seq1 = pF1KSDA0359.tfa, 2241 bp
seq2 = pF1KSDA0359/gi568815578f_32209778.tfa (gi568815578f:32209778_32431316), 221539 bp

>pF1KSDA0359 2241
>gi568815578f:32209778_32431316 (Chr20)

1-1404  (100001-101404)   100% ->
1405-1506  (106441-106542)   100% ->
1507-1629  (106750-106872)   100% ->
1630-1748  (106979-107097)   100% ->
1749-1862  (116994-117107)   100% ->
1863-1968  (117779-117884)   99% ->
1969-2147  (120364-120542)   100% ->
2148-2241  (121446-121539)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAAGTTGAAAAGCTCAGAGTCAGTCAGGGTGGTGGTTCGCTGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAAGTTGAAAAGCTCAGAGTCAGTCAGGGTGGTGGTTCGCTGTCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCATGAATGGCAAGGAAAAGGCTGCTTCGTATGACAAAGTGGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCATGAATGGCAAGGAAAAGGCTGCTTCGTATGACAAAGTGGTGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGATGTTAAGCTGGGGCAGGTGTCTGTGAAGAACCCCAAAGGGACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGATGTTAAGCTGGGGCAGGTGTCTGTGAAGAACCCCAAAGGGACGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CATGAAATGCCCAAGACCTTCACCTTTGATGCCGTCTATGACTGGAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CATGAAATGCCCAAGACCTTCACCTTTGATGCCGTCTATGACTGGAATGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGCAGTTTGAACTGTACGATGAGACGTTCCGACCACTTGTTGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGCAGTTTGAACTGTACGATGAGACGTTCCGACCACTTGTTGACTCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCTGCAAGGTTTCAATGGAACCATTTTTGCCTATGGACAAACTGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCTGCAAGGTTTCAATGGAACCATTTTTGCCTATGGACAAACTGGGACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GGAAAAACCTACACCATGGAAGGAATCCGTGGTGACCCTGAAAAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GGAAAAACCTACACCATGGAAGGAATCCGTGGTGACCCTGAAAAAAGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTCATTCCTAACTCATTTGACCATATCTTCACCCACATCTCTCGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTCATTCCTAACTCATTTGACCATATCTTCACCCACATCTCTCGATCCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGAATCAACAATACCTGGTCAGGGCTTCTTACTTAGAGATCTACCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGAATCAACAATACCTGGTCAGGGCTTCTTACTTAGAGATCTACCAGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGATCCGAGATTTGCTCTCAAAGGATCAGACCAAAAGGCTTGAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGATCCGAGATTTGCTCTCAAAGGATCAGACCAAAAGGCTTGAGCTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAGAGGCCTGACACAGGAGTGTATGTGAAAGACCTGTCTTCCTTTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAGAGGCCTGACACAGGAGTGTATGTGAAAGACCTGTCTTCCTTTGTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCAAGAGTGTGAAGGAGATAGAGCATGTGATGAATGTGGGGAACCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCAAGAGTGTGAAGGAGATAGAGCATGTGATGAATGTGGGGAACCAGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGTTCTGTCGGTGCTACCAACATGAACGAGCACAGCTCGCGTTCTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGTTCTGTCGGTGCTACCAACATGAACGAGCACAGCTCGCGTTCTCATGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AATTTTCGTTATCACTATTGAGTGCAGCGAGGTGGGCCTCGATGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AATTTTCGTTATCACTATTGAGTGCAGCGAGGTGGGCCTCGATGGTGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACCACATCCGTGTAGGAAAATTGAACCTTGTAGATCTTGCTGGCAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACCACATCCGTGTAGGAAAATTGAACCTTGTAGATCTTGCTGGCAGCGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CGGCAAGCCAAGACCGGCGCACAAGGGGAGAGATTAAAAGAAGCTACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CGGCAAGCCAAGACCGGCGCACAAGGGGAGAGATTAAAAGAAGCTACCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GATCAACCTCTCCCTTTCCGCTTTGGGTAATGTCATCTCTGCTCTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GATCAACCTCTCCCTTTCCGCTTTGGGTAATGTCATCTCTGCTCTAGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACGGCAAAAGCACTCACATTCCATATCGGGACTCAAAGCTTACCAGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACGGCAAAAGCACTCACATTCCATATCGGGACTCAAAGCTTACCAGGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTCCAAGATTCCCTTGGTGGCAATGCCAAGACTGTGATGGTGGCCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTCCAAGATTCCCTTGGTGGCAATGCCAAGACTGTGATGGTGGCCAACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGGGCCTGCCTCTTACAACGTAGAAGAGACTCTGACCACTCTGCGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGGGCCTGCCTCTTACAACGTAGAAGAGACTCTGACCACTCTGCGATATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CCAACCGTGCCAAAAACATTAAGAACAAACCAAGGGTCAATGAGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CCAACCGTGCCAAAAACATTAAGAACAAACCAAGGGTCAATGAGGACCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AAGGATGCCCTCCTTCGAGAATTCCAGGAAGAGATTGCTCGGCTCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AAGGATGCCCTCCTTCGAGAATTCCAGGAAGAGATTGCTCGGCTCAAGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCAGCTGGAAAAACGGTCCATTGGTAGGAGGAAGAGGCGAGAGAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCAGCTGGAAAAACGGTCCATTGGTAGGAGGAAGAGGCGAGAGAAGCGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 GGGAAGGTGGTGGCAGTGGTGGGGGTGGGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GGGAAGGTGGTGGCAGTGGTGGGGGTGGGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GAAGAGGGTGAGGAGGAAGGGGATGATAAGGATGATTACTGGCGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GAAGAGGGTGAGGAGGAAGGGGATGATAAGGATGATTACTGGCGGGAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCAAGAAAAACTGGAGATTGAGAAGCGGGCCATTGTAGAGGATCACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCAAGAAAAACTGGAGATTGAGAAGCGGGCCATTGTAGAGGATCACAGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGGTTGCAGAGGAGAAGATGAGGCTGCTGAAGGAGAAAGAGAAAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGGTTGCAGAGGAGAAGATGAGGCTGCTGAAGGAGAAAGAGAAAAAGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GAGGACCTGCGGCGGGAGAAGGATGCTGCCGAGATGCTGGGCGCCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GAGGACCTGCGGCGGGAGAAGGATGCTGCCGAGATGCTGGGCGCCAAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CAAG         GCCATGGAGAGTAAGTTGCTTGTTGGAGGAAAAAATA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CAAGGTA...CAGGCCATGGAGAGTAAGTTGCTTGTTGGAGGAAAAAATA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TAGTAGATCATACGAATGAACAGCAGAAAATCCTGGAGCAGAAACGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106478 TAGTAGATCATACGAATGAACAGCAGAAAATCCTGGAGCAGAAACGACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 GAAATTGCAGAGCAG         AAACGTCGAGAAAGAGAAATCCAGCA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106528 GAAATTGCAGAGCAGGTA...CAGAAACGTCGAGAAAGAGAAATCCAGCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 ACAGATGGAAAGTCGAGATGAGGAGACCTTGGAACTTAAAGAGACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106776 ACAGATGGAAAGTCGAGATGAGGAGACCTTGGAACTTAAAGAGACATACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GCTCATTGCAGCAAGAGGTGGACATCAAGACCAAAAAACTCAAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 106826 GCTCATTGCAGCAAGAGGTGGACATCAAGACCAAAAAACTCAAAAAGGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1630       CTCTTCTCCAAGCTTCAGGCAGTGAAGGCTGAGATCCATGACCT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106876 ...CAGCTCTTCTCCAAGCTTCAGGCAGTGAAGGCTGAGATCCATGACCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CCAAGAAGAACACATCAAGGAGCGCCAAGAGCTAGAGCAGACTCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107023 CCAAGAAGAACACATCAAGGAGCGCCAAGAGCTAGAGCAGACTCAGAATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGCTCACCAGGGAGCTGAAACTCAA         GCATCTTATTATAGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 107073 AGCTCACCAGGGAGCTGAAACTCAAGTA...CAGGCATCTTATTATAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 AACTTTATCCCTCTGGAAGAAAAAAGTAAAATTATGAATAGAGCCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117010 AACTTTATCCCTCTGGAAGAAAAAAGTAAAATTATGAATAGAGCCTTCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 TGATGAAGAGGAAGATCATTGGAAACTACATCCTATAACCAGACTGGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 117060 TGATGAAGAGGAAGATCATTGGAAACTACATCCTATAACCAGACTGGAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1863        GAACCAGCAGATGATGAAGCGGCCAGTCTCAGCCGTGGGATAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117110 A...CAGGAACCAGCAGATGATGAAGCGGCCAGTCTCAGCCGTGGGATAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1906 AAGAGACCATTGAGCCAGCACGCAAGAATGTCCATGATGATTCGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117822 AAGAGACCATTGAGCCAGCACGCAAGAATGTCCATGATGATTCGTCCAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1956 GGCCCGATACAGG         GCAGAAAACATTGTGCTGTTAGAGCTGG
        ||||||||| |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117872 GGCCCGATATAGGGTG...CAGGCAGAAAACATTGTGCTGTTAGAGCTGG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1997 ACATGCCCAGCCGGACCACCAGAGACTATGAGGGTCCAGCCATTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120392 ACATGCCCAGCCGGACCACCAGAGACTATGAGGGTCCAGCCATTGCCCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2047 AAGGTCCAGGCTGCATTGGATGCGGCTCTGCAGGATGAAGATGAGATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120442 AAGGTCCAGGCTGCATTGGATGCGGCTCTGCAGGATGAAGATGAGATACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2097 GGTGGATGCATCATCATTTGAAAGCACTGCAAATAAGAAATCCAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120492 GGTGGATGCATCATCATTTGAAAGCACTGCAAATAAGAAATCCAAGGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2147 G         GCCTAAAAGTGGAAGGAAGTCGGGATCCTCCTCCTCTTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120542 GGTG...CAGGCCTAAAAGTGGAAGGAAGTCGGGATCCTCCTCCTCTTCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2188 TCAGGAACCCCTGCATCTCAGCTTTATCCACAGTCTCGGGGGCTGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121486 TCAGGAACCCCTGCATCTCAGCTTTATCCACAGTCTCGGGGGCTGGTTCC

   2300 
   2238 AAAG
        ||||
 121536 AAAG