTACG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 185618 TAATAAAAAGGACAAATTTGGGAGGTA...AAGATCTCCACTGCACTACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 CTGCTGCCAACTGCAATTACCAGTGCCTGTTTGCTCTTGTGGGATCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187262 CTGCTGCCAACTGCAATTACCAGTGCCTGTTTGCTCTTGTGGGATCAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GCAAGTGTGAATGACCTTGATGAAAGAGGCTGCACACCCCTGCACTATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187312 GCAAGTGTGAATGACCTTGATGAAAGAGGCTGCACACCCCTGCACTATGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGCTACATCAGACACAGATGGCAA         GTGCCTGGAATACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 187362 AGCTACATCAGACACAGATGGCAAGTA...TAGGTGCCTGGAATACTTAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 TAAGAAACGATGCAAATCCAGGGATCCGTGATAAGCAAGGATACAACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 199081 TAAGAAACGATGCAAATCCAGGGATCCGTGATAAGCAAGGATACAACGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GTTCATTATTCAGCTGCTTATGGTCACCGTCTATGTCTTCAGCTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 199131 GTTCATTATTCAGCTGCTTATGGTCACCGTCTATGTCTTCAGCTGGTA..

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570     ATTGCAAGTGAAACTCCTCTAGATGTT         TTAATGGAAA
        .>>>|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 199181 .CAGATTGCAAGTGAAACTCCTCTAGATGTTGTA...CAGTTAATGGAAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 CCTCAGGAACAGACATGCTGAGTGATTCAGATAATAGAGCAACAATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200506 CCTCAGGAACAGACATGCTGAGTGATTCAGATAATAGAGCAACAATAAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 CCTTTACACTTGGCT         GCCTATCATGGTCACCATCAAGCACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 200556 CCTTTACACTTGGCTGTG...TAGGCCTATCATGGTCACCATCAAGCACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1698 GGAAGTGTTGGTACAGTCTTTGTTAGATCTTGATGTCAGAAATAGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205115 GGAAGTGTTGGTACAGTCTTTGTTAGATCTTGATGTCAGAAATAGTAGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1748 GAAGAACACCCCTAGATCTTGCAGCTTTTAAGGGCCATGTTGAATGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205165 GAAGAACACCCCTAGATCTTGCAGCTTTTAAGGGCCATGTTGAATGTGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GATGTACTCATTAATCAGGGAGCCTCAATCTTAGTAAAAGATTACATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205215 GATGTACTCATTAATCAGGGAGCCTCAATCTTAGTAAAAGATTACATTTT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1848 GAAGAGGACACCTATTCATGCAGCAG         CAACAAATGGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 205265 GAAGAGGACACCTATTCATGCAGCAGGTA...CAGCAACAAATGGTCATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 CAGAATGCTTACGGCTATTAATAGGAAATGCAGAACCACAGAATGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209015 CAGAATGCTTACGGCTATTAATAGGAAATGCAGAACCACAGAATGCAGTG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1939 GATATTCAAGATGGAAATGGACA         GACGCCTCTGATGCTATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 209065 GATATTCAAGATGGAAATGGACAGTA...CAGGACGCCTCTGATGCTATC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 TGTTCTCAACGGGCACACAGACTGTGTTTACTCATTGCTGAACAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209208 TGTTCTCAACGGGCACACAGACTGTGTTTACTCATTGCTGAACAAAGGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 CAAATGTAGATGCCAAAGATAAGTGGGGAAGGACAGCGTTGCATAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209258 CAAATGTAGATGCCAAAGATAAGTGGGGAAGGACAGCGTTGCATAGAGGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2080          GCAGTTACAGGCCATGAAGAATGTGTAGATGCATTACTTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209308 GTA...CAGGCAGTTACAGGCCATGAAGAATGTGTAGATGCATTACTTCA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 ACATGGTGCTAAGTGCTTACTTCGGGATAGCAGGGGCCGGACGCCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209905 ACATGGTGCTAAGTGCTTACTTCGGGATAGCAGGGGCCGGACGCCTATAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 ACCTGTCTGCTGCCTGTGGACACATTGGTGTTCTTGGAGCCCTTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209955 ACCTGTCTGCTGCCTGTGGACACATTGGTGTTCTTGGAGCCCTTTTGCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 TCAGCAGCATCTATGGATGCAAATCCAGCCACAGCAGACAATCATGGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210005 TCAGCAGCATCTATGGATGCAAATCCAGCCACAGCAGACAATCATGGATA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2271 TACGGCACTTCACTGGGCTTGCTACAATG         GTCACGAGACAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 210055 TACGGCACTTCACTGGGCTTGCTACAATGGTT...TAGGTCACGAGACAT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2312 GTGTAGAACTGCTTTTAGAACAGGAAGTTTTCCAGAAAACGGAAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215758 GTGTAGAACTGCTTTTAGAACAGGAAGTTTTCCAGAAAACGGAAGGAAAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2362 GCTTTTAGTCCATTGCATTGTGCCGT         GATAAATGACAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 215808 GCTTTTAGTCCATTGCATTGTGCCGTGTA...CAGGATAAATGACAACGA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2403 AGGTGCTGCTGAGATGTTAATTGATACATTAGGTGCCAGCATTGTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215940 AGGTGCTGCTGAGATGTTAATTGATACATTAGGTGCCAGCATTGTGAACG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2453 CCACAGATTCAAAAGGAAG         AACTCCTCTCCATGCAGCCGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 215990 CCACAGATTCAAAAGGAAGGTA...CAGAACTCCTCTCCATGCAGCCGCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2494 TTCACAGACCATGTAGAGTGTTTACAGCTGCTGCTCAGCCATAATGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 216977 TTCACAGACCATGTAGAGTGTTTACAGCTGCTGCTCAGCCATAATGCTCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2544 AGTCAATTCTGTGGACTCTACAGGGAAAACACCTCTTATGATGGCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217027 AGTCAATTCTGTGGACTCTACAGGGAAAACACCTCTTATGATGGCTGCAG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2594 AAAATGGACAAACAAATACAGTTG         AGATGCTGGTTAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 217077 AAAATGGACAAACAAATACAGTTGGTA...CAGAGATGCTGGTTAGCAGT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2635 GCTAGTGCAGAACTGACTTTACAAGATAACAGTAAAAATACTGCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217764 GCTAGTGCAGAACTGACTTTACAAGATAACAGTAAAAATACTGCCCTCCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2685 TTTGGCTTGTAGCAAG         GGTCATGAAACTAGTGCCTTGTTAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 217814 TTTGGCTTGTAGCAAGGTA...TAGGGTCATGAAACTAGTGCCTTGTTAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2726 TACTGGAAAAGATAACAGATAGAAACCTCATCAATGCAACCAACGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218278 TACTGGAAAAGATAACAGATAGAAACCTCATCAATGCAACCAACGCAGCC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2776 TTGCAAAC         ACCTCTGCATGTTGCTGCCCGAAATGGGCTAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 218328 TTGCAAACGTG...TAGACCTCTGCATGTTGCTGCCCGAAATGGGCTAAC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2817 AATGGTGGTTCAGGAACTTTTGGGAAAAGGAGCAAGTGTGCTTGCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 219353 AATGGTGGTTCAGGAACTTTTGGGAAAAGGAGCAAGTGTGCTTGCAGTAG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2867 ATGAAAATG         GCTATACCCCAGCTTTGGCCTGTGCTCCCAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 219403 ATGAAAATGGTA...TAGGCTATACCCCAGCTTTGGCCTGTGCTCCCAAT

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2908 AAGGATGTGGCTGATTGCCTGGCTCTCATTTTGGCCACCATGATGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224785 AAGGATGTGGCTGATTGCCTGGCTCTCATTTTGGCCACCATGATGCCTGT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2958 CTCATCAAGTAGTCCTTTATCATCCTTAACATTCAATGCCATTAACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224835 CTCATCAAGTAGTCCTTTATCATCCTTAACATTCAATGCCATTAACCGTT

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3008 ATACCAACACCTCAAAAACAGTCAGCTTTGAAGCTTTGCCCATCATGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224885 ATACCAACACCTCAAAAACAGTCAGCTTTGAAGCTTTGCCCATCATGAGG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3058 AATGAACCTAGCTCCTATTGCAGTTTCAATAACATTGGAGGGGAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224935 AATGAACCTAGCTCCTATTGCAGTTTCAATAACATTGGAGGGGAACAGGA

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3108 GTACTTATACACTGACGTGGATGAGCTCAACGACTCCGATTCTGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224985 GTACTTATACACTGACGTGGATGAGCTCAACGACTCCGATTCTGAGACCT

   3400 
   3158 AC
        ||
 225035 AC